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几乎到处都是烈火。接着几小时内损管人员拼死努力想制止火势的蔓延，但基本上失败了，整个军舰上，几乎找不到一处可以躲避。天谷海军中佐等大部分人员，不得不撤到右舷的小艇甲板上躲避。这艘航空母舰看来马上就要毁灭了。
大约在遭到轰炸三个半小时后，又出现了新的威胁。遭到大火浩劫的这艘航空母舰这时死气沉沉地浮在水上，并且开始倾斜。天谷海军中佐仔细观察附近海面，突然看到离“加贺号”几千米远的地方露出一支潜望镜。几分钟后，在14点10分，损管军官国定美男海军少佐发现三道白色雷迹向“加贺号”疾驰而来。看来它们是一定会击中“加赞号”的。国定少佐闭着眼睛，一边等待一边祈祷。但没有爆炸。有两条鱼雷从舰旁驰过，另一条鱼雷击中了“加贺号”，但很奇怪没有爆炸。这条鱼雷击中军舰，但斜滑出去，断成两截，前段立即沉没，带着气仓的后半截仍在水上漂着。当时，有些在舰只中弹时跳到海里或被气浪冲到海里的舰员正在游泳，就抓住漂浮着的那半截鱼雷，用作浮子等待拯救。这样，一件杀人的武器竟成为一个救命器具，这也是战争中意想不到的怪事（原编者按：关于美国潜艇攻击“加贺号”的详情，来自战后仍活着。现住东京附近土浦的天谷海军中佐，1945年10月，美国战略轰炸调查委员会传讯了天谷，天谷说明了当时的情况。他的说明在某些细节七有矛盾（参阅美国战略轰炸调查委员会《对日本官员的讯问》第一卷，第2页）。在这次汛问中，天谷回忆说，他在“加贺号”弃舰后跳到海里去，“加贺号”就在这个时候遭到了潜艇攻击。但是，后来，鉴于文件上说，潜艇的攻击时间是14点10分，而他自己直到16点40分才发出弃舰的命令，他认识到，他对美国战略轰炸调查委员会的证词一定是把事情实际的先后次序弄错了。在对以前的证词作进一步修正时，天谷解释说，虽然在遭到鱼雷攻击前他看到了潜艇的潜望镜，但并未亲自看到向“加贺号”发射的鱼雷。他说，鱼雷攻击时，指挥损管工作的国定海军少佐看见了那些鱼雷，那时他正躺在倾斜的“加贺号”露在水面高起的一边。这些情况是他们两人都转移到一艘救援驱逐舰上后，由国定向他报告的。这些小的变动并不影响天谷证词的主要点：即敌潜艇企图对“加贺号”进行攻击，但没有给“加贺号”造成任何损失。这一点，在南云部队正式作战报告里部队行动示意图中得到证实，示意图里记载敌潜艇对“加贺号”实施鱼雷攻击的时间是日本时间6月5日11点10分（中途岛时间6月4日14点10分），并注明“没有遭到损失”。这个作战报告明确说，“加贺号”沉没的原因是由于”汽油库或炸弹库引起的爆炸”。）。
保护“加贺号”的“荻风号”和“舞风号”驱逐舰在发生鱼雷攻击前，不知道附近有美国潜艇。这两艘驱逐舰赶赴疑为敌潜艇所在的地点，进行深水炸弹攻击，结果不明。敌潜艇没有再出现，两艘驱逐舰于是返回，继续进行救援工作。
这时，无法控制的火势在“加贺号”全舰上越烧越猛。最后，16点40分，天谷海军中佐下令弃舰，人员转移到在旁等待的“萩风号”和“舞风号”驱逐舰。两小时后，火势减弱，天谷海军中佐又带领损管队返回航空母舰，希望拯救这艘军舰。他们英勇奋斗，但未获效果，只好再次撤出。这个曾经是精锐的航空母舰现在成为一个在焚烧中的船壳，在两声巨响爆炸之后，于19点25分沉没，地点是北纬30°20′，西经179°17′。在这次战斗中，“加贺号”舰员死亡八百人，占三分之一。
“苍龙号”比“加贺号”少中一颗炸弹，但受到的破坏一样严重。敌机攻击的时候，舱面人员正忙于起飞准备工作。他们看到“苍龙号”左面的“加贺号”发生爆炸后升起了巨大的黑色烟柱并燃起大火，知道“加贺号”遭到了猛烈攻击。人们本能地望着天空，突然看到十三架俯冲轰炸机朝“苍龙号”垂直俯冲下来，这时是10点25分。
“苍龙号”在几分钟内中了三颗炸弹。头一颗炸弹命中舰身前部升降机前的飞行甲板，后两颗炸弹击中了中部升降机，完全炸毁了甲板，烈火迅速燃烧到油库和弹药库。10点30分，“苍龙号”完全成为浓烟火海了，紧接着就是诱发起来的阵阵爆炸。
十分钟以后，主机停车了，轮舵系统停止操作了，消防系统遭到破坏了。由于大火，舰员不得不离开战位，但当他们躲到甲板上时，巨大的爆炸把不少人一下子掀到海里。在中弹后刚二十分钟，由于火势太猛，柳本柳作舰长不得不命令弃舰。为了躲避灼人的火焰，好多人立即跳到海里，随后由“滨风号”和“矶风号”驱逐舰救起。另外一些人有秩序地转移到这两艘驱逐舰上。
可是，不久发现柳本舰长还留在烈火猛烧的航空母舰舰桥上，没有撤走。在日本海军中，没有别的舰长象柳本那样得人心。不论什么口寸候他打算要集合舰员来训活时，舰员们总会提早一个小时甚至更长的时间前来集合，以便肯定能站在前排听讲，他孚众望之处由此可见一斑。现在，他们决定不惜任何代价也要把他救出来。
大家推选海军相扑冠军阿部兵曹返回航空母舰去把舰长救出来。大家决定，如果舰长不肯下来，阿部可以凭膂力把舰长背到安全的地方来。当阿部爬上“苍龙号”舰桥时，发现柳本舰长握着军刀，一动不动地站在那里，坚定地凝视着前方。阿部走到舰长跟前，说：“舰长，我代表您的全体舰员，到这来接您到安全的地方去。他们都在等着您。清您同我一道到驱逐舰上去吧。”
对阿部的这个请求，舰长默不作声。阿部猜到舰长的想法，走上前去，想把舰长背到在等待中的小船上去。但是，舰长的严峻面孔所显示的坚强意志和决心，使阿部停下脚步。他流着眼泪转身走开了，当他离开舰桥时，他听到柳本舰长镇定地唱着日本国歌。
19点13分，“苍龙号”幸存的舰员们在近旁的几艘驱逐舰上看着“苍龙号”最后在海面上消失。和军舰一齐沉没的有舰长以下七百一十八人。“苍龙号”的沉没地点是北纬30°38′，西经179°13′。
在目睹这艘巨型航空母舰最后沉没情景的许多人当中，没有一个人看到有敌潜艇或敌方鱼雷的迹象。“苍龙号”在沉没前发生了一连串爆炸，这些不成问题是诱发爆炸，这是不会弄错的。所以，看来毫无疑问，美国报道说的美国“魟鱼号”潜艇击沉了“苍龙号”，是把“加贺号”当成“苍龙号”了。前面已谈到，美国潜艇对“加贺号”的鱼雷攻击，也没有对“加贺号”的沉没起任何作用（原编者按：由于关于中途岛海战的美方报道都洸是“魟鱼号”潜艇击沉了“苍龙号”，美国编者们仔细重新审阅现有的证据，他们完全相信，本书中的说法是准确的：证据表明，被“魟鱼号”潜艇攻击的是“加贺号”，而不是“苍龙号”，而且这次攻击没有取得任何效果，除在本书第199页注①里已提到的之外，现将匪据归纳如下：一，《第一航空舰队第六号作战报告》提到的，“加贺号”遭到潜艇攻击的时间6月4日14点10分（中途岛时间）恰好同美国报道“魟鱼号”认为攻击了“苍龙号”的时间相吻合。根据后来的一些报道，“魟鱼号”发别鱼雷的时间是在13点59分到14点5分之间，距离二千七百码。这就是说，几分钟后，鱼雷才能到达目标，日本的作战报告中，没有记载“苍龙号”在任何时间遭到过鱼雷攻击。
二、“萩风号”驱逐舰的汜录证实，6月4日，“萩风号”在伤舰“加贺号”附近待机时，曾对一艘敌潜艇进行了深水炸弹攻击。在“苍龙号”附近待机的“滨风号”和“矶风号”驱逐舰的记录，没有提到曾和敌潜艇有过任何遭遇。三，现有的日本记录没有提供“加贸号”遭到鱼雷攻击时的位置，也没有提到“苍龙号”这时的位置，所以，不可能和“魟鱼号”的攻击阵位（北纬30°13′，西经179°17′）作出比较。但《第一航空舰队第六号作战报告》确实提到了这两艘航空母舰的沉没地点；值得注意的是，“加贺号”的沉没地点（北纬30°20′，西经179°17′）比“苍龙号”的沉没地点（北纬30°38′，西经179°13′）更靠近“魟鱼号”潜艇的攻击阵位。据天谷海军中佐说，潜艇攻击时，“苍龙号”没有处在“加贺号”现距之内。而且还应汜住，“加贺号”这时已经完全丧失了推进力。四、日本方面在这个问题上唯一有矛盾的证据是战后美国战略轰炸调查委员会传讯小原日差海军大佐和古村启藏海军少将中所提供的。在中途岛海战中，小原日差是“苍龙号”的副长，古村启藏是“筑摩号”重巡洋舰岘长。审讯小原海军大佐时，他说6月4日下午中段时间，“苍龙号”发生猛烈爆炸，这是潜艇的鱼雷造成的（洋见美国战略轰炸调查委员会《对日本官员的汛问》，第一卷，第168页）。据称，古村海军少将说，6月5日11点左右（中途岛时间6月4日14点左右），“苍龙号”遭到一艘潜艇的鱼雷攻击，“筑摩号”对这艘潜艇实施了攻击，并放下一只小船协助驱逐舰救援“苍龙号”的人员，然后，“筑摩号”返回“飞龙号”附近（详见美国战略轰炸调查委员会《对日本官员的讯问》第二卷，第460页）。鉴于美国战略轰炸调查委员会的报告里小原的匪词和文件资料之间有矛盾，作者在1954年3月询问了小原，请他把导致“苍龙号”在中途岛海战中沉没的情况再扼要地说说，小原写了一份同他的上述证词完全不同的书面材料作为答复。他在这份书面材料中说：“在这次作战中，自始至终没有看见过有鱼雷水下攻击。我本人什么也没看到，舰员也没向我作任何报告。”至于古村的证问，《第一航空舰队第六号作战报告》所记载的情况清楚表明，古村的说法是混乱和错误的。作战报告说，“筑摩号”派汽艇去协助“苍龙号”，是在“苍龙号”遭到俯冲轰炸机攻击后不久，即在6月4日上午11点12分（中途岛时间），而且，“筑摩号”随后即同其他军舰立即北撤，为“飞龙号”担任警戒，没有留在这里。所以，即使对“苍龙号”有过鱼雷攻击，“筑摩号”也不可能在三个小时以后，即在14点时看到。五、美国方面，证据上的矛盾，最后归之于“魟鱼号”把它的目标识别为“苍龙级航空母舰”。实际上，“加贺号”和“苍龙号”这两艘航空母舰外形很相似，只是“加贺号”比“苍龙号”长二十五英尺。两艘航空母舰的上层建筑都在右舷，而“赤城号”和“飞龙号”的上层建筑则在左舷。由于“魟鱼号”的舰长只是匆忙地和断断续续地用潜望境观察了他的目标，所以，他错误地把比“苍龙号”略长，但在其�