但是，在来自危地马拉的西班牙人武装的进攻下，这支印第安人起义队伍在奥克斯丘克（Oxchuc）遭遇首次失利，他们决定凭借峡谷环绕的高地丛林，固守坎库克，但是11月21日，他们被装备火炮和来复枪的西班牙军队打败。
起义被*后，为了防止印第安人再次反抗，起义地区的印第安人被禁止使用铁制农具，他们的农田被毁，遭受饥饿和疾病的折磨。起义者受到疯狂的报复，有的被俘后被割掉耳朵，有的被送往低地的牧场或庄园服苦役。
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种族之战（1）
18世纪，恰帕斯在发展过程中逐渐显现出不同地区间的差别和矛盾。到19世纪初，低地地区的地主和商人与国王政府及其在恰帕斯的代表发生了冲突。在19世纪初西班牙自由主义意识形态的影响下，低地地区的社会精英认为，恰帕斯经济的落后是雷亚尔城寄生的殖民官僚造成的。1808年，拿破仑大军挺进西班牙，废黜西班牙国王费尔南多七世，并派自己的哥哥约瑟夫担任西班牙国王。这一事变直接触发了西班牙美洲殖民地争取独立的运动。独立战争爆发时，危地马拉都督辖区的下辖危地马拉、恰帕斯、萨尔瓦多、洪都拉斯、尼加拉瓜和哥斯达黎加六个省之中，恰帕斯是一个处于边缘的、贫困的省份，经济停滞，政治上不受重视，“恰帕斯在危地马拉政府管辖之下的三个世纪中，从未繁荣过。……危地马拉从未为该省带来科学、工业或任何其他有用的东西，而是一直将这里看作一块无关紧要的地方。” 1821年8月，西班牙承认墨西哥帝国的独立和主权后，在低地地区的种植园主和商人的推动下，恰帕斯省议会宣布脱离西班牙和危地马拉而独立，并请求与墨西哥合并。1823年9月，在墨西哥外交部长、保守派领袖卢卡斯·阿拉曼（Lucas Alamán）的策划下，恰帕斯举行公民投票，结果万票赞成与墨西哥合并，万票主张与危地马拉合并。在投票过程中，印第安人受到主张与墨西哥合并的教士的操纵，驻扎在附近的特旺特佩克（Tehuantepec）的墨西哥军队对投票人进行恐吓。1824年9月14日，除索科努斯科（Soconusco）以外的整个恰帕斯正式并入墨西哥。1842年，在遭受危地马拉的一次入侵后，索科努斯科也加入墨西哥。但是，由于独立后的墨西哥政府的软弱，加上与其他地区在地理上的隔离，恰帕斯的当地精英在相当长的一段时间内拥有很大的自主性。
获得独立的墨西哥摆脱了西班牙的殖民统治，但是，欧洲和北美的企业家接踵而至，在墨西哥投资生产供工业化国家需要的农、林、矿产品。在恰帕斯，他们发现了两种最有价值的物产——木材和咖啡。
如果设想从恰帕斯的西北角到东南角划一条斜线，这条线以西是相对繁荣的索科努斯科海岸，肥沃的马德雷山（Sierra Madre）斜坡以及格里哈尔瓦河谷；这条线以东是中央高地和东部低地，也是印第安人的主要聚居区。由这条虚幻的线分开的两部分走上了不同的发展道路，形成了不同的政治和文化历史。
19世纪，恰帕斯东部的主要经济活动是欧洲人经营的木材生意。到19世纪90年代，欧洲木材公司在乌苏马辛塔河（Usumacinta）及其支流流域开采古老的桃花心木和雪松，这是制作家具的极好材料，价值昂贵，历史学家简·德·博斯（Jan de Vos）称之为“绿色黄金”。由于这两种树木稀稀落落地散布在整个森林地区，可能一公顷的面积内仅有一两棵成熟的树木，因而木材公司占据了穿越森林的河流两岸的大片土地，他们在河岸搭建临时营地，雇用那些采集树液制作口香糖的印第安人寻找这两种珍贵木材。一棵树木被放倒后，用牛将树干拖到溪流岸边，等河水上涨时将其漂往下游。然后，木材公司将其制作成厚木板，用船运往利物浦或伦敦，拍卖给整个欧洲的家具制造商。一旦一个地区的树木被采伐完毕，木材公司即将营地迁往别处。公司的印第安人劳工由于负债于向他们出售食物和饮料的公司商店，没有人身自由，类似于奴隶状态，也随公司的营地迁移。这种产业，满足了欧洲的需要，但没有给当地留下居民点、道路、铁路或其他建设性的基础设施。
种族之战（2）
相比之下，恰帕斯西部山区咖啡种植园的发展的确对恰帕斯地区经济的增长作出了贡献。这里的种植园是随着19世纪中期美国加利福尼亚的淘金热而兴起的。由于美国东西部大陆交通不便，东部的人需乘船绕过南美南端的合恩角进入太平洋沿岸北上，前往加利福尼亚淘金，这条运送淘金者的航线也开辟了将原材料和食品运往北大西洋港口的道路。外国企业家，主要是德国人利用这一突如其来地进入北大西洋市场的途径，前来投资经营咖啡种植园。恰帕斯的索科努斯科海岸马德雷山肥沃的陡峭山坡是种植咖啡的理想场所，于是，这里出现了大的种植园。直到现在，这些咖啡种植园仍提供墨西哥30％的咖啡出口量。
咖啡种植园带动了邻近地区的经济增长。格里哈尔瓦河谷的低地向咖啡种植园提供食品和家畜，在19世纪后半期成为商品农业的基地。随着经济实力的增强，这里的农牧场主开始向中央高地的旧寡头集团展开挑战。当时的墨西哥，统治集团的两大派别——保守派和自由派，正为争夺国家政权进行激烈的角逐。保守派主张保留教会和军队特权，自由派主张为促进企业发展没收教会土地。恰帕斯的精英分子也卷入了这场政治漩涡。随着两派的冲突演变为内战，恰帕斯中央高地的精英希望维护他们对高地地区的经济和印第安人劳动力的控制，加入了保守派；而低地的农牧场主觊觎格里哈尔瓦河谷的教会庄园土地，加入了自由派。
1860年，自由派击败了保守派，1861—1867年法国干涉的失败进一步削弱了恰帕斯州中央高地的保守派力量。1863—1864年间保守派曾一度控制州政权，但很快，自由派重新获得了州政权。1869年，自由派将首府自圣克里斯托瓦尔西迁至低地地区的恰帕德库尔索（Chiapa de Corzo），不久后又迁往图斯拉古铁雷斯，进一步削弱了中央高地的保守派力量。
两派斗争加剧了印第安人的负担。双方都增加了对印第安人的税收，并强征印第安人充作脚夫和士兵。保守派失败、自由派掌权后，印第安人村庄的官员——“秘书官”（secretario），宣布印第安人宗教信仰自由，命令教区居民拒绝向牧师缴税。利用自由派胜利带来的自由空间，高地地区的很多印第安人摆脱教会和村庄官员的束缚，建立了自己的市场和宗教中心。但是，并非所有地区都做到了这一点，在圣克里斯托瓦尔以北的一个佐齐尔人城镇恰穆拉，教会竭力保住了他们的控制权，强迫印第安人继续履行其宗教义务，置自由派政府的法令于不顾。实际上，恰穆拉教区牧师的权力在1865年之后反而增强了。这在很大程度上是由于1865年年中之后就职的新任神父米格尔·马丁内斯（Miguel Martínez）实行的严厉措施。高地其他地区的牧师在新的形势下变得相对温和，米格尔·马丁内斯却变本加厉地在恰穆拉教区搜刮财富。他为了从印第安人的教友会（cofradía）榨取钱财，拒绝向那些因太穷困而不能付费的印第安人提供宗教服务，甚至鞭打完不成税收份额的印第安人头领。他的倒行逆施终于引发了一场印第安人的反抗运动。
种族之战（3）
同1712年的起义一样，印第安人的反抗首先表现为对新的宗教神灵的崇拜。1867年下半年，恰穆拉的一名叫做奥古斯蒂娜·戈麦斯·切切巴（Augustina Gómez Checheb）的印第安人妇女宣布，她看到有三块石头从天而降。一名村庄头人宣布，这些石头是圣灵，能与奥古斯蒂娜·戈麦斯·切切巴交谈。消息迅速传播，几千名印第安人从各地赶来朝拜。年底，一名来自恰穆拉的村社头人（fiscal）佩德罗·迪亚斯·库斯卡特（Pedro Díaz Cuzcat）宣布，自己也能够与这些石头交谈，并要求在这些石头被发现的地方策哈莱迈尔（Tzajalhemel）建立一座神庙。1868年1月底，受圣灵石头和佩德罗·迪亚斯·库斯卡特举行的定期布道吸引，前来策哈莱迈尔朝拜的印第安人络绎不绝。
值得注意的是，佩德罗·迪亚斯·库斯卡特是一名村社头人。在当时恰穆拉的教会结构中，村社头人是天主教会和土著社会之间的主要沟通者，他们担任牧师的翻译，负责保管所有教区档案，甚至在牧师缺席时主持宗教活动。他们因此获得一份微薄的薪金，并通常任职十年以上甚至更多的时间。因此，佩德罗·迪亚斯·库斯卡特不仅了解政府有关印第安人和教会的法令，而且具有一定的宗教权威吸引人们崇拜他所推崇的新的神灵。
在这种形势下，1868年2月中旬，米格尔·马丁内斯神父被迫亲自前往策哈莱迈尔。可能是意识到政府的宗教自由法令，米格尔·马丁内斯的态度比较温和。他向在场的印第安人发表讲话，说明崇拜邪教的危险，命令他们散去。米格尔·马丁内斯自信已达到目的后，径直回到了恰穆拉。
实际上，此后的两个月是这一新的宗教迅速发展的时期。在此前的内战期间，由于受到白人两派的虐待，很多印第安人在这个封闭的神庙里找到了一个避难所，在这里，他们不但可以和平地祈祷，而且能够不受白人干扰地与其他印第安人进行接触与贸易。3月，整个恰穆拉教区以及附近的策尔塔尔人社群，如特纳哈巴（Tenejapa），开始定期到此参拜，使策哈莱迈尔不仅成为一个重要的宗教中心，而且成为高地地区最繁忙的贸易中心之一。
由于到策哈莱迈尔朝拜和贸易的人数增加，白人城镇周围的宗教收入和贸易下降了。低地的白人（中央谷地的自由派）幸灾乐祸，而对高地地区的保守派（圣克里斯托瓦尔的传统精英）来说，这是一个不祥之兆。1868年4月12日复活节时，几乎没有印第安人前来圣克里斯托瓦尔参加庆祝仪式和贸易活动，这是前所未有的。5月3日是圣克鲁斯日（Día de Santa Cruz），印第安人都到策哈莱迈尔进行庆祝，圣克里斯托瓦尔的庆祝活动再次没有印第安人参加。这一天，该城新任保守派领袖率领25个人袭击了策哈莱迈尔，逮捕了切切巴，并命令印第安人回家。令保守派惊愕的是，自由派掌权的州政府命令将切切巴释放，并宣布尊重印第安人的信仰自由。txt电子书分享平台
种族之战（4）
于是，高地地区的保守派另谋对策。5月27日，他们派出了一个由三名牧师组成的代表团去劝说印第安人改信天主教。在策哈莱迈尔，他们向聚集在那里的印第安人赐予了一个十字架，并警告印第安人，信仰邪教是危险的。他们以为印第安人已经被说服了，这天下午，满意地回到了圣克里斯托瓦尔。
不知是由于这次劝说的效果还是其他原因，此后的两个月内，到策哈莱迈尔的神庙参拜的印第安人减少了。但是，8月，圣罗莎节（San Rosa）之前，由于州政府的默许，印第安人扩建了他们的神庙，购买了一座大钟和一些喇叭，选择看守人和侍僧照管神庙和祭坛