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另外的一个断层来自明王朝本身，元末农民起义的战争导致排外情绪浓厚，大量的色目人被杀，在元代他们带来的*地区的科技，当时也有*版本的几何原本、天文学和数学，这些东西在战争过后也似乎消失了。但是实用技术却保留了下来，与西方一样，战争的爆发会把看起来不中用的科学遗失掉，但实用技术一旦普及却有着顽强的生命力。明王朝在造船业上依然处于世界领先地位，明朝海军力量强大，李约瑟博士说：“明代海军在历史上可能比任何亚洲国家都出色，甚至同时代的任何欧洲国家，以致所有欧洲国家联合起来，可以说都无法与明代海军匹敌。” 从1405~1433年这28年间，明朝先后七次派出航海家郑和率领的当时世界最强大的船队，出征太平洋和印度洋。当明朝巨大的郑和船队开始向海外进发时，当时世界范围内没有任何能与这支船队相抗衡的力量。 据史料记载，郑和率领的舰队每次出航均有27000余人，海上航程平均20个月，共有大小船只200百艘上下，其中最大的船载人上千，长丈，宽18丈，排水量15000吨，载重量超过7000吨，如此规模的海上舰队仅在一次世界大战前后的海上超级强国舰队中才重现身影。当年郑和舰队的活动航线从西太平洋出发，穿过印度洋，直达*半岛和非洲东海岸，在当时的全球海域上无任何可以与之匹敌的舰队。李约瑟博士说"；郑和的旗舰排水量约7；500吨，全舰队官兵及各类专家共28；000人。与哥伦布的三条船，吨位仅几百吨，人数88人相比较，简直不成比例。"；
郑和的航海耗资巨大，导致朝廷非议，与哥伦布发现美洲给西班牙带来巨大利益相反，明王朝的这次航海活动虽然规模巨大，也很壮观。但从政治上、经济上不论哪个方面都是失败的。没有利益就意味着无法长久，后来的明王朝销毁了航海图和海船下定决心不再航海。不再航海的决心影响了海军的建设，由于与蒙古人的长期战争使得明王朝的战争经费全部投入到北方对游牧民族的战争中，比如重修万里长城。海军日复一日的衰落，以至于无法应付海盗，这与宋王朝和元代还有明初全世界最强大的海军相比反差明显。为了对付海盗，明王朝下达了禁海令，割断了海上贸易。将几个世纪以来的海上贸易霸主地位送给了刚刚到达中国沿海还比较弱小的西方海上冒险者。
与明王朝禁海令相媲美的是八股文，明王朝重建了科举制度选拔官员，八股文每篇文章均按一定的格式、字数由破题、承题、起讲、入手、起股、中股、后股、束股八部分组成。破题是用两句话将题目的意义破开，承题是承接破题的意义而说明之。起讲为议论的开始，首二字用“意谓”、“若曰”、“以为”、“且夫”、“尝思”等开端。“入手”为起讲后入手之处。起股、中股、后股、束股才是正式议论，以中股为全篇重心。在这四股中，每股又都有两股排比对偶的文字，合共八股，故名八股文。题目主要摘自四书、五经，所论内容主要据宋朱熹《四书章句集注》，不得自由发挥、越雷池一步。一篇八股文的字数，清顺治时定为550字，康熙时增为650字，后又改为700字。八股文注意章法与格调，本来是说理的古体散文，而能与骈体辞赋合流，构成一种新的文体，在文学史上自有其地位。但从教育的角度而言，作为考试的文体，八股文从内容到形式都很死板，无自由发挥的余地。不仅使士人的思想受到极大的束缚，而且败坏学风。除了八股以外，科举考试排除了其他的学科，比如算学、律学等，致使考中的学员都是些摇头晃脑，死读四书五经的人。由于竞争激烈，影响官员利益，科举作弊之风盛行。在西方世界摆脱了宗教束缚头脑的时代，从明王朝开始，要求知识精英都用一个脑袋思考，执行一个脑袋思想的时代却到来了。赳其原因，与明王朝高度中央集权的社会是一致的，我在皇权时代的哲学与科学之三和之四对此有描述。
尽管僵化的儒教思想对科学技术的发展是一种障碍，但明王朝依然有很多的科学家和发明，李时珍，字东璧，蕲州人（今湖北省蕲春县）。生于明武宗正德十三年（公元1518年），卒于神宗万历二十一年（公元1593年）。李时珍曾参考历代有关医药及其学术书籍八百余种，结合自身经验和调查研究，历时二十七年编成《本草纲目》一书，是我国明以前药物学的总结性巨著。《本草纲目》共五十二卷，分十六部、六十类。共收载历代诸家本草所载药物一千八百九十二种；其中植物药1094种。矿物、动物及其他药798种，有374种为李氏所新增。每种药首先以正名为纲，附释名为目；其次是集解、辨疑、正误，详述产状；再次是气味、主治、附方，说明体用。内容极其丰富，是我国药物学的宝贵遗产，对后世药物学的发展作出重大贡献。李时珍在植物学方面所创造的人为分类方法，是一种按照实用与形态等相似的植物，将其归之于各类，并按层次逐级分类的科方法。李时珍将一千多种植物，据其经济用途与体态、习性和内含物的不同，先把大同类物质向上归为五部（即草、目、菜、果、谷为纲），部下又分成30类（如草部9类、木部6类、菜、果部各7类、谷5类是为目），再向下分成若干种。他不仅提示了植物之间的亲缘关系，而且还统一了许多植物的命名方法。英国著名生物学家达尔文也曾受益于《本草纲目》，称它为“中国古代百科全书”。李约瑟在《中国科学技术史》中写道：“16世纪中国有两大天然药物学著作，一是世纪初（1505年）的《本草品汇精要》，一是世纪末（1595年）的《本草纲目》，两者都非常伟大。”
宋应星（1587…1661）明末清初科学家。（1654～1638）年间写成了《天工开物》《天工开物》全书详细叙述了各种农作物和工业原料的种类、产地、生产技术和工艺装备，以及一些生产组织经验，既有大量确切的数据，又绘制了一百二十三幅插图。全书分上、中、下三卷，又细分做十八卷。上卷记载了谷物豆麻的栽培和加工方法，蚕丝棉苎的纺织和染色技术，以及制盐、制糖工艺。中卷内容包括砖瓦、陶瓷的制作，车船的建造，金属的铸锻，煤炭、石灰、硫黄、白矾的开采和烧制，以及榨油、造纸方法等。下卷记述金属矿物的开采和冶炼，兵器的制造，颜料、酒曲的生产，以及珠玉的采集加工等。他的著作都具有珍贵的历史价值和科学价值。如在“五金”卷中，宋应星是世界上第一个科学地论述锌和铜锌合金（黄铜）的科学家。他明确指出，锌是一种新金属，并且首次记载了它的冶炼方法。这是我国古代金属冶炼史上的重要成就之一。使中国在很长一段时间里成为世界上唯一能大规模炼锌的国家。宋应星记载的用金属锌代替锌化合物（炉甘石）炼制黄铜的方法，是人类历史上用铜和锌两种金属直接熔融而得黄铜的最早记录。 在生物学方面，他在《天工开物》中记录了农民培育水稻、大麦新品种的事例，研究了土壤、气候、栽培方法对作物品种变化的影响，又注意到不同品种蚕蛾杂交引起变异的情况，说明通过人为的努力，可以改变动植物的品种特性，得出了“土脉历时代而异，种性随水土而分”的科学见解，把我国古代科学家关于生态变异的认识推进了一步，为人工培育新品种提出了理论根据。在物理学方面，新发现的佚著《论气&；#8226；气声》篇是论述声学的杰出篇章。宋应星通过对各种音响的具体分析，研究了声音的发生和传播规律，并提出了声是气波的概念。
这个时候，欧洲的科学随着传教士在中国传播基督教开始传入中国并且有了相关记载，利玛窦是意大利人，原名叫玛太奥&；#8226；利奇（Matteo Ricci； 1552…1610）。他从小勤奋好学，对数学、物理学、天文学、医学都很有造诣，而且擅长制作钟表、日晷，善于绘制地图和雕刻。三十岁从神学院毕业，利玛窦被耶稣会派到中国来传教。他为了便于同中国人交往，刻苦学习中国的语言、文字和古代文化，换上中国的服装，按照中国的礼节和风俗习惯进行活动，还为自己取了利玛窦这样一个中国名字。
徐光启（1562－1633），字子先，号玄扈，谥文定。明松江人，大约是在万历二十一年（1593），徐光启受聘去韶州任教，二年后又转移至浔州。徐光启在韶州见到了传教士郭居静。这是徐光启与传教士的第一次接触。在郭居静那儿，他第一次见到一幅世界地图，知道在中国之外竟有那么大的一个世界；又第一次听说地球是圆的，有个叫麦哲伦的西洋人乘船绕地球环行了一周；还第一次听说意大利科学家伽利略制造了天文望远镜，能清楚地观测天上星体的运行。所有这些，对他来说，都是闻所未闻的新鲜事。从此，他又开始接触西方近代的自然科学，知识更加丰富了。后来，徐光启考中进士，后担任翰林院庶吉士的官职，在北京住了下来，在北京徐光启见到利玛窦，对他表示了仰慕之情，希望向他学习西方的自然科学。1606年，徐光启再次请求利玛窦传授西方的科学知识，利玛窦爽快地答应了。他用公元前三世纪左右希腊数学家欧几里得的著作《原本》做教材，对徐光启讲授西方的数学理论。利玛窦每两天讲授一次，徐光启总是准时到达。 经过一段时间的学习，徐光启完全弄懂了欧几里得这部著作的内容，深深地为它的基本理论和逻辑推理所折服，认为这些正是我国古代数学的不足之处。于是，徐光启建议利玛窦同他合作，一起把它译成了中文。明代施行的《大统历》，实际上就是元代《授时历》的继续，日久天长，已严重不准。据《明史&；#8226；历志》记载，自成化年间开始（1481）陆续有人建议修改历法，万历三十八年（16l0）十一月日食，司天监再次预报错误，朝廷决定由徐光启与传教士等共同译西法。直至崇祯二年五月朔日食，徐光启以西法推算最为精密，礼部奏请开设历局。以徐光启督修历法，改历工作终于走上正轨，当时协助徐光启进行修改历法的中国人有李之藻、李天经等，外国传教士有龙华民、庞迪峨、熊三拔、阳玛诺、艾儒略、邓玉函、汤若望等，编成《崇祯历书》。徐光启一生关于农学方面的著作甚多，计有《农政全书》（大约完成于1525—1528年间，死后经陈子龙改编出版于1639年）、《甘薯疏》（1608）、《农遗杂疏》（1612，现传本已残）、《农书草稿》（又名《北耕录》）、《泰西水法》（与熊三拔共译，16l2）等等。其中，《农政全书》又堪称代表。此书是徐光启殁后，经陈子龙删改（大约删者十之三，增者十之二）后成书的。《农政全书》共分12门（农本、田制、农事、水利、农器、树艺、蚕桑、蚕桑广�