尼米兹的耐心已经到了极限，他感到不能再次退让，否则，他将沦为麦克阿瑟的部属，而丧失自己的权力和责任。他以不容置疑的语言向麦克阿瑟的特使萨瑟兰亮出了自己的观点：〃我现在不能答应把对于太平洋海区防务和作战计划不可或缺的陆军部队的作战指挥权交给他。〃
然而，尼米兹也认识到，早日结束战争，比起两人的不和以及武装部队中两个局部的冲突来说，要重要得多。基于这一考虑，他还是决定去马尼拉与麦克阿瑟会商，以取得双方的某种一致，尽早结束战争。
在两天的会晤中，两位高级将领尽可能以理智的态度去争取相同的目标，以谋求双方会谈的基点和最终从海、陆、空三方逼近日本的战略。会谈解决了一些存留的问题，奠定了进攻日本九州、本州及其他岛屿的合作基础。按照双方达成的协议，在两栖进攻中，以海军将领为主、陆军将领为辅进行指挥。尼米兹答应将进攻整个琉球群岛的任务移交给麦克阿瑟，并保证一如既往地为西南太平洋部队提供海上掩护。
这次会谈，使尼米兹意识到，他的统一指挥陆、海军的愿望，是非常不现实的，他将再也不会提及全国范围的武装部队实行统一指挥的建议了。
2月的一天，一位年轻的海军中校来到太平洋舰队总部，捎来金上将带给尼米兹的一份绝密文件。文件告知，当量为2万吨TNT的原子弹已经研制成功，将于1945年8月1日在太平洋战场使用。
一颗炸弹就能毁灭一座城市，全部或几乎全部杀死其居民，尼米兹对此深为惊讶。他在座椅中转过身来注视着窗外，然后站起来对青年军官说：〃非常感谢你。〃并喃喃自语道：〃我想，我是生不逢时，出世太早了。〃
此时，7月的〃奥林匹克行动〃计划和〃王冠行动〃计划已由继任总统杜鲁门批准在8月实施。尼米兹则继续实施对日本本土的袭击，携带水雷的潜艇和飞机把日本对各岛屿的攻势压了回去。
5月8日，德国宣告投降，这标志着欧洲轴心国的最后失败。在欣喜的同时，尼米兹也感到德国的顽固抵抗使欧洲的胜利来得太迟了，已经基本上不会对太平洋战场产生直接的支援和影响了。他确信，在盟军部队从欧洲调来之前，靠封锁和轰炸，即可迫使日本投降。
6月底，尼米兹飞赴旧金山，与金上将进行战争年代的最后一次会晤。这次会议为时仅一天，因为两位高级将领已经充分确信，〃奥林匹克行动〃与〃王冠行动〃都将不会付诸实施了。
破译的日本电讯表明，日本正试图通过苏联政府，伸出求和的触角。于是，尼米兹、斯普鲁恩斯着手将工作重点从制定〃奥林匹克行动〃方案转到为日本可能投降作准备上。有关建立民事政府、处理战犯，一直到战后重建工作方面的专家等事宜，都成了太平洋舰队参谋部讨论的话题。
海军武器专家带来了在新墨西哥州阿拉莫戈多爆炸的第一颗原子弹的资料影片。尼米兹认为使用原子弹违背人道主义精神和道德准则，这不是一种合法的战争手段。但他又同意日本问题专家莱顿的看法，日本人的武士道精神是难以通过常规手段摧毁的。作为美军统帅，尼米兹还必须考虑另一个实际的问题，即他不想牺牲更多的美国人。
7月26日，美、英、中政府发布〃波茨坦公告〃，公告指出：日军必须无条件投降；除本国四岛外，日本应从其占领的一切领土上撤出；否则，只有〃自取灭亡〃。
这时，美军〃印第安纳波利斯〃号巡洋舰已将次临界铀235和两枚原子弹的组成部件运到了位于马里亚纳群岛中的提尼安小岛上。
日本政府对〃波茨坦公告〃所列条文未作出任何反应。
8月6日清晨，一架B－29型轰炸机装载着第一颗原子弹从提尼安岛起飞。8点15分整，死亡之神在广岛上空降落，不到15分钟，白色烟云便将全城卷入一片恐怖的火光之中。瞬息之间，城中7万多无辜居民或亡或残。9点20分，美空军从1500海里外的〃日本上空向提尼安岛传来清晰明确的消息：〃任务顺利完成！〃负责〃原子弹计划〃的法雷尔将军迅速将此情向尼米兹报告，并由具体负责该计划的另一将军格里夫斯转报正从波茨坦会议返国的杜鲁门总统。
同盟国又向日本发出了波茨坦会议议定的最后通牒。最后通牒重申波茨坦会议精神，要求日本放弃一切领地属权，并由盟军占领日本本土，直至建立一个和平、负责的日本政府为上。
全世界都在拭目以待。尼米兹对日本政府愚顽不化的态度颇为吃惊。此刻日本人也很清楚，他们已绝无获胜的可能了，他们理应作出明智的反应。
然而，日本政府继续保持沉默。
8月8日，苏联向日本宣战，并出兵中国东北。
8月9日凌晨，又一架携带原子弹的飞机从提尼安岛起飞。11点零1分，原子弹炸毁了九州的长崎市。
这大概是临近战争结束的最后一声巨响了。战火硝烟即将散去，和平的捍卫者和奋斗者们将开始赢得他们应有的荣誉。8月10日，英国王室决定授予尼米兹将军〃巴斯骑士大十字勋章〃，授勋仪式在英国海军上将布鲁斯·弗雷泽将军的旗舰〃约克公爵〃号战列舰上举行。一条紫色绶带从尼米兹肩上披挂到胸前。
11日清晨，尼米兹收到金将军的一份电报，宣告了日本已停止抵抗的消息。
对尼米兹而言，这个消息实现了他对崭新明天的向往。这也是许许多多作出了崇高牺牲的勇士们的愿望。
莱顿站在一旁静静地注视着尼米兹。对于一个历经百战、经受过无数艰难曲折，终于赢得最后胜利的战将来说，还有什么比这一时刻更令人激动和欢欣鼓舞呢？然而，尼米兹并未像新闻报道中描述的哈尔西那样欢呼雀跃，而是平静地坐在椅中，脸上掠过一丝满意的微笑。在尼米兹看来，胜利早已是预料之中的事情，这一天，不过是如期来临而已，就好像是再一次证明了尼米兹的坚定信念和准确判断一样。
尼米兹起身下令实施新的战术手段。他向空中巡逻的飞行员发出信号：〃查明并击落一切偷袭者——尽可能不要采取报复手段。〃
当欢庆胜利的声音激荡在美利坚上空时，杜鲁门总统在电台宣布，他已委托麦克阿瑟将军作为盟军最高司令，由他负责安排和主持日本投降仪式，并签署和平文件。
尼米兹顿感愤懑，他认为这是对海军将土的极大不公。在太平洋的历次战斗中都是海军身负重任，出生入死，而到了胜利时刻，却让一位陆军将领担当主角，摘取果实。这种任命说明全世界视听将再次集中于麦克阿瑟身上，似乎主要是由他的部队把日本打败了。
尼米兹将此种情况报告金上将，并表达了自己的强烈不满。金立即向总统提出，如果由一名陆军将领主持和平协议，那么，仪式应在一艘海军舰只上而不是在陆上举行。海军部长福雷斯特尔还从国务卿处赢得一项协议：如果麦克阿瑟代表盟军在投降书上签字，尼米兹将代表美国签字。
意外的荣幸终于落到哈尔西的旗舰〃密苏里〃号战列舰上，这里宽阔的露天甲板将作为举行受降仪式的地方。哈尔西向海军军官学校博物馆发出特函，要求把1853年马修·卡尔布雷因·佩里准将进入东京湾时挂在舰上的国旗，用于这一历史性的时刻。这个要求获得准许。
第一批美国占领军按计划于8月28日在横须贺附近的厚木机场着陆。29日，第3舰队的部分舰只，包括〃密苏里〃号、〃南达科他〃号以及英国海军弗雷泽将军的旗舰〃约克公爵〃号驶抵东京湾，下锚停泊。尼米兹也乘水上飞机抵达东京湾，把将旗升在〃南达科他〃号上。哈尔西指出，在东京地区战俘营中，有许多战俘生病并受到非人道的待遇，他建议派出一支包括医疗舰在内的特混大队前往东京援救。但麦克阿瑟将军曾有指示，在陆军未作好准备之前，不得接回战俘。
〃按你想的去做吧！〃尼米兹说，〃麦克阿瑟将军会理解的。〃哈尔西于是下达了命令，午夜时分有将近800名俘虏被放了出来。
30日下午，麦克阿瑟将军衔着他那著名的玉米芯烟斗走下舷梯，同几小时前到达厚木机场的第8集团军司令艾克尔伯格将军握手。麦克阿瑟笑着说：〃总算如愿以偿了。〃
签字仪式的细节由麦克阿瑟与日本政府商定。在举行仪式的前两天，尼米兹对麦克阿瑟作出最后一次友好的姿态。他命令海军士兵按海军上将专用艇的规格将一艘登陆艇改装为陆军上将的专用艇。海军工兵们将艇漆成红色，椅套为红白两色，艇首漆有五颗星。改修过的小艇气派非凡。尼米兹打算把这艘艇交给麦克阿瑟，供他自岸上航渡至〃密苏里〃号上主持仪式时使用。
但当拉马尔把小艇运到东京湾，送交麦克阿瑟时，他看了一眼说：〃太小了，我不乘这个小玩意跑20海里。我要一艘大舰，而且是新舰，我想只有驱逐舰能当此任。〃
麦克阿瑟获得了驱逐舰〃尼古拉斯〃号，但在将旗悬挂问题上又出现了麻烦。〃密苏里〃号的主桅上究竟应升谁的将旗呢？尼米兹将此问题交由副官拉马尔中校全权处理。拉马尔权衡再三，终于决定将麦克阿瑟的红色将旗和尼米兹的蓝色将旗并排升到主桅上。这一举动成为海军史上破天荒的事件。
1945年9月2日，是一个具有历史意义的日子。7点刚过，包括日本在内的各国新闻记者、摄影记者乘驱逐舰来到〃密苏里〃号战列舰上。8点零几分钟，尼米兹一行乘专艇赶到签字地点，舰上哨声大作，扩音器响起了〃海军上将进行曲〃。
又过了一段时间，麦克阿瑟与参谋人员也抵达了。麦克阿瑟和尼米兹相互握手，共同庆祝这一难忘的时刻。
军中牧师祈祷后，乐队高奏美国国歌。麦克阿瑟和尼米兹一起走上露天甲板。哈尔西紧随其后。麦克阿瑟站在桌后发表了令人难忘的和平讲话，然后他请日本帝国政府的代表走向前来签字。
麦克阿瑟代表盟军在日本受降书上签字时，请美陆军的乔纳森·温赖特将军和英国陆军中校亚瑟·珀西瓦尔站在他的身后，这二人都曾是战俘，刚从满洲日本战俘营乘飞机赶来。
切斯特·尼米兹海军五星上将接着走上前来，代表美利坚合众国签字。麦克阿瑟五星上将和哈尔西上将、谢尔曼少将站在他的身后。
在尼米兹后面依次签字的有中国陆军上将徐永昌、英国海军上将布鲁斯、弗雷泽爵士以及苏联、澳大利亚、加拿大、法国、荷兰和新西兰的代表。
签字完毕后，麦克阿瑟再次迈步向前，向与会者致辞：〃我们共同祝愿，世界从此恢复和平，上帝将使和平永存。〃
仪式于9点25分结束，这时正好云开雾散，太阳放射出金色的光芒。450架舰载战斗机同数百架陆军航空兵的飞机在湛蓝的天空中列队飞过。
尼米兹返回〃南达科他〃号不久，立即发出一份早已拟好的广播演讲：
长期而残酷的战斗终于结束了。在太平洋海面上、港口和岛屿基地所有舰艇上的人员，都为之欢欣鼓舞。
今天，全世界一切爱好自由的人们都沉浸在胜利的欢乐�