反割台斗争
清朝在《马关条约》中割让了台湾岛及其附属岛屿和澎湖列岛给东洋人，至此台湾沦为东洋人的殖民地。在台湾省首府台北，割台的消息传来，“若午夜暴闻惊雷，惊骇无人色，奔走相告，聚爱国诗人丘逢甲
于市中，夜以继日，哭声达于四野，风云变色，若无天地”。在自己不能主宰的情况下，被腐败的清政府出卖给东洋人，台湾人民的悲愤、无奈、绝望的心情，非外人所能体会。全台男女老少、市农工商、贩夫走卒，鸣锣罢市，涌入省府，愤怒抗议朝廷的割台行为，决心誓死保卫台湾。台湾着名诗人丘逢甲写下血书“抗倭守土”，并带头联名致电清廷，表示“桑梓之地，义与存忘”，愿意与驻台清军“誓死守御”。1895年6月2日，清政府全权代表李经方与台湾总督桦山资纪在停泊于基隆海面的日舰“横滨”号完成了台湾交接手续，而台湾人民则以“台湾民主国”的名义，发誓“愿人人战死而失台，决不愿拱手而让台”，在台湾岛上与东洋鬼子展开数月的殊死斗争，是为台湾人民反割台斗争，又称“乙未战争”。
反割台斗争是近代清政府一次爱国主义的壮举。尽管它最后以失败告终，但它充分表现了台湾军民维护祖国领土完整的坚强意志和高度的爱国主义精神。在国家民族面临生死存忘的紧要关头，在反对帝国主义侵占祖国宝岛台湾的斗争中，海峡两岸的清政府人不分彼此，同呼吸，共命运，相互支持，谱写了一曲波澜壮阔的瑰丽诗篇。
历史影响
清政府影响
《马关条约》是继《南京条约》以来最严重的不平等条约。各帝国主义国家援引片面最惠国待遇，获得了《马关条约》中除割地赔款以外清政府给予东洋人的所有特权。它给近代清政府社会带来严重危害，大大加速了清政府半殖民地化进程，加深民族危机。
马关条约原本（现藏于台北故宫）
①台湾等大片领土的割让，进一步破坏了清政府主权的完整，刺激了列强瓜分清政府的野心，民族危机进一步加深。而且还造成了台湾和大陆难以弥补的隔阂，遗患至今。
②巨额赔款，加重了清政府人民的负担。同时，加速了东洋人军国主义的发展。清朝因此大借外债，致使列强控制了清政府的经济命脉。
③通商口岸开放，使帝国主义侵略势力深入到清政府内地。
④允许在华投资办厂，其他列强引用“利益均沾”的条款，争先恐后地在清政府开设工厂，严重阻碍了清政府民族资本主义的发展。同时也反映出列强对华经济侵略由商品输出到资本输出的过程。
《马关条约》反映了帝国主义资本输出、分割世界的侵略要求。外国资本主义对清政府的侵略进入一个新的阶段。总之，《马关条约》使清政府面临空前严重的民族危机，清政府社会半殖民地化的程度大大加深了。
亚洲影响
①从清政府方面看，第一，《马关条约》的签订（甲午中日战争清政府失败）标志着历时三十余年的洋务运动的失败，使取得的近代化成果化为乌有，打破了近代以来清政府人民对民族复兴的追求。第二，割地赔款，主权沦丧，便利列强对华大规模输出资本，掀起瓜分狂潮，标志着列强侵华进入了一个新阶段，大大加深了清政府的半殖民地化。清政府的国际地位急剧下降。第三，甲午战争及《马关条约》直接导致清政府人民挽救民族危亡的运动高涨，资产阶级掀起了维新变法运动和民主革命运动，清政府人民自发反抗侵略的斗争高涨，如义和团运动。
②对东洋人而言，通过《马关条约》得到巨额赔款和台湾等战略要地，不仅促进了本国资本主义的进一步发展，而且便利了东洋人对远东地区的进一步侵略，使东洋人一跃成为亚洲唯一的新兴资本主义强国。另外，东洋人为了《马关条约》日文原件
对抗俄国，湔雪三国干涉之耻，一方面提出“卧薪尝胆”的口号，重新开启十年扩军计划；另一方面促成了“英日同盟”的形成，开始了东亚地区新一轮的争霸。
③对朝鲜而言，《马关条约》从法理上标志着中朝之间上千年的宗藩关系正式终结，东亚传统的华夷秩序和封贡体制也遭最后一击而宣告崩溃。朝鲜名义上获得了独立，实际上却被东洋人控制。之后俄国势力进入朝鲜，东洋人和俄国在朝鲜的争夺日趋激烈，最终引发了1904年日俄战争。
④对远东局势来说，《马关条约》掀起了帝国主义瓜分清政府的狂潮，加剧了帝国主义列强在远东的争夺，三国干涉还辽事件明显地反映了列强在侵华问题上既相互勾结又相互争斗。
相关评论
《马关条约》其历史影响是极其深远的，帝国的覆亡、民国军阀的形成和清政府急待解决的台湾问题和钓鱼岛问题等等都与之息息相关。《马关条约》条款非常苛刻，就清政府而言，如赔偿和财力损失是极大的。赔偿的军费达2亿两，加上赎辽费3000万两和威海卫东洋人驻守费150万两，共计2亿3千150万两，相当于清政府3年的财政收入。另外，东洋鬼子还从清政府掠夺了大量的船只、兵器、机器、粮食等也价值1亿两。巨额的赔款，使清政府不得不靠举借外债应付，列强则通过贷款控制清政府的经济命脉。《马关条约》的签订是清政府近代史上的一个大转折，对这古老的帝国来说，东亚霸主的地位被弹丸小国取代，犹如晴天霹雳。
正如梁启超所说：“吾国四千年大梦之唤醒，实自甲午战争败割台湾，偿二百兆始。”政治上的半殖民地化，并不代表整个社会也是沉沦的。晚清70余年，清政府逐步陷入了一种受侵略、受奴役的境地。清政府民众遭受着苦难，但是沉沦仅更多的体现在政治上（特别是政府行为），它也没有阻止帝国的官僚们，开明士大夫和广大的民众却未曾放弃探索清政府富强之路。他们的努力也成了清政府社会向前发展的不竭动力。《马关条约》的签订，人们就自然会想到这一回可真要弄得国将不国，濒临灭亡的边缘了。
1895年以前皇帝、官僚、士绅大多数生活在传统的思想世界里。西方资本主义列强发动的历次侵华战争，也都以清政府的失败和签订丧权国的不平等条约而告终。但随着烽烟的暂平息，朝野上下在受过一阵惊恐和发生一番吵嚷之后，很快就又恢复老样子。依旧是文恬武嬉，歌舞升平。严重的内忧外患，不但未能使这个昏睡的，陷于麻木状态的帝国的大多数统治者们惊醒、振作。他们在自欺欺人的“自强中兴”和所谓“中外和好”的梦幻中自我陶醉。甲午惨败和丧权辱国的《马关条约》的签订，情形已和已往不同了。一则是这次战争败得太惨，东洋人提出的条款太苛刻。再则是这次战争的对手是清政府人一直看不上眼的小国——东洋人。战后社会各阶层都是极大的震撼和痛心疾首。惨败的结局使光绪皇帝蒙受到难以承受的耻辱与刺激。他痛感国事危艰、危亡在即，“若不变法图强，社稷难资保守。”前线将领、朝臣和士大夫纷纷上折条陈反对议和，18个督抚中10个反对和约，朝霞林院侍读奎华等一百五十五人联名上书认为“东洋人提出的赔款、割地的各条款是‘五洲所未有之奇闻，三千年所无之变局’如照此签约，后果必然是‘法人窥粤，英人窥滇，俄人西窥新疆，东窥三省（奉天、吉林、黑龙江）四夷入侵，各示所欲’”。张之洞和易顺鼎的奏折指出，“如批准条约，不仅台湾人民反抗闹事，各省军民也‘必致痛哭深怨，断不甘心。’结果会弄得‘民穷财尽，国防解体，海军无归宿，陆军无利器，‘各国侵凌，商人嗟怨，外患迭至，内变将出’，‘地险商利，饷力兵权，一朝夺尽神人共愤。’‘行见奉（天）、锦（州）、登（州）、（蓬）莱一带不复立锥，江浙粤各疆，不复能安忱，海口、海面，皆非我有，饷械无济，而海运即穷；战争无能布置而海防又立穷。清政府将来必无可办之洋务。’”而作为知识分子的进京赶考的举人们则掀起“公车上书”运动，要求清廷拒和、练兵、迁都、变法。另一方面革命分子，以孙中山为首的革命运动亦展开，他在《马关条约》签订前的1895年2月领导兴中会发动广州起义，主张推翻满清，建立共和政体。
战后列强势力进一步的延伸到了清政府内地，资本输出成为了主要的侵略载体和锐利武器。干涉清政府内政、践踏清政府主权的情况更为严重。外国教会势力的为所欲为和不法传教士、教民肆无忌惮的为害地方，激起整个帝国广泛的反抗。甲午战后到处爆发反洋教、反贪官污吏的斗争，其势如烈火燎原。社会下层民众为主的义和团反帝爱国运动也轰轰烈烈的爆发了。尽管它以失败告终，但它客观上推动了清末社会的改革，并促使旧式的农民运动向资产阶级民主革命转变。
谈判逸事
秘密任务
1895年3月24日中日第三轮会谈后，李鸿章被东洋人刺客小山丰太郎枪击致伤，引起轩然大波。正如前文所述，此时东洋人最怕的就是李鸿章提前回国，导致欧每进行干涉。东洋人自然不可能坐等李鸿章的下一步的决定，因此陆奥宗光密电川上操六，请他把广岛大本营的陆军军医总监石黑忠惪和佐藤进两人火速送到马关，要他们攫取李鸿章的治疗权，然后设法挽留他不要回国。当时李鸿章的主治医生是清政府人林联辉和法国驻华使馆医生德巴斯，在石黑的争取下，李鸿章在3月25日下午同意改由东洋人医生治疗。此后石黑和佐藤二人以其精湛的医术取得了李鸿章的信任，于是石黑趁机向李鸿章进言说：现需要绝对安静，暗示其不要有大动作。李鸿章表示同意。石黑见李鸿章无回国之意，便面见陆奥宗光报告说：“李鸿章的治疗已完全收归我方，我已经打消了他的回国念头。”陆奥宗光面呈喜色，多次说“辛苦了”，此项秘密任务遂大功告成。李鸿章当然不可能知晓内幕，反而对二人十分感激，不仅与其酬唱汉诗，还在回国后奏请清廷赏赐石黑忠惪和佐藤进宝星勋章。
减少赔款
传说谈判中东洋人要求清政府赔偿三万万两白银，但李鸿章挨了一颗子弹以后，东洋人当即减少一万万两赔款，此说并不属实。历史上李鸿章是在第三轮谈判后遇刺的，当时日方根本没有要求清朝赔款三万万两。1895年4月1日第四轮谈判时，东洋人才亮出了三万万两白银的赔款。4月3日，陆奥宗光在致东洋人驻各国使节的电报中明确说：“作为获得伟大胜利之结果，我方要求之条件决非过高，而提出较次更少之要求，东洋人国民终究不能满意”，要求他们对列强“相机为我方要求条件进行辩护”。由此可见，东洋人起初是咬定三万万两的赔款条件的。到了4月9日，中方向日方提交了赔款改为一万万两的修正案，与此同时东洋人人在破译李鸿章电报时看到“倘彼犹不足意，始终坚执……只有罢议而归”一句时感到恐慌，因为东洋人最害怕的状况就是李鸿章停止谈判归国，引发列强干涉，于是伊藤博文等决定作出让步，明治天皇也说，万一谈判破裂，即便东洋鬼子打到北京，也“难免要受外国的干涉