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在马伦哥，法军不仅缺乏步兵预备队，同时也缺少炮兵支援。在包德师下午5时赶到之前，马尔蒙只有15门炮可投入战场用于支援4个步兵师，当时，这4个师正受到压倒优势的炮火攻击。
这种缺乏炮兵支援的状况似乎很难原谅。因为法军在米兰、帕维亚、皮亚琴察等地的军火库中曾缴获了大量火炮。
法军有4个骑兵旅，另外缪拉手中还有一个预备旅，总地说也使用得不甚得法。缪拉给每个步兵军都配属了一个骑兵旅，但他们参加步兵会战收效甚微。直到最后，克勒曼在卡西纳克罗萨附近英勇冲杀时，才给德塞发动反冲击助了一臂之力，给敌以致命打击。6月13日法军官方是这样记述的：
法军所有的轻骑兵都奉命去搜索平原，步兵随后跟进，但仅仅是为了探明敌方的意图而已，并没想到要在马伦哥平原打一场恶战。这些侦察完全是徒劳无功的。拿破仑如果派骑兵旅分别代替包德师和拉普师去塞拉法尔和波河北岸，其结果也许会更好些。如果不是对拿破仑的情报工作的无能深感震惊，人们是不会去研究马伦哥会战的始末的。对于奥军的位置、兵力和奥军指挥官的意图，拿破仑似乎从未能作出正确的估计，尽管事实上他是在一个4年前即已被法军占领的国家作战。据奥国的资料宣称，拿破仑曾受奥军参谋长查赫所安插的一名双重间谍的欺骗。查赫诱使拿破仑相信梅拉斯正准备在瓦兰察和卡萨列处渡过波河以便在帕维亚迂回包抄法军。这也就是6月14日拿破仑派拉普师渡过波河并把里伐德的骑兵旅派往萨勒的原因之所在。当马塞纳于6月4日在热那亚最后投降时，拿破仑一直到8时才听到这个消息，而且也仅仅是从梅拉斯上呈维也纳的一个战报中获悉的，该战报在皮亚琴察为缪拉所截获。
人们可以推断，拿破仑在马伦哥战役中一定吸取了许多有益的教训，因为在其后的战役中我们再也没有发现他在没有相当的步兵和骑兵预备队的情况下与敌交战。
在后来的战役中，他广泛地使用轻骑兵担负搜索工作，而保留重骑兵供集中突击之用。同时，他还十分留意一个有效的情报机构。
第一执政是幸运的，因为其对手是71岁高龄、毫无生气的梅拉斯。如果是一位较之强硬和敏捷的对手，那么对拿破仑所犯错误的惩罚就要比这严厉得多了。
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欲海横流（1）
马伦哥会战转败为胜虽在瞬息之间，但对意大利战场，它却是决定性的。奥军根据亚历山大里亚停战协定已撤至阿迪杰河以东。
不过，该协定对德意志战场没有约束力。在德意志战场莫罗的莱茵军团与查理大公和克赖将军在黑森林对峙。
6月19日，莫罗在霍克斯塔特渡过多瑙河，重创克赖，接着又占领了奥格斯堡和慕尼黑。次月，法奥签订了帕斯多夫停战协定，至此，这个战场的敌对行动才暂告平息。但由于英国仍未被击败，奥国又宣称在1801年2月以前决不单独签订和约，国际政局复杂多变致使和约谈判一再拖延。法国当时的地位也不容乐观，被拿破仑甩下的征埃军团至今仍在埃及孤军独处，无人问津，虽然眼下尚无危险，因为3月20日，克莱贝尔在赫利奥波利斯曾给了土耳其军一次决定性的打击，克莱贝尔在开罗遇刺身亡，接替他的梅努将军是一个能力较弱的领导人。9月间，基思勋爵攻占了马耳他岛，法国与埃及因而进一步受阻。在这些挫折和拖延的激怒下，拿破仑遂于11月5日下令取消休战，并在两个战场同时恢复战争行动。
拿破仑现在4个野战军团：在意大利有一个军团计7万人；在多瑙河，莫罗有10万人；在瑞士新组建的由麦克唐纳指挥的一个预备军团有万人；此外，在莱茵河下游的美因茨还有一个高卢—巴达维亚军团，由奥热罗指挥，有万人。8月，马塞纳被免除了意大利军团司令的职务，因为他受到贪污军饷的指控，代替他的是颇不称职的布律纳。11月底，战端重起，莫罗于12月3日在霍恩林登主动进攻，大败愚笨无能的约翰大公。
结果三周之后，法奥签订了放太尔停战协定，多瑙河战场的敌对行动遂告一段落。
在意大利战场，布律纳像以往一样缺乏干劲，进展不大。但拿破仑命令麦克唐纳在隆冬穿过施普鲁根山口，他却马到成功，从特兰提诺河推进到波尔萨诺，结果导致特雷维索停战协定的签订，以及最后于1801年2月9日，法奥两国在吕内维尔签订了正式和约。吕内维尔和约的签订结束了第二次反法同盟。对于领土问题，其处理方法与1797年签订的坎波—福米奥条约大致相同：即法国保留比利时和莱茵河左岸；在意大利、奥国则获得阿迪杰河以西的威尼斯领土作为补偿。伦巴第变成了意大利共和国，巴马、摩德内和托斯卡纳等公国均并入其版图。巴达维亚、黑尔维谢、意大利和利古里亚共和国在名义上都承认独立国家，但实际上均受法国支配。奥国既已退出战争，拿破仑现在仅剩下英国需要对付，但他却受困于英国的海上霸权。
1801年3月，阿贝克隆比在亚历山大港的胜利终于使法国人在秋天撤出了埃及，从而最后打破了拿破仑向东方扩张的美梦。3月23日沙皇保罗遇刺和4月2日纳尔逊在哥本哈根摧毁丹麦舰队，使拿破仑拼凑北欧同盟以损害英国商业利益的企图受到了挫折。因此，他转而巩固自己在国内的地位并重整法国的财经资源。拿破仑执政以来的地位一直都不稳固。他在雾月政变后夺权的专横手段使许多法国人都甚为反感。两股营垒分明的势力都反对他：其一是保皇党人，他们盼望恢复前国王的兄弟，即现已被放逐的普罗旺斯伯爵为代表的正统的波旁王朝。
当时，保皇派去法国南部和西北部的活动尤为猖獗。在西北部，舒安分子甚至公开叛乱，因而遭到了无情的*。1800年9月，拿破仑曾致函普罗旺斯伯爵：“你不必考虑返回法国。否则，你将不得不从10万死尸上踏过去。”为了安抚国内比较保守的分子，拿破仑决定与罗马天主教会握手言和。他意识到教会可以左右民众的感情。当时，法国国内还有4万名教区教士，他们对人们的思想产生相当大的影响。1800年3月，一位新选出的教皇庇护7世取代了庇护6世，因为后者在1789年受到督政府异常粗暴的对待并离开了罗马。1801年7月，拿破仑与新教皇缔结了“政教协议”，根据这一协议，天主教重新成为法国人信仰的宗教，但不是国教，教会置于政府的控制之下。
拿破仑专横地夺权也触怒了过激的共和派和雅各宾派人士，他们认为他的专制统治是对革命军队为之奋战的革命原则的否定。“政教协议”也引起了他们的愤慨，因为他们认为这是对革命戒律的一种反动，是复辟旧王朝的一种先兆。1800年圣诞节前，在拿破仑乘车前往剧院的途中，有人试图用定时炸弹谋刺他。
那天本是个风和日丽的日子。歌剧院演出海顿的清唱剧《创世纪》。第一执政王定好是要去看的，吃完饭后靠着壁炉角上坐着，好像不想走的样子。奥坦丝和她的母亲已经梳妆打扮好了，催着他说：“你去散散心吧，你工作太忙了。”约瑟芬说。波拿巴闭目养神，没有回答。最后，他到底还是同意去，上了车，由贝尔蒂埃、拉纳和洛里斯托内陪同。
波拿巴夫人因拉普为她整理东西而延误了一会儿出发。到了圣尼凯兹街，值班骑兵走在执政王的前面，发现道路被一辆二轮大车拦住，车上装着一个大桶。人们把大车推向右边。波拿巴的车夫等不耐烦，猛抽一鞭飞奔冲过。他们还没走过200米，装满炸药和弹丸的大桶轰隆一声炸开，当场炸死20人，伤60人。波拿巴的车子差一点翻了。车玻璃被打得粉碎。波拿巴安然无恙，随从人员也平安无事。约瑟芬的迟到救了她的大命，爆炸之后她才到达圣尼凯兹街。
在歌剧院，人们议论纷纷，说有人要杀执政王，刚刚炸坏了巴黎一个区。歌剧院内座无虚席，人声鼎沸，人们纷纷议论着刚才的爆炸声，不少人在担忧他们的第一执政王的生命安危，也有一些人在暗自笑着等待拿破仑身亡的消息。大街上更是成了水开的锅。行人们被爆炸声震得头昏脑涨，不知所措。靠近马车的人被炸得血肉横飞，有不少受伤的人躺在地上大声呻吟。
欲海横流（2）
不少幸免的行人们更如惊弓之鸟，纷纷逃窜。救火的、救人的来来回回，警察们则赶紧包围在现场，详细盘察周围目击者。而此时的拿破仑却镇定自若地走进了歌剧院内，安详地坐到了他的包厢内。歌剧院的观众看到拿破仑安然无恙的走了进来，一时间全体齐立，欢呼着：“第一执政王万岁！”拿破仑看着泪水汪汪的约瑟芬责问道：“怎么了？这种样子成何体统！没有什么大不了的。”朱诺贴近他的耳边，向他汇报了爆炸声是因要谋杀他而起。
“多么残暴！”他用一种失望的口气说，“就仅仅为了干掉一个人，却使这么多人死于非命！”他终于坐了下来。喧闹声随之平息下来，执政王打了一个手势，清唱剧《创世纪》开演。波拿巴没看完。他很快离开了歌剧院，回到了杜伊勒里宫。
在这以前，他一直若无其事，极力控制着自己。但一到家里，便火冒三丈。毫无疑问，他断言是共和党人新的谋杀事件，在一楼的大厅里，部长们、将军们、官员们正成堆成伙地在那里等着，他大步流星走进客厅，揎袖捋臂，怒吼道：“这是雅各宾派想暗杀我！他们是些9月分子，他们是浑身污秽不堪的地痞恶棍，他们同历届政府公开分庭抗礼。若不能迫使他们就范，就必须把他们粉碎！”他的嗓门通常比较低沉，但很激昂，越来越高，后来变得响亮，有时候收尾时都嘶哑了。在感情冲动的时刻，他的科西嘉口音暴露无遗。
富歇在他面前站着，他那双死人般的眼睛没有屈服，他冷言冷语地断定这是保王党人的阴谋。塔列朗，尤其是罗德雷，严责富歇的警务部，他是到处侦察调查的猎犬群的头目。约瑟芬长期与他过往甚密，极力为他辩护。波拿巴不敢解除他的职务。但他命令他提供一份流放人员的名单，其中应包括他的雅各宾派朋友。没过几天，富歇得意扬扬地宣布逮捕了设置爆炸装置的肇事者，他们是卡杜达尔的特务——保王党徒圣雷让和卡尔邦，事实证明雅各宾派被流放者是天大的冤枉，但波拿巴并没有赦免他们。虽然如此，执政王对富歇至少是持保留的态度。
他对富歇本人早有戒心，但对富歇的警察机构却很赞赏。富歇无论何时何地总表现出远见卓识，积极主动，对事物洞察入微。他灵活机敏，对各种各样的人物及其怪癖都了若指掌，精明程度令人生畏。执政没有几天，他的耳目侦探已遍布各个角落，对他感恩戴德之人也大有人在。塔列朗是另一个部的首脑，一旦觉得有必要接近自己的同僚时，便一改趾高气扬的神态，对他甜言蜜语。此人从小虚弱，他只顾自己的享乐和利益，他曾是旧主教，背叛了上帝和自己的信仰。他目中无人，蔑视一切，当然不包括自己，尽管他是腐化堕落的典范。他的本性是君主主义者，受的又是君主政体的教育，他推动波拿巴巩固专制政体，而富歇却要波拿巴沿着革命的道路走下去。波拿巴自有主张，坚持自己的路