首战旗开得胜使人们对拿破仑的疑虑和妒忌也一扫而光。九天之内连打了四次大胜仗，这个壮举足以令最顽固的人折服。这位年轻的领袖从此获得了下属指挥官们的真诚信赖，在他们的通力合作下，他攻必克，战必胜，一往无前。拿破仑意识到他所接管的这支军队，由于长期以来无人关心其疾苦，所以吃不饱，穿不暖，衣衫褴褛，装备低劣，而且常常欠饷达数月之久。从现在起，他要确保他们丰衣足食，但决不能因此而变成所占地区的一个祸害。尽管免不了要进行大规模的抢劫，但这种抢劫应是有组织的，军人必须保持自尊。就这样，他很快就赢得了部队的信任和爱戴。
凯拉斯科停战协议意味着拿破仑已经成功地达到了督政官们在3月6日指示中所规定的第一个目标，即征服皮埃蒙特。在法国督政府与撒丁国王缔结正式和约之前，拿破仑已经为自己下一步进攻奥军牢牢地取得了一个可靠的跳板，因为他坚持在协议中规定撒丁王国必须交出料尼、亚历山大里亚和托尔托纳作为休战条件。在勒索皮埃蒙特人的钱财发放军饷并重新装备部队之后，他现在准备东进了。他要把奥军一举撵出伦巴第，而米兰则是督政府赋予他的最后目标。但要到达米兰，他就必须跨过意大利最难克服的江河——波河，及其左面的支流——提契诺河，而且不管渡哪条河都会遭到博利厄军队的抵抗。此时这些河流正因阿尔卑斯山积雪融化水位暴涨，而法军的舟桥中队却还在遥远的后方。因此，拿破仑只有施展计谋，以智克敌。根据凯拉斯科停战协议第四条，法军有权通过皮埃蒙特领土和在瓦兰察渡过波河。为了制造他要在瓦兰察渡河的假象，他把马塞纳师和塞律里埃师调到该地附近，并命令他们征集船只，勘察渡河地点。这些备战活动很快就传到了博利厄的耳中。他立即率部在瓦兰察渡过波河并占领阵地以便阻止法军过河。同时，这样做他还可以掩护直达米兰的通道。博利厄的兵力约有万人，而法军由于得到了增援，现在也许二倍于奥军。5月3日，拿破仑把司令部移至托尔托纳。次日，他从马塞纳、奥热罗和拉阿尔普3个师中抽调了6个营由掷弹兵和明火枪手组成的精兵。5月6日至7日，这支纵队在达尔马涅准将的指挥下，往东强行军至瓦兰察下游55英里的皮亚琴察。同时，负责舟桥中队的炮兵军官安德烈奥西少校往波河下游运动，沿途收集船只并负责在皮亚琴察组织渡河工作。拿破仑把实际渡河的行动交给了年轻的拉纳上校指挥，拉纳上校超群的能力和勇敢精神是拿破仑三周前在代戈战场才发现的。5月7日，安德烈奥西已调集了许多驳船和一艘大渡船，这些船一次只能运载500人。拉纳指挥的渡河作战打得非常漂亮，只遇到了轻微抵抗。次日，法军与博利厄的左翼接触，有些零星战斗。当晚，在前哨发生一件事，拉阿尔普将军被自己的哨兵误射身亡。到5月9日，拿破仑全军都渡过了波河，再也没有水上障碍可以阻挡他们向米兰挺进。军队北上，仍由马塞纳师充任前锋。前天，拿破仑向卡尔诺呈送了一份报告：我们终于渡过了波河。第二个战役已经开始。博利厄上当了，他算计太不周详，屡次陷入别人为他布下的圈套……再打一次胜仗，我们就可以成为意大利的主人。
出其不意地渡过波河在战略上固然是一项辉煌成就，可是在道义上也许说不通。当时，皮亚琴察是一个中立城市，属于巴马公国。拿破仑不仅未经允许就侵犯了巴马的中立，而且还向那位不幸的公爵勒索了8万英镑的罚金以犒赏法军；同时，他还没收大量实物，其中包括米开朗基罗和葛雷基欧的20幅名画。他把这些东西都送到了巴黎。人们不能因此而责备拿破仑的抢劫行为，因为他是奉督政府之命行事的。接着他又进入了摩德纳公爵的领土，这里也是中立的，他的所作所为与上次类似。
博利厄一听说法军已经渡过波河，立即意识到他必须放弃米兰公国。于是他取道克雷马和布雷西亚，向东退往狭窄的特兰提诺河谷。他在洛迪桥渡过阿达河，然后在桥边留下一支强大的后卫部队以迟滞法军行动。这支后卫部队达1万人，有14门炮和一些骑兵，由塞博滕多夫指挥，该师没有参加芒泰诺泰和代戈战役。这时，这次战役中最富有戏剧性的一个插曲发生了，的确也是拿破仑整个生涯中最富戏剧性的一幕。马塞纳的前卫在从皮亚琴察开往米兰的途中，于5月10日午后不久，到达小镇洛迪。该镇离阿达河的右岸不远，河上有一座170码长的木桥。该桥靠近对岸的那部分已被奥军破坏，塞博滕多夫的部队就在那边严阵以待。拿破仑到后决定强渡。至今也不明白他为什么要作出这种决定。奥军全都在对岸，而且到夜间自然会撤退。他们根本不可能妨碍他的当前目标，其当前目标不是追击博利厄而是占领米兰。也许他觉得这是他打击奥军的最后机会，因为他们的主力已经避开了他。拿破仑和马塞纳在城墙的掩护下侦察了该桥，他们发现该桥防守严密并受到两个炮兵连的火力控制。拿破仑调来一个炮兵连，亲自瞄准并组织一个突击队。这个突击队在城墙后面集中，城门一开就杀向桥头。在遇到一阵霰弹的迎头射杀后，突击队一度动摇。在浓烟的掩护之下，再次发动进攻，由马塞纳和贝尔蒂埃亲自指挥。日落时分，法军猛攻该桥，奥军防御终于瓦解。
洛迪桥之战对于整个战役并无战略影响，但是对参战部队和拿破仑本人在心理上的影响却非同小可。这是他首次和他的部队一起在第一线战斗，他们高兴地称他“小班长”。这一仗无疑增强了他的自信心，诚如后来他在圣赫勒拿岛所说的：只是在洛迪之战后，我才认识到我终归要在政治舞台上扮演一个决定性的角色。我的雄心壮志的第一颗火花就是那时产生的。洛迪之战后，法军继续向米兰推进，一路畅行无阻。5月15日，拿破仑骑马进入伦巴第的都城米兰。
这时，这位年轻的总司令对战争目标的看法与巴黎督政府产生了分歧。当拿破仑还是意大利军团炮兵司令时，他在内心就概略地拟订了一个把奥军逐出意大利的总体计划。后来，在巴黎“测绘局”供职时，他又在更大的规模上发挥了这一构想。他设想用意大利军团侵入蒂罗尔，与部署在莱茵边境由莫罗指挥的莱茵——摩泽尔军团和儒尔当指挥的桑布尔——默兹军团，共20万法军联合进军维也纳。这一巨大的钳形运动目前正在形成，因为博利厄的军队正在他的面前全线溃退。他们此刻只求在特伦蒂诺阿尔卑斯山的要塞中找个安身之所。
然而，督政府的战略目标却没有他这样野心勃勃。自头一年的11月份以来，法国政府的实权掌握在五个督政官手中，他们是：勒图尔纳、卡尔诺、巴拉斯、勒贝尔和拉·莱波—雷韦伊埃。其中，卡尔诺号称“胜利的组织者”，是一位谨慎的计划师，显然也是督政府的战略顾问。他一向认为拿破仑对维也纳发动规模巨大的向心攻击的想法是一种疯狂的幻想。在3月6日给拿破仑的指示中，根本就没有提及这些遥远的战略目标。交给他的任务只有三项：一、征服皮埃蒙特；二、击败奥军；三、占领米兰公国。至于下一步干什么，卡尔诺的计划很简单：奥军在得到增援后将卷土重来，要准备在意大利与奥军再决雌雄。鉴于法国财力枯竭，整个意大利正躺在拿破仑的脚下，而意大利又是欧洲最富饶的国家，因此法国必须尽量榨取意大利的资源。5月7日，督政府命令拿破仑将其大部分兵力交给阿尔卑斯军团的克勒曼，由他接管米兰地区并牵制奥军。而拿破仑则率其剩余兵力南下劫掠，占领托斯卡纳和巴马，强迫热那亚贷款，进军罗马迫使教皇纳贡，最后，如有可能，就“解放”那不勒斯和科西嘉。
这种蓄意剪除鹰翼的做法使人不禁感到年长的卡尔诺对拿破仑颇有一点同行是冤家的妒忌心理。其他的督政官们也认为这只年轻的鹰飞得太高了一点，或许不仅会飞出视野而且还有可能对他完全失去控制。最后，他们提请这位总司令注意，他今后的军事行动必须经过军团特派员加兰和萨利切蒂的批准。5月14日，正是洛迪大捷后的第四天，拿破仑收到督政府下达的这些指示，便大发雷霆。他坚决抵制这些指示，不过，措辞还客气。他对督政官们竟要他把军队一分为二并与年长的克勒曼共事特别恼火：要克勒曼在意大利与我联合指挥的打算是失策的。我不可能自愿的与一位以欧洲第一将才自居的人共事。此外，我认为即使用一位蹩脚的将军主事也比用两位优秀的将军同时主事要好。拿破仑对于部队调动必须报请特派员批准的指示也非常愤愤，尽管其中的一位是他的故交和同盟者萨利切蒂。最后，他提出了辞呈。督政官们拗不过这位血气方刚的青年司令官，5月21日，卡尔诺以抚慰的措辞又给他写了一封信，克勒曼的阿尔卑斯军团仍继续充当拿破仑的意大利军团的兵员补充站。
拿破仑在米兰停留了一周，以便休整并让他那衣衫褴褛的部队换装。他从当地居民中勒索了80万英镑的巨款，用现金给部队发放了薪饷。帕维亚的居民起而造反，遭到了他的无情*。米兰公国本是奥地利的一个封地，如今已在拿破仑的控制之下。他决定追击正在朝蒂罗尔溃逃的博利厄残部，为此，他必须穿越威尼西亚共和国的中立领土。5月27日，马塞纳的前锋进入布雷西亚；30日，他在瓦莱焦渡过明乔河并于6月1日在维罗纳开设了司令部。然而在瓦莱焦发生的一个意外的小事件却几乎使其总司令惨遭不测。马塞纳的前卫部队走后，拿破仑在桥边的一所农舍里歇息并进午餐。突然，一支奥军骑兵侦察队闯进了村子，一时枪声四起。由于周围没有警卫，拿破仑及其参谋人员几乎被俘，但总司令还是穿了一半衣服由后门逃了出去。这次侥幸逃脱后，拿破仑为自己建立了一支由两营掷弹兵（由拉纳上校指挥）和一个骑兵连（由贝西埃尔上尉率领）组成的私人卫队。这就是其后第一执政所拥有的以及再往后发展为法兰西皇帝所拥有的那支近卫军的雏形。到6月初时，拿破仑不仅从奥地利总督费迪南大公手中夺回了整个伦巴第，而且还侵犯了威尼西亚共和国的中立。他这样做并非师出无名，因为博利厄为了确保自己能退往特伦提诺，已经占领了威尼西亚的佩斯基耶腊要塞。这是著名的中世纪四边形要塞区中四座要塞的一座。这四座要塞是：佩斯基耶腊、维罗纳、莱尼亚戈和曼图亚，它们在西面扼守着通向威尼斯的要道。而这其中，唯一真正可守的要塞是曼图亚，它也是奥地利的一个封地。由于该要塞几乎完全为明乔河所环抱，而该河在这里又泛滥形成一座湖泊，因此，若进行一般的围城作战，曼图亚是攻不破的。这些要塞，尤其是维罗纳和曼图亚，对于尔后的军事行动十分重要，因为它们控制着波河流域沼泽状泛滥平原上的要道交叉点和河川渡口。博利厄本人带领万人躲进了曼图亚要塞，余部则往北逃入蒂罗尔。
封锁曼图亚并暂时肃清残余奥军之后，拿破仑在威尼西亚境内，沿阿迪杰河右岸设置了一道警戒线。此时，为了安抚其主子，他决定去执行巴黎的督