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从1963年开始“阶级出身论”已表现在对敌对阶级子女的各种歧视性的安排方面。黑色部类的子女在就业、升学、婚姻等方面处于严重不平等的地位，除个别情况外，入团已不可能。黑色部类子女在1962年尚有可能考入农林、地质、师范类大专院校，但在1963年后，大学已基本停止招收黑色部类子女入学。这方面的歧视实际已发展到中小学，大城市的重点名牌中学，也开始拒收黑色部类子女入学。部分农村地区甚至规定，小学生升入中学的条件是：“出身占六十分，表现占二十分，学习成绩占五分，具它占十五分”＇ ＇。
面对1962年后被主观虚幻的阶级斗争激化的新形势，领导层和各级政府忙于制定各项政策，将很大的精力投放在“组织阶级队伍”，重新“划分敌我”的极为复杂的社会分层工程。
1962年后，在知识份子政治类别问题上曾经出现的缺口，即知识份子通过入党就转变为无产阶级，又被翻转过来，换言之，无论是否党员，知识份子都被认为是属于资产阶级。这里原先有几个界限：出身剥削阶级家庭的老知识份子，一入党就转变成了无产阶级；1949年后培养的工农出身出知识份子，一入党更是无产阶级。但是在1962年后，他们都被整体划入资产阶级，其理由是：1、旧知识份子即使入了党，也是不可能真正转变的，他们中的某些人，实际上是“老反共份子”（毛泽东对吴晗、翦伯赞等的看法，刘仙洲、梁思成皆属此类）。在这之后，清除或劝退了某些老艺术家出党，如在1964年开除了著名艺人小白玉霜的党籍。2、工农出身的知识份子党员，只要受过系统的学校教育，就一定会受到资产阶级和苏联修正主义思想的影响而产生蜕变。
这种认识最早在1957年反右运动后出现，自那时起，社会上就弥漫一种鄙视、蔑视知识份子的浓厚的空气。湖南常宁的农民甚至称知识份子为“鸡屎份子”＇ ＇。1958年刘少奇在中共八大二次会议正式提出“资产阶级知识份子是剥削阶级”的论断（资产阶级、小资产阶级在世界观上都属于资产阶级，而资产阶级就是剥削阶级），首次把毛泽东对知识份子的更为苛刻的新观点以党的理论新概念的形式公之于众，在当时就受到某些知识份子的质疑。复旦大学中文系主任朱东润说，高级知识份子普遍对刘少奇的论断“感到触目惊心”＇ ＇，浙江省民盟有些人更是直接提出，“从意识上确定剥削阶级是不妥当的”＇ ＇。即使在工人阶级中，也有人不赞成刘少奇的这个新论述，1958年天津市部分职工就“对把知识份子划成剥削阶级感到接受不了”＇ ＇。然而这些看法根本未被考虑，相反，对知识份子的整体性的否定评价已从过去的半公开，迅速演变为社会的公开的主导性意识。虽然在1962年初，因严重经济困难，刘少奇和中共中央一度调整了对知识份子和原工商业人士的政策，但在毛泽东的压力下，1962年下半年后各项政策又全面转向“以阶级斗争为纲”，对知识份子的否定更上升一级，进而深入到对党员知识份子的否定。只是在刘少奇主持中央日常工作的1962…1965年，各级党组织对已入党的知识份子的态度仍相对和缓，具体政策由党委在内部掌握。
在这一阶段，政治分层进一步深入到革命队伍内部。对原有的几个革命阶层：革命军人、革命干部、工人也进行复杂的分层。与60年代初林彪在国内政治生活中的影响急速增长相适应，军人的政治地位直线上升，在四个革命阶级中，最高阶层为革命军人。在革命军人中，工农出身的军人、军中政工干部的地位又高于知识份子出身的干部和军中技术干部。产生这种差别的主要原因在于毛泽东在这个阶段对军队、对军中政治工作的极端重视以及对主持军队工作的林彪的信任。毛相信军队干部受到刘少奇的影响较小，工农出身的军队干部在抵拒国际共运修正主义思潮的态度上也更为坚决。1959年后，江苏省委常务书记刘顺元因对大跃进态度消极，多次受到毛泽东的批评。军人出身的江苏省委第一书记江渭清对其部下说，刘顺元“是党内的资产阶级知识份子”，“毛主席是相信我们军队干部的”＇ ＇。
随看毛泽东对刘少奇和党机关不满的加剧，革命干部在原有的政治排行榜的地位已让位于革命军人，而处于第二层次。在革命干部中也划分出不同的梯级：军队出身转业到地方的干部，在政治地位上高于知识份子出身的干部，军人出身的干部一般都被安置在首脑机关和公安政法等要害部门。去过解放区的知识份子干部又高于原地下党干部，这又反映了革命政权的性质与特色，即新政权的基础来源于军队与农村。在革命干部的最底层，是40年代后期地下党出身的知识份子干部。因为30年代的白区干部许多人以后进入根据地工作，被认为经受过战争的考验和锻炼。40年代后期己是革命胜利的前夜，在这个时期参加中共的知识份子干部既未经过延安整风审干运动，又未受过残酷的战争考验，因而无法与前几类干部并列。在单位类别上，党委系统、公安政法部门的干部蒙受党的信任度较高，政府、经济建设部门的干部次之，文教单位的干部蒙受的信任度最低。
在60年代特定的时代氛围下，伴随着“备战”的升温和“大三线”的建设，在产业工人中，军工企业的工人，无论在政治地位、经济收入方面，都高于一般大厂的工人。因为军工企业的职工都经过较为严格的“政审”，被认为政治上比较“可靠”，而民用大厂的职工，虽经多次清理，就是到了60年代前期，还是存在着“严重不纯”的现象。例如：1960初的鞍钢无缝钢管厂，共有2576名职工，但“不纯份子”竟有558人，占到职工总数的21．6％强＇ ＇。同样是工人，有产业工人与财贸职工的区别；有军工企业工人与一般大厂工人的区别；有国营工厂工人和集体工厂工人的区别；有地方国营工厂工人和直属中央大厂工人的区别等，在“成份好”的工人与“成份不好”的工人之间，存在着很大的鸿沟。
在一些工厂，“出身不好的师傅不许带徒工，不许操作精密机床”＇ ＇。党组识一般较少在集体工厂、街道工厂工人中吸收党员，概因后者多系城市贫民出身，被认为受旧社会影响较深，或社会关系复杂。即使一般工厂招工，也要找家庭成份好的＇ ＇。
与城市相比，农村中的政治分层在60年代前期基本没有变化。位居政治身份第一层的仍是贫下中农，而军人家属、烈属，又优於一般的贫下中农。由于60年代初的大饥荒造成农业的巨大破坏，这几年农村工作集中于“恢复生产”，“对敌斗争”得到相对缓和，这种局面持续到1963年初，随着四清运动的推开，农村又被推入人为煽起的阶级斗争的狂热之中。
1963年后，被人为激化的阶级斗争形势推动了社会整体环境的进一步“纯化”。为落实毛泽东提出的“备战”的指示，全国各厂矿企事业单位都办起武装基干民兵，选拔的标准就是“根正苗红”。这项措施再次将人群分开。同年，在城市中实施“四类份子”定期向当地派出所汇报，接受训话的制度。1964年，各大学依据大学生的阶级出身和现实思想表现，例如：“对苏联现代修正主义文艺的态度”，对肖洛霍夫的中篇小说《一个人的遭遇》、丘赫拉依的电影《士兵之歌》的看法，在大学生中排列出 “反动学生”，由组织人事部门予以“内部控制”，情况严重者，如记有“反动日记”者，则移送公安部门。该年，全国各级党政机关又在内部对城乡人民中有台、港、海外关系者开展了一次调查活动＇ ＇，使“阶级阵线”更加分明。1965年，为了保证首都的“纯化”，还将一批成份不好的青年动员迁往新疆生产建设兵团。在“四清”运动中，城市街道居委会第一次越过单位，开始经常组织对所辖范围黑色部类的群众批斗大会。
1964年在全国范围内，特别在农村地区阶级斗争的野火己燃成一片“燎原之势”。在刘少奇的指导下，全国150万干部下乡开展“四清运动”，到处寻找子虚乌有的“小台湾”（“资本主义复辟”的据点）。各中央局书记、省委第一书记、国务院部长、军队高级将领纷纷亲自“蹲点”，指导各地进行“民主革命补课”，进行所谓“第二次土改”和重新划分农村阶级成份，将一批批“隐藏的敌人”清查出来。仅以中共中央西北局和陕西省委四清的试点单位长安县为例，经过“四清运动”，共补划地富3271户，相当於原来的1．2倍，连同原地富户，共有5992户，占全县人口的9．2％。运动中被重新戴上四类份子帽子的有348人，新查出的四类份子有4305人，被关、管、斗者3275人，被列入“反革命基础”六种人的有1931人＇ ＇。
在所有这类斗争中，农村中的地富及其家属子女作为一个群体，尽管早已是“死老虎”，但都被重点打击，成为引导运动开路，进行新一轮阶级斗争热身准备的牺牲品。在不断强化的对敌斗争教育的作用下，对地富及其家属子女采取了定期训话，集体罚跪，捆打等斗争三段。这种现象由来已久，自土改以后，只要阶级斗争形势尖锐，就会出现上述情况。山东省历城县部分农村地区在五十年代初就采用打骂的方法对地主进行“集训”同时规定，不准地主看戏，不准地主和群众讲话，地主在路上遇到任何人，都要低头让路，乡干部、民兵可以随时入地主家进行检查＇ ＇。如果地富子女有任何细微的不顺从，都会被判定为“阶级报复”，而遭到严厉的惩罚＇ ＇。为了确保在地富死亡后农村阶级斗争对象的继续存在，农村地区普遍实行起地富身份世袭制，将一大批1949后出生的地富子女也定性为地富份子。此种做法也是有其来源，即一些地区50年代土改运动后对地主全家进行管制的传统＇ ＇。在铺天盖地追求“纯化”的大环境下，地富及其子女已彻底沦为新社会的贱民＇ ＇，他们不仅毫无权力，甚至不能婚嫁，以致于地富女儿欲嫁单身老矿工，也被指责是“为反革命传宗接代”＇ ＇。
在60年代前期的社会分层再确定的工程中，“阶级出身论”借助于意识形态传媒的鼓动，尤其通过“四清”运动得到不断强化，形成一种巨大的精神氛围，最终为文革期间“血统论”的大泛滥提供了充分的思想基础和传播的土壤。
从1963年开始，一场“阶级教育”运动在全国平地掀起，“阶级教育”运动的主要内容是开展“三史教育”（家史、村史、厂史或厂史、社史、街道史），以激发广大干部群众对旧社会的仇恨和对新社会