，与汀、漳、龙三府协办，盐法道承修之福建厂，与延、邵、建三府协办。七年，裁江苏黄浦营弁兵，改为提标水师右营。八年，加福建三船厂津贴银。十二年，加台湾船厂运费。十四年，令外海、内河水师战船、哨船修竣后，承修官以船身丈尺及器具报有司毋损。
十五年，以闽、浙海洋绵亘数千里，远达异域，所有外海商船，内洋贾舶，藉水师为巡护，尤恃两省总巡大员，督饬弁兵，保商靖盗。而旧法未尽周详，自二月出巡，至九月撤巡，为时太久。乃令各镇总兵官每阅两月会哨一次。其会哨之月，上汛则先巡北洋，后巡南洋。下汛则先巡南洋，后巡北洋。定海、崇明、黄岩、温州、海坛、金门、南澳各水师总兵官，南北会巡，指定地方，蝉递相联，后先上下，由督抚派员稽察。至台澎水师，仍循曩例。
十六年，令福建三江口营大小战船，按季整洗。十七年，令各省水师，除江南省沙唬船、巡快船，福建省艍䏝船，轻便易使，广东虎门协营沙礁迂曲外，其沿海各省战船，一律制备头巾插花，借助风力，以资巡哨。巡船则仿民船，随时修整。五十四年，以外海、内河战船，旧例酌留一半为捕盗之用，其馀各船，次第届期改造，咸令展期三月，福建、浙江、江南、山东各省，咸展期半年。五十五年，以搜捕海盗，战船拙滞，允水师将弁之请，仿民船改制战船，以期迅捷。五十八年，因广东海盗充斥，自南澳至琼、崖，千有馀里，水师战船，虽有大小百数十号，仅能分防本营洋面，不敷追捕，致商船报劫频闻。历年捕盗，俱赁用东莞米艇，而船只不多，民间苦累。乃筹款十五万两，制造二千五百石大米艇四十七艘，二千石中米艇二十六艘，一千五百石小米艇二十艘，限三月造竣，按通省水师营，视海道远近，分布上下洋面，配兵巡缉，以佐旧船所不及。五十九年，以浙江定海县之舟山外有五奎山，外洋船只，皆于此寄泊，实为海滨要区，于定海镇标内，酌拨弁兵，更番戍守。六十年，以沿海战船过于累重，不便捕盗，每届修造，需费尤多，通饬各督抚，届修造之年，俱仿商船之式改造，以所节浮费，为外洋缉捕之用。
嘉庆二年，浙江战船俱仿民船改造。山东战船亦仿浙省行之。其馀沿海战船，于应行拆造之年，一律改小，仿民船改造，以利操防。五年，谕各省水师，向设统巡、总巡、分巡及专汛各员，出洋巡哨。奉行日久，有以千总等代巡之弊。嗣后令总兵官为统巡，副将、参将、游击为总巡，都司、守备为分巡，遇有事故，以次代巡，不得以微员擅代。山东水师，向未有统巡等职名，亦一律行之。九年，因各省师船向遵部颁定式，仅能就近海巡查，不能放洋远出，多改雇商船，出洋捕盗。廷臣建议，战船改商船制度，以收实用。旋谕江苏省滨海之区，屡有盗劫，所有旧式战船，令疆臣仿广东、福建、浙江之例，即行改制。十一年，谕沿海疆吏，当乾隆五十五年，曾严饬统兵官实力训练舟师，乃日久玩生，弁兵于操驾事宜，全不练习，遇放洋之时，雇用舵工，名为舟师，不谙水务。嗣后通饬所辖各营，勒期训练，一切帆舵各技，务皆嫺习。其最优者，不次擢用，惰者惩之。二十一年，规复天津水师营汛，以闽、浙、两广、两江各省所裁水师，遵旧制募足额数，改隶天津水师，分营管辖。二十二年，增设天津水师总兵官，以专责成。
道光四年，谕福建疆臣，前以闽省战船迟重，驾驶不便，曾裁汰十五船，其馀俟拆修之年，令承修官仿同安梭船式，一律改造。嗣后闽洋米艇，缉捕仍不得力，其已改造之胜字六号米艇八艘无须裁汰外，所有届修之捷字六号十二艘，存营之胜字一号十号两艘，修竣之胜字三号一艘，悉行裁撤。十年，令直隶、浙江、福建统兵官，增拨哨船，梭巡南北洋面。是年，定水师人员一年试验之制，各统兵官随带出洋，亲加考验。又严定改用外海水师人员之制，其外省世职，及陆路呈改人员，有才具可用，或曾立功绩者，由督抚保题。十三年，整顿浙江省水师，增造阔船、舢板船。十五年，以各省水师废弛，惮于出巡，致盗案叠出，严饬水师提、镇实力训练缉捕。十八年，以各省战船每届修造之年，承办各员，冒领中饱，不能如式制造，或以旧代新，或操驾不勤，驯至朽腐，令统兵大臣核实办理。十九年，令督、抚、提、镇禁将弁扣索之弊，并甄汰劣员，如有呈改召募，不得瞻徇。
二十年，以各省战船修造草率，并有迟延积压各弊。福建船厂所修成字四号大船，甫经拆造，即致破坏。自道光六年至二十年，积压各船至三十艘之多。承修各员，悉予惩处。各厂应修之船，一律严催。其水师各船巡洋之馀，各提、镇大员，饬将弁操练燂洗，毋任久泊海壖。又因广东虎门海口为海防中路要区，以西境之香山，东境之大鹏，为左右两翼，嘉庆十五年，设水师提督，节制各路。香山副将所辖水师，兵力稍厚。大鹏参将所辖弁兵，仅九百馀人。道光十年，又分为二营，其所辖大屿山及尖沙嘴洋面，为夷船聚泊之所，乃择要建砲台二座，与水师相依护，以澄海副将改为大鹏协副将，移驻九龙山，增额设水师，兼守砲台，增造大号中号米艇四艘，快船二艘，在水师各协营，抽配弁兵，巡缉洋面。
二十一年，以外夷船坚砲利，旧设外海水师，强弱不敌，等于虚设，拟改水师为陆师，专防内地。寻以海盗滋扰，全恃水师缉捕，广东之虎门，为外海籓篱，尤藉舟师之力，乃定议缓裁。
二十二年，以海上用兵，专恃砲火，令各疆臣训练弁兵，一律以施放砲位有准，为弁兵去取。又以海上用兵二载，闽、粤、江、浙水师，迭致挫败，令四川、湖广等省，采购巨木，速制坚船，驶往闽、浙等省，防守海疆。寻因各省战船，如快蟹、拖风、捞缯、八桨等船，仅能用于江湖港汊，新造之船，亦止备内河巡缉，难于海上冲锋。惟潘仕成捐资新制之船，坚固適用，砲亦得力，并仿美利坚国兵船制造船样一艘，又仿英吉利国中等兵船之式，调取各省工匠，改造大船。其例修师船，一律停造，以资挹注。并以船砲图说，饬江苏、福建、浙江三省督抚详勘，何者利用，由广东省制成，分运各省。又因湖北省所辖长江千馀里，旧设宜昌镇标，荆州、汉阳各水师营，战船不能载砲。广东匠役何礼贵曾为外洋造船，能造火轮及各式战船，饬赴湖北，择何项战船利于长江驾驶，即就海船之式，量为变通。裕泰拟造之开浪船，于海战未宜，罢之。
二十三年，饬沿海各提、镇，于每岁出洋及巡洋事毕，所经历情形，悉以上闻。三十年，因浙江省水师废弛，饬有司整治船砲，严禁奸民接济海盗，并令沿海将领，按时出洋会哨。又令山东疆臣，以三汛师船，四县水勇，合而为一，统以专员，往来策应，并于扼要岛屿，设置大砲。
咸丰元年，以长江辖境绵长，令张亮基等购置船砲，择要驻守。三年，调广东外海水师拖罟战船，及快蟹、大扒等船百艘，统以大员，由海道驶赴江宁，助剿粤寇。是年，江忠源疏请广制战船，以靖江面。旋令两广督臣，以广东拖罟船式咨行四川、湖广各督抚，或在本省，或在湖北宜昌一带，迅简工匠，造水师船百馀艘，每船载兵五十人，于三月内竣事。兼饬湖南、湖北二省，购船募兵，与长江下游艇船，协力防江。旋以所购民船不合用，乃收买江船之巨者，仿广东船式，安置砲位，与广东所募红单船，及赁用拖罟船，驶赴江南剿寇。又以广东内河及滨海各县，均有捐造缉捕快蟹船，道光间，江海捕盗，悉藉其力。船头藏巨砲，旁列子母砲，勇丁咸技艺精练，洵水战最长。令各船由海道至长江会师。是年，曾国籓试造师船于湖南，以规模过小，乃就广东之拖罟船、快蟹船二种，参酌其制，先造十艘，续增二、三十艘，以能载千斤之砲为度。至拖罟船，则由两湖督抚如式制造。
四年，令广东赁用之红单船二十三艘，并修治十九艘，凡四十二艘，统一武员，驶入长江。是年，以粤寇窜扰东南，水师不敷剿堵，下游惟广东红单、拖罟等船渐集瓜洲，上游惟曾国籓新造战船，自湖南顺流而下，已达武昌。其九江、安庆等处，尚无战舰，令张亮基、骆秉章购置江船及钓钩等船，裕瑞、夏廷樾在四川采购材料，与骆秉章商办。旋骆秉章以四川造船，江险而途远，水程不便，仍在湖南购料制造。两湖绅士丁善庆，遵曾国籓所定之式，已成大板艇五十号，长龙等船亦次第告成。长江剿寇，在江南取胜者，以红单船、拖罟船二种为最，体势雄壮，置砲最多，而能顺风不能逆风，宜江面宽阔，不宜港汊。在湖南取胜者，以舢板船、长龙船、快蟹船三种为最，往来轻便，搜捕尤宜，而风急水溜，一下难于遽上，势散而力单。令湖南水师沿江攻剿，与江南水师会合，各用其所长，以期制胜。
六年，以曾国籓在江西所造战船，最为得力，令福济选择将弁，率工匠赴庐州仿造，所需洋砲，在上海拨款办解。六年，胡林翼以长江水师，自五年春间回驻武、汉以后，战舰无多，乃与骆秉章协商，督率船砲局各员，尽力筹谋，水师复振。湖南绅局所制船械，交至营中者，大小战船凡三百馀艘，火药四十馀万斤，砲子一百四十万斤，其馀各械咸备，请优诏奖之。水师重在砲位，广东运到洋砲二百尊，续运六百尊，配置各师船，自武、汉至九江，所向克捷。惟长江水战，上下游形势不同，武、汉以上，利用轻便战船，浔、皖以下，江面渐广，利用巨舰，秋冬风劲宜巨舰，春夏宜小艇，船砲之大小，宜因时因地而损益之。请令两广督臣，续购大小洋砲，自四百斤至一千五百斤，凡八百尊，尽易旧式砲位，以利东征。八年，以天津原设水师，道光间，先后裁撤，乃筹复设，以重海防。令福建、广东疆吏，各抽调大号战舰，备齐砲械，由海道驶赴天津，设水师三千人。十年，令清淮筹防局筹款，为防湖水师常年经费，增设淮扬水师营，以保两淮盐场，兼佐陆军。芜湖孤悬水中，令曾国籓筹设宁国水师，以攻芜湖，为克金陵之本。增设太湖水师，为克苏州之本。
同治二年，谕沿海督臣举水师将才。又令曾国籓所部内江水师，都兴阿所部扬防水师，有胜外海水师之任者，各举以闻。四年，在山东省仿长江战船之式，造长龙、舢板船，于黄河水性驾驶合宜。以水师泊黄、运二河，防堵逸寇，必须分段扼守，而地势绵长，不敷调遣。复由山东增造长龙船，并增舢板船十艘，以武职大员督领巡防。五年，改造江南海口之红单广艇三十艘，合原有广艇凡四十艘，分防海口。六年，整顿福建台湾海防，增置龙艚等船。
七年，曾国籓议改水师之制，以江南水师，向分外海、内河二支，外海水师六千七百七十六名，武员一百十八人，内河水师八千二十一名，武员一百三十三人。船数则近稽道光二十四年江南旧例，水师船二百七十五艘，朽坏居多，别造舢板船一百三十五艘，大䏝船十二艘，约计各船不过载