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与此同时，夏官侍郎崔詧被诬告而死；不久右武卫大将军、出身百济的名将黑齿常之又被周兴诬告谋反，也被屈杀。
武则天任用酷吏滥杀无辜，受到很多人的反对，以陈子昂的上表抵制最为突出。陈子昂是唐初著名文学家、诗人。他是梓州射洪（今四川射洪县）人，世代地主家庭出身。年轻使气任侠，武则天临朝那年举进士，用为麟台正字。后来一直上疏言事，很有见地，为武则天赏识。他也积极支持、拥护武则天当政，写了不少赞扬新政权的文章。永昌元年三月，武则天亲召他问政要。陈子昂要求退殿，上表答之。立即写上三千言的奏表，在奏表中算是长文了。武则天认真展读，为其文字和气质感染，但认为书生气过重，逐提升为右卫胄曹参军（掌决罚、戎仗等事官）。此时，再次上表反对任用酷吏，奏表曰：“周颂成康，汉称文景，皆以能措刑也。今陛下之政，虽尽善矣，然太平之朝，上下乐化，不宜有乱臣贼子，日犯天诛。比者大狱增多，逆徒滋广，愚臣顽昧，初谓皆实，乃去月十五日，陛下特察系囚李珍等无罪，百僚庆悦，皆贺圣明，臣乃知亦有无罪之人挂于疏漏者。陛下务在宽典，狱官务在急刑，以伤陛下之仁，以诬太平之政，臣窃恨之。又，九月二十一日，敕免楚金等死，初为风雨，变为景云（据史载：魏元忠、张楚金等人临刑时，风雨交加，赦令传达后，天气晴朗。见《资治通鉴》卷204。——引者。）。臣闻阴惨者刑也，阳舒者德也；圣人法天，天亦助圣，天意如此，陛下届可不承顺之哉今又阴雨，臣恐过在狱官。凡系狱之囚，多在极法，道路之议，或是或非，陛下何不悉召见之，自诘其罪罪有实者显示明刑，滥者严惩狱吏，使天下咸服，人知政刑，岂非至德克明哉”
………【第四百三十二章。勿看】………
第四百三十二章。勿看
陈子昂把武则天的滥杀，全推到狱吏身上，实又指酷吏，又以天意、人事并论，谏武则天德政、停酷刑。武则天同意他的劝谏的，遂提升他为右拾遗言官，官位接近七品，职务很重要，但是，酷吏们还在滥告、滥杀。
而且，酷吏的队伍还在扩大。醴泉人侯思止，是个卖饼的，此人诡计多端。一次，恒州刺史裴贞杖打一名判司小吏。判司与侯思止友善。他俩商量的结果，由侯思止上告裴贞与舒王李元名谋反。天授元年七月，李元名被废舒王头衔，徒往和州，裴贞被杀。侯思止因告发有功，得了个游击将军的头衔。侯思止听说监察御史高官权重，就向武则天要个监察御史做。当时武则天经常接见一般平民和被选上来的人员所以接见了他，听说他要做监察御史，就说：“卿不识字，岂堪御史”侯思止对曰：“獬豸何偿识字，但能触邪耳”武则天听他的回答得很妙，心里高兴，便授他朝散大夫、侍御史。还有个衡水人王弘义，也是个无赖。因诬告有功，授游击将军，后迁殿中侍御史。有人告胜州（今属内蒙）都督王安仁谋反，武则天让他去审案。他见到被押解而至的王安仁，就木枷上确掉他的头，又让人逮捕其子，则见到又砍掉了脑袋。杀人之后，再编造案情和供词上报。其残忍和奸诈，令人发指。
当时的酷吏来俊臣、侯思止因酷而齐名；而司邢徐有功、杜景俭因直也齐名。人们常说：“遇来、侯必死，遇徐、未必生。”徐有功是朝中司刑丞，凡被酷吏诬构者，他皆为辩诬，先后数十案，并敢直接与武则天当面争辩。琅琊王李冲反叛，家奴与县尉颜余庆相识，来俊臣审后定为死罪。徐有功却说：“赦令有言：魁首伏诛，支党未发者赦免之。赦而复罪，不如勿敕；生而复杀，不如勿生。”武则天责问他：“你认为颜余庆还不算魁首吗？”徐有功答：“魁首者元谋，虺贞（即李贞）是也，现已伏诛。余庆至今才治罪，支党也，应按敕令赦之。”当时，在朝堂听徐有功与女皇当面争辩，数百官员吓得大气不敢出，但徐有功却神情自若。武则天见他正直，“甚敬惮之。”遂听徐有功，免了颜庆余死罪。
司刑李日知也是个正直的人。一次，另一个司刑胡元礼想杀一个囚犯，李日知认为该囚未犯死罪不能杀。两个人争论不休，最后到武则天面前互控，仍激烈争吵，胡元礼发怒说：“我胡元礼不离刑曹，此犯终无生理”李日知针锋相对，也愤怒回敬：“日知不离刑曹，此囚终无死法”武则天见二人如此争执，还是同意了李日知，释该囚的死刑。
武则天要巩固新政权，必然清除反对派，尽管她大体上解酷吏的不法行为，也了解许多人蒙冤而死。但为达到清除反对派的目的，仍未阻止酷吏的行为。天授元年七月，武承嗣与周兴勾结，诬告隋州刺吏泽王李上金、舒州刺史许王李素节谋反。武则天下诏令他们到朝廷受审，李素节在龙门被绞样、李上金自杀。高宗这两个庶子以前几番升贬，终被武则天用酷吏除掉。八月，太子少保、纳言裴居道、尚书左丞张行廉、安南王李颖等宗室十二人、太子贤的两个儿（即武则天的两个孙子）都在酷吏的屠刀下丧命。
反对派清除得差不多了，武则天开始整顿刑狱，也开始收拾酷吏。
一次，酷吏周兴又诬陷道州刺吏李行褒兄弟谋反，定为灭族重刑，徐有功坚决阻止。周兴告徐有功故意袒护，也该杀。武则天不仅不听周兴的，还提升徐有功为侍御史。徐有功跪地哭着请求武则天仍让他当刑官，说：“我听说鹿虽在山林中，早晚要被杀肉吃。我做刑官危险不大，而做了御史早晚要被酷吏杀死的。”武则天安慰他，让他安心做侍御史，没有敢无故害他。大家见到女皇态度有了重大改变，都心里宽慰，相互称贺。
天授二年（691年）正月，御史中丞李嗣真上书暗示酷吏的危害重大，奏折说：“今告事纷纭，虚多实少，恐有凶恶阴谋离间陛下君臣。古者狱成，公卿参听，王必三宥，然后行刑。比日狱官单车奉使，推鞫既定，法家依断，不令重推。或临时专决，不复闻奏。如此，则权由臣下，非审慎之法，倘有冤滥，何由可知？况以九品之官专命推复，操杀生之柄，窃人主之威，按复既不在秋官，省审复不由门下，国之利器，轻以假人，恐为社稷之祸。”
此折切中武则天听任酷吏擅权，任意杀戮的时弊，让武则天无法答复。但她心中醒悟，决定对滥杀无辜的酷吏进行开刀，作为整顿刑狱的开端。
李嗣真上奏不久，有人状告左金吾大将军丘神绩陷害无辜，在平息琅琊王李冲的叛乱中，杀害无辜官民数千人以为已功，罪大恶极。此事武则天早已得叛，因时机不到未予理睬，如今既欲整顿刑狱，当即下令将丘神绩斩首示众。丘神绩是武则天的心腹大将，被武则天赐为武姓，成为一大酷吏，每每诬害无辜。如今被女皇斩首，朝野欢欣鼓舞，知道酷吏的末日到了。
接着就有人告发酷吏周兴与丘神绩通谋，武则天立即派酷吏来俊臣去审理。周兴是酷吏之首，官衔是文昌右丞，在酷吏中也最高，来俊臣不过是他的学生辈而已。这次让酷吏办酷吏，众官员知道有好戏看了。据说，来俊臣接到命令后宴请周兴，向他请教审案的办法。来俊臣说：“囚多不承，当为何法？”意思是，囚犯不招供，怎么让他招供呢？周兴想也不想就拿出了逼供的办法，说：“此甚易下取大瓮，以炭四周炙之，令囚入中，何事不承？”俊臣乃索大瓮，火围如兴法，因起谓兴曰：“有内状推兄，请兄入此瓮”周兴一见，吓得屁滚尿流，惶恐叩头伏罪。这便是“请君入瓮”成语的来历出处。结果是武则天免周兴死罪，流放岭南。但他的仇家没能饶他，在流放路途中被仇人杀死，碎尸万段。
接着，武则天未经举报和告状，就下令处死了索元礼。他是第一个酷吏，杀过数千名无辜者，民愤极大。武则天久有所闻，乃杀之以慰众望。
然而，武则天的侄子武承嗣是一个最大的酷吏，来俊臣也是个最恶毒的酷吏，他们都还在，只要他们还在，诬陷、谋杀就不会停止。
长寿元年（692年）初，武承嗣与做左台中丞的来俊臣密谋，要除掉狄仁杰、任知古、裴行本等高官宰相，这是他们的最大敌人。有这些正直的高官存在，武承嗣继承武则天当皇帝的阴谋就不会实现，来俊臣这样奸人总有一天会被他们所清除。他们的办法老一套，仍是诬告他们谋反，武则天最恨的是官员谋反。
果然一告即成大狱，几位宰相被捕入狱，受牵连的还司礼卿崔宣礼，前文昌左丞卢献、御史中丞魏元忠、潞州刺史李嗣真等。这些受牵连的人也是武承嗣、来俊臣等决心除去的，李嗣真曾上疏武则天，翦除酷吏、魏元跽是上次几乎掉关的那个治臣。
众人入狱，武承嗣、来俊臣等决心让他们死。来俊臣认为，以前曾经上奏谋反者，敕令说：如果自己承认谋反，态度好的可以免死。来俊臣知道这些人都很硬气，他们并没有谋反的事实，动大刑逼供也难得到口供。来俊臣就拿敕令给他们看，让他们主动奉认谋反，然后就有口供作根据杀死他们。
来俊臣便用这个办法诱供，先问狄仁杰，没想到狄仁杰立即反承认谋反，他说：“大周**，万物惟新，唐室旧臣，甘从诛戮。反是实”既然大宰相主动承认了，先放着，他反正死定了。判官王德寿见狄仁杰态度这么主动便说：“尚书定灭死矣，德寿业受驱策，欲求少阶级，烦尚书引杨杨执柔，可乎？”意思是说：“尚书可以免死了，我想求你个事，我受别人指使，请您把杨执柔宰相也牵连进来，可以吗？”狄仁杰听了大声斥责：“皇天后土遣狄仁杰为如此事”说着愤怒地以头碰柱，血流满面，吓得王德寿赶快谢罪，不敢逼他。
侯思止审问魏元忠，让他主动承认谋反，便可以免死。魏元忠一听大怒，喝骂侯思止。侯思止命人把他推倒，倒拖着走，魏元忠骂曰：“侯思止，汝若须魏元忠头，则截取，何必使承反也”
狄仁杰既自认谋反，法曹准备上报行刑，不再严备。狄仁杰便把冤状写在被面上，裹在棉衣里，向王德寿说：“天时方热，请授家人去其棉。”王德寿便反他的棉衣送给狄仁杰的家人。其子狄光远取出冤状求见武则天，武则天便问来俊怎么可以搞逼供。来俊臣说：“仁杰等下狱，臣未尝褫其中带，寝处甚安，苟无事实，安肯承反”来俊臣又诈写了狄仁杰等人的谢死表，蒙蔽了武则天，武则天果认