湘军从南向北朝杭州推进，宁波清军则从东向西逼近杭州。他们攻破绍兴城外的太平军军营。城内百姓与清军约定内应。
3月16日夜晚，绍兴城内的百姓举火为号，火光一起，清军便开始攻城，太平军开门撤走。
3月17日，宁波清军进占绍兴。
法国兵参与了对绍兴的进攻。他们的炮队统带莫德里在战斗中被太平军击毙。法方司令官命令德克碑接任统带。德克碑要在浙江增募一千兵力，左宗棠不予批准。德克碑又要绍兴士民拿出巨资犒劳部队。左宗棠干脆知会法国公使，要他另派统带，取代德克碑。
德克碑见左宗棠既不许他招兵，又不许他要钱，便跑到严州大营闹事。左宗棠碍于外交礼节，请他入帐相见。德克碑挺胸昂头，要与左宗棠行脱帽握手礼。左宗棠对他说：“巡抚是朝廷的二品大员，你现在是中国军官，应该按中国的礼节觐见。”接着，左宗棠告诉他，他向百姓强要犒赏，有损法国的尊严。德克碑理屈，听凭左宗棠教训了一通。
德克碑承认做了错事，表示愿为巡抚大人效力。左宗棠怕他过后不认账，令他写下保证书，一式二份，存档备查。
第二天，德克碑再次入营求见，改穿了中国衣冠，将连鬓胡须也剃掉了。左宗棠反而上前，与他行了脱帽握手礼。左宗棠命他率部扼守萧山，战后将按章支放银饷，予以裁撤。
3月18日，湘军又有进展，魏喻义和杨政谟率部攻占诸暨以西的桐庐。在湘军和宁波清军的逼迫下，杭州近边的太平军大为震动，新城和萧山的太平军弃城撤走。
宁波清军稳步跟进，于3月20日进占萧山。
杭州周边的军事态势，对湘军大为有利。刘典的部队追赶太平军到达富阳城外，屏蔽了杭州的西南方。蒋益澧的部队从临浦、和义桥和萧山向前推进，屏蔽了杭州以南。湘军距离杭州只有几十里的路程了。
1863年，同治二年（7）
左宗棠算定杭州城的太平军已孤立无援，难于防守，担心太平军奔向江西和安徽南部，袭击腹地。他派刘典率领五千人去防守徽州，巩固皖南的防御。左宗棠担心刘典筹措军饷有困难，便交给他一些空白的文件，让他方便使用。
左宗棠又把在湖南新募的勇丁留在广信扼守江西东部边界，派刘培元率部前往三省交界处的马金，与王德榜部会师，听候调遣。
左宗棠留下攻打杭州的主力，是蒋益澧的部队。蒋益澧率领一万兵力攻打富阳，企图力拔杭州西南的太平军据点。
富阳北靠山峦，南对富春江，西接七里泷，东靠钱塘江，是一个易守难攻的据点。湘军攻占桐庐以后，防守杭州的太平军非常紧张，调动全部兵力到富阳阻击湘军北进。
3月24日，湘军水师将领杨政谟率部从桐庐向富春江下游攻击，烧毁太平军的几百艘战船。魏喻义率陆师随后北进，与蒋益澧部会师富阳。水师驻扎在南岸，陆师驻扎新桥，占据田垅，与太平军隔江对峙。
太平军不想让湘军扎稳脚跟，于4月11日出动主力反攻，熊建益率部迎战，驰马陷阵。太平军中了埋伏，下令撤退。高连升率部跟踪，被太平军抄了后路，大步退却。张志功和王宗元跃马驰援，王宗元中枪身亡，张志功多处受伤。高连升部苦战许久，方才脱身收兵。
湘军在富阳城下没有进展，在安徽南部却有收获。王文瑞的部队在祁门打败太平军，刘典的部队会同江西的湘军攻克了黟县。
左宗棠分兵前往江西和安徽时，没料到杭州的太平军还会得到有力的增援。4月中下旬，陈炳文率领苏州和常州的太平军，邓光明率领杭州与嘉兴的太平军，出兵临安，攻打新城，企图抄袭富阳湘军的后路。魏喻义从新城领兵迎战，被太平军击败。太平军包围了新城。左宗棠连忙从严州派兵，会同蒋益澧部前往增援。
5月中旬，蒋益澧率领高连升部驻扎新城以南，熊建益率部返回新桥驻守。太平军趁着湘军调防的间隙攻击新桥，熊建益部及时赶到，将太平军击退，一直追逼到太平军的壁垒之下，被太平军开枪击毙。
湘军连折战将，攻击不顺。多亏杨政谟出兵奇袭，才扭转艰难的局面。
杨政谟见太平军向新城集结兵力，料定杭州城内兵力空虚，率领水师烧毁太平军战船，直捣杭州望江门的太平军壁垒，一举攻破。太平军大为惊慌，陈炳文连忙把增援富阳的各路部队撤回杭州。
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清廷在上年年底命令曾国藩和安徽巡抚唐训方调兵驻守寿州与正阳关，但两个月过后，湘军仍未开到。不过，由于有了清廷的这道谕旨，苗沛霖慑于湘军的声威，也不敢马上作乱。
僧格林沁在涡河的夏张桥斩杀捻军首领杨兴太以后，命令苗沛霖派兵攻打谷家圩。苗沛霖三心二意，向他报告说，大批太平军向长江沿岸杀来，淮河防御吃紧，请示向何处进军。
僧格林沁自然能看穿他的心思，责成他专力攻打捻军，严格约束部队，从事农业生产。僧格林沁还敲打他，说长江与淮河的防御，自有总督与巡抚负责，不用他来操心。这些话打击了苗沛霖的野心，使他无法打着官府的旗号来扩展地盘。
2月下旬，清廷罢免直隶总督文煜，任命刘长佑为直隶总督。遮克敦布被清廷免职，由副都统成保取代。
山东的文贤教起义军、幅军和棍军都联合起来，在兖东起义。
与此同时，僧格林沁的部队攻克雉河集，抓获捻军首领张乐行和姜台凌等人，处以死刑。
张乐行是捻军最大的头领，他死后，侄儿张宗禹率部与陈大喜（三点水加一个喜）部会合，在捻军中有“小阎王”之称。
对于张乐行的死，苗沛霖和李世忠都感到震撼。两人分别做出了不同的反应。
李世忠动了退隐的念头。为他撑腰的胜保被抓到了京城，他便请曾国藩上奏清廷，说他愿意用自己的官位来赎救胜保。清廷见李世忠玩这种有失体统的把戏，下了一道严旨，加以斥责。
李世忠虽有意退隐，仍然舍不得放弃既得的利益。他的部将杨玉珍，控制了西坝的所有栈盐，在高良涧设卡，苛收盐税，军民都很愤慨。唐训方派族叔李衔华去劝阻，李世忠不听，唐训方便上疏弹劾李世忠。李世忠照样垄断不误。
1863年，同治二年（8）
李世忠还继续与苗沛霖争夺利益。他们的部属争夺盐船，在洪泽湖开战。李世忠派遣将领到高良涧助战，又担心苗沛霖攻击他设的关卡，领兵驻扎北边的五河。
天京的太平军于3月下旬渡到江北，攻克了李世忠在九洑洲、江浦、浦口和桥林的左右营垒。李世忠不想离开五河，也不领兵去救，主动请求罢官离营。曾国藩上了一道密疏为他求情，清廷撤掉他的帮办职务和勇号，不予罢官，令他仍然坚守滁州与六合。
苗沛霖却在玩着另一套把戏。他自从声称投靠清廷以后，表面上宣布解散团练，让勇丁们回家务农，暗中却将部队隐藏在涡河南北，蚕食百姓的圩寨，增葺怀远城，添加兵力驻防。巡抚的粮船在涡河上往来，便会被他扣留。
苗沛霖的机会也在3月下旬到来。由于太平军和莘县的捻军又渡过漳河，攻打大名，代理提督宝山和成保都因畏葸避战而被清廷罢免。僧格林沁移师山东，抵达济南以东的淄川，攻打起义军。又分出骑兵，派恒龄率领，协助防守大名。
漕运总督吴棠派部队攻打捻军，沂州、兖州、亳州和汝州的捻军合并在一起，南奔麻城、蕲州和黄州。
苗沛霖趁着僧格林沁的部队离开安徽，煽动和胁迫各个圩寨，指责僧格林沁杀死投降的捻军首领姜太凌是不义之举。他说，人家向你投降了，还被你杀害，谁还愿意投降呢？
苗沛霖以此为理由，发兵攻打寿州，捣毁正阳关卡，抢夺民船，从怀远东袭蚌埠，并在蚌埠驻兵。又派兵向西北方推进，把按察使马新贻包围在蒙城。同时从寿州出兵，攻占颍上，杀死知县濮炜。
苗沛霖的此举，立刻导致连锁反应，捻军各部势力迅速扩张。
僧格林沁正在攻打淄川，还未得手，清廷屡次催促他攻击苗沛霖的团练，他无法马上起程，只派了一千人南下增援。他对自己的影响非常自信，以为苗沛霖看在他的面子上，还会归顺清廷。他还想争取清廷让他腾出手来以后再去安抚苗沛霖，不过苗沛霖再也不给他机会了。
4月下旬，凤台知县蔡锷到下蔡劝说苗沛霖投降，被苗沛霖的团练杀害，弃尸于河水之中。苗沛霖增兵防守正阳关，命令藩垲占据三河尖，出兵攻打六安。于是寿州、颍州与霍邱的形势，顿时紧张起来。而舒城和六安一带，又开来大批太平军，与苗沛霖的团练联合起来。苗沛霖号称拥有百万兵力，派人去劝说李世忠，要用正阳关和怀远跟他交换五河。
李世忠不愿跟苗沛霖做交易，向他的使者讲了一番做人的大道理。苗沛霖便联合太平军和捻军，从六安向东北方长驱直进，攻打定远和凤阳，威胁到李世忠的地盘。
僧格林沁的部队攻克了淄川，南下邹县，攻击白莲池的文贤教起义军。山东的起义军攻击直隶的深州，袭击广平，刘长佑亲自率部从衡水抗击，起义军返回山东。僧格林沁派苏克金的部队在平原击败起义军，起义军分为五旗，袭击京畿以南。刘长佑又率部在曲周将起义军击败，起义军首领杨鹏岭投降，部众一千人解散。
5月下旬，唐训方命令秦荣与克蒙额增援凤阳，苗沛霖等各路部队一起返回定远。欧阳胜美率部从庐州赶来增援，苗沛霖等部南下。
蒋凝学率部增援寿州，轻敌冒进，作战受挫，撤退到九里沟驻扎，然后攻打牛尾冈，攻破三座壁垒。毛有铭率部赶到，两军一起扎营。颍州知府英翰只能遥为声援而已。
苗沛霖联合捻军从六安攻打定远，欧阳胜美从庐州赶来增援，捻军南撤。
曾国藩必须兼顾安徽西部和东部。他派遣成大吉转移到三河尖扎营，又令周宽世部转移到六安扎营，为蒋凝学声援。颍州知府英翰领兵攻克了穆圩、张圩和蔡圩。
安徽东部的湘军攻克了巢县、和州与含山，太平军渡到长江以南，天长与六合平静下来。
清廷命令刘长佑掌管直隶、山东与河南三省边界对起义军的作战。济南以西的东昌到处都是起义军的根据地，山东巡抚安坐省城，不闻不问。刘长佑便派直隶臬司王榕吉领兵赶赴东昌作战。
李朝斌和江福山率领太湖水师顺流东下，于6月下旬和其他湘军部队一起攻克浦口与江浦，曾国藩调萧庆衍的部队前去驻防，从此浦口与江浦不再由李世忠的部队戍守。 。。
1863年，同治二年（9）
李世忠发誓要守住五河，抗拒苗沛霖的进攻。苗沛霖加紧对蒙城的围攻，各路捻军协助他作战，涡河南北沿岸，都属于苗沛霖团练和捻军的势力范围，蒙城和亳州之间断绝了音信。
临淮一带，军粮匮乏，唐训方身为巡抚，主食只能吃到半菽半米，与士卒同甘共苦。
捻军首领苏老梦和相盘等人率部袭击河南东北角上的永城，西攻安徽亳州，程四坎等人的起义军则攻击河南东部的固始。
清廷下诏，令李世忠到陈州募集大米，令吴棠从清淮运粮到临淮接济。唐训方得到报告，说�