可他现在却是个罪臣。因天启二年（公元1622年）初广宁失陷，他有责任，被问成死罪。眼下正关在监狱里，等候问斩。
统帅失地，被砍脑袋，似乎也是罪有应得。但是熊廷弼这一案，本是个天大的冤案。熊大人和孙承宗一样，出身文臣却知兵，对辽东做过周密的战略部署，其功劳和能力都不在孙承宗之下。之所以兵败，之所以被问罪，是因为他没有孙承宗那么幸运，他“上面没有人”——尤其是没有一个皇帝做靠山。
万历三十六年（公元1608年），熊廷弼奉命巡按辽东，这是他第一次与辽东结下不解之缘。其时，辽东镇守总兵官李成梁和巡抚赵楫弃守宽甸等六堡八百里疆土，白送给了建州女真，还强逼边民6万户徙于内地，然后以“召回逃人有功”为名，向朝廷邀赏。这么大个事，想瞒住所有的人当然不可能，有人很快就提出怀疑。
于是，万历帝授予熊廷弼巡按御史职（监察部特派员），派他去辽东察一察。
熊廷弼到任之后，立即进行实地勘界，然后上疏朝廷，指出赵楫、李成梁之罪，就是杀头也难抵其罪（万历帝对李成梁的信任，绝非一般，因此没有采纳这个意见）。此后，熊廷弼又到辽东各地察看，“北抵黄龙，东抵鸭绿，南极于海，西至山海、锦义一带，间关险阻，虽逼近虏穴、人迹罕到之处，无所不遍历”。
有了调明代边墙查，就有了发言权，他为防范建州的努尔哈赤制定了“实内固外”和“以夷攻夷”的方略。“实内”就是屯田，搞生产建设兵团。“以夷攻夷”就是发动女真族的其他部落和蒙古诸部来钳制努尔哈赤。
万历帝见他说得好，就干脆授权让他来主持屯田。
熊廷弼不仅有谋略，在实干上也很有一手。他先后主持修建了自海州卫、盖州卫、三岔河起，经辽阳、沈阳到开原、铁岭、北关止的七百余里边墙（关外长城）；还修建了新城7座、墩台100余座、粮仓17所。三年之内，积谷30万石。通过整顿军务，使边军实力大盛。
他的“合纵连横”也搞得很好，与女真叶赫部及蒙古各部关系都不错，使得努尔哈赤感到压力甚大，不得不退缩，以求和好。
努尔哈赤刚兴起的时候，明朝人大多都看不起他，甚至有人认为他还不抵江南一富家有实力。但熊廷弼一眼就看出：辽东将来的大敌，就是这个努尔哈赤。当时有人评说道，熊廷弼制定的遏制战略，后来如能全部实现，则努尔哈赤“终身老死于穴中而不敢动”。
可惜，他后来与辽东巡抚（省长兼军区司令）杨镐意见不和，不久被召回，调往南直隶任督学。他一走，“辽东方略”就再也无人理睬了。明朝之败亡，这是不为人所注意的一大关节。
由于他身上有武人作风，所以当了督学也是一副武夫作派。万历四十一年（公元1613年），因杖死生员芮永缙被弹劾，丢了官，回乡一待就是7年。
万历四十七年（公元1619年）三月，辽东经略杨镐督四路大军进攻后金，其中三路大败，损兵折将。朝廷这才又想起熊廷弼，赶紧起用他为大理寺丞兼河南道御史，命他宣慰辽东。熊廷弼受命后，兼程来京，但朝廷却又迟迟不给他关防文书，他只能在京城干等着。
到了六月，努尔哈赤攻陷了开原。熊廷弼忧心如焚，上疏请急赴辽东，并要求大权独揽，以避免多方牵制。万历帝这时候大概是急了，马上任命他为兵部右侍郎兼右佥都御史，经略辽东，并赐以上方宝剑——你愿怎么干就怎么干吧！
七月，熊廷弼离京，在赴辽东途中得知铁岭失陷。进入辽阳后，更是差点儿没把他气晕：辽阳已半是空城，官绅大都逃离，留下的也都人心惶惶。
熊廷弼此行应变的身手果然不凡：一路上他不断命令逃民返回原地；一进辽阳，就逮捕了有退缩之意的知州李尚皓；又斩了逃将刘遇节、王捷、王文鼎，以祭奠开原、铁岭死节将士。三下两下，便初步稳住了军队和民心。
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“六君子”案和蒙冤的名臣熊廷弼（3）
此时他得到情报，说是努尔哈赤要乘胜攻占辽阳。如果如此，明军现有的实力根本无法抵抗，熊廷弼便多次上疏，要求朝廷派兵遣将，发给军器，补充战马。他日夜督促士兵造战车，制火器，加强防务。他还斩了贪将陈伦，撤换了纨绔子弟、懦弱无能的总兵李如桢，以振奋军心。
就这样也还是不行，熊大人索性玩起了孙子兵法，他把守沈阳的绝大部兵力调到辽阳，大飨军士，摆开阵势，佯装要进兵。
努尔哈赤虽然经常品《三国》，但此刻还是中了熊大人的空城计，在疑虑重重之中，没有立刻进攻辽阳。
你不来，我就要忙了！熊廷弼趁机加固了辽阳城防。另外还有更绝的：他不满足一般的吓唬，还亲自出马，与总兵贺世贤率精兵一千，踏冰冒雪，突然出现在已被努尔哈赤占领了的抚顺关前。熊大人坐在马上，虚张声势，以鞭指点地形曰：“某可营，某可伏，某可战”，故意让后金的哨探听到。
努尔哈赤闻报大为恐慌，以为熊廷弼真的要冲关了，连忙砍树堵山口，运石头整修关隘，累得满头冒汗。熊廷弼却以此赢得了时间，继续大修辽阳城。三个月后，一座城垣壮固的辽阳城赫然雄峙于辽东，防卫形势为之一变。
努尔哈赤这才回过味儿来，跌足不已。
熊廷弼用兵如神，决不是虚名。他算准了努尔哈赤进攻辽阳必出抚顺关，就在万历四十八年（公元1620年）的四、五月间，亲自督修沈阳、奉集两地城防，用以扼住抚顺，然后命令总兵官贺世贤率兵三万去守沈阳、柴国柱率兵二万去守奉集。刚部署完毕，六月十二努尔哈赤就兵分两路进攻这两个地方，都被明军击退。八月，后金又以六万大军进犯沈阳，熊廷弼亲自督阵抵抗，又让后金白忙了一场。
熊廷弼不仅把努尔哈赤玩于股掌中，还提出了能够彻底剿灭后金的“坐困转蹙”战略设想。大致的方略是：将辽东的明军分为四路，置于叆阳、清河、抚顺、柴河三岔河这几个点上，每路3万人，相当于能攻能守的独立战区，各路相互策应。
这样，既能组织快速反应部队，消灭后金零星扰边的小部队，又能在农忙季节对后金境内进行频繁袭扰，使之不得耕种，日见困乏，然后四路兵马可相机同时进征，一举灭掉这个辽东大患！
万历皇帝是明朝中后期少有的一位懂军事的皇帝，他很欣赏老熊的这一套，就不断给老熊拨兵、拨军器。