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第二，当前“群小”的猖狂和斗争的紧迫性：“迩年以来，恣行愈甚，忠贞皆为解体，明哲咸思保身。”提到四月份以来杨涟等踵继弹劾魏忠贤的浪潮，说：“朕前已有特谕，备极鲜明，如何大小臣工，视若弁髦【弁髦，古代贵族子弟行加冠礼时用弁束住头发，礼成后把弁去掉不用，后喻没用的东西】，全不尊信？”——我明明表过态了嘛，立场很鲜明嘛，为什么这些人根本听不进去，全当耳旁风？提到山西巡抚职位会推一事，“皆是欺瞒，但遂营谋之私”，提到赵南星、高攀龙的垮台及其反响，“今元凶已放，群小未安，或公相党救，或妄肆猜忖”，意即他们“人还在，心不死”。第三，发出严正警告，表明将斗争进行到底的决心：
谕尔徒众【正告你们这些反动派的追随者们】，姑与维新【姑且让你们参加到改过自新的队伍中来】，洗涤肾肠，脱换胎骨。果能改图【改变思想认识】，仍当任用，如有怙【恃，倚仗】其稔恶【稔，熟悉的意思；稔恶，犹言邪恶成性】，嫉夫善类【阉党之自诩】，甘愿指纵之鹰犬，罔虑胎【指早已种下的根因；《汉书》：“福生有基，祸生有胎。”】遗之祸患，朕将力行祖宗之法，决不袭姑息之政矣！
曾经有人设想，赵、高罢免之后，东林党人暂作韬晦之想，俯首低眉，或能躲过一劫。其实并无此种可能。权力斗争，犹如两个互相扼住咽喉的人之间的比拼，毫无退路，谁先松手，则性命立为对方所取。职是之故，尽管诏书声色俱厉，尚存于朝的东林党骨干仍然只能硬着头皮顺惯性往下走。赵、高空下的位子，需要提出人选。起初，吏部、都察院分别提出由吏部侍郎陈于廷、左副都御史杨涟暂时代理。这两人都是东林党，不可能获准。不过朱由校还算客气，只是留中不发，冷处理，但意思并不含糊：各位，请给我知趣点儿！
东林党人并非不知趣，然而又有什么办法？如今举朝除了他们自己，都团结到了魏忠贤周围，他们倘若不推举自家人，就只能推举阉党分子，那岂非太过搞笑！因此，朱由校留中不发之后，在陈于廷主持下又搞了一次会推，报上几个人选供定夺——这几个人，还是东林党。
朱由校大觉此乃“给脸不要脸”，怒甚。十月二十八日，降下严旨，痛斥长期以来吏部、都察院为黑线人物所控制，已成独立王国（“吏部、都察院浊乱已久”），质问既然三番五次责令整改，“如何此次会推，仍是赵南星拟用之私人？”他接着立刻点出陈于廷、杨涟、左光斗三人，钦定了“钳制众正，抗旨徇私”的罪名，乃至痛骂“老奸巨猾、冥顽无耻”，最末一句：“陈于廷、杨涟、左光斗，都著革了职为民！”｛129｝
写到这里，不能忘记交代一下。几个月来，今日一道圣旨，明日一篇诏书，似乎朱由校忽然之间变得勤于政事起来。但实在而言，谁也搞不清这些以朱由校名义发表的言论，究竟有多少真正出自他本人。《实录》都直截了当记在他名下，那只是因为它不便指出这些圣旨可能并非出于皇帝本人，否则历史会出现太多的混乱，太多的荒唐。但我们从侧面了解到，朱由校一直无心理国，一直抱着多一事不如少一事的态度，以便有更多的时间和精力去做所感兴趣的事。刘若愚证实，平时，魏忠贤、王体乾等专拣朱由校沉迷于自己手艺的时候来奏事，使后者感到不耐烦，挥挥手：你们用心去办，我知道了。｛130｝比较可靠的推想是，上述大多数旨意，都由阉党写好，念或解释给朱由校听，取得他同意，然后发表。至于怎么解释，以及念了什么，却是可以有很大自由空间的。
杨涟、左光斗丢官，是东林党人的滑铁卢。这是东林党战斗力最强、声望最高的两位斗士。他们的倒掉，就如同东林党旗帜的倒掉。
除上述三人革职，参与会推的其他官员，被降职贬外。
二十天后，首辅韩爌见局势如此，无心恋栈，求去，谕旨即准，且冷嘲热讽，给足难堪。
依序继为首辅的朱国桢｛131｝，既非东林党亦非阉党，算是当时的无党派人士，魏忠贤对他谈不上仇恨。但过不了多久，老先生发现自己在内阁里呆着，怎么都别扭。表面上他是首辅，权力却教顾秉谦、魏广微之流分去不少。他想不计较吧，别人觉着他还挺碍事，没意思得很。熬到十二月份，熬不下去，请辞，当然也获批准。
天启四年就这么过去了。新年来临之前，整个朝廷，从部院到内阁，原来位居要津的东林党人，辞的辞，免的免，贬的贬，几乎清理一空。毫无疑问，东林党遭受了惨败。
然而，赶跑东林党巨头，并不是阉党的最终目的。阉党分子虽然无缘拜读《农夫与蛇》的寓言，但休让冻僵了的蛇苏醒后咬上一口的道理，还是懂的。打倒之后，还要再踏上一只脚、教他永世不得翻身的认识，也是有的。因此，历史掀到天启五年这一页时，“迫害”成了新的年度主题。
任何政治迫害，首先从圈定名单开始，排阵营、站队、确立打击目标；现在如此，古时也不例外。东林党一倒，各种名单马上出笼，顾秉谦、魏广微进《缙绅便览》，崔呈秀进《天鉴录》，此外有《东林点将录》《东林同志录》《东林姓名》等。这些名单提供给魏忠贤和朱由校，作为组织清理的依据。《缙绅便览》对于列入名单者，分别以姓名旁点三点、二点、一点，区分其重要性。《同志录》与此相仿，唯将点改成圈，画三圈、二圈或一圈。《天鉴录》则将所有人分做首恶、胁从两种。御史卢承钦对提供名单做出解释：
东林自顾宪成、李三才、赵南星外，如王图、高攀龙等，谓之“副帅”，曹于汴、汤兆京、史记事、魏大中、袁化中等，谓之“前锋”，李朴、贺烺、沈正宗、丁元荐，谓之“敢死军人”，孙丕杨、邹元标，谓之“土木魔神”。｛132｝
这种取浑名、将人妖魔化的斗争手法，经历过“文革”的人，会感到眼熟。别出心裁、最有创意的是《点将录》，考虑到上呈的对象文化水平不高，为使其了解名单中各人的角色和重要程度，特意模仿《水浒传》“梁山泊英雄排座次”：
天罡星托塔天王李三才、及时雨叶向高、浪子钱谦益、圣手书生文震孟。白面郎君郑鄤、霹雷火惠世扬、鼓上皂【蚤】汪文言、大刀杨涟、智多星缪昌期等共三十六人，地煞星神机军师顾大章、早地忽律游士任等共七十二人。｛133｝
凑足一百单八将，就像美军发给士兵的萨达姆集团的扑克牌通缉令，非常形象，寓政治于娱乐，大老粗魏忠贤一看就懂。
这类名单一时满天飞，乃至有书贾借以牟利。江阴一位书商，不知从哪里弄来东林党人李应升（天启朝御史，《三朝野记》作者李逊之之父）之舅蔡士顺编撰的书稿《尚论录》，“凡列声气【志同道合者】二百余人”，刻印数十部携至京城来卖。礼科都给事中徐耀听说其中有自己的名字，“恐为异己者所构”，出大价钱把全部的书买断，“秘不出”｛134｝，等于被敲诈一把。
后来，形成了统一的钦定的名单：《东林党人榜》。朱由校批示：“一切党人，不论曾否处分，俱将姓名、罪状刊刻成书，榜示。”｛135｝
敌我“甄别”工作开展同时，再定是非，把被东林党颠倒了的历史重新颠倒过来。前面说过，魏忠贤在“移宫案”中追随李选侍、阻挠朱由校登基，这无法改变，也无法否认，他为己洗清的唯一办法，是推翻东林党赋予此案的是非。魏忠贤之外，阉党绝大多数人来自当年东林党的对立面，在若干重大历史问题上，与魏忠贤有同样需要。
天启五年初，这种呼声渐起。四月，刑科给事中霍维华上疏，全面推倒“三案”（梃击、红丸、移宫）。五月，吏科给事中杨所修主张正式布置官方历史编写机构，以新的观点，对“三案”历史问题重新叙述；还要求比照“大礼议”后嘉靖皇帝——又是嘉靖——所修《明伦大典》，把“三案”中的有关奏疏编辑成书，从中传达何为正确何为谬误的立场。天启六年元月，正式决定开馆修《三朝要典》（成立写作班子），特谕明确指出，《要典》“凡例体裁，一仿《明伦大典》”，“凡系公论【阉党观点主张】，一切订存。其群奸邪说，亦量行摘录，后加史官断案【反映官方立场的批判文字】，以昭是非之实”。｛136｝
《要典》以极快速度编成，八月即刊行天下，规定：今后一切咸依《要典》论是非。彻底否定东林党，乃是主旨。因此，从万历年间立储争国本（替朱常洛争太子地位）到朱由校登基问题，长达六十年的历史，全部按照反东林党的观点重新审视。这当然符合阉党利益，但让人永远弄不懂的是，当时在所有相关问题上，东林党诤谏朱翊钧，反对郑贵妃、李选侍，均是直接间接维护朱常洛、朱由校父子的地位，然而到头来，朱由校却与当初损害他的人站到一起，判东林党为非，东林党敌人为是。即便这里无涉正邪曲直，单从常识讲，朱由校的行为亦实难为任何旁观者所理解，无怪后人称其是世所罕见的至愚至昧之人。
既然能搞出这样一部敌友不分的“历史决议”，接下来，当年两大救驾功臣杨涟、左光斗被活活整死，也就不足为奇。
东林党是倒了，被他们“窃取”的权力也都收回，但是归根结底，他们不曾谋反，也不曾叛国，没有犯任何死罪，双方只是政治斗争，套用现代语说，只是“两条路线之间的斗争”。这让魏忠贤以及很多对杨、左等恨之入骨的人，感到不爽。他们是希望看见东林党骨干分子锒铛入狱，甚至人头落地的。
怎么办？另找突破口。
按现代的经验，欲把人整臭，就说他有“生活作风”问题。在明代这一条不灵，妻妾成群合法，寻花问柳也不丢人，相反叫“风流”。那时能把人拉下马来的好办法，是指责他“招权纳贿”。一旦如此，政治问题就变成刑事犯罪。
阉党打的正是这个主意。他们重新想起约数月前那个曾被逮捕却让前镇抚司头头刘侨释放的汪文言。而今，刘侨早已被魏忠贤革职为民，让亲信许显纯掌理镇抚司。
天启四年十二月，汪文言“二进宫”，这次罪名是受熊廷弼委托，行贿。收受贿赂者谁？杨涟、左光斗诸东林党人也。
熊廷弼行贿，这件事是有的，但行贿对象不是杨、左，恰恰是魏忠贤！《明史·熊廷弼传》：“……后当行刑，廷弼令汪文言贿内廷四万金祈缓，既而背之。魏忠贤大恨，誓速斩廷弼。”｛137｝熊在个性上，确有怪诞之处，讲好用四万两银子买条性命，交易达成后，却翻悔，不肯出钱，把魏忠贤气得七窍生烟。正好，他想置杨、左等于死地，即把索贿的罪名安在他们头上。这才叫猪八戒倒打一耙。
熊与东林党人之间，从头到尾始终有不解之缘。朝中为官时，他因“刺儿头”脾性，跟东林党彼此闹得很不愉快。后来去辽东主持军事，被人进谗言免职，反而是东林党人（首辅刘一燝）替他说话。重获起用后，与当时辽东另一负责人王化贞，在战略及诸多具体问题上意见相左。这王化贞又偏偏是东林党领袖、时为内阁首辅的叶向高的门