在葡萄牙，贵族和上层都倾向于与西班牙联合，因为此时摩洛哥因为释放战俘向葡萄牙索取了大笔的赎金，选择菲利普二世，就是选择了一位大富豪。和西班牙的联合还意味着西、葡的两国边界开放，葡萄牙和东方以及巴西的贸易可以得到西班牙强大舰队的保护。有些人甚至想到可以到为西班牙生产白银的中美洲去发一笔横财。但是手工匠人、渔民和城市平民公开拥护独立，因为他们对贵族不满。
菲利普二世的首相很早就觊觎葡萄牙的王位了，从他进入菲利普二世的宫廷，他就一直不断地向菲利普二世进言联合王位的重要性。此时，菲利普二世更加咄咄逼人，他在两国边境派驻了重兵，密切关注葡萄牙国内局势的演变。
恩里克国王为了避免将来诉诸武力，费尽心力强迫未来的继承人服从他的选择，邀请争夺王位的继承人的代表维护自己的权利。但是菲利普二世拒绝宣誓，认为他的地位无可争议。恩里克国王和西班牙国王之间举行了秘密的谈判。但是在表面上，恩里克还是在1579年支持召开议会，决定由教会、贵族和平民各选出10名代言人，在议会上阐述王位应该属于谁。
就在议会开会的时候，恩里克国王去世了。他的遗嘱中没有提到由谁来继承王位。5位总督临时代管政权。而其中的几位已经被菲利普二世收买了。
此时，屯集在葡萄牙边境的西班牙军队按兵不动，菲利普二世不想给葡萄牙人民留下入侵的印象。但是，另一位继承人的鲁莽举动却让这位西班牙雄狮顿时跃起。
克拉土修道院院长安东尼奥获得了民众支持。在1580年6月，瓜尔达主教在布讲词中提到他，称他是王国的保护者，就在这个群情激动的时刻，有人把手帕系在宝剑上，宣布拥护他为葡萄牙国王。几天之后，他回到里斯本，贵族们纷纷逃跑了。五大臣正在锡图巴尔，他们听到这个消息后立刻离开了这里，星夜乘船来到了埃亚蒙特。在西班牙军队的保护下，在卡斯特罗马林签署了宣布菲利普二世为葡萄牙合法国王的文件，并宣布安东尼奥为叛徒。
西班牙军队越过国境进入葡萄牙，他们没有遇到任何抵抗。安东尼奥想集结兵力反抗，但是很少有人响应他。他只好将黑奴编入部队，在里斯本附近和西班牙军队展开战斗，结果惨败。在亚速尔群岛，他的手下大将兵败被俘，西班牙侯爵残酷地将他脑袋击碎，扔到海里。失败的安东尼奥不得不离开葡萄牙，寻求法国和英国的支持。为了央求英国出兵，安东尼奥不惜向英国割让巴西。
菲利普二世来到葡萄牙。1581年4月在托马尔召开的议会上，他被拥立为葡萄牙国王。在这次会议上，他公布了他和前国王恩里克密谈时确立的纲领。他保证葡萄牙议会只在葡萄牙的领土上召开，保证一切旧的地方固有的法权、自由、法律不受侵犯。所有总督、省长以及其他重要的高级官员，除从王室提出的以外都应当是葡萄牙人。教会中高级人员的任用也是这样。葡萄牙和西班牙的殖民地应该各自分开，由各自的官员统治。两种币制应当分别存在。和葡萄牙有关的法律案件都不应转离本国去审判。无论菲利普二世在哪里，都要有一个由6名葡萄牙人组成的参议会帮助他处理葡萄牙的事务。菲利普二世保证，两国的关系不过是同一个国王而已。
兼并（5）
正如后来的学者指出的，有两条最重要的内容菲利普二世没有列入，那就是没有保证禁止用葡萄牙的税收支付西班牙的费用，没有保证西班牙不会抽调葡萄牙的陆军和海军力量为西班牙服务。正是这两条后来成为西班牙破坏全部条文的主要方面。
葡萄牙在哈布斯堡王朝统治下的60年从此开始了。
4。世界历史上的第一个日不落帝国。
虽然在名义上是兄弟王国，但逐步地，葡萄牙沦为一个被征服的省份。就两国关系的实际发展来看，从1580年到1620年的这一段时期，葡萄牙政治安定，经济状况得到一定改善，马德里多次负担了东方贸易中的海军护航的费用，新建了一些教堂。但是到了1620年的时候，随着西班牙美洲银矿的枯竭和长期的战争损耗了西班牙的财力。西班牙开始对葡萄牙加重税收。从这个时候开始，葡萄牙人就不断起义反抗西班牙暴政。直到1640年，葡萄牙重新独立。
在继承葡萄牙王位的那段时间里，菲利普二世仔细观察和了解了葡萄牙的概貌。在里斯本的王宫，他看见了浩瀚的大西洋，他心里很清楚，他继承的葡萄牙已经将他带入了一个全新的世界，以往的地中海世界此时已经平静了许多。他前一段岁月征战的中心，包括世界的中心，也要从这里揭开一个全新的场景。
兼并了葡萄牙，他面对的是世界上任何一个前辈统治者都没有统治过的辽阔地域，这个帝国从亚洲的香料群岛、菲律宾群岛、印度，到非洲的海岸和许多腹地，还有整个美洲，《托尔德西拉斯条约》所划的界限已经弥合了，两个国家将近100年在东西两个世界的开拓，今天已经全部在一个人的统治之下，比起领有欧洲绝大部分疆土的父皇查理五世，他更荣耀地成为世界的主人。这是世界历史上从未有过的一个日不落大帝国。
菲利普二世还有什么不能征服呢？他的审慎、勤政和耐心把西班牙带入了黄金时代，但是，这个时代将会随他而去吗？
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衰落（1）
在和欧洲的新兴国家英国、法国、荷兰的不断战争中，西班牙作为欧洲最强盛的军事大国在不断衰落，这种衰落一方面是由于对手实力的增强而相对处于劣势；另一方面，西班牙僵化的经济从一开始就为这种衰落埋下了隐患。
1。菲利普二世与英国的恩怨情仇。
面对大西洋对面的英国，菲利普二世遭遇了平生未有的奇耻大辱。
身处西班牙这个狂热的天主教气氛中，菲利普二世的治国方略，包括对外政策、宗教都是一个重要的因素。而西班牙本国的天主教狂热，在1580年以后改变了西班牙的方向，菲利普二世谨慎的治国风格，也变得越来越气势逼人，充满了蛮横的帝国色彩。
僵硬、固执、狂热的宗教立场，使菲利普二世对正在兴起的新教国家采取了彻底敌视的态度。1566年，在天主教西班牙的压制下，西班牙帝国的富庶之地尼德兰爆发起义。这次起义把西班牙拖进了尼德兰的战争泥潭。也是因为宗教，欧洲的新教国家和天主教国家间又爆发了30年战争，西班牙这个巨人在不断的战争中被消耗了，它不仅要与自己的宿敌法国勾心斗角，更不得不面对新教的荷兰和英国咄咄逼人的商业实力和军事进攻。
菲利普二世的敌人首先是英国，菲利普二世与它恩怨胶结了许多年，从爱恨交加转为杀气腾腾。
早在1533年，英格兰国王亨利八世向罗马教皇请求解除他与西班牙公主凯瑟琳的婚约，准备与情人安妮·博琳结婚。凯瑟琳是伊萨贝尔女王的幼女，是查理五世皇帝的小姨。她与亨利八世生下了玛丽·都铎。这场婚姻之战导致了亨利八世与罗马教廷决裂。他宣布自己是英国教会的领袖，对全体英国教士拥有绝对的控制权。1536年，亨利八世开始解散和封闭天主教会的修道院，将教会产业据为己有。
亨利八世先后娶过6个妻子，留下3个王位继承人：玛丽·都铎，伊利莎白公主，还有幼子爱德华。按照他的旨意，儿子首先继承王位，如果儿子没有后嗣，则由玛丽继承，伊利莎白是第三继承人。1547年，年仅9岁的儿子爱德华六世继承了他的王位，6年后去世。
1553年，玛丽·都铎作为第二继承人登上王位，成为英王玛丽一世。信仰天主教的玛丽力图使英格兰重返罗马天主教会。这是信仰新教的英国人的冬天，500名新教领袖被放逐，280人在火刑架上殉教。
为了再次和信仰天主教的西班牙联合，1554年，玛丽一世决定嫁给菲利普王储，也就是后来的菲利普二世。从辈份上来看，玛丽应该是神圣罗马皇帝查理五世的表妹，菲利普二世的表姑，又比菲利普年长11岁。她成了菲利普二世的第二任妻子。
这场婚姻在英国掀起轩然大波，就在她宣布这个消息之后，暴乱发生了，3000名反叛者向伦敦进发。虽然被镇压下去，但是积聚在英格兰人心头的怨恨却与日俱增。
菲利普二世在英国只呆了两年就离开了。4年后，玛丽一世去世，信仰新教的伊利莎白即位。
伊利莎白女王极力反对教皇的霸权。1559年英国国会通过《至尊法案》，重新断绝英国教会和罗马教廷的关系，宣布女王为英国教会最高首脑。
菲利普二世曾经不冷不热地向伊利莎白女王求婚，以换取与英国的联盟。但是伊利莎白宣称：自己只嫁给英国。
在伊利莎白的治理下，英国的农业达到了历史最高水平，羊毛和纺织工业也逐渐发展起来，对外贸易日趋活跃。
由于西班牙和荷兰的战争，英国与荷兰的贸易受到西班牙的封锁。1572年，安特卫普以下的河段被封锁，英国的羊毛和纺织品出口受到限制。英国的商船在直布罗陀海峡也受到西班牙舰队的阻碍，而此时英国的商人和航海家正在寻找新的市场。
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衰落（2）
霍金斯和德雷克是英国船长中新出现的著名人物，霍金斯1568年在第三次跨洋航行中，因船只破损，来到墨西哥停泊，但是被西班牙新任总督截获，屠杀了很多英国船员。霍金斯家族由此和西班牙结下仇怨。几年后，霍金斯家族派遣德雷克掠夺西班牙在加勒比的殖民地，抢劫美洲运来的黄金，在西班牙人眼中，德雷克成了海盗的代名词。
德雷克得到女王的支持，开始了全球探险，1577年，他沿美洲海岸南下，穿越麦哲伦海峡，沿智利和秘鲁海岸袭击了西班牙的殖民地，横穿太平洋登临了东印度的各个岛屿，从好望角沿非洲西部北上，历时3年，成为第一个环球航行的英国人。伊利莎白女王册封他为爵士。
伊利莎白女王的朝臣和海洋冒险家雷利当时说出了后来被奉为经典的一句话：“谁控制了海洋，谁就控制了世界。”德雷克全球航行之后，英国开始为自己的长远发展进行努力。马丁·弗罗比开始探索从北极到亚洲的航线，汉弗莱·吉尔伯特控制了纽芬兰。雷利企图在北美建立殖民地。从此，英国开始了它野心勃勃的海外征服，他们以前所未有的规模建造了更多的舰船。他们不甘心西班牙和葡萄牙占据海上霸权，和西班牙的全面战争已经初现端倪。
2。西班牙无敌舰队的毁灭。
1570年前后，天主教贵族在英格兰北部发动叛乱，伊利莎白女王平息这场叛乱后，教皇庇护五世发出敕令，将英国女王革出教门，并号召所有善良的天主教徒联合起来打倒伊利莎白女王。随后几年，菲利普二世策划了许多阴谋推翻女王。而英国也针锋相对，1580年，在粉碎了天主教耶稣会士破坏英国改革的计划以后，英国议会作出了这样的决定：对进入英国传教的天主教传教士格杀勿论。从那时开始到伊利莎白女王统治结束，有180名天主教徒以叛国罪被英国处以火刑。
直接导致西班牙兴兵干涉的理由是：伊�