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不过，这次行动已经让警方可以铲除该组织大部分的势力，让组织在短时间内不能有所作为。于是，在服部平藏的带领下，组织在西部的势力彻底被铲除。而其余地方的支部，也在其余警方高官的带领下，彻底被铲除。而天皇得知此事后，也没有作出什么反应，看来害怕他的地位不保。于是，默许了警方这些行动。虽然如此，组织的总部一日未除，都有可能会死灰复燃，因此警方并没有松懈他们的行动。
而美国的FBI就是因为该组织曾经在其余地方犯法，所以才牵涉在内。再说，美国也不想日本因此而失控，所以才特地派FBI来。虽然是不怀好意，不过在多国政府的保证下，此事也不了了之。
而在这次行动中，小五郎出了相当大的力气，而且以往迷糊的样子不复存在。看来，这才是他原本的真面目。而警方那里也重新接纳小五郎，并将他升为搜查一课的课长。而名侦探就此成为名刑警，再次为警方服务。而妃英理也原谅了他，与他复合了。至此，小兰的家总算完整了。
不过，奇怪的是GIN等人并没有作出反扑的行动。不管怎样，这次的行动，还算不错。而柯南也如愿地得到了APTX…4869所有的资料，恢复身体有望了。而小哀也没有令他失望，一星期后，就将他梦寐以求的解药研究出来了。于是，柯南编造了一个理由，说要和小哀去美国定居，而且不会再回来了。小兰非常伤心，可是又没有理由挽留他们。
第五章 洛杉矶之行
“再见了，小兰姐姐……”柯南和小哀同时说道。
小兰终于忍不住了，两只手臂张开，将柯南和小哀紧紧地搂住，眼泪已经慢慢的流下来。她真的舍不得，一个是已经一起住了三年的柯南，一个是刚开始了解的小哀，试问她又怎能不伤心呢？新一不在的时候，她的泪，也没有这样流过，也没有现在这么难受。她给予新一的泪，是担心、关怀和寄托；可是，给予柯南和小哀的泪，却是因为难舍、失去知心的痛。
如果，如果新一真的不在了，她也没有现在这般难受。不过，天下无不散的宴席，相遇之后，总会有别离的时候。这一刻，小兰才清楚知道，她始终还是没长大，她始终还是新一怀抱里那长不大的女孩。她知道，她不应该再依赖了，因为可以依赖的人，总有一天会不在的。所以，她的泪，慢慢停下了，手也慢慢放松了。 不过，来送别的少年侦探队的元太、光彦和步美等人看起来是多么的落魄。毕竟，他们也在一起了三年。光彦和元太还不怎么样，步美却已经哭成泪人。柯南明知道如果他还给予步美任何希望的话，只会让步美更加沉迷，他还是忍不住抱了她一下，安慰这个与他不可能在一起的小妹妹。步美只有哭得更大声，过了好久，她的眼泪才慢慢止住。擦干她的眼泪后，乘着柯南一个不注意，快速的在他的脸颊留了一个吻，然后推开了柯南。
“柯南，你和小哀结婚以后，一定要回日本……”步美向不知所措的柯南说道。柯南和小哀闻言后才真的哭笑不得，难道他们现在飞去美国就一定是要结婚吗？
“小子，你不要忘记这里，就算要忘记，好歹也要给个交待才好忘记……”小五郎的言语似乎在暗示着什么。柯南不解的应了一声。
“柯南……没什么……”一起来送别的妃英理似乎还有什么话要说，不过还是没有说出来。
“叮咚……”广播在催乘客快点上机。
“那么我们走了……”柯南和小哀说道，回头稍微望了来送机的人后，就头也不回的望登机的入口走去。就这样，他们离开日本，飞到了美国的洛杉矶，在那里，工藤优作、有希子和阿笠博士过来将他们接走了，并到了优作在那里的房子住下。稍后，柯南和小哀服下了解药，恢复了身体。柯南恢复了工藤新一的身份，小哀恢复了宫野志保的身份。
第六章 洛杉矶
“志保，你现在有什么打算？”有希子问道。
“我还没有想过这个问题……”志保说道。
“那就暂时什么都不要想，先在这里住一段日子再打算……”有希子建议。
“我要回去日本继续摧毁那个组织的总部，哀你就留在这里吧……”新一说道。
“不必了，新一……这些暂时交给我们处理，在适当的时候，我再让你回去……”优作打断他的话说道。
“为什么？”新一说道。
“你就暂时什么都不要想，先在这里逛一下……”优作没有回答他这个问题。
“就是嘛，新一……你就陪小哀在这里逛一下，就当是假期好了……”阿笠博士说道。新一只好妥协了。
隔日，新一就和志保到城市内闲逛，陪志保到时尚店走。由于志保的美丽，新一只好充当着志保的护花使者。尔后，他出动了老爸优作给他的金卡，送了志保很多东西。这段时间，才是两人从没有想过的悠闲，没有案件，也没有药物的研究，不是名侦探，也不是什么博士。不过，美好的时间总是不长久，转眼间，就已经是夜晚了。于是，他们就到了一间餐厅用餐。意外的是，他们遇到了朱蒂和赤井秀一。
一阵寒暄之后，赤井秀一不理朱蒂的反对，将宫野明美的事情说出来。原来，他是宫野明美的前男友。不过，刚开始的时候，他只是为了工作才成为明美的男友。不过，他在无意中泄露了自己的身份，被明美甩了。他本来是含恨在心，后来才明白明美是为了保护他才作出这些事情。得知明美被杀以后，他很伤心，于是就定下决心要替明美报仇，在公在私，他都要完成这些事情。于是，他就开始了摧毁组织的行动。新一和志保听了以后，知道了事情的前后，不由对赤井秀一产生敬意。而一旁的朱蒂则已经气得七窍生烟，原来，这两人现在已经是恋人了。不过，在赤井秀一的安慰下，总算平息了朱蒂的怒意。于是，晚餐就在这情况下完成了。
餐罢，新一和志保拖着疲惫的身体回到住处，这一夜，他们做了很好的梦。
之后的几天，他们都是这样的度过了，几乎快忘记之前那种紧张的日子。当然，新一仍然有拨电话给小兰，告诉她他快回来了。不过，小兰那里似乎没有以前那种等待他的热情了。于是，新一开始胡思乱想，直到这一日。
第七章 银色子弹
这一日，优作、有希子、阿笠博士一大早就将他们两个吵醒了，并且还告诉了他们一个好消息。那就是组织的总部被找出来了，而且还被摧毁了。听到这个消息以后，他们还真的不敢相信，因为那是近乎不可能的事情。只要GIN等人还在，组织是不可能摧毁的。于是，有希子就把整件事情的经过告诉了他们。
原来组织的头领就是前首相吉田元博，所以天皇才会无条件支持他。而在他派出杀手追杀怪盗基德以夺取‘希望’钻石的时候，手下的人重创了怪盗基德。然后他就假装失踪，其实是潜伏着。然后他乘机跟随着杀手们回到了基地，并见到了头领——前首相吉田元博。于是便与他发生冲突，岂料在争斗的时候，吉田元博不小心撞击到后脑，昏迷过去。刚好那时候SHARON闯进来，发现这件事情。刚好那时候SHARON正在失宠，于是SHARON建议他易容成吉田元博的样子，继续留在组织，而他也听从了。而他就利用这个机会，停掉几个组织向外扩张的计划，于是组织的势力才没有扩张到整个日本。
而那时候FBI已经注意到这个组织的存在，于是派出了最好的成员——赤井秀一来解决这个组织。为了保护这个组织，SHARON易容成在逃的日本通缉犯，想松懈赤井秀一的注意力，好杀了他。岂料赤井秀一精明无比，没有上当，还重创了SHARON。刚好那时候在逃难之际，遇到了新一和小兰，才明白什么叫正义。不久，SHARON就伪装身死，以VERMOUTH的身份出现。而她之所以看起来那么年轻，并非什么药造成的，而是她一直都以假的面目示众，直到变成VERMOUTH后才恢复原样。
后来，VERMOUTH想把知道组织的事情的宫野志保杀了，于是就有了不合时宜的万圣节舞会的事件。本来她是打定主意不让组织被摧毁的，可是看到柯南那种坚持不懈地精神，她被感动了。于是和怪盗基德商量了后，打算利用渐进的方式，使这个组织毁灭，然后再溜掉。可是当时核心人物之一——GIN发现到这个情况，开始怀疑他们。无奈之下，就成立一个独立的部门让GIN管理，非到必要他都不会理会这个部门的运作，而GIN就没有再起疑心。GIN就这样开始了他最喜欢的暗杀行动，把组织的势力渗透进入整个日本。于是，他就想到了利用‘希望’钻石。
于是，他假装让‘希望’钻石被发现。将计就计，利用美国FBI要控制日本的意图，吸引顶替着他继续进行偷窃宝石的儿子的目光，再派出组织的人。他之所以没有派出GIN，就是为了防止儿子被GIN杀掉。然后，利用伪装着新一的柯南，逮捕组织的人。藉此把组织的情报泄漏出去，让正在留意着组织的势力逐步铲除组织的势力。到此之后，他们就想办法解决GIN等人，然后再把总部的所在地泄漏出去，就可以功成身退。不过，最后还是给GIN逃走了。
新一和志保不可置信的望着优作，因为他们没有想到情况竟然比他们想象的还复杂好多倍，而且也太过戏剧化了。
“那你又怎么会知道这件事情？”新一怀疑着优作的话。
“这是因为那位怪盗基德本来就是你的叔叔，就是我的表弟——黑羽盗一。而你妈妈有希子的易容术就是他教的……”优作说道。
“那么说来，现在的怪盗基德就是我的表哥或表弟，是吗？”新一问道。
“没错，他自己恐怕都不知道我们之间有这些关系……”优作笑道。
“不过，我相信那些计划一定不是黑羽叔叔他们商量出来的，一定是你想出来的……”新一冷冷说道。
“哈哈！还是给你看穿了…没错，这是我策划的，还有阿笠博士一起帮忙做的……”优作一愣之后笑道。
新一这时才知道眼前的爸爸是多么的高大，推理能力实在比他强太多了，不由得有些沮丧。他还以为自己一直都在操纵着大局，没想到操纵大局的人竟然是他爸爸优作。
“还有啊！暗夜男爵系列的故事，就是从这个组织来的……”优作得意地笑道。不过，新一已经没有兴致去理会他了，还走到另一角落，志保跟着过去了。
第八章 回日本
“怎么啦？一副沮丧样子，小兰看到不知会怎么想？自大的推理狂竟然在事件解决后无精打采……”志保说道。
“恭喜你啦！哀……”新一仍是一副无精打采的样子。
“有什么好恭喜的？……真的要恭喜的应该是你吧！”志保平静得说道。
“为什么？”新一当然明白她指的事情，不过还是装作不知道的问道。
“那么几时回日本？”志保当然不会傻到去回答这种问题。
“那你现在有什么打算？”新一没有回答，只是问她要做什么。
这两个人各说个话，完全没搭理对方所说的话。这种情况过了好一段时间，这才各自停下来，一起笑了起来。之前的