遣至南部琅琊台，留下百名士兵戒备山道，独自等待神仙的到往，在封神台下一个秘密龙穴之中，有姜太公墓，如果能找到龙穴，或许能从那到之罘山顶的封神台。
水镜听了鲁大人的一番话，赶忙来到临淄城东南面的东海滨，在那里有个奇形的龙岩，可是并不知道龙醒朝珠之日是什么意思，不想到却躺在海滩上睡着了，夜间，突见水面上一个龙牙状的奇石入口，原来龙醒朝珠就是月亮出现时，海水退潮，才能进入，进到姜太公墓，却见到屈娴追了上来，水镜将其打晕，经过姜太公墓后段来到封神台。
秦始皇正站在那里，过去说不了几句话便开打，可是他的实力实在是太强了，怎么也打不死他，原来这是计谋，屈娴师姐的出现，并没有杀死秦始皇，反而被秦始皇抓为俘虏，引诱其他墨家弟子去营救，从而达到一举歼灭的手段。
三日后，临淄城的皇宫门口，正当水镜感到没有办法的时候，姬良驾驶着机关鸟来到，一段对话后，二人去临淄城寻找木材，修复机关鸟的轴心部分，找到临淄城中的木匠，他说神木能够做轴心，于是来到大地图东南面的裂缝中，经过迷宫，最后打倒千年树精。拿到木材后，开始营救屈娴师姐，原来那无敌的秦始皇是赤松子假扮，怪不得那么厉害。有了机关鸟的帮助，姬良和水镜很顺利的从空中救到屈娴，可是赤松子却以极快的速度追上，赤松子是打不过的，没有机会胜利，此战必败。
被赤松子打倒后，大家被丢到一个奇怪的地方，看到一大群鹦鹉把机关鸟叼走，刚要追过去，却来到一个悬浮在天空中的迷宫，在迷宫有小的人物在表演各种各样的故事，姬良最后研究出这里是屈娴的梦境，解开这个迷宫后，来到多毛国，原来这里就是被称为云中界的地方。
进入的多毛国，原来这里是鸟类的世界，进入到大厅，看到机关鸟也在这里，可是守护的鸟却说这是他们的，只有与他们大王说话，从门口的侍卫那里可以直接到皇宫的门口，也可以顺着环形的路自己上去，有很多的东西拿，最多的还是木材。
见到多毛国的国王，原来它张的非常小，以至于要用机关人代步，他认识辅子彻，它说去凤凰洞，找一个叫肥肥的鸟，去大地图西北面的凤凰洞，里面可以看到复活之台，能够将砍头三人组复活，可是那个叫肥肥的却不愿意跟水镜走，于是回到多毛国找大王敷衍，它正在皇宫右面的点将台上，项羽竟然出现，还满口大话的决定攻打水鱼国。
多毛国大王疾鹏安排大家住高级客巢，水镜怀疑赤松子就是壶中仙，疾鹏大王不放心项羽，于是让三个人去水鱼国一探究竟。来到水鱼国，这里的敌人大多都是翻江，是天书中干活的极品，它的冶金和技术都是非常的棒，要多用天书吸收几只，人数满了以后在资源允许的条件下要多盖木屋。来到水鱼国，见到鱼王，说服它让两个种族不要再打仗，于是两个种族建立了和平协议，在庆功会上，还要与项羽打一仗，一行人看在这里的时间也不短了，于是决定回到人间的世界，再回到水鱼国的一个动口，来到水鱼国森林，见到了守护鱼，它指引了回到人界的路。
回到人界，却不知道这里是什么地方，在下邳木桥，能够看到一位奇怪的老人要帮忙捡鞋子，姬良必恭必敬的又把故意扔出的鞋捡了回来，老人说明日拂晓，再来此桥等他，王前走，来到下邳城，花5000元可以买到封印之蛋。一个小孩想吃糖葫芦，在她旁边的小贩那里花50元买得，送给小孩可以得到召风符纸、唤云符纸，注意这里可以多买几个糖葫芦，因为在游戏中不能随时存盘，而有一中奇妙的道具叫神秘果，可以随时随地的存盘，外面没有卖的，但是有了糖葫芦可以在天书中的制药工厂可以自己制作神秘果，以后的游戏将非常方便。在下邳城还可以找到林源，把他的消息送给在洛阳他的兄弟，可以得到奖励。
去旅店睡了一觉，第二天早上就早早的来到木桥，可是老人还是嫌晚，于是过天在去，老人终于传授了紫色书简。拿到书简后，在下邳城刚刚出旅店，却看到墨家的二位师兄，他们说大寨在秦国的步步紧逼下已经破落，现在十分的危险，并且说去角里山找一位墨家的老前辈请教机关人的秘密才能够救墨家。
来到地图东北面的机关山，一路上尽得高人的指点，这里要进行40战，都是十分厉害的机关人。在最后的广场处见到了水鱼国的国民，在它的指引下见到墨家老前辈白舆，他拿出了紫水晶和周王鼎，并说出了一个老人埋藏在心里十几年的秘密，姬良在这里学会了如何操纵机关屋，临走前白舆写给了墨家夫人一封信，让水镜亲手交给夫人。
回到下邳城联系众师兄第，然后回到大寨，这里早已经残破不全，更有许多的门人受到了杀害，与夫人谈话，夫人看完白舆写的信后，终于同意让姬良使用机关屋，并且派弟子去白舆那里使用机关屋，到大寨门口找到夫人，说出了黑火的和咸阳周鼎，白舆老头说机关屋缺乏动力，让去咸阳找周鼎来做动力。
来到咸阳找到故友仓海君，他说找到周鼎只有去秦皇的祭坛下，在疾鹏大人假扮的铁面遛鸟大将军的伪装下，顺利的拿到九座周鼎，可是回到白舆的机关山，白舆却认出这九座鼎都是假的，这个时候大寨受到攻击，墨家夫人被俘虏，水镜在安葬的墨家死去的兄弟后，决定去秦兵大营救夫人，在秦兵大营见到秦国的强力机关屋巨雷，可是那里是机关屋的对手，即使两架巨雷，机关屋仍不在话下，但是机关屋还是被敌人众多的数量打败，这在腹背受敌的时候，秦国的公子秦扶苏出现，他说赤松子已经去蜀之太庙寻找黑火之源。
来到蜀地的太庙，在迷宫的最底层看到一个奇怪的蛋，按下蛋上的机关，三角的缺口打开，进入的黑茧的上层，这里的迷宫不难，但是注意方向，可以使用指路傀儡，一般死路或分支都有好东西拿，在最后一层看到赤松子的大弟子犀衍，与他交战一定要在前六回合的时候打死他，不然他在后期会使用出超强的必杀计，打倒他后，他会说一些莫名其妙的话，但是却知道了夫人在云中界的消息。
于是大家决定去云中界一探究竟，来到仙云塔，刚刚进门就看到了砍头三人组，这阴魂不散的三个人已经连就了一身的好本事，其中的老大仅一击就把项羽打晕，可是他们到了仙云塔里面，依然被打成重伤，的确这个迷宫是本游戏最庞大，而且敌人比较强的一个，说它庞大，是因为路中间有很多的门，而门又没有办法打开，只有绕过去，而且路都是一样，视角一转就不知道那个是刚进去的路了，告诉大家一个好办法，按键盘的TAB键，人物会转变方向，面向的位置是北面，而在迷宫里面首先要遇到的是小壶中仙，他的位置就在地图的东北面，与这个小的壶中仙说话，他要居所地权，对话完毕后，再走向反的方向，在一个有三个宝箱的死胡同，能够找到居所地权，这样与小壶中仙对话，就能够传送到夫人在房间，与阿修罗战斗后，救墨家出夫人，一定要记得拿夫人身后的另一个居所地权，因为夫人说有一个声音在她的头顶上呼唤她很长时间了。
从刚才上来的地方再下去，又看到小壶中仙与砍头三人组的灵魂对话，把另一个居所地权给小壶中仙就能够到三层，这里全都是齐珍异宝，在最里面就是那个金色的蛹，这个时候赤松子出现了，他挥舞着宝剑要消灭众人，这个时候墨家夫人从那个金色的蛹中放出一个头顶有印记的小孩子，这个小孩实在是厉害，他竟然一下在把赤松子打成半截，犀衍马上就把赤松子的身体给带走了。
回到多毛国，夫人说要在这里住一段时间，而且要搞明白那小孩的身份，于是让水镜和姬良去机关山找白舆，这可是一条遥远的路，首先要出多毛国，来到水鱼国皇宫门口，走通道然后在回到人间，去蜀地的机关山，见到白舆老头后，刚刚说话没有几句，疾鹏大王和屈娴来报告说有紧急的事情，出机关山小木屋，这里的墨家剩余弟子在学习机关屋的操纵，在山谷入口处，听到了白舆和疾鹏还有屈娴的对话，原来墨家夫人和黑火水晶还有那个神秘的小男孩都失踪不见了，水镜以为是自己的大意把夫人放到了壶中仙的底盘而导致，自责万分。
而这个时候，墨家夫人与那个神秘的孩子，出现在咸阳的扶苏家门口，扶苏接见了他们，夫人说只有秦始皇制造的十二金人，配合那个神秘的孩子的技术，一定能够打败赤松子，这个神秘的孩子原来是晋国的大工程师，当初为了能够制造出全世界最无敌的兵器，而让其制造了秘密武器黑火，可是在实验中出了差错，整个国家都毁与一旦。
墨家夫人的提议让扶苏看到了打败赤松子的希望，于是他还在紧忙的安排着怎么趁秦始皇不在偷出十二金人像，而这边水镜以为赤松子又抓把夫人抓到仙云塔，于是二上云之界，在仙云塔门口，见到那个在下邳城外小桥上俭鞋的老人，他说要帮助大家一把，于是大家被传送到云之界的最高顶端。突然姬良出现了，还带了精通机关的水鱼国国民，原来这座会飞的塔叫做紫云塔，是一个外形酷似气象卫星的飞行器，大家靠着它飞到了秦国的咸阳，这个时候发现十二金人已经开始疯狂的破坏了。
紫云塔的威力也是十分的强，打这十二座金人像的时候一定要注意如果炮击的能量没有了，只有使用普通攻击，普通攻击命中率非常低，所以一定要节约这用，而且不要使用特殊技能，那只是减攻和防的，成功率不高，没有实际的意义，好在每战后，个个数值都会补满，所以战斗都不难，打倒总共十座金人像后，最后两个金人像会合并在一起，具有四倍的攻击力，这个比较难打些，要多注意。
战斗结束后，姬良带大家进入到紫云塔后面的一个密室，赤松子正端坐在里面，他已经失去能力，而且也只是个还能活三天的老头了，在姬良滔滔不绝的将完一大段故事后，大家终于明白赤松子只是为了自己的理想，造一个仙界、人界、魔界统一的一个新世界而以，他并没有加害大家的意思，他只是为了自己的理想而做的有些过分而已。但是水镜仍不肯原谅他，在水镜与姬良的一段对话后，水镜竟然不忍心下手。
大家决定来到泗水，原来墨家夫人并不是人，他是其父把一半的黑火而制造的一个人，而黑火已经在她体内贮存了很多年，柒又是黑火的制作者，所以他很轻松的就控制了墨家夫人，姬良说只有一把上古的宝兵器能够打败柒，那就是轩辕剑，壶中仙用自己最后的力量把大家传送到炼妖壶中。
炼妖壶中的天气异常的灰暗，漫天飘舞着黄色的沙，这里的敌人大多是鬼王，还有青龙和黑龙，都十分的强，在沿着路走，打开三到门以后，见到最后的怪物，打倒它后，在里面的冰室，拿到了轩辕剑，而在冰室中间的那个冰人就是辅子彻，把他也带走，便回到了紫云塔。
紫云塔飞到了泗水的上方，大家下了塔，进入到泗水地底洞穴，在最后面看到了受伤的犀衍，他说墨家夫人和那个