油和航行里程，都将超过和平时期日本海军全年的耗油量和航行里程。
中途岛作战兵力部署将这支庞大兵力共分为六支大的战术部队（原编者按；参加中途岛和阿留申作战的全部日本兵力详见附录三。），由联合舰队司令长官山本五十六海军大将任指挥官。这六支部队的名称和主要兵力编成如下：
（一）主力部队
（山本五十六海军大将）
（1）主力
（山本五十六海军大将）
“大和号”（联合舰队旗舰），“长门号”、“陆奥号”战列舰
“风翔号”轻型航空母舰（／k架96式轰炸机）
“川内号”轻巡洋舰
九艘驱逐舰
“千代田号”、“日进号”水上飞机母舰（携带袖珍潜艇）
（2）警戒部队（阿留申警戒部队）
（高须四郎海军中将）
“日向号”（旗舰）、“伊势号”、“扶桑号”。“山城号”战列舰
“大井号”、“北上号”轻巡洋舰
十二艘驱逐岘
（二）第一机动部队
（南云忠一海军中将）
（1）航空母舰部队（原编者按：第五航空母舰战队（“瑞鹤号”、“翔鹤号”，原列入作战部署，但由于发生珊瑚海海战，未能编入。参阅第六章。）
（南云忠一海军中将）
（甲）第一航空母舰战队
（南云忠一海军中将）
“赤城号”（旗舰）、“加贺号”航空母舰（共四十二架战斗机、四十二架俯冲轰炸机、五十一架鱼雷机）
（乙）第二航空母舰战队
（山口多闻海军少将）
“飞龙号”（旗舰）、“苍龙号”航空母舰（共四十二架战斗机、叫十二架俯冲轰炸机、四十二架鱼雷机）
（2）支援部队
（阿部弘毅海军少将）
“栋名号”、“雾岛号”战列舰
“利根号”（旗舰），“筑摩号”重巡洋舰
（3）警戒部队
（木村进海军少将）
“长良号”轻巡洋舰（旗舰）
十一艘驱逐舰（据本书日文板第286页载，为十二艘驱逐舰。——译者。）
（三）中途岛攻略部队
（近藤信竹海军中将）
（1）攻略部队主力
（近藤信竹海军中将）
“金刚号”。“比睿号”战列舰
“瑞风号”轻型航空母舰（十二架战斗机、十二架鱼雷机）
“爱右号”（旗舰）、“鸟海号”、“妙高号”、“羽黑号”重巡洋舰
“山良号”轻巡洋舰
八艘驱逐舰
（2）近距离支援部队
（栗田鮏男海军中将）
“熊野号”（旗舰）、“铃谷号”，“三隈号”、“最上·号”重巡洋舰
两艘驱逐舰
（3）输送船团
（田中赖三海军少将）
十二艘运输船、三艘运输驭逐舰（裁中途岛登陆部队，共五千人（据本书日文版第109页载，应为石千八百人，其中包括：第二联合特别陆战队二千八百人（编成两个大队）和一木支队三千人（编成一个大队）。——译者））
“神通号”轻巡洋舰（旗舰）
十艘驱逐舰
（4）水上飞机母舰部队
（藤田类太郎海军少将）
“千岁号”水上飞机母舰（十六架水上战斗机。四架水上侦察机）
“神川丸”水上飞机母舰（八架水上战斗机、四架水上侦察机）
一艘驱逐舰
一艘巡逻艇
（5）扫雷部队
（宫本定知海军大佐）
四艘扫雷舰
三艘猎潜艇
一艘供应舰
两艘货船
（四）北方部队（阿留申部队）
（细萱戍子郎海军小将）
（1）北方部队主力
（细萱戍子郎海军中将）
“那智号”重巡洋舰（旗舰）
两艘驱逐舰
（2）第二机动部队
（角田觉冶海军少将）
“龙骧号”轻型航空母舰（旗舰）（十六架战斗机，二十一架值雷机）
“隼阴号”航空母舰（二十四架战斗机、二十一架俯冲轰炸机）
“摩耶号”、“高雄号”重巡洋舰
三艘驱逐舰
（3）阿图岛攻略部队
（大森仙太郎海军少将）
“阿武隈号”轻巡洋舰（旗舰）
四艘驱逐舰
一艘扫雷舰
一艘运输船（载陆军登陆部队，共一千二百人（据本书日文版第15页载．这支登陆部队的正式名称为陆军北海支队，其兵力编成为—个步兵人队（营）和一个工兵中队（连）。他们是分乘两艘运输船出发的。——译者））
（4）基斯卡岛攻略部队
（大野竹二海军大佐）
“木曾号”（旗舰）、“多摩号”轻巡洋舰
“泼香九”辅助巡洋舰
三艘驱逐舰
三艘扫雷舰
两艘运输船（载海军特别陆战队，共一千二百五十人）
（5）潜艇部队
（山崎重晖海军少将）
“伊—9号”（旗舰）。“伊—15号”，“伊—17号”、“伊—19号”、“伊—25号”、“伊—26号”潜艇
（五）先遣部队（潜艇部队）
（小松辉久海军小将）
“香取号”轻巡洋舰（旗舰，在夸贾林岛）
（1）第三潜艇战队
（河野千万城海军少将）
“靖国丸”潜艇供应舰（旗舰，在夸贾林岛）
“伊—168号”、“伊—169号”、“伊—17寸号”，“伊—174号”、“伊—175号”潜艇
（2）第五潜艇战队
（醍醐忠重海军少将）
“里约热内卢丸”潜艇供应舰（旗舰，在夸贾林岛）
“伊—156号”、“伊—157号”、“伊—158号”。“伊—159号”、“伊—162号”，
“伊—165号”、“伊—166号”潜艇
（3）第十三潜艇分队
（宫崎武春海军大佐）
“伊—121号”、“伊—122号”、“伊—123号”潜艇
（六）岸基航空部队
（冢原二四三海军中将）
（1）中途岛派遣航空队
（森田千里海军大佐）
三十六架战斗机（由第一、第二机动部队的航空母舰携带）
十架陆上轰炸机（在威克岛）
六架水上飞机（在贾鲁特岛）
（2）第二十四航空战队
（前田稔海军少将）
（甲）千岁航空队
（大桥富士郎海军大佐）
三十六架战斗机、三十六架鱼雷机（在夸贾林岛和威克岛）
（乙）第一航空队
（井上左马二海军大佐）
三十六架战斗机。三十六架鱼雷机（在奥尔岛和沃特杰岛）
（丙）第十四航空队
（中岛第三海军大佐）
十八架水上飞机（在贸鲁特岛和沃特杰岛）
中途岛的登陆日为6月7日——即N日（原编者按：日本人用的“N日”相当于美军的“D日”。日本人对不同的作战曾用不同的字母。例如，他们在珍珠港作战中曾用“X日”。），并以N日为中心仔细安排了各部队的行动时间表。选择这一天是由两个因素决定的。第一，南云部队和近藤海军中将的第二舰队刚刚在南线完成第一阶段作战任务，4月下旬才返回本土，他们的舰只需要进行检修和补给。这要花费几个星期的时间，因此，攻略作战的日期不可能早于6月上旬。第二，需要选择月光明亮的一天，以便于夜间行动。6月的第七天是适于登陆作战的月夜的最后一天，过此就要推迟差不多一个月。联合舰队强烈反对把这次作战推迟到7月。
为了赶上攻击的期限，各水面舰艇部队将于5月26—29日出发。北方部队从本州北端的大凑基地出发，中途岛攻略部队（近藤海军中将指挥的主力除外）自塞班岛和关岛出发。近藤部队、南云海军中将的第一机动部队以及山本海军大将的主力部队，将从濑户内海西部的柱岛锚地出发，直接驶往战场。在途中，主力部队将分成两路，山本海军大将直接指挥的主力继续驶往中途岛，高须海军中将的警戒部队向北驶往阿留申群岛，以便支援阿留申攻略作战。
因为攻击阿留申群岛的目的之一是配合中途岛的主攻作战——牵制敌兵力，所以，攻击将首先从北方开始。N减3日，即6月4日，北方部队的角田海军少将的第二机动部队对敌人在阿留申群岛的主要据点荷兰港进行压制性空袭。N减1日，即6月6日，开始在阿达克岛和基斯卡岛登陆。阿达克岛的登陆作战由阿图岛攻略部队执行，并在摧毁岛上军事设施和在港湾，荷兰港内布雷后把部队撤走。随后，于N加5日，即6月12日，阿图岛攻略部队执行其主要任务，在阿图岛登陆。登陆作战由角田的第二机动部队、细萱海军中将的北方部队主力、高须海军中将的警戒部队和北方部队的部分潜艇兵力予以掩护。
对中途岛的攻击大体上也采取同样的方式。N减2日，即6月5日，第一机动部队的飞机从中途岛北西二百五十海里的水域对中途岛实施攻略前空袭，目标是敌航空兵力、防御设施和附近的任何水面兵力。N减1日，即6月6日，藤田海军少将的水上飞机母舰部队占领中途岛北西六十海里的小岛——库雷岛，以便把该岛作水上飞机基地使用，直接支援中途岛登陆作战。
在进行这些初步作战的同时，载运中途岛登陆部队的输送船团及其护航队将驶近目标，并于6月7日拂晓同时在中途岛的珊瑚环礁桑德岛和东岛登陆。栗田海军中将的重巡洋舰对登陆提供近距离支援，而近藤海军中将的攻略部队主力将在中途岛以南或南西待机，以掩护这个方向的侧翼。
预料在中途岛登陆后敌舰队才会作出大的反应。因此，联合舰队计划规定，到6月7日日本部队将进入待机阵位，以迎接最重要的决战阶段。这些部队将在占领中途岛后留在阵位上七天，除非敌舰队提早进攻。迎击和歼灭敌舰队主要依靠这些部队：（1）山本海军大将的主力部队的主力；（2）高须海军中将的警戒部队；（3）南云海军中将的第一机动部队；（4）角田海军少将的第二机动部队；（5）小松海军中将的潜艇部队若干潜艇。这些部队的部署如下：
山本部队：中途岛北西六百海里；
高须部队：山本部队以北五百海里；
南云部队：山本部队以东三百海里；
角田部队：高须部队以东三百海里；
潜艇部队：N减5日，即6月2日前建立三条警戒线，以发现接近之敌。这三条警戒线的位置是：
甲警戒线（第三潜艇战队）：在北纬19°30′和北纬23°30′与西经167°之间；
乙警戒线（第五潜艇战队）：在北纬29°30′，西经164°30′与北纬26°10′，西经167°之间；
丙警戒线（第一潜艇战队中的“伊—9号”，“伊—15号”，“伊—17号”潜艇）；在北纬49°，西经166°与北纬51°，西经166°之间。
虽然对不同情况规定了采用不同的战术方法，但一般来说，如果有相当数量的敌部队进抵西经166。一线以西，首先由航空母舰和潜艇实施攻击，并根据情况需要由水面战斗部队予以支援。如果敌人进到北纬40。一线以北，就由第二机动部队和第一潜艇战队攻击，并由高须部队予以支援。如果敌人进到北纬40。以南，则由第一机动部队和第三、第五潜艇战队攻击，由山本部队予以支援。但是，如果敌舰队出动全部兵力的话，则日本南北各部队联合与之决战，这时，高须部队重新加入山本海军大将的主力，而第一和第二机动部队则合成一支部队并由南云海军中将指挥（关于中途岛及阿留申作战的兵力部署和攻击战法，请参阅本
章附表。——译者）。
附表Ⅰ：关于中途岛及阿留申作战的兵力部署法
兵团部署