显得很贫弱，尤其是中小型U 艇更处于劣势。
战争爆发后希特勒在名义上虽然向法国宣战，但他不愿公然与法国发生冲突，因此命令U 艇部队，除非迫于自卫，否则不得对法国船舶展开攻势。
在发生“恼怒”的最初鱼雷发射事件之后，这种状况就变得糟糕了。
公开宣战的当天，U —30 舰长林普海军少校发现一艘离开通常航路的船只，没有按规定点燃灯火，且以“Z ”字形航行，因此推断它是军队的运输船。
林普舰长在确认该船是英国船之后，当即下令攻击该船，128 条性命连同船只葬身海底。不幸的是，该船并不属于军方，这是驶往美国的“雅典娜”
号，送命的大部分是老百姓。英国政府立刻指责德国无视国际法，不加限制地进行战争。德国则予以否认，因为林普少校并未就此事进行无线电报告。
9 月底，U30 回到军港，林普舰长才把这件事报告给邓尼，茨将军，真相终于大白。林普少校的行为并非本意，但已严重地违反了战时攻击船舶的规定。
希特勒政府一直申明“雅典娜”号事件与德国无关。德国海军总司令部命令将该事件当成永久性的秘密。于是邓尼茨准将下令林普少校撕去当天的航海日记，换成不记载该事件的另一张纸。
为了冲淡U 艇造成的这起悲剧，德国宣传部又施展新的手段，对世界广播说，所谓“雅典娜”号事件是丘吉尔蓄意进行的造谣中伤，目的是要令德国名誉扫地，借以谴责德国首先违反了国际海战法规，然而，世界各地的人们都不相信这种广播。
“雅典娜”号事件立刻引起了希特勒的反对。在此之前，他一直竭力避免对英法两国采取敌对行动。因此，发布了限制U 艇活动的新命令，这道命令指出，今后无论对哪一种客轮——不论该船归属于哪国，是否为敌国雇用，是否有护航船队，U 艇都不能将它们击沉。
海军总司令部被这道命令束缚住了，感到U 艇部队差不多已无用武之地，因此全力希望政府妥善处理，这样才使U 艇所受的限制得以逐渐宽松。
9 月23，由于雷特将军的要求，希特勒下令可以击沉那些已被U 艇下令停止却仍然使用无线电的商船。到了9 月24 日，在雷特将军的怂恿下，希特勒又取消了不能攻击法国船只的命令。
此后，限制海战的规定一个一个地被取消了。起先（9 月30 日）是北海，10 月2 日是英法沿岸，乃至西经15°的海域，到10 月19 日，凡是到西经20°的海域，只要该船实行灯火管制即可不必对它们讲究什么战时攻击船只的规定了。
到10 月17 日，除客轮之外，凡是被认为属于敌方的船只，U 艇都能毫不迟疑地将官们击沉。时至11 月17 日，最后的限制也被取消了。
全面战争的舞台逐渐地扩大，这正是以邓尼茨为首的德国海军指挥部所期待的。
在这期间，U 艇仍进行对合法目标的攻击。
9 月14 日，作为U 艇扫射对象之一的英国“皇家亚克”号航空母舰，在赫布立群岛（位于苏格兰西北）西北海面上航行。格拉第斯少校指挥的U —39 恰好与该舰遭遇，拼命地发射鱼雷。鱼雷虽然是磁气爆发式，却极不幸地失控而造成早期爆发，只是使航空母舰的漆料剥落了一部分。而此刻，护卫驱逐舰向U —39 袭来，击沉U —39 并俘虏了艇上所有人员。
三天之后，U —29 的攻击获得了意外的成功。舰长修哈尔德少校正在英吉利海峡西侧等待英舰上钧。不久之后，U —29 的潜望镜发现一个万吨级的客轮，同时发现一架护卫飞机在客轮上方飞翔着，因此，少校判断攻击该客轮是合法的。
但当他下令发射鱼雷之前，该客轮忽然改变了航向，它的速度极快，以致水中速度缓慢的U —29 无法追上它。等到该客轮消失在视野外时，修哈尔德立刻令U —29 浮上水面，以最快速度前进，企图在前面适当的射击点展开攻势。
上浮之前，修哈尔德的潜望镜在左舷的水平线发现了黑点，仔细观察，居然发现是一艘庞大的航空母舰！事到如今，少校早已忘了前面的客轮。
大约两小时后，航空母舰进入鱼雷的射程内。此刻，航空母舰突然改变航向，在少校眼前暴露出长长的侧腹，这真是天赐良机啊！
修哈尔德抓住时机，靠目侧瞄准目标发射了三枚鱼雷，同时迅速进行深度潜航，以避开护卫驱逐舰的攻击。
在迅速的潜水航行中，他听到了两次爆炸声，接着又是一次，之后陆续地响起无数次小爆炸声。虽然无法亲眼目睹，但少校深信航空母舰已经沉没了。的确如此，英国海军的“卡列吉亚斯”号，连同舰长在内的518 名官兵，全部沉没于万倾碧波之中。
护卫驱逐舰立即展开深水攻击。当U —29 潜航到75 米时4 枚深水炸弹爆炸，使U29 剧烈地摇晃起来却有惊无险，U —29 终于脱离追击，平安返回基地。
U 艇最初击沉“亚瑟尼亚”号客轮固然是一次悲剧性的错误，但第二次击沉的英国航空母舰“卡列吉亚斯”号，却是一次令德国人极为满意的“战果”了。
早在英国于1939 年9 月3 日11 时对德宣战后的同一天，德国潜艇U —30 把英客船“雅典娜”号误认为一艘部队运输船而击沉，这使英国痛切地感到，德国可能发动无限制的潜艇战。虽然战争开始时，希特勒还严格限制过潜艇的使用，要求潜艇严格遵守捕获法规，无限制的作战还没有作为德国战略的一部分规定下来。但是，德国潜艇部队司令邓尼茨多年来却一直在秘密地准备着发动这样的突然事件。
英国海军部早已为应付战争的突然爆发制定好了计划，并远在宣战之前就开始采取了某些明智的行动。6 月15 日集结了预备队，8 月24 日命令舰队进入自己的作战区，并随即对英国的所有商船航运活动进行了控制，向各船长发布了关于他们应航行的航线的命令。
护航运输队系统（英国在战前就已制定了计划）已经建立。第一支近岸护航运输队于9 月6 日起航。紧接着，第一批驶往国外的护航运输队（OA 和OB）也于第二天起航。
从圣伊瓦乐和卡鲁彻里顿起飞的第217 中队的“安桑”式飞机在西经12。5°至°15°之间，大约距爱尔兰以西15O 至200 海里的范围内，对护航运输队提供近距离的水面和空中护航。
这些船只要在护航队中航行两天多才分开向各自的目的地前进。到地中海和非洲去的船只在锡利群岛附近编成单独的护航运输队（OG），由一艘远洋护航舰只（通常是一艘小护卫舰）进行护航，要航进到直布罗陀的护航舰只赶来迎接为止。
到9 月底，正常的护航运输队系统已开始实行，驶回的护航运输队从哈利法克斯、直布罗陀和费里敦出发，而出航的则从利物浦和英国沿岸港口出发。由于缺少护航舰艇，在其它航线上仍采用规避航行。
丘吉尔在战前视察过波特兰，看过一次反潜演习，他指出：“应该把潜艇限制在远海海区。。我们会有损失，但是潜艇决不会对形势起决走性作用。”战争头几个月所发生的事件，虽不能推翻丘吉尔的这个论点，但是谁能预料到德国会夺取法国比斯开湾内的港口，得到了通往大西洋护航运输队航线的捷径呢？
到1939 年止，共有5756 艘船只编入了护航运输队，仅有17 艘被击沉（其中5 艘是掉队的船只），德国也损失了9 艘潜艇。而单独航行的商船却有97艘被德国潜艇击沉。
在1940 年7 月至10 月间，单独航行的商船有144 艘被击沉，而编入护航运输的商船被击沉的仅73 艘，德国还损失了6 艘潜艇。这些数字证明了建立护航运输队系统是正确的，但是仍有人对此表示怀疑。
一种批评意见认为，护航运输队系统会使大量商船吨位（每次约有1/3 的吨位）滞留在港内，等待编成适当的护航运输队。还有一些人把护航运输队看作是单纯的防御手段，认为进攻的精神应该更多一点。这种意见造成的结果，是花费了大量时间和人力编成驱逐舰和航空母舰“搜索群”去搜索潜艇。这种方法早在第一次世界大战中就已证明是无效的。
护航运输队系统虽然再次证明不能有效地击沉潜艇，但是它却能迫使德国潜艇离开某巡逻区。令人奇怪的是，英国海军部已有了1917 年至1918 年的教训，却还要说服自己去组成这些“搜索群”，尤其是有一段时间，德国潜艇显然较少（未超过7 艘），而且商船的损失也不太大，但还要用昂贵的舰队与航空母舰去执行这种没有多大价值的任务。
舰队中航空母舰特别容易遭到攻击，9 月17 日黄昏，“勇敢”号航空母舰上的飞机和4 艘护卫舰中的2 艘去搜索1 艘德国潜艇。据报告，该潜艇准备攻击1 艘商船。就在这时“勇敢”号航空母舰被德潜艇击沉。德潜艇虽遭到其余的护航艇只用大量深水炸弹进行攻击，但仅仅受到了来回震动，还是返回了基地。这是航空母舰在进行反潜巡逻时第二次遭受攻击。
9 月14 日，“皇家方舟”号航空母舰遭到U —39 的攻击，U —39 很快就被“福克纳”号、“火龙”号和“狐狸”号击沉。在那天傍晚，从“皇家方舟”号上起飞的第803 中队3 架“大鸥”式飞机在U —30 潜舰（该潜艇刚刚击沉了“法纳德角”号）下潜时，对它进行了攻击。不巧，反潜炸弹在空中提前爆炸，不但没有炸毁潜艇，反而炸掉了两架飞机。这就是当时反潜武器效率低的一个明显例证。在这些事件之后，英国海军部再也不能无视航空母舰在反潜巡逻时受到的这些威胁了，于是决定搬走航空母舰，但是几个驱逐大队仍在海上进行了几个月的反潜巡逻。
在以后的18 个月中，海军航空兵的飞机多次从岸上基地起飞进行反潜巡逻。这些飞机由英国空军通过区域指挥部进行控制。由于航空母舰进行反潜巡逻遭到失败，护航艇缺乏，加之反潜部队未能达到海军大臣丘吉尔的要求，未能击沉那么多潜艇，11 月19 日丘吉尔向内阁会议提出了一顶建议，要求横跨北海布设一个雷区，他认为这是对付德国加强了潜艇战的很有远见的防御措施。1939 年9 月至10 月，多佛尔海峡已布设了反德国潜艇的深水雷区。
经过对“中立法”进行激烈的争论和讨论之后，于11 月30 日决定继续完成约需两年布设完181000 个水雷的方案。
飞机能够使潜艇下潜，还能够使潜艇不敢在水面上机动，这点已经得到证实。飞机应当更多地进行反潜巡逻和护舰而不是进行一般性侦察，这点也受到了重视。这就需要对岸防航空兵支援海军作战的任务重新进行评价。
11 月13 日颁布了一项新命令，代替了1937 年12 月颁布的命令。新条款中的第二点是：以后岸防航空兵的反潜任务与其侦察任务同样重要。关于122 号命令中的第一点，岸防航空兵已于8 月23 日开始在北海上空进行一般性侦察巡逻：护航运输队系统一组成，就在岸防航空兵的每个机场的活动半径内，为每支护航运输队各派一架飞机进行护航，反潜巡逻还沿着护航运输队的护航线进行。