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午后二时，梁启超来到日本公使馆，脸色苍白，漂浮着悲壮之气。一声不吭，在纸上，写下了这几句话：
“仆三日内即须赴市曹就死，原有两事奉托。君若犹念兄弟之国，不忘旧交，许其一言。……”
梁启超的必死信念感动着日驻华代理公使林权助，林答应承担梁所托之事，并说：“你为什么要死呀？好好想一想，什么时候都可以到我的地方来，我救你呀。”梁启超听了他的话，暗暗落泪，仓皇而去……到了夜晚，梁启超进了公使馆，寻求日本保护。
此时，康有为早已在20日晚到达天津，并于21日上午11时乘英国太古公司重庆轮离开天津南下上海。25日，谭嗣同、杨锐等人不幸被捕，于28日被残忍杀害。轰轰烈烈的维新运动结束了。
百日维新是近代中国资产阶级的一次全面改革运动。它影响了近代中国的走向，是近代中国先进青年挽救时局所做出的不协努力，虽然最后以失败而告终，但是它在坚冰上凿下了一个小洞，向封建制度击出了第一炮。由于在自身力量薄弱的情况下急于求成，经济改革与政治改革齐头并进，只造成了一片混乱，最后没能够掌控时局，只能无果而疾。
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逋逃日本
21日夜近深更，梁启超巧妙躲过密探追捕，进了日本使馆，寻求日本庇护。林权助将梁启超请求保护和帮助的要求报告给伊藤博文，伊藤博文深思熟虑后，对林权助说：“梁启超是中国罕见的高洁之士，是个非凡的家伙，对于中国来说是珍贵的灵魂呀，就让他到日本去吧。”
此时，梁启超在日本使馆，心情极为紧张。使馆外面，人声糟杂，不时传来吆喝声和哀号的惨叫声，听了让人毛骨悚然。22日上午，谭嗣同来到日公使馆，说明北京情势危急，劝梁启超赶快离开北京。梁启超劝说谭嗣同大势已去，不必作无谓牺牲。然则，谭嗣同已经置生死于度外，决心以死报主，他说：“不有行者，无以图将来；不有死者，无以酬圣主。”“我既然参与新政，入了军机，重任在肩，岂可临难脱逃，惟有一死，以酬皇上。我俩今世诀别了，愿你平安脱险，见到康先生，代我问好。”二人语不成声，紧紧相抱，挥泪而别。
24日，清政府捕手开始在日使馆周围活动，随即，林权助决定在麻烦还未出现前，让梁启超离开北京。经过周密的布置，林权助请在北京办事的天津领事馆领事郑永昌护送梁启超登上停靠在塘沽的日舰“大岛”号上。25日，梁启超等化装成“猎人”和一群日本人坐上马车哄哄嚷嚷地驶向北京正阳门火车站，登上了开往天津的列车。
当列车到达天津后，车站周围捕手密布，戒备森严。梁启超在人群中行走，忽然发现有熟人跟踪，于是和郑永昌隐藏在人群中，迅速接近日本领事馆，随后巧妙甩掉跟梢者，顺利进入领事馆。夜12时，梁启超等人趁暗探不备，逃出领事馆，下白河逃往塘沽，驶向停在上游的军舰“大岛”号。
海上一片夜色，方向难辨。不久，梁启超等人发现后面有汽艇疾驶过来，吆喝声震天，应该是清廷捕手。梁启超等人焦急万分，然而就在这时，小汽艇却掉头驶向下游停泊的日本商船舷侧，等待捉拿梁启超。这时，梁启超等急速驶向“大岛”号，摇动手帕，打出暗号，“大岛”号舰长见暗号和电报相符，便放下小舟，把他们拉上了军舰。
梁启超登上军舰的消息传到天津之后，聂士成暴跳如雷，表示一定要上船抓人。但由于其他官员害怕引起冲突，引出外交纠纷等麻烦，聂士成只好回禀荣禄。随后，荣禄派人前往日本军舰交涉，要求放人，被拒绝。
第二天，王照也由日使馆送上“大岛”号，梁启超、王照死里逃生，在日舰上相遇，难免唉叹命运的不公，心情低落悲凉。当梁启超听到谭嗣同等七人已经革职拿办，性命恐不久矣，想到维新大业毁在旦夕，无力挽救祖国危机，不禁痛哭不已。
“大岛”号军舰在10天后才奉命换防，起航返回日本。军舰航行在黄海之上，梁启超了望蔚蓝的天空，深蓝的海水，不禁凄凉悲哀，抚今追昔，检讨自己的过失，展望未来。想到光绪仍被监禁，康有为也不知所踪，谭嗣同等人性命难保，家人不知现在如何，自己又逃亡日本，这时的梁启超早没有了原先的壮志雄心，顿觉天空如此狭小。海面如此辽阔，自己置身其中，却又是那么的渺小，微不足道。悲愤、哀伤汇聚成气势磅礴的《去国行》：
呜呼！齐艰乏力兮，儒冠容容。佞头不斩兮，侠剑无功。君恩友仇两未报，死于贼手毋乃非英雄？割慈忍泪出国门，掉头不顾吾其东。
梁启超思索日本明治维新成功的经验，反省自己失败的原因。他认为，中日同文同种，日政府必能相助，与中国患难与共，幻想借日本之力来助光绪复位，拯救中国于水深火热当中。他呼吁中国儿女学习日本明治志士，舍身报国，慷慨激呼：
吁嗟乎！男儿三十无奇功，誓把区区七尺还天公。
“潇潇风雨满天地”，“坐待春回终当有东风”。
他坚信，严冬必将过去，胜利一定会来到。
在广东新会茶坑，梁宝瑛和家人们却没能逃脱清政府的魔爪，家属不幸被捕，家中搜查时被横扫一空。后来由于知县陈伯谦的暗中保护，家人未遭大祸，不久被释放。梁宝瑛随后偕全家避居澳门，梁启超的妻女也在不久被梁宝瑛和麦梦华从上海接到澳门，与家人团聚。
到澳门不久，李惠仙接到了梁启超从日本寄来的家书，信中说明自己不能照顾家人，劳累妻子，对妻子充满敬意，称呼妻子为“闺中良友”。随后，夫妻二人通过书信开始了长期的情感之旅，爱意、怜惜、敬意充溢其中。从他们的书信中仍然可以看出梁启超关心家事，孝父爱妻，但更加关心国事及穷究学理。虽然梁启超的恋情是由结婚才开始的，但他与惠仙是患难之交，互相体贴关怀，恋情日益深厚。
1899年，在父亲梁宝瑛的护送下，李惠仙母女和王桂荃来到东京，结束了长期分居、寂寞孤独的生活。
流浪东瀛
“自居东以来，广搜日本书而读之，若行山阴道上，应接不暇，脑质为之改易，思想言论若出两人。” 梁启超在艰难的逃亡日子里，挣扎着、坚持着、酝酿着……
“初到日本，居牛口区马场下町。”由于日本友人的帮忙，梁启超生活得以安顿，不久，又闻得家人已避难澳门，生活尚能维持，心中涌起了对友人的感激和对家人的思念，于是频做书以谢友人，并安慰妻子，诉说心中愁苦，倾洒离国伤悲：
“南海师来，得详闻家中近状，并闻卿慷慨从容，词色不变，绝无怨言，且有壮语。闻之喜慰敬服，斯真不愧为任公闺中良友矣。大人遭此变惊，必增抑郁，惟赖卿善为慰解，代我曲尽子职而已。卿素知大义，此无待余之言，惟望南天叩托而已。令四兄最为可怜，吾与南海师念及之，辄为流涕。此行性命不知何如，受余之累，恩将仇报，真不安也。
此时，“海外羁逐孤臣，君主被幽，同志掺戮。” 社会空气空前紧张，维新志士四处逃难，清廷鹰爪密布，前途一片黑暗，民众思想低落，社会上阴霾不散，中国危机四伏。梁启超四处奔走，希望能够解救光绪，挽救失败局面，然而，同志频频被捕，消息传来，如针刺般折磨着这位才子。梁启超心情失落，又不得不挺起精神为扭转乾坤作奋力一搏，内心承受着千金重压。
10月26日，梁启超拜访志贺重昂（日外务大臣大隈重信的代表），并与之进行笔谈，陈言东亚之乱，中国之安危，实牵动地球之全局，尤对日本影响重大，“盖东方之安危，全系于敝邦之能自主与否，敝邦立则日本之边防、商务、工艺皆受其利，敝邦危则受其害。” 幻想借助日本政府之力来复辟光绪帝位。然则，志贺重昂只是闪烁其辞，全无相助之心，只是暂留梁启超便于日本以施后图，把康梁作为统治中国的工具而已。不过，这也使得梁启超看清了日本等帝国主义的真面目，改变了依靠英美等列强协助复国的想法，坚定了自己救中国的决心。
就在这时，日本报界对中国维新变法大加议论，批判中国变法过于急进而导致失败。梁启超看后异常愤怒，大发雷霆，静下心后，作书于品川弥二郎（日本友人），反驳日本媒体的说法，表示对不负责任、没有根据的报道的深深遗憾：
近闻贵邦新报中议论，颇有目仆等为急激误大事者。然铺又闻松阴先生之言矣。曰：观望持重，今正义人比比皆然，是为最大下策，何如轻快直率，打破局面，然后徐占地布石之为愈乎？又曰：天下之不见血久矣，一见血丹赤喷出，然后事可为也。仆等师友共持此义，方且日责其和缓，而曾何急激之可言？敝邦数千年着疲软浇薄，视贵邦幕末时，又复过之，非用雷霆万钧之力，不能打破局面，自今日以往，或乃敝邦可以自强之时也。
信中畅言中国改革波澜诡异，千起百落，有志之士前赴后继，为中国的富强抛头颅，撒热血，革命情绪高涨，信中梁启超那活跃的思想、缜密的思维跳动着，洋溢着……
随后，梁启超又作了一篇《###某君上日本政府公社论中国政变书》，陈述了戊戌变法失败的情形，极言中国改革成败与日本的利害关系，并请日本政府设法营救光绪，重行新政，在日本引起了广泛关注，掀起了研讨中国维新变法的高潮。
求助受挫，光绪复位无望，梁启超心境凄凉。尽管资产阶级运动汹涌澎湃，也无法让他提起士气，聚集斗志。身在异乡，孑然一身，孤独难耐，纵愤怒充盈于胸，也只能挥洒无处。梁启超于是潜心学术，研究学问，以期有所发现，有所受益。
为了避清廷耳目，鉴于景仰日人吉田松阴和高杉晋两先生，梁启超取了一个日本名字“吉田晋”，整日穿梭于日本知识分子和政界要人之间，寻求帮助，探索正确道路。
1898年12月23日，梁启超创办《清议报》于日本横滨居留地139番，爱国华侨冯镜如、冯紫珊、林北泉出资资助，“《清议报》起于戊戌十月，其时正值政变之后。” 麦梦华、汤觉顿等人在报社任编辑，继续鼓吹民权自由，宣传反满思想。《清议报》创刊后，连续刊发了《戊戌政变记》、《论变法必自平满汉之界始》、《独立论》、《自由书》等等进步书籍，系统介绍西方政治理论及时事新闻，成为中国民众了解西方，认识西方的主要报刊。不久，《清议报》行销海内外，梁启超声名大震，声望与日俱增，超越了康有为，成为中国知识界的弄潮儿。
《清议报》是一种旬刊，每十日出版一次，初出版时，梁启超曾撰写《清议报叙例》一篇，载该报第一期，里面讲该报宗旨有四：
一、维持###之清议，�