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诸将无不称善，于是改集庆路为应天府。设置大元帅府，朱元璋自任大元帅。
他将大元帅府设在原集庆路总管府内，以免大兴土木，加重百姓负担。
这集庆路总管府为宋代东南佳丽楼故址，为一块牛形的风水宝地。
朱元璋闯荡江湖时学了些堪舆之法，特到此地看了一回。
看了一遍，觉此府风水果真不错：大堂隆起像牛头，大门外左右低洼，凿有两口井，俨似牛眼；大照壁后有条官沟，正中隆起，有两个石孔，活像是牛鼻。
它的对巷屈曲攲斜，仅容一人穿行，像条绳索，名曰牵牛巷。
金陵城中屡遭水淹，而此处从无忧患，因地势特高故。
朱元璋看后，十分高兴，因为按堪舆秘籍张子微著《玉髓经》所述，对巷名“牵牛”，乃“喝形法”，极合堪舆之学，益增此地风水，便欣然搬了进去。
作秀杀大将，庆功会上申纪律
朱元璋已变得十分成熟了，他始终牢记刘邦夺取天下的经验，每拔一城，决不沾沾自喜，而要下棋看三着，将目光转向下一步行动，为夺取天下铺路。
他与冯国用商议再三，知道要拱卫应天府，必须尽快拿下下游的镇江。
他已对自己手下将士的勇猛充满了自信，攻城略地，对他们来说，已不是什么难事，难的是每下一地都能以仁义之师的面貌出现。
他钻研古书，了解民情，知道只有安定民心，不嗜杀戮，才能在江南立稳脚跟。而要民心安，必须军纪严，做到大军过后秋毫无犯。
他召开了东下镇江的动员大会。
他重申了严明军纪的道理，然后把脸一沉，把徐达、花云、汤和等将领自攻陷和州以来所犯杀戮、抢劫的罪过一桩桩数落出来。将领们没想到他记性那么好，情报那么准，连花云的部下何日何时在何地抢了老百姓一只鸡都记得清清楚楚，大家不由得感到害怕。
数完大家所犯罪过，朱元璋义愤填膺，高叫：
“把他们全都拉出去斩了！”
早就准备好了的亲兵一拥而上，把将领们反手拿住。他们一个个吓得面无人色，慌忙跪地求饶。
朱元璋却不依不肯，连声喝令亲兵们赶快执行。
正当亲兵们推推搡搡，要将他们推出虎帐时，冯国用抢前一步，跪求道：
“主公息怒！盼主公看在各位将领忠心耿耿，不畏矢石，跟随主公四出征讨、出生入死、立下过汗马功劳的分上，饶了他们这一遭，他们下次决不敢再犯了！”
朱元璋怒目圆睁，呵斥道：
“你这书呆子懂个什么！既犯号令，安可求生？他们肆行掳掠，坏了我仁义之名，天下百姓，将弃我如敝屣。我扫平天下的大业将付之东流！如此莽夫，留他何用，快快斩了！”
亲兵们不敢迟疑，又把各位将领往外推。李善长这时也“扑通”一声跪下，磕头恳求道：
“主公，还望息怒。各位将领固然有罪，但我等参赞之人也有不是，平日未将主公宏愿与他们细细讲述，故他们不明事理。还望主公饶了他们这一回，而将罪过记在我等身上。”
朱元璋盯着他思虑片刻，才说：
“看在李都事的面上，暂且饶了他们一回。”
看看徐达、花云、汤和松了绑仍面无人色，他方才放软了声音，说：
“我自起兵以来，未曾妄杀过一人，为的是安定民心。尔等自今日起，行军打仗，断不可滥杀无辜，掠抢百姓。特别是这次攻下镇江，须严格管束手下。城下之日，须庐舍不焚，民无骚扰。如有烧杀抢掠，我唯尔等是问，决不宽恕！”
帐下将领，谁个还敢有半点违抗，一齐拱手道：
“谨遵帅令，决不再违！”
按图索骥，朱元璋竭诚揽人才（1）
朱元璋对所属部队重申纪律后的第二天，徐达、汤和率领三万精兵浩浩荡荡地向镇江进发。
隔日傍晚，朱元璋接到徐达军中检校用快马送来的密信：镇江已于当日攻下。一路上人衔枚，马上勒，军纪肃然。徐达自仁和门入城，全军号令严肃，城中晏然，百姓不知有军队入城。
朱元璋将密信往虎案上一拍，兴奋地站起来，在帐内来回走动，对李善长说：
“好，天德（徐达字）果真刚毅武勇，又知严守纪律，不肆抢掠，吾心安矣！”
第二天，徐达即派人送来捷报，并报告说，镇江秦从龙已找到。
朱元璋大喜，立即派侄儿朱文正和外甥李文忠奉白银、丝绸赴镇江去聘请。
朱元璋对贤士的渴求之心是越来越迫切。他已叫李善长、冯国用等人为他编写了一本江南贤士花名册，上有各人的籍贯及其简历。朱元璋闲时即翻阅，现江南人才已烂熟于胸。
部队每攻下一地，他必会依花名册去寻访当地名士。攻克应天后，有夏煜、孙炎、杨宪等二十余名有名的贤士被他召入元帅幕府。攻打镇江时，他又叮嘱徐达：
“镇江府有个秦从龙，现居城中，一旦攻入城中，即派人将其家妥加保护，免其受惊。尔等还要亲自登门拜望，代我表达敬意。”
徐达一一遵令办理，并将秦从龙的为人及近况如实向朱元璋作了禀报。
朱元璋派出探马，命令他们在秦从龙离应天三十里时即飞马驰报，不得延误。
这日接到报告，即率领左右文武官员到城外的十里接官亭中迎候。
远远地见到秦从龙的轿子，朱元璋即出亭快步迎上前去，离着老远，即高声说：
“秦先生，可想煞我朱元璋了！”
那秦从龙满腹经纶，在元政府中官至和林行省左丞，江南行台御史，为避兵乱，隐居镇江，在江南名声很高，读书人无不敬佩。
秦从龙此时年已六十，远远地听见朱元璋的呼叫，慌忙下轿，快步赶上前去，朝朱元璋打量了几眼，即“扑通”一声跪倒在地，叩首说：
“百姓望明公如大旱之望云霓，今日一见，明公果真龙凤之姿，吾为百姓得救星而庆幸。”
朱元璋听得心花怒放，赶紧扶起他，携着他的手，一同登上一座轿，一路陪伴到新设的聚贤馆中安歇。他直到馆中把一切服侍秦从龙的事项办妥，才告辞回府。
秦从龙被朱元璋的举动感动得热泪盈眶，决心为朱元璋竭智效忠。
第二天，朱元璋设盛宴款待秦从龙，酒酣耳热之时，朱元璋诚恳地说：
“先生，吾近读《史记》、《汉书》，思汉高祖创业，靠的是张良运筹帷幄。如今吾帐下虽将士如云，帷幄却无军师。吾常侧席以求贤士，为的是求天下太平，开国立基。先生学贯三史六经，博览兵书百技，才兼文武，超迈等伦，贤哲天生，实吾良辅。崇儒重道，自古皆然。汉高曾征子房，先主犹聘孔明。吾不敢以前代明王自期，先生当以张良、孔明奋起。”
秦从龙慌忙离席叩头道：
“在下愚陋，然遇明主，敢不竭力辅佐，虽肝脑涂地，亦在所不惜。”
说着，他就要献平治天下之策。朱元璋却笑着止住他，叫人给他拿来漆板，叫他把话写在漆板上，看完，立即动手把字迹揩抹干净。
自此，他与秦从龙朝夕相处，事无大小，都要征询他的意见。每遇机密之事，往往用笔问答，阅完即抹掉，朱元璋从这种问答中受到不少启发。
龙凤二年（1356年）七月，小明王命朱元璋为江南行中书省平章政事、右丞相、吴国公。
朱元璋便用元御史台为国公府，自己总揽省事。他又匠心独运，根据军事时期治民的需要，参照历朝官制下设参议、左右司郎中、员外郎、都事等官。以李善长、宋思颜、陶安等分任其职。
军事方面他设江南行枢密院作总管，以徐达、汤和同佥枢密院事；置帐前亲军，以冯国用为总制都指挥使；又置左、右、前、后、中五翼元帅府及五部先锋，以华云龙、邓愈、陈兆先、陆仲亨等分任。
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按图索骥，朱元璋竭诚揽人才（2）
又设提刑按察司管司法。这样，行政、军政、司法等机构大体完备。
此时，朱元璋拥精兵十余万，占有太平、镇江、广德等江南地面，拱卫着应天这个根据地，真可谓雄踞江南。
但他的上游有占据两湖、江西诸州县的陈友谅，地广兵强，对自己虎视眈眈，前些日子已攻占了与自己地盘相接的池州。
他的下游有张士诚，这个私盐贩子，与一班枭勇的盐丁和自己几个如狼似虎的弟弟，占领了常熟、平江（今苏州）、昆山、嘉定、松江、常州、湖州等东南富庶之区。
他的北面则有刘福通的百万大宋红巾军，正在挥师北伐，与元军浴血奋战。
在浙江，有元将石抹宜孙守处州（今浙江丽水），其弟石抹厚孙守婺州（今浙江金华），宋伯颜不花守衢州（今浙江衢县）。
方国珍也纠集数千盐徒起事，攻占台州、庆元（今宁波）、温州等浙江沿海地区。
朱元璋深谋远虑，知道凭自己眼下的地盘做个割据之王是绰绰有余，要扫平天下则远远不够。自己四面受敌，弄不好，随时有被消灭的可能。近些日子，他日夜在为今后的发展焦虑。
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重阳登高，分别敌我友，指授攻防方略（1）
看看已是九九重阳，朱元璋起了登高雅兴，他率各位文武要员，登上钟山。
江山胜概，尽入眼底。
朱元璋听手下指点江山，议论天下大势，默无一言。他独自一人，步至山之绝顶，望东北之长江，眺望江北之大地，又极目上游之城池，久久焦虑，忽然灵犀涌上，豁然贯通。
他喜不自禁，拍手召来文武百官，指引他们朝东西南北各方巡视一番，说：
“诸位，金陵果真是虎踞龙盘。然北有元兵，南有方国珍，西有陈友谅，东有张士诚，四面受敌，若尔等苟且图安，则将死无葬身之地。当今之计，非得拼死外图，方可自保。诸位皆独当一面之人才，可为我筹划今后之征讨方略。”
大将邵荣是个文武全才，立即献策道：
“元人无道，凌辱我汉人，为我汉人之死敌。我意应派大将统重兵北伐，击败元朝，则人心必归，群雄敬服，我可取而代之，占有天下。”
朱元璋摇摇头，说：
“此议不妥。元鞑子虽荒淫贪暴，人心尽失，但兵多将广，我尚无力与之争锋。且我若举重兵北伐，金陵空虚，陈友谅、张士诚必乘虚而攻，则我危矣！”
邵荣无言而退。
李善长主张先打陈友谅。
朱元璋也摇头，说：
“陈友谅占有湖广、江西各州县，地广粮足，且据金陵上游，已得地利。我地狭粮少，兵力不强，若举兵征伐，实难有胜算。一旦损兵折将，会危及我金陵根本之地。故暂不能与之交锋。”
李善长还想争辩几句，但见朱元璋成竹在胸的模样，赶紧退到一旁。
徐达按捺不住了，上前说：
“主公，我等将士皆淮西人氏。我意可举兵北上，与刘福通争夺淮北之地。”
朱元璋不禁勃然变色，厉声呵斥道：
“天德为我大将，为何如此不明大义事理？我既已奉龙凤年号，则当臣服小明王，你要攻打刘福通，岂非犯上作乱？乱臣贼子，人人可得而诛之。且刘福通在北面与元兵激战，将元军主力屏挡于外，我等如释重负，可休养生息，图谋发展。你若去攻打他，岂�