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在乾隆朝编修的各种书籍中，影响最大的是《四库全书》。它不但包括了上述官府和皇帝自撰、修编的书籍，还包括更大量的民间、历代所修书籍。
《四库全书》的纂修，肇始于乾隆三十七年正月皇帝征求天下遗书。最初，他只是企图扩大政府藏书，“以彰千古同文之盛”。随即，怎样征集遗书和如何处理所征遗书的问题便提上议事日程。安徽学政朱筠首先提出了开馆校书的建议。其建议包括四项内容：第一，征求遗书当以汉、唐以来尤其是辽、宋、金、元四朝的文献价值较高而又传世甚稀的旧本、抄本为重点。第二，由清朝政府组织人力，先对内府藏书进行一次普查，并将其目录“宣示外廷”，以便各地献内府所未备者。在这条建议中，朱筠还特别提出，清朝政府收藏的《永乐大典》是明以前各种著述之渊薮，其中多存“世不恒觏”之书。应由政府组织人员，“择其中古书完者若干部，分别缮写，各自为书”。第三，建议政府充分吸收汉、隋、唐、宋以来历次整理文献的经验，不仅征求遗书，而且对其进行校勘，同时还应组织人员对所收书籍“或依《七略》，或准四部”，分门别类地“校其得失，撮举大旨，叙于本书卷首”。为此政府应建立专门机构，完成这项工作。第四，在征求民间遗书时，应将采访范围进一步扩大，凡是具有文献价值的钟铭碑刻、金石图谱，都当在搜求范围之内。这些建议的总精神是要求政府对全部现存文献进行一次继汉、隋、唐、宋之后的总清理。
受朱筠建议启发，皇帝改变了单纯求书的初衷，决定编纂一部囊括古往今来一切主要著述的巨型丛书——《四库全书》。根据他的指示，乾隆三十八年二月，“四库全书馆”于翰林院正式成立，一个由政府组织的规模空前的编纂《四库全书》的活动便由此开始了。
根据皇帝的指示成立起来的“四库全书馆”机构庞大，大小负责官员多达三百六十人。其中的总裁官、副总裁官为总揽全馆事务的主要官员。因统筹全局，责任重大，故特设正总裁官十六员、副总裁官十员，皆分别从大学士、六部尚书、侍郎中简选。皇帝还特派自己的三个儿子皇六子永珞、皇八子永璇，皇十一子永理也充任总裁官。总裁、副总裁之下，设总阅官十五人，总管阅定各书之事；总纂官三人，总理编书之事；总校官一人，总理校订之事；缮书处总校官四人，专掌抄书及总理校对脱误之事。上述每一机构之下，又设有具体办事官员多人，分管校勘、编纂、刊刻、装订、整理之事。此外，在全书纂修过程中，还以各种方式招收抄写誊录的书手、绘画的手工工人和刻字印刷的工匠四千余人。
四库全书馆各职中，总纂官、总校官及其下属各机构是《四库全书》编纂过程中的关键环节，皇帝特别注意选拔知名的学者和在各方面有专深造诣的人充任上述各职。除由皇帝亲自任命当时著名学者纪昀、陆锡熊为总纂官，陆费墀为总校官之外，还分别以大臣荐举、政府征辟等方式将一大批学识渊博而又年富力强的著名学者安排到纂修官和分校官等各个重要岗位上。如著名经学家戴震、校勘学家周永年、史学家邵晋涵即分别被任命为校勘《永乐大典》纂修官兼分校官；著名经学家姚鼐、翁方纲、朱筠则分别被任命为校办各省送到遗书纂修官。与此同时，其他一些著名学者程晋芳、任大椿、金榜、王念孙等人也都各据所长，在“四库全书馆”安排了相应的职务，并都成为《四库全书》纂修中的骨干力量。由于他们的辛勤劳动，使得《四库全书》在各方面都达到了较高的学术水平。
《四库全书》纂修中的书籍来源极为广泛，大致可分为政府固有藏书和各省所进遗书两大项。政府固有藏书包括自清初以来臣下遵照皇帝敕旨编修的敕撰本、内廷各藏书机构原藏的内府本和《永乐大典》中所辑的各种佚书；各省所进遗书包括各省督抚在此次求书中或从市场购买，或向藏书家借钞，送馆备用的各省采进本，各地藏书家因皇帝求书上谕曾经提及而不得不将家藏秘书献出的私人进献本，以及采自当时社会上流行的通行本。
面对这些来源不同、版本不同而又为数浩繁的书籍，《四库全书》显然不能不予区别地悉加收录。为此，乾隆三十八年五月规定：“所有进到各遗书，并交总裁等同《永乐大典》内现有各种详加校勘，分别刊、抄，择其中罕见之书，有益于世道人心者，寿之枣梨，以广流传；馀则选派誊录，汇缮成编，陈之册府；其中有俚浅伪谬者，止存书名，汇为《总目》，以彰右文之盛。”
根据这些原则，在遗书到馆之日，便对每一种书籍之不同版本进行校勘，并就其作者、成书年代、内容异同、版本优劣进行考证，将考证成果以另纸粘于该书每卷之末。同时，还仿汉朝刘向、刘歆校书之旧例，为每书撰写提要一篇，于其中叙作者之时代、爵里、本人事迹以及内容得失，并根据该书之价值，预拟出应刻、应抄、应存目三种意见，一并交总纂官审定修改；此后再由总裁官奏闻，候旨决定。经皇帝同意后，其中价值寻常，或内容有与儒家经典相悖谬者仅入《四库全书总目》；其他应刊、应抄的两种书籍皆交缮书处，组织人员按既定规格进行抄录，录入《四库全书》。其中价值较高、世间罕传者，除缮写外，还由武英殿修书处以《武英殿聚珍版丛书》为名刊印行世，以广流传。
四库全书馆开馆之初，根据皇帝旨意，所编书籍不过是《四库全书》和《四库全书总目》二种，然而，随着修书计划愈益庞大，增纂书籍越来越多。于是决定增纂《四库全书荟要》，于《四库全书》中“撷其精华，缮为《荟要》”，两书互相补充，并行于世。该书于乾隆四十三年首先告成，共抄两部。乾隆三十九年，皇帝又决定编修《四库全书简明目录》：“篇目不繁而检查较易，俾学者由书目而寻提要，由提要而得全书，嘉与海内之士，考镜源流。”于乾隆四十七年成书，为学者了解十八世纪以前各种主要著述的大致情况提供了方便。
乾隆四十一年九月，皇帝又特命将“所有诸书校订各签，并著该总裁等另为编次，与《总目提要》一体付聚珍版排列流传”，该书遂以《四库全书考证》为名行世。全书一百卷，对于学者校订各种古籍，有着一定的参考价值。
始修《四库全书》时，谕令将《四库全书》抄录四套，分别庋藏于紫禁城、圆明园、热河避暑山庄和盛京故宫四处。随着《四库全书》纂修活动的全面开展，为满足社会需要，乾隆四十二年八月，皇帝决定另缮一套副本贮于翰林院，“既可备耽书之人入署就阅，而传布词林，亦为玉堂增一佳话”。乾隆四十七年七月，在北四阁四套《四库全书》陆续告竣之时，皇帝以江浙为“人文渊薮”之地，为了方便当地士子“就近观摩誊录”，又命再行缮写三套《四库全书》，分贮于扬州、镇江和杭州三地。因而扩大了《四库全书》的影响面，使其成为西汉以来政府组织的历次文化活动中最有意义的一次文化活动。（35）
值得注意的是，《四库全书》对涉及西学的书籍收录颇丰，选取原则主要取决于其实用性，并增广博异闻之效。《四库全书总目》卷首凡例中写道：“外国之作，前史罕载，然既归王化，即属外臣，不必分疆绝界。”（36）其中包括有艾儒略《职方外纪》，南怀仁《坤舆图说》，徐日升与德理格合著的《律吕正义续编》，徐光启《农政全书》，熊三拔《泰西水法》，《表度说》，《简平仪说》，利玛窦《乾坤体义》，阳玛诺《天问略》，利玛窦口译徐光启笔录《测量异同》、《测量法义》、《勾股义》、《几何原本》，龙华民，汤若望等多人编撰《新法算书》，戴进贤、刘松龄等多人著成的《御定仪象考成》，戴进贤、徐懋德及明安图等人所著《御定历象考成后编》，利玛窦口授李之藻撰《圜容较义》、《同文算指》，李之藻撰《浑盖通宪图说》，穆尼阁、薛凤《天步真原》、《天学会通》，邓玉函《奇器图说》，王征《诸器图说》等二十三种。
除了《四库全书》外，在《四库全书存目》里也收录了其他一些西方著作。比较而言，前者所收多为科学性质的书籍，如天文地理，数学测量等，后者则主要是宗教性书籍，如《七克》讲天主教的七宗原罪，《天主实义》、《二十五言》、《辨学遗牍》、《畸人十篇》、《灵言蠡勺》、《空际格致》、《寰有铨》等，均是宗教理论及神学方面的图书，明显地看出，清朝官方的态度是肯定西方的科学，反对西方的宗教。
《四库全书》编纂时期，正是清廷禁教之时，对天主教书籍以存目方式介绍的同时，也进行了严厉的批驳。《四库全书总目》批驳利玛窦《辨学遗牍》说：“利玛窦力排释氏，故学佛者起而相争，利玛窦又反唇相诘，各持一悠谬荒唐之说，以校胜负于不可究诘之地。不知佛教可辟，非天主教所可辟；天主教可辟，又非佛教所可辟，均所谓同浴而讥裸裎耳。”（37）又批驳《二十五言》说：“西洋人之入中国，自利玛窦始，西洋教法传中国，亦自此二十五条始，大旨多剽窃释氏，而文词尤拙。盖西方之教，唯有佛书，欧逻巴人取其意而变幻之，犹未能甚离其本。厥后既入中国，习见儒书，则因缘假借以文其说，乃渐至蔓延支离，不可究结，自以为超出三教上矣。附存其目，庶可知彼教之初，所见不过如是也。”（38）对李之藻编《天学初函》评论道：“西学所长在于测算，其短则在于崇奉天主以炫感人心。所谓自天地之大以至蠕动之细，无一非天主所手造，悠谬姑不深辨，即欲人舍其父母而以天主为至亲，后其君长而以传天主之教者执国命，悖乱纲常，莫斯为甚，岂可行于中国者哉！”（39）甚至在对自然界的认识上，均不认同西学，四库总目评《空际格致》云：“西法以火气水土为四大元行，而以中国五行兼用金木为非。……欲以强词夺之，乌可得乎？适成其妄而已矣。”（40）清廷在社会上禁止基督教的传播，在学术上对其教义、道理也作出多方面的批评，同时，对传教士传入的科学知识也越发采取批驳和抵触的态度。
清朝虽然否定西学根本上的合理性，但认为西方某些科学知识却甚为可取，尤其是对有利于国计民生的实用性科学多加以肯定。四库总目评利玛窦《乾坤体义》云：“是书上卷皆言天象，以人居寒暖为五带，与周髀七衡说略同。以七政恒星天为九重，与楚辞天问同。以水火土气为四大元行，则与佛经同。至以日、月、地影三者定薄蚀，以七曜地体为比例倍数，日月星出入有映蒙，则皆前人所未发。其多方罕譬，亦复委曲详明。下卷皆言算术，以边线、面积、平圆、椭圆互相容较，亦足以补古方田少广之所未及。虽篇帙无多，而其言皆验诸实测，其法皆具得变通，可谓词简而义赅者。”（41）在�