日本潜艇的特殊用法
日本和美国一样，往往使用潜艇遂行特殊任务。可是，有些执行特殊任务的潜艇是日本海军所独有的。例如，袖珍潜艇、搭载小型侦察机的潜艇和由一名敢死队员驾驶的所谓“回天”人操鱼雷等，均属这种特殊兵器。这种兵器是由大型潜艇携带到现场，用来实施近距离攻击的。战争初期，日本曾经使用过几次袖珍潜艇，尤其是在马达加斯加重创英国战列舰“拉米伊”号，取得了引人注目的战绩。后来，日本海军没再使用这种特殊潜艇。到战争后期，新设计的“回天”人操鱼雷又投入使用，这是一种与“神风”特攻机相辅相成的海军兵器。人操鱼雷在防守乌利西群岛时，虽以潜艇供应舰为攻击出发点用过数次，但仅有一条“回天”色雷击沉油船1艘。
搭载飞机的潜艇曾多次完成空中照相的侦察任务，还有一次是在美国俄勒冈州的森林里投了几颗燃烧弹。但由于艇载飞机的起飞和回收都很困难，这种搭载飞机的潜艇便未被广泛使用。日军还企图使用伊…400型潜艇（3500吨，可搭载3架飞机），对巴拿马运河地区进行袭扰。但是，当这种潜艇开始服役时，战争已接近尾声。
日军有时使用潜艇进行袭扰活动，但其战略价值甚微。偶尔还用潜艇为水上飞机加油，以延长其战斗活动半径。1942年，数艘日本潜艇在北美洲西海岸附近击沉几艘舰只，并炮击了温哥华岛、阿斯托里亚和圣巴巴腊等地附近的油库，引起人们的惶恐不安。另外，有数艘潜艇试图从海上与德国取得联络，但是只有伊…8号潜艇成功地往返于日德之间。
美国潜艇战绩卓著，而日本潜艇则相形见绌，对此似有必要略加分析。日本的吕型潜艇吨位小，较陈旧，显然比美国的S级潜艇差得多。但是，新造的伊型潜艇则完全可以与美国的大型潜艇媲美。战争爆发时，美国及荷兰在太平洋和远东地区的潜艇在数量上与日本的大致相同。然而，美国的潜艇大部分是S级的，而日本潜艇则多是伊型的。伊型潜艇的战斗力比S级潜艇几乎强一倍。
此外，日本的鱼雷比美国的更为可靠，速度快，射程远，雷头威力大。当然，日本潜艇某些技术上的缺陷也在一定程度上影响了潜艇的战斗力。直到战争后期，日本潜艇还没有装备雷达，水声探测装置远比德国潜艇的落后，在对付水声探测方面还没有什么有效办法。然而，日军在潜艇作战方面的失误，主要是最高统帅部对潜艇的战略使用不当所造成的。日本海军从未把其强大的潜艇部队用于破坏盟国的商船运输。显然，日本的战略决策人物对后勤保障在现代战争中的重要作用根本未予重视。
德国曾经强调指出，潜艇是袭击运输舰船的最有效的武器，并再三敦促日本使用潜艇袭击盟国的护航运输队。日军对此置之不理，仍然一味使用潜艇袭击对方的军舰。而美国潜艇则对日本的货舱不断进行袭击，使日本的战争潜力濒于枯竭。在这种情况下，日军对美国舰队赖以生存又最易受损的油船和货船却不屑一顾，依然派其潜艇去袭击戒备森严的舰队。
盟军开始实施越岛作战以后，日军陷于绝望状态，甚至放弃了以潜艇袭击战斗舰只的企图。可是，此后日本潜艇的使用更不适宜。为了对被围困的守岛部队进行补给，日军统帅部根据陆军的要求把潜艇当做补给船来使用。一些性能很好的潜艇，逐渐被用来担负这种很不适当的任务。当时，盟国部队的战斗活动越来越远离本国基地，而更加接近日军基地。尽管如此，日本潜艇的战斗力不但没有提高，反而每况愈下。第二次世界大战中日本虽然使用了潜艇，可是并不真正了解这种主要兵器的潜在威力，这在古今战史上也是罕见的。
袭击日本护航运输队
当日本潜艇每况愈下时，美国潜艇连连击沉许多日本舰艇。然而，最引人注目的战果还是美国潜艇对日本赖以生存的海上补给线的破坏。对日本来说，海上运输是一个至关重要的问题。因为日本控制的原料产地没有工业，而在工业地区又缺乏资源。日本必须把原料运回本国进行加工，然后再把成品送给海外各地的部队以供战争消耗。在这种情况下，日本的海上运输主要有两条航线。一条是从满洲经由日本海或者黄海，把铁和煤运往日本。另一条更重要的航线是从南洋资源地区，经由台湾和琉球，把物资运回日本本土。只要日本船只能在这两条主要航线上畅行无阻，往返货运就会顺利进行。但在南洋资源地区的作战行动告一段落后，南洋资源补给量迅速减少，南下的日本船只多是装货不足或者空船运行。而在日军把战场扩大到南太平洋以后，就需要有许多船只把物资从日本本土直接运到南太平洋地区。这时，主要航线也有两条：一条从大阪到帛琉；另一条从东京、横滨经小笠原群岛、塞班岛、特鲁克岛至腊包尔，后来又延伸到所罗门群岛。
然而，在南太平洋地区卸载的船只无货可装，只能空船返回日本。日本当局从未用过三角形的航线，即载货的船只从南洋资源地区驶往日本，卸下货物，然后装上军需物资开往南太平洋，卸载后不直接返回日本，而是空船驶往南洋资源地区。若果用这条航线，每艘运输船的空船航程只占其整个航程的三分之一。日本当时实际采用的航线，使每艘运输船的空船航程或仅载有少量货物的航程竟占其整个航程的一半。换句话说，日本所采用的是一个倒V字形航线，而日本本土则位于这条航线的顶点。如果日本采用三角形航线，就会使其在航的船只发挥更大的效用。唯有从巴厘巴板至帛琉、特鲁克和腊包尔的一条辅助航线不是V字形的，日本油船沿这条航线为其前方舰队补给油料。这样一来，美国潜艇就有更多的机会袭击日本的运输船只，使其运输能力减少百分之八至百分之十。
日军袭击珍珠港后未过几个小时，美国当局就下令对日本船只实施无限制的潜艇战。这使那些平素按照国际法训练出来的潜艇艇员们感到大吃一惊，他们认为这是破坏了国际法。回想起来，美国当初参加第一次世界大战的理由，实际上就是反对德国宣布的无限制的潜艇战。如今，华盛顿下达了这一命令，因而美国潜艇的官兵必须重新认识这个问题。这个命令毕竟是符合实际的，因为在现代的总体战中，禁运品和非禁运品已经没有什么明确界限。战时，一国的所有船只都会用来为战争服务。日本的油船和货船装载着石油、铁、锡、橡胶、米和煤等重要战略物资。这些船只与日本的战列舰和航空母舰一样，都是其战争机器的重要组成部分。
在战争的头几个月里，美国潜艇的主要活动区域是菲律宾周围的海域、日本以东的海域、四国和九州之间的丰后水道以及四国和本州之间的纪伊水道等海域。有几艘潜艇在从马尼拉经台湾至日本的航线上袭击了日本船只。英国和荷兰把有限的几艘潜艇配置在马六甲海峡附近，对航行在仰光和新加坡之间的日本舰船进行了袭击，取得很大战果，共击沉日本军舰16艘（约30000吨），商船39艘（约110000吨）。
1942年4月以前，日本的运输船只都是单独航行的，尚未组织护航运输队。后来，由于船只的损失增大，便采取有限的护航措施，到1942年7月，才组建第一护航舰队，司令部设在台湾。其任务是为在东海或中国台湾与日本之间的船只担任护航，后来把护航范围扩大到靠近的南中国海、马尼拉、西贡和新加坡。日本护航运输队的编成较小，一般由6…10艘船只组成，仅派1艘老式驱逐舰或小型舰艇担任警戒，这同北大西洋的庞大护航运输队简直不能相比。日本轻视为运输队组织护航的理由与英国1916年下半年以及30年代的想法颇为相似。第一，日军低估了盟国潜艇部队对日本的潜在威胁；第二，日军把护航体制视为防御性的手段，而日本的海军和陆军都一味主张进攻，很不重视防御性的行动。
与日军相反，盟军认为，为运输队组织护航可为消灭敌人潜艇提供最好的战机，这是一种防御和进攻相辅相成的作战形式。既然日军认为护航任务是防御性的，这种护航行动就难以得到联合舰队司令部的支持。联合舰队不同意派舰队驱逐舰临时遂行护航任务。在联合舰队看来，遂行护航任务即使是临时性的，也是同海军舰艇的基本使命背道而驰的。因此，护航舰艇难以得到加强和补充。
日军虽然建立了护航组织，可是，最高统帅部依然念念不忘要尽可能保持单艘船只运输的灵活性，而不在大型运输队的周围设置一个强大的警戒舰艇幕。这种企图两面兼顾的作法却事与愿违，无论对保护运输船，还是对消灭潜艇都是无效的，潜艇能够轻易地避开单艘护航舰艇。如果日军有一支由5…6艘警戒舰艇和30…50艘运输船只组成的护航运输队，那么，就可以在既不降低运输能力，又不增加护航舰艇的情况下，更有效地保障运输队的安全。此外，由多艘军舰组成的强有力的护航舰艇群，与单艘护航舰只相比，肯定会对来袭的潜艇造成大得多的威胁。
1943年11月，日本终于设立了海上护航总司令部，较大规模地采取护航措施。然而，美军这时已开始采用狼群战术与之对抗。尽管日军的护航运输队还有许多弱点，但编入护航运输队的船只比单独航行的船只少损失百分之六十以上。而且，美国潜艇被日本护航运输队的护航舰艇击沉的，比被巡逻舰艇、飞机、水雷等兵器击（炸）沉的多。由此可见，如果日军更早一些而且更加有力地采取护航措施，就会大大削弱美国潜艇的战斗能力。
到1943年底，日本在海上的大部分船只都能得到某种形式的护航了。鉴于日护航运输队的规模较小，美潜艇实施突击的“狼群”一级不超过3艘潜艇，以便在战斗中保持密切协同。最初，实施这种狼群战术的方法是2艘潜艇分别在护航运输队的两侧占领攻击阵位，第3艘潜艇在敌人后面，准备袭击受伤的舰船，但是，要想对来去匆匆的护航运输队准确地占领这样的攻击阵位是非常困难的。因此，战斗活动教令规定，潜艇为占领适宜的阵位可以随机应变。美潜艇艇长们堪称为水下战斗的专家，他们既能昼夜实施攻击，也能在不同深度上从各个舷角进行攻击，其中包括从目标正前方和正后方这种困难的舷角进行攻击。因此，潜艇的战绩迅速扩大。
日本的运输船只，特别是生死攸关的油船，被击沉的数量急剧上升，日本战争机器的效能也随之迅速下降。人们不会忘记，在菲律宾海海战的前夕，日本由于本土油料储存不足，其机动舰队不得不以塔威塔威岛为作战基地。海战结束后，小泽率领其残存的舰只返回日本本土，修理完毕和补充弹药后，便因本土严重缺油而陷入困境。栗田则率领大部分水面舰艇开往南方。指林加地区。这样，日本舰队就只好分驻两地了。南方油料虽然充足，可是没有修理设备和弹药。这样，当美军为进攻菲律宾而实施莱特湾海战时，日本帝国舰队在这最后一次舰队规模的大决战中，却被分割在两个辽阔的海域，并被各个击被。如果日军将其航空母舰部队不是仅仅当作一种诱饵