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凡漕欠，无论多寡，均发各粮道严追，承追官吏严查本弁本军产业，估计变售偿补。如运军侵粮逃逸，报明户部，行文总督提究。挂欠米石，追完补运，与本帮原欠米不符者，将过淮不驳换之总漕及督漕、承运各官并采买搭运之员，一并纠劾。其运到之米，按数收用，以免累及运军。承平日久，法令日弛，粮道及监兑、押运官既不亲临水次，粮船抵淮，漕总复不严行稽查，于是弁军任意折银，沿途盗卖，抵关时遂多挂欠矣。
四十五年，令嗣后耗赠漕截等银米，暂存粮道仓库，俟回空时，仓场查明，按其挂欠数扣抵。不足，以行粮抵补。旋议定挂欠漕粮不及一分至六分之弁军治罪，总漕、粮道按所欠分数议处，并将所欠漕粮，由总漕、粮道及监兑、押运、佥丁、卫所各官至运丁，分别担任，均限定期内偿还。不完，总漕、粮道交部议，运官、运军分别治罪，仍责成总漕、粮道赔偿。全完者，优叙。
粮船抵通起卸漕米，例买别帮馀米抵补。雍正三年，奏准嗣后漕米如有不足，即分别参处偿还，不得以别帮馀米买补。其运军日用馀米，许其售卖，馀并禁阻。
漕船经涉江湖，偶遇风涛漂没，沿途催趱各官，及汛地文武官，亲临勘验出结，总漕及巡抚覆勘奏免。若军弁诈报漂没，及漂没而损失不多，乘机侵盗至六百石者，拟斩；不及六百石，充发极边，漕米按数赔缴。文武官遇漕船沈溺，不将情由申报，押运官弁巡查不谨，致失火焚毁者，俱降一级调用。地方官不协救，延烧他船者，罚俸一年。雍正初，奏准漕船在内河失风漂沈者，不许豁免，押运官弁照失于防范例，罚俸一年。如有假捏，严加治罪，出结官弁，从重议处。凡海洋江河遭风漂没，领运弁军幸获生全者，照军功保守在事有功例，晋级赐金。其漂没身故者，官弁照军功阵亡例，分别准廕加赠，运军给予祭葬银。
乾隆七年，议定漕船失风火灾，船未沉没，无论已未过淮，即令修固复载抵通。如已被沈难戽者，雇民船载运，随帮过淮盘验抵通。如失事在过淮以后，黄河中流，民船难募，令先分通帮带运开行，沿途仍雇觅民船装载。通帮各丁，出具互结，稍有亏欠，责令偿补。江、广漕船失风沈溺，如果不堪戽修，无论已未满号，地方官验明，申报总漕，就近变价，令运弁赉交粮道发给。回空漕船失事亦如之。嗣议准江苏、浙江、山东、河南等省买补船艘，如已满号，遇失风事故，就近折变，价银封交员弁携回，由粮道验给各军，以补新漕。漕船遇冰凌迅下，致被损坏，及雷火焚毁，沈失米粮，免其偿补。
各省漕粮，岁有定额，凡荒地无徵者，督抚勘实报免，随漕银米，一例蠲免。灾伤之区，应徵漕粮，及折改漕价，酌量各被灾轻重，分别缓徵、带徵。遇带徵之年，复又被灾伤，分年压徵带补。沿江沿海田地坍没水中者，保题豁免。水旱偏灾民地，例得蠲免，惟应船役，即被灾甚重，仍须供修船雇募等事，不得同邀宽典。康熙三十七年，议定京畿通州、武清、宝坻、香河、东安、永清六州县红剥船户所领地，水旱一体蠲免。水淹田亩，例于岁终确勘，涸前起徵，淹则停免。雍正十年，定淹田漕米照压徵例，俟冬勘后，涸则带徵，淹则豁免。
苏、松、太三属为东南财赋之区，赋额最重。世宗以来，屡议蠲缓，然较之同省诸府县，尚多四五倍或十数倍。道光时，两遭大水，各州县每岁歉蠲减，遂成年例。嗣是徵收之数，除官垫民欠，每年仅得正额之七八或五六而已。军兴以后，两府一州，受害尤酷。同治二年，谕江督、苏抚查明，折衷议减，期与旧额本轻之常、镇二府，通融覈计，著为定额。其绅户把持、州县浮收诸弊，永远禁革。四年，户部遵议：“江苏常、镇、太五属编徵米，系会同漕赠行月南恤局粮等款徵收。应如李鸿章等所奏，无分起运留支，一体并减，酌科则之重轻，视减成之多寡，计原额编徵米豆二百二万馀石，减五十四万馀石。”民困稍舒。曾国籓又请将苏、松地漕钱粮一体酌减。部覆漕项为办运要需，若议覈减，费必不敷，势须另加津贴，于民生仍无裨益。诏令国籓、鸿章仿浙省成例，覈实删减浮收，并严禁大户包揽短交等弊。是年减浙江杭、嘉、湖三属米二十六万馀石。
海运始于元代，至明永乐间，会通河成，乃罢之。清沿明代长运之制。嘉庆中，洪泽湖泄水过多，运河浅涸，令江、浙大吏兼筹海运。两江总督勒保等会奏不可行者十二事，略谓，“海运既兴，河运仍不能废，徒增海运之费。且大洋中沙礁丛杂，险阻难行，天庾正供，非可尝试于不测之地。旗丁不谙海道，船户又皆散漫无稽，设有延误，关系匪细”。上谓“海运既多窒碍，惟有谨守前人成法，将河道尽心修治，万一嬴绌不齐，惟有起剥盘坝，或酌量截留，为暂时权宜之计，断不可轻议更张，所谓利不百不变法也”。自是终仁宗之世，无敢言海运者。
道光四年，南河黄水骤涨，高堰漫口，自高邮、宝应至清江浦，河道浅阻，输輓维艰。吏部尚书文孚等请引黄河入运，添筑闸坝，钳束盛涨，可无泛溢。然黄水挟沙，日久淤垫，为患滋深。上亦知借黄济运非计，于是海运之议复兴。诏魏元煜、颜检、张师诚、黄鸿杰各就辖境情形筹议。诸臣惮于更张，以窒碍难行入奏。会孙玉庭因渡黄艰滞，军船四十帮，须盘坝接运，请帑至百二十万金。未几，因水势短绌，难于挽运，复请截留米一百万石。上令琦善往查，覆称玉庭所奏渡黄之船，有一月后尚未开行者，有淤阻御黄各坝之间者，其应行剥运军船，皆胶柱不能移动。上震怒，元煜、玉庭、检均得罪。
协办大学士、户部尚书英和建言：“治道久则穷，穷则必变。河道既阻，重运中停，河漕不能兼顾，惟有暂停河运以治河，雇募海船以利运，虽一时之权宜，实目前之急务。盖滞漕全行盘坝剥运，则民力劳而帑费不省，暂雇海船分运，则民力逸而生气益舒。国家承平日久，航东吴至辽海者，往来无异内地。今以商运决海运，则风飓不足疑，盗贼不足虑，霉湿侵耗不足患。以商运代官运，则舟不待造，丁不待募，价不待筹。至于屯军之安置，仓胥之稽察，河务之张弛，胥存乎人。矧借黄既病，盘坝亦病，不变通将何策之从？臣以为无如海运便。”诏仍下有漕各省大吏议。时琦善督两江，陶澍抚安徽，咸请以苏、松、常、镇、太仓四府一州之粟全由海运。乃使布政使贺长龄亲赴海口，督同地方官吏，招徠商船，并筹议剥运兑装等事。嗣澍言：“现雇沙船千艘，三不像船数十，分两次装载，计可运米百五六十万石。其安徽、江西、湖广离海口较远，浙江乍浦、宁波海口或不能停泊，或盘剥费钜，仍由河运。”上乃命设海运总局于上海，并设局天津。复命理籓院尚书穆彰阿，会同仓场侍郎，驻津验收监兑，以杜经纪人需索留难诸弊。
六年正月，各州县剥运之米，以次抵上海受兑，分批开行。计海运水程四千馀里，逾旬而至。米石抵通后，转运京仓，派步军统领衙门文武员弁沿途稽查。沙船耗米，于例给旗丁十八万馀石内动放，所节省耗米六万石，仍随同起运。承运漕粮每石给耗米八升，白粮耗米一斗，以补正米之不足。仍将漕运商耗覈出二成，白粮覈出三成，由津局给价收买，随正交运。漕粮无故短少霉变，于备带耗米内补足；不敷，勒令买补。如有斫桅松舱伤人等事则免之。船户脚价饭米折色并津贴等银，先于受兑后发七成，馀三成交押运员弁，到坝后查无弊端，始行全发。沙船馀米不下十万石，初照南粮例，听天津人照市价收买。嗣以商人希图贱价售买，改由官为收买，其价银由江南委员转发船户，后仍令商船自行售卖。
每届海运期，沿海水师提镇，各按汛地，派拨哨船兵丁，巡防护送，并派武职大员二，随船赴津。上海交兑时，先期咨照浙江提镇水师营出哨招宝、陈钱一带地方，江南提镇水师营出哨大小洋山，会于马迹山，山东总镇出哨成山、石岛，会于鹰游门，以资弹压。山东洋面，责成游击、守备，搜查岛屿，防护迎送。后以邵灿言，停派护送武职大员，责成沿海水师逐程递护。嗣宁、沪商人各置火轮船一，遇新漕兑开行时，分别扼要巡防。
剥船，直隶旧设二千五百艘，二百艘分拨故城等处，八百艘留杨村，馀千五百艘集天津备用。后雇賝堪装漕粮二百五十石民船五百艘，以备装载。商船首次抵津，先仅府县仓脚庙宇拨卸三十万石，馀令剥船径运通仓。随将天津仓脚庙宇所储漕米运通，无庸转卸北仓，致多周折。至商船二次抵津，如剥船不敷装载，即将米先储府县仓脚庙宇；不敷，再剥储北仓。随令原剥将所储米石侭数运通。剥船足敷装载，即按首次商船办法，不必分储北仓，以归简便。剥船百六十只为一起，由经纪自派人分起押运交仓，押运员役禀报仓场，复驰回续押后起米船。经纪等止须带领斛手到船起卸，如有藉端刁难需索，交地方官从严治罪。
各州县经管剥船，每年例给修艌银五两，三年小修一次，给费二十两，岁终漕竣，逐一挑验，船身坚固者，酌量修艌，如损坏较甚，即核赏估价，所需经费，于道库油艌银项下动拨。封河守冻期内，每船工食银十五两，运米百石，给脚价八两四钱，食米一石一斗五升。嗣每百石加脚费五两。李鸿章因官剥船户贫困滋弊，例定工食银十五两，仅领一半，不敷赡家，请每船由苏、浙漕项内酌贴五两，部格不行。鸿章上疏争之，诏从其议。商船领运漕粮，迅速无误，万石以下给匾额，五万石奖职衔，每次奏保以百二三十人为限。
七年，蒋攸銛请新漕仍行海运。上以近年河湖渐臻顺轨，军船可以暢行，不许。其后各省岁运额漕，逐渐短少，太仓积粟，动放无存。二十六年，诏复行海运。二十七年，议准苏、松、太二府一州漕白粮米，自明岁始，改由海运。三十年，复令苏、松、太二府一州白粮正耗米，援照成案，由海运津。咸丰元年，户部尚书孙瑞珍请河海并运。御史张祥晋请将江苏新漕，援案推广常、镇各属及浙江，一体海运。下江督陆建瀛、苏抚杨文定、浙抚常大淳妥议。覆称明年苏、松、常、镇、太四府一州漕白粮米，请一律改由海运。浙漕碍难海运，请仍循旧章，从之。二年，建瀛上筹办海运十事，下部议行。是年以浙江漕船开兑过迟，回空不能依期归次，诏来岁新漕改为海运，从巡抚黄宗汉请也。五年，河决铜瓦厢，由张秋入大清河，挟汶东趋，运道益梗。六年，截留江苏应运漕粮二十万石供支兵饷，实运漕白正耗及支賸给丁馀耗米七十五万五千馀石，其歉缓南漕，令各州县依限催徵运通。
同治七年，议试用夹板船装运采买米石，水脚银数悉仍沙船例，给银五钱五分，挽至�