另外，元朝实行职业、户籍分级制，把全国广大百姓分为官、吏、僧、道、医、工、匠、娼、儒、丐十级。在他们眼中，一向在中国传统社会中最受尊敬的儒家知识分子沦落到连娼妓都不如的地步。
元朝统治者（贵族官僚、僧侣、地主）依靠政治上的强势，强行占有土地，致使许多中小地主和普通农民丧失土地沦为佃户。每一新帝即位，就对贵族大臣们肆意赏赐，金银钞币动辄数百万以上，田地也愈千顷。如元顺帝赐丞相伯颜土地，一次就达五千顷。土地高度集中，佃户只能租种土地，但要交纳六成甚至八成以上的高额地租。元朝统治者只知穷奢极欲，完全不顾百姓的死活，因此，民间逃亡的、饿死的惨状触目惊心。此外，地主对佃户还可随意课派，若佃户生男便供奴役，生女则沦为奴婢或妻妾。
元朝以喇嘛教为国教，僧侣享有无上的特权，甚至还可以干预司法。元世祖封名僧八思巴为国师和帝师，由他掌管全国宗教事务及藏族地区政务，其法旨在西北地区（今西藏、青海一带）与皇帝诏敕并行。元朝的许多皇帝都尊封有帝师，帝师的弟子被封为国师、国公等，他们都是当时社会的特权阶层。元朝的寺庙是一种享有特权的经济实体，它们占有大量土地和劳动力，其土地的主要来源之一是皇帝“赐田”。元朝法律严格保护僧侣财产所有权，许多寺庙里有皇帝颁赐的“护持”诏书，僧尼凭此享有免税免役的特权。正是享有这些特权，所以番僧们经常为所欲为。像江南佛教总督杨琏真伽，驻扎杭州，把宋朝皇帝和大臣的许多坟墓，全都发掘，挖取陪葬的金银珠宝。并且至少有50万户农民（约250万人）被他编为寺院的农奴。喇嘛所过之处，随从如云，强住汉人住宅，把男子逐走，留下妇女陪宿。元朝第9任皇帝海山曾于1308年下诏：“凡殴打喇嘛的，砍断他的手。凡咒骂喇嘛的，割掉他的舌头。”喇嘛、番僧们如此嚣张不法，主要是由皇帝在后面撑腰。
元统治者在政治、宗教和民族政策等方面的落后性和反动性，就使得国内形成了严重的两极分化和阶级对立局面。直至元朝末期，这种分化越来越严重。毫无生活希望的绝大多数百姓只有举起反抗的大旗，反对暴政。在元统治的不足百年间，各种反抗斗争史不绝书，据记载，江南地区就有200余起。仅1340年这一年，在山东、河北等省，就先后发生了300余起农民反抗事件。这些起义，虽都还限于局部地区，规模也较小，但正如起于毫末的青萍之风，至元朝末年，已达到了风起云涌的高潮，最终掀起了中国历史上一场巨大的风暴。
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云起龙骧（1）
虽然元朝统治腐败黑暗至极，天怒人怨，但直接敲响元帝国灭亡丧钟的，却是黄河水灾。
从至正五年（1345年）4月起，黄河就不断决口，淹没了河南、安徽、江苏等大部分村庄、田地，农民流离失所。至正十一年（1351年），元政府征发北方13路民夫15万人，在黄河以南、长江以北，即今山东、河南、安徽、江苏等省的交界地带，修复黄河故道，派遣2万军队监工。
自北宋末白莲教在民间秘密结社以来，已成气候。元政府所征发的北方13路民夫，有很多是白莲教徒。1351年，白莲教首领韩山童及其门徒刘福通等人乘机进行宣传鼓动，宣传“弥勒佛诞生，明王出世”，进行秘密串联，队伍迅速发展到上万人。并制造谶语：“莫道石人一只眼，挑动黄河天下反”，准备在时机成熟时举行起义，并推韩山童为明王。
韩山童祖籍滦城。他的祖父曾被官府“以白莲会烧香惑众”的罪名，谪戍到广平永年县。元武宗、英宗时，一再下诏禁止白莲佛事。韩山童接过父祖的衣钵，继续秘密传教。河南和江淮地区的人民，多随从韩山童，加入秘密组织。他们提出“复宋”口号，并发布檄文，抨击“贫极江南，富称塞北”的不公平现象，号召广大人民群众推翻元朝的黑暗统治。史称韩山童为“徐州盗”，由于保密工作不到位，就在起义发动之际，官府派兵搜捕，韩山童被俘牺牲，妻杨氏、子韩林儿乘间逃走。在此危急关头，刘福通、罗文素、盛文郁、王显忠、韩咬儿等韩山童周围的起义领袖，把事先埋在黄河故道的单眼石人挖出来作为号召，于1351年5月在颖州（今安徽阜阳）起义，正式点燃了元末农民起义的烈火。各地白莲会众及其他农民军相继起兵响应，其中，徐寿辉、彭莹玉在蕲水（今湖北浠水）响应起义。
因为信奉白莲教的起义军，头裹红巾，故称“红军”或“红巾军”。
这样，以刘福通为首的一支称为北方红巾军，主要活动在江淮一带；
以徐寿辉、彭莹玉为首的一支称南方红巾军，主要活动在江汉一带。1351年10月，这支起义军推徐寿辉称皇帝，邹普胜为太师。建立国号天完，年号治平，并建莲台省，以蕲水为都城。徐寿辉建国称帝，以实际行动表明起义者推翻元朝重建新朝的决心，影响巨大。
另有全国各地涌现出的不计其数的不信奉白莲教的起义军，主要有起兵于庆元（今浙江宁波）的方国珍起义军和起兵于高邮（今属江苏）的张士诚起义军。
1352年2月，郭子兴和孙德崖等5人响应刘福通的号令，也在濠州（今安徽凤阳）发动起义。郭子兴，定远人，平日经常聚众烧香，是当地白莲会的首领。郭子兴、孙德崖及俞姓、鲁姓、潘姓等起义首领，俱被刘福通封为元帅。濠州农民踊跃相从者，达数万人。
在所有起义军中，红巾军声势最为浩大，迅速演变成为抗元的有生力量。
这些起义军各自为战而又相互呼应，共同对元朝的腐朽统治发起了猛烈的冲击。
1352年，朱元璋收到了儿时伙伴汤和的信，邀请他参加郭子兴的义军。汤和的信不无炫耀，说自己已做了郭子兴起义军的千户，希望朱重八也来共享荣华。朱元璋看过后，不动声色，将信烧了，那时他还不打算去参加起义。但不久，朱元璋一个师兄私下提醒他说，有人知道此信，要去告密。这一来，朱元璋就走投无路了，恰逢皇觉寺又被元军焚掠。于是，朱元璋放下钵盂，在这年的闰三月到濠州投奔了汤和，参加了郭子兴领导的红巾军。时年，朱元璋25岁。
云起龙骧（2）
刚开始，朱元璋被汤和推荐到郭子兴身边当亲兵。朱元璋天资聪颖，勇武过人，粗通文墨，很快显示出很高的军事才能，得到郭子兴的赞赏，被提拔为亲兵九夫长，成为郭子兴的亲信，有重要事情总是和他商量。当时郭子兴有一养女，是其至交马公的女儿。马公死后，便由他收养。郭子兴见朱元璋是个人才，就把养女马氏许配他为妻。从此军中改称他为朱公子。这是一步很好的台阶，为他今后飞黄腾达打下了伏笔。有了身份，便不能再用从前的小名了，于是就另起了正式名字朱元璋，字国瑞。
当时，刘福通为了便于号召天下红巾军，就立韩山童之子韩林儿为帝，称小明王，建立“大宋”政权，年号龙凤。郭子兴的濠州红巾军归其指挥。朱元璋因为是郭子兴的女婿，又英勇善战，没多长时间，就升任镇抚，后升任军队的总管之职，成为“大宋”政权赫赫有名的青年将领。
濠州红巾军共立有5个元帅。郭子兴为一派，孙德崖与俞姓、鲁姓、潘姓3个元帅为另一派，彼此争权夺利，矛盾极深。
1354年9月，徐州红巾军主将芝麻李被元军杀害，其部将彭大和赵均用便率兵投到了郭子兴门下。郭子兴一派实力大增，孙德崖心里却不是滋味，于是暗中极力拉拢赵均用。在孙德崖的挑拨离间之下，赵均用将郭子兴绑架到孙府暴打一顿，并准备杀掉郭子兴。朱元璋闻讯后，伙同彭大，率兵救回了郭子兴。但从此，两派便水火不容了。
朱元璋见濠州城诸将之间内讧不断，不足以谋大事，遂决心远走发展自己的武装。于是，朱元璋向郭子兴请命，回家乡招募兵勇，南略定远。在他的家乡钟离，朱元璋遇到了少年时的伙伴徐达、周德兴、郭英等24人，他们听说朱元璋做了红巾军的头目，纷纷前来投效。再加上一个汤和，这些人都可以说是当时人杰。很快地，在南略定远途中，朱元璋计降张家堡驴牌寨地方武装3000人，后又招降豁鼻子秦把头的800人。朱元璋统率着这支队伍，攻破定远，又夜袭元将张知院于横涧山。此后，连克怀远、安奉、含山、虹县，四战四捷。朱元璋从降军中挑选出壮汉2万多人，编入部队，并南下进攻滁州（今安徽滁县）。
朱元璋的滁州之战，在他的整个军事生涯中具有重要意义，可以说是他人生的转折点。其一，开始自成一军。其二，他得到了自己的重要谋士、定远名人李善长。李善长劝他学习汉高祖刘邦，知人善任，尤其在乱世，谁得人心，谁就可平定天下，因此要慎刑戒杀。朱元璋深以为然，从此调整策略。其三，他找到了自己的侄儿文正、外甥保儿（后来取名文忠），得知二哥、三哥及姐姐都去世了，不禁唏嘘。此后，他就开始收养孤儿。在建立明朝之前，朱元璋共收养了20多个义子。
1355年3月，郭子兴病逝，小明王韩林儿任命郭子兴的儿子郭天叙为都元帅，妻弟张天佑为右副元帅，朱元璋为左副元帅。不久，郭天叙和张天佑都在战斗中死去，朱元璋遂成为濠州这支起义军的最高统帅。不久，又攻下和州。朱元璋在和州驻守几个月后，粮食供应成了问题。与和州相对，紧靠长江南岸的太平（今安徽当涂）、芜湖是盛产稻米的地方，但是没有船只，只能望江兴叹。恰在此时，隶属于红巾军的两支巢湖水军首领廖永安、俞通海，由于内部矛盾，率所部战船千艘前来归附，朱元璋遂建立起水师，仿佛如虎添翼。
1355年7月，朱元璋用巢湖水师南下，乘长江水势，攻取采石（今安徽马鞍山西南），获得大量粮食。将士想把粮食运回和州慢慢享用。朱元璋果断地命人砍断船缆，任船顺流而下，以示破釜沉舟的决心。将士们见无路可退，鼓噪而前，攻克太平，生擒元万户纳哈出。
至正十六年（1356年）3月，张士诚在长江三角洲地带发起攻势，进攻江南元军。朱元璋乘虚而入，统率水陆大军，攻破集庆（今南京），改集庆为应天府。并以此为根据地，发展成为一支强劲的军事力量，但在名义上仍尊韩林儿旗帜，奉宋龙凤年号，以令军中。
此后，朱元璋命常遇春等将士四出经略，相继攻取常州、江阴、常熟、徽州、扬州等地；迫元水军元帅康茂才等降，招降康茂才等军民50余万，声威大震。7月，宋政权下令在应天设置江南行中书省和行枢密院，以朱元璋为行省平章兼枢密同佥。朱元璋自置官属，逐渐淡出韩林儿的红巾军系列，倾向于独立发展自己。
此时，徽州老儒朱升向他提出“高筑墙，广积粮，缓称王”的建议，高筑墙是指加强军事防备，巩固后方；广积粮是指发展经济生产，储备粮食，增强经济实力；缓称王则是指不要过早称帝，以免树敌过多。这三条建议极具战略眼光，是朱元璋发展初期的指导思想。于是，朱元璋就在应天屯田，兴修水利，恢复