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此时，正在信浓依田城驻扎的义仲得知平家大军来讨，也和长茂刚接到讨伐令时一样大吃一惊。依田城中只有三千人马，连填讨伐军的牙缝都不够。在聚集部将讨论了一晚后，决定采用井上光盛的计策，当夜将部队分成七支，各带平氏的红旗和和源氏的白旗一面，在横田河原附近的山上设下了埋伏。
第二日，平氏的大军到达横田河原。长茂见到漫山遍野的平氏红旗，心中大喜，以为这是信浓各地支持平家的豪族前来支援，于是精神为之一振，大声疾呼着拥兵向前。就在这时，只见满山的红旗在一声吆喝之后突然全都变成了源氏的白旗。满山的白旗在震耳欲聋的呼喝声中向长茂扑来。长茂吃了一惊，驳马就走，手下的武士们也纷纷落荒而逃。士兵们自相践踏，死伤累累，许多有名的大将都死在了军中，长茂本人也中了一支不知是从敌人那里还是自己部队中射出的箭，差点丢了性命。
此次大胜之后，平家在东国的军队完全损失殆尽，原本就对平家充满怨恨的寺院势力也掀起反旗，京都完全陷入了敌人的包围之中。
义仲威名大震，正在关东剿灭平氏残余势力的源赖朝却不高兴了。于是，在寿永二年（1183年）三月上旬，赖朝兴兵十万，寻了个不相干的罪名前来征讨信浓。眼看源氏内部失和，骨肉相残的战斗一触即发，义仲以大局为重，送来了儿子义重做人质。赖朝也不是傻瓜，知道做事点到为止，见好就收，立即收了兵。但是，赖朝和义仲这两大源氏势力从此有了矛盾，刀兵相见已经是必然的结果了。
【俱利迦罗谷的晚钟】
安抚了后患的义仲立即挥兵平定东山和北陆两道，实力开始雄厚起来。下一步，他准备集中五万精锐部队直逼京都。平家那一边呢？自然也没有闲着，他们从关西诸国抽调亲信可靠的部队，宣称要在来年马儿有青草吃的时候发兵东进，扫平源氏势力。
在部队整编完毕后，六波罗政府以小松中将平维盛（其父小松公平重盛乃平氏第一栋梁，素来不满老爹亲盛所为，可惜死得太早）、越前守平通盛、但马守平经正、萨摩守平忠度、三河守平知度、淡江守平清房等六人为总大将，部将三百四十余人，统兵十余万，于寿永二年四月七日辰时起兵，浩浩荡荡地向北国挺进。一路之上，大军以征集军用物资的名义敲诈豪族，凌辱百姓，沿途鸡犬牛羊和姑娘媳妇全被这支“正义之师”剿了个干净。百姓们闻听得是官军前来剿贼如同土匪过境，纷纷携妻揽子，哭天抢地的带着财产逃往深山。
得知平氏大军到来的消息，义仲丝毫不敢怠慢，立遣六千人马在越前火打城布置作战。火打城是通往越前腹地的门户所在，城池坚固，地势险峻。为了阻碍敌人进攻，义仲的部队在适当的河流交汇点筑起了堤坝，使火打城之前出现了一个庞大的人工湖。平氏的军队未曾考虑到面前会出现一片汪洋，没有准备船只。而附近的百姓也被他们剿得差不多了，半只船只也征集不到，只好驻扎在高阜之处发愁。
负责防守火打城的源氏大将斋明威仪师是个骑墙派，见平氏势大，早就心怯了几分，但又没胆背反义仲。越愁越不对味，只好一个人晚上喝闷酒。几钟老酒下肚胆子壮了起来，于是便写了封信，捆在箭上射入敌营，告知此人工湖的水坝位置，并愿为皇军内应。维盛见信大喜，于是暗派精细士卒掘开水坝，排干湖水，在威仪师的接应下攻破了城池。守城的源氏官兵虽奋起抗击，终究寡不敌众，只得向加贺方向撤退。势头正盛的平氏军队一路又顺势攻破了林城和富樫城。
维盛大喜，看到了战争和自己的光辉前景，旋即写了一封夸大战绩的信命快马送入京中。信里吹嘘自己如何指挥得力，部下如何用命，赖内大臣宗盛公（清盛死后的平氏领袖，是个白吃饭的老好人）神威及祖宗荫德，敌人望风而逃云云。平宗盛以下平氏一门无不欢欣鼓舞，以为天下行将太平。
平家军在火打城所耽搁的这段时间里，义仲及时将散布在四方的五万部队聚集了起来，分成七路向黑坂方向进军。平维盛方面也调出七万精锐部队准备翻越砥浪山与义仲决战。
义仲识破了维盛以优势兵力在开阔地区进行主力决战的计划，决定避其锋芒，在无法排布大军的俱利迦罗谷交战。他先命机动部队趁黑夜赶在两军之前冲上黑坂的坡头，在上面插了三十面军旗，使维盛疑惑不已，不敢轻易地在夜间爬过黑坂，争取时间布下了埋伏。直到第二天，维盛的部队才翻过黑坂，在他面前出现的是盔明甲亮的二万源家军。
两军对圆阵势后，义仲不断地派遣小队武士进行挑战，险峻的峡谷不允许平家大军发动压倒性的冲锋，而且在义仲胸有成竹的挑动下，平家的年轻武士愤然而起，一个个纵马出阵同前来单挑的源氏武士厮杀。就这样，一对一的角力进行了整整一天。当天色阴暗后，义仲早已埋伏下来的部队借着夜色绕到了平家军的背后。
见到义仲发出的信号后，四万源氏武士一起敲打着箭筒高声呐喊起来，吼叫声在山谷中产生回音，如同有数十万人共同在喊叫。平家的武士们万分恐惧，以为遭到了强大敌军的合围，四散奔逃。七万部队相互拥挤，有许多人被挤入了俱利迦罗谷，剩下的人因为天色黑暗而无法辨认道路，以为前边落下谷底的人找到了一条通往谷外的道路，于是也一队队的在大将带领下向谷底跳去。源氏武士步步紧逼，俱利迦罗谷附近一片惨状，凄凉的叫声响彻山谷，如同人间地狱。到了早上，七万平家武士几乎全部摔死，溪水变赤，骨肉糜烂，平家的许多名将都死在了谷底，只有维盛和通盛以下两千人侥幸逃得了性命。
这时，在志保山率领一万士兵阻挡平氏后续部队的源十郎藏人行家派来了斥候，请求义仲迅速救援。义仲闻知后，在四万士兵中挑选出两万人朝志保山方向疾驰。大概是真的有神灵在佑护义仲，当大军到达日比渡口时，连平日湍急的河水都变得又浅又平缓，使部队得以安然渡河。志保山方向，行家的军团正在苦苦承受三万平家部队的猛攻，义仲见状，立即带着尚未从俱利迦罗谷的大胜利中平静下来的两万铁骑冲入敌阵。已经恶战一天的平家部队遭到这阿修罗般的部队猛烈冲击，全线崩溃，连统军大将平知度也战死在了乱军中。
从各个方向败退下来的平家部队聚集起来，在加贺国的篠原扎下了营垒。追赶而来的义仲军在五月二十一日辰时一刻赶到篠原，并发起了攻击。义仲手下的四天王各领本部兵马左右冲突，极为活跃，源氏的军队在一开始就占尽了优势，胜劵在握。平家军虽然已经完全处于下风，将领们也知道是必败无疑，但连连的失败却唤起了他们非凡的勇气，打了一场在这次战争中真正值得称道的战役。在这场战役中，平实盛等许多有名的武士都奋勇当先直至战死，部下的士兵也都战到了最后一人。战争结束后，连身为敌人的义仲等人也不禁为平家武士的勇气所感动，泪如雨下。
最后能够活着回到京都的平家士兵只剩两万余人，京都城中家家带孝，孤儿孀妇盈街，寻夫揽子的哭号震天动地。平氏的人们更是悲伤到了极点，因为他们知道，平氏再也拿不出军队来了。
【乡巴佬进京】
七月二十四日夜半，义仲的大部队袭近京都，附近各大寺院也一起响应。平氏在派出攻打各大寺院僧兵的部队后，几乎连可以用来防守宇治川的士兵都拿不出来了。内大臣宗盛狠一狠心，索性集中所有可以调集的平家部队，拥着只有六岁的安德天皇和三种神器向九州逃去。
二十八日，义仲进京，并拥立后白河法皇代理摄政。进入了京都的义仲实际上成为了真正的太上皇，在他的授意下，法皇封其为朝日将军，食邑备后（后来在义仲的授意下改成了伊予），其手下将领们也都得到了丰厚的赏赐。
八月二十八日，后白河法皇在同公卿商议后，决定立尚在京中的第四子为后鸟羽天皇。为了安抚一直在镰仓拥兵安坐、观看义仲和平家恶斗的赖朝，义仲借朝廷之名封其为征夷大将军。也为了达到牵制的目的，防止赖朝起变，所以同时又封赏了远在陆奥的藤原秀衡和常陆的佐竹隆义。赖朝不是傻瓜，自然看出了义仲的诡计，从此怀恨在心。
掌握了皇室的义仲骄横异常，部下也纪律败坏，在京都烧杀奸淫无所不为，群众基础非常之差。另一方面，上了台的义仲既没有给在朝的公卿什么好处，也未曾让各地的豪族们得到任何的实惠，结果使得朝野上下都对他意见一堆。
出身微贱的义仲对礼仪方面也是一窍不通，说话粗俗无礼。招待公卿们吃饭居然使用乡下人吃饭的大盖碗，然后将饭盛得高高的，再在上面铺上菜，好象在招待乡下来的穷亲戚，这令平日以风雅为己任的公卿们极不高兴，心中连番暗骂他：“乡巴佬！”
义仲是平安末期的名将，也是日本古往今来第一大老粗。
【同室操戈】
就在这时候，逃到九州的平家在安定下来之后，步步削平与之为敌的豪族，统一了九州和四国以及一部分的关西。闰十月一日，平家开始反攻，并在水岛等几次战役中，利用水军的优势大败义仲的部队。义仲得知大惊，一面命令驻防部队死守，一面率领主力部队进行迎击。
义仲出击关西后，不满义仲所作所为的公卿们立即控制了京都的驻防部队，并借后白河法皇的旨意宣布义仲为朝敌。
得知后方大乱，身在关西的义仲立率一支偏师返京，平息了这场贵族复辟的闹剧。在动乱中，法皇和天皇全部出奔，正在气头上的义仲索性准备自己称帝。但是，这傻瓜以为法皇要剃光头（上皇出家方为法皇），天皇要留茅盖（最近的这几代天皇都还是孩子，所以才要剃这种发型），于是自作聪明的当了个不伦不类的法皇厩舍别当（为法皇养马的马夫头，义仲见有“法皇”二字，以为是很大的官）。
听说了义仲在京胡闹的赖朝大喜过望，马上在第二年的正月十一日出兵十数万，以讨伐朝贼的名目向京都杀来。义仲万万没有想到这么快就大难临头，只好硬着头皮将手上仅有的五万部队撒开来进行宇治川的河防。
主持正面作战的是赖朝异母弟弟、源氏著名的饭桶——蒲将军源范赖；配合从侧翼进攻的六万部队，则由那位前面提到过用色相诱降了弁庆的源氏之御曹子义经指挥。水位高涨的宇治川挡不住士气高涨的东国武士，义经部下的关东名将佐佐木高纲和棧凹韭氏茸菝怼斑∧焙汀吧场保ǚ匣埃憧垂沓允焓车穆穑浚┨氡浯坦堑暮铀小Ｔ词系哪昵崛嗽谒怯判愕哪昵崃煨湟寰だ拢孟笙陆茸右谎捌颂谄颂凇钡靥胨校ㄎ梗鄢依系埽飧霰扔骱孟笥械恪Ｈ妊嗄昝遣还巳缬甑募В疵叵蚝佣园冻迦ァＲ皇奔洌钪未ɡ镉级鸥髦盅丈念祝孟蠡ǘ湔娑峰拇禾焯崆暗嚼戳恕�
在对岸防守的义仲军很快就被击溃了。经过恶战，义仲军退出京都，义经领着六骑骑兵直奔皇宫，为皇室压惊。见到�