这一次细菌战与以往不同的是主要由地面撒布。日军完成了预期的机场破坏任务，然后开始撤退，边撤边撒细菌，以便使日军撤退后回来的中国老百姓和军队感染疫病。
在江西省上饶和玉山，日军投放了大量的注射了鼠疫菌的野生鼠类，然后让这些老鼠和当地的鼠类杂交繁殖，将鼠疫传播到更广泛的区域。
“黑死病”袭击浙江（1）
恶疫就这样突然降临在饱受战争创伤的中国的城市和乡村。在此之前中国的这些地区历史上从来没有鼠疫发生，根本没有防治的经验和准备，加上战争期间国力羸弱，鼠疫就这样加倍、恣意地在城市和乡村窜行。
鼠疫被称为黑死病，由鼠类之间传播到人类之间传播。在19世纪之前，人类几乎没有对付这种恶疫的办法，人一旦感染此疫几乎没有活下来的可能，并且，死状悲惨，死时整个人都变成黑的。
不仅如此，一个地区一旦感染鼠疫会随着人类和鼠类的流动而向四处扩散，并且疫病经年不散反复感染。因此鼠疫在人类社会中被称为第一恶疫。14世纪欧洲鼠疫大流行，造成4000万人死亡，是当时欧洲人口的40％。此后的17世纪鼠疫又在英国法国流行，19世纪末20世纪初在亚洲流行。人类直到1894年才找到鼠疫的病原体，但是对这种恶疫，人类始终没有更好的办法从根本上消除。
急电：有鱼子般颗粒落下
“上月28日，敌（日）机空袭金华，两架散布白烟，并有鱼子般颗粒落下，经人民收集送检，由省卫生处处长、军政部第二防疫大队长等五员严密检验，辨明系鼠疫杆菌……。”
这是1940年12月5日，在云和的浙江省政府主席黄绍竑，向重庆行政院院长发的急电。
第二天，时在江西上饶的第三战区司令长官顾祝同也发出了同样的电文：“查敌（日）机近在浙江省境内散布毒物，业经检查断为鼠疫杆菌，传染堪虑，敬请转饬卫生署所属中央防疫处生物研究所，赶制大量鼠疫菌苗及血清，以应急需。”（见云和县《文史资料》。原件存南京国家第二历史档案馆。）
衢州街上大白天出现老鼠
浙江衢州。1940年10月4日凌晨。
这个清晨太阳照样升起，但这个清晨是一个灾难的开始。一架日机飞临衢州城上空，旋转一周以后开始向下俯冲，到了200…300米的低空后，即沿衢州城的西安门，向上营街、水亭街、柴家巷、罗汉井、县西街一带的居民区飞，一边飞一边撒下了大量的麦粒、粟粒、破布、纸包和传单等物。来回往返两次后飞离衢州上空。
黄运兴住在罗汉井巷3号。这天早晨他听到了凄厉的空袭警报，一家人赶紧躲进自家院里的防空洞里。当他们从防空洞里出来后，立即发现了这次空袭与平常的不同。
黄运兴看到院子里，天井中，屋顶的瓦片上，到处都是麦粒、破布、小纸包，地上有很多很多的死跳蚤。打开门，门口和整个街巷里都是。
“那是很怪的死跳蚤，个头特别大，比平常看到的跳蚤大到一倍。”黄运兴说。黄运兴的父亲是一个有文化的人，两个姐姐是学医的，他们猜测敌机没有进行轰炸、空袭的时间也很短的原因，想到了可能是放毒。于是父亲让家人将所有的东西全部扫起来烧掉，还用来苏水洒了院子。
黄运兴家的隔壁邻居是黄权一家，这一天黄权有事出门，家里有黄权的大、小两个妻子和七个房客。当他们看到麦粒的时候，也心存怀疑，这时有人提议：扫起来喂鸡，看看鸡死不死。结果是黄权的两个妻子和七名房客在几天之内全部死光。
10月10日之后，也就是在衢州受日机空投跳蚤之后，奇怪的现象开始在衢州出现，衢州的街上大白天出现老鼠，它们并不怕人，摇摇晃晃地走着走着突然倒地而死。居民家里的角角落落死老鼠成堆，不知是什么时候死的。居民们将死老鼠用簸箕扫出来，有时候，一所房子能扫出很多。
11月12日，家住柴家巷3号的吴家十二岁的女孩吴士英突然高烧、呕吐。后来大腿的淋巴结肿大，大喊大叫要水喝。“当时我只比我姐姐小一岁，全家人眼睁睁地看着姐姐在床上抓挠，第二天早晨姐姐就死了。”现年七十六岁的吴士福说。（《罪证——侵华日军衢州细菌战史实》，1999年11月中国三秦出版社出版）
不止是衢州，这次受到日军细菌攻击的还有宁波、金华、温州、台州、玉山。
宁波变成了一座死城
1940年10月，黑死病被空投到无辜的宁波居民头上。现年74岁的何祺绥清楚地记得当年宁波遭到鼠疫细菌攻击的情景。1940年10月27日，他亲眼看到一架日本飞机在宁波商业最繁华的开明街上空盘旋然后撒下了大量麦粒、面粉和黄色雾状的东西。当时他的父亲在宁波中山东路266号经营着元泰酒店。麦子和黄色粉状的东西纷纷扬扬地落下，有的人很惊慌，而何褀绥二十四岁的叔叔却走出来捡起了麦子，放在嘴里咬了一下，向旁边的店员说：“没什么呀，是麦子！”叔叔是店里账户会计，初中文化毕业，刚结婚，年轻力壮。当天夜里就头昏脑胀，不能料理账务了。店员用躺椅把他抬去看病，医生只认为是一般头痛脑热，开了点儿药回来，但是“病”越来越重，11月1日暴死。
实际上10月29日就出现了最初的患者，开明街入口处的滋泉豆汁店、紧邻的王顺兴大饼店、胡元兴骨牌店、宝昌祥西服店，还有东后街一带，死者陆续出现。
最初死者仅限于日本军用飞机空投了跳蚤的地区的居民。污染区内有商店43家，住家69户，僧院一处，共计113户，人口591名。
11月2日，华美医院的丁立成院长给患者王仁林（男，四十七岁，当日死亡）的淋巴腺做了穿刺，用染色液制做了标本，根据显微镜检查发现了鼠疫杆菌。11月3日又抽了患者俞元德（男，16岁，11月6号死亡）的血液和淋巴腺穿刺液，并用土拨鼠作了动物实验。从第二天死掉的土拨鼠的血液和淋巴腺穿刺液里也发现了鼠疫菌状的杆菌，并进行了细菌培养，得到阳性结果。后来又把培养物送到省卫生处，吴昌丰技师检查了培养的杆菌，进行了血清凝聚反应，得到的也是阳性结果。
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“黑死病”袭击浙江（2）
所有患者的临床症状都是淋巴腺肿、高烧、昏睡、头疼。
在确定鼠疫的当天，市政府立即封锁了传染区。6日设立了临时防疫处，但是死人依然不减。8日开始在传染区修建高米的围墙。
“戴防毒面具的人用石灰对街道消毒。那天夜里出动了消防车，把围墙内的建筑物全部烧毁。我亲眼见到火从我家酒店的窗户中烧出来，后来又烧上了屋顶，最后房子倒塌。由于被火烤，我的脸红了一个多月。四百多人流离失所，无家可归。”何褀绥摸着脸说，当年的情景直到现在依然让他惶恐不安。
恐慌弥漫了整个宁波城，学校停课、公共场所及旅馆、饭店纷纷停业，宁波变成了一座死城。疫势蔓延迅猛，发病暴死者接连不断，沿街走的是穿丧服啼哭的人，地上撒着消毒的石灰，四周阴森森的，恐怖万状。疫区天天死人，最多一天死了二十多人，死亡者很多是孩子。甚至有十二户人家全家死绝。
高将近4米的围墙挡不住疫病的漫延，也挡不住人们纷纷逃离城区，何褀绥的父亲也扔下酒店逃走了。外逃的结果是引发宁波周围的奉化、慈溪、象山等县的鼠疫大流行。
11月6日，疫区死亡人数已达五十五人，疫区居民怕被隔离，外逃日甚，疫情随之扩大。防疫处采取强制手段将剩余的四十多人全部隔离，布告全县举报外逃者，并派出搜索队日夜搜索外逃者。对死者的尸体也不再允许自家掩埋，而是要统一深埋于西南郊区的老龙湾。10日，省卫生处处长陈万里和卫生署防疫队第17队携带疫苗直奔宁波。
但是种种手段仍不能减轻宁波市民的恐慌。强制隔离和死者不能自己掩埋更使人们坚定了逃离的决心。何褀绥的父亲给店员们发了路费让他们赶紧逃走，但18个店员仍然死了14个。学徒钱贵法被拉入隔离病院，钱是少有的进了隔离院又得以生还的，他回忆道：“隔离院的情景就像是地狱，到处是垂死的人，面色发紫，手抓胸口，痛苦得嚎叫，在地上翻滚挣扎，真是惨不忍睹。”
11月30日晚，防疫处痛下决心，一举烧毁了开明街传染区所有的房屋。烧房从晚上7点开始，在11个点上同时点火，烧毁开明街上的113户住宅、店铺。宁波最繁华的一条商业街化为灰烬。
12月初，疫情得到控制。当年防疫机构的统计是，从疫情发生到最后一例病人死在医院，共35天的时间，死亡109人。这并不包括逃出宁波而死在其他地方的人。
宁波是国民政府控制疫情最好的典型。1940年鼠疫在宁波得到控制后，没有再度爆发。而衢州、常德却在以后的数年内多次爆发鼠疫，经年不绝，并且波及周围许多城市和乡村。
湖南常德市在1941年遭到鼠疫攻击之后，直到1945年11月，市区多次暴发的鼠疫至少造成6491人死亡，周边乡村的死亡人数超过万人。
而在鼠疫攻击之前，这些地方历史上从来没有发生过鼠疫。
崇山，空前之浩劫（1）
1941年10月2日，浙江省义乌县城北门稠城镇十字街口一带，发现了胀着肚子的死老鼠。接着附近两居民暴病死亡。据义乌档案资料记载：“9日，发现六人继发鼠疫，病家及其邻近发现死鼠数十只。10日，居民六人暴卒，患区楼敬德家中发现死鼠五只。13日，隔离病院中，两名病人死亡。5日至15日累计发现死鼠一百余只。鼠疫迅速蔓延全城。”
得病的老鼠口渴难忍，到处找沟渠喝水，城内的水沟成为最快的传染路线。义乌城北门灵塘的水来自城东门的金山，老鼠们沿水沟而上找水喝，鼠疫迅速沿水沟窜行到东门，使这一带成为鼠疫的第二高发区。义乌是江南水乡，到处都有水，老鼠沿沟找水，鼠疫沿水传播，一时间，义乌城郊的下麻车、盐埠头、石古金、山口、下傅、陈村、义驾山、桥东、桥西、孝子祠、宗宅、三里塘、塘里赵、岭头、岭下等村落都成疫区。
据义乌县政府防疫机构统计：义乌城区鼠疫自1941年10月8日开始，当月死亡36人，11月1日至24日死亡57人。到12月，鼠疫蔓延到城内40多个居民点，其中以原发地北门一带最为严重。
崇山村医生全家死亡
崇山村，王选的家乡。1942年的崇山村是义乌县的一个乡，离县城义乌不过十几里地。
1942年11月15日，崇山所属的佛堂区区长周树萱向县政府报告说：“本年9月29日，即农历八月二十日起，崇山村发生鼠疫……”
1942年10月13日，崇山村农民王焕章清早起床去买了两把竹梢和一根毛竹，背着回来，在塘里洗了澡。到家，全身发烫，腿根肿痛，舌根发硬，病势危急。
于是家人立即请村中有名的中医王道生来给他诊治，家人急忙抓来王道生所开的药，喂他吃下，但是药毫不管用，晚上王焕章就死了。
王焕章一去世，伺候他的儿媳即发病，病势凶猛，次日也惨死