其生父醇亲王陪读，终于使光绪帝学有所成。当然，光绪帝学业有成之时，两宫皇太后已经只剩了慈禧太后一个。虽然性情较宽厚的慈安太后不在了，对于光绪帝的学业，慈禧太后给出的评语仍然远非同治帝所得能企及。对亲生儿子的学业极为不满的慈禧太后如今却毫不吝惜地表扬少年光绪帝“孜孜念典，德业日新”“披阅奏章，论古断今。剖决是非，权衡允当。”
然而光绪帝学习成绩再好，慈禧太后也不情愿把手中的权力交到养子的手中去。当然，那样至高无上的权力，世上恐怕也难得有人甘愿拱手出让。最令人费解的是，慈禧太后明明是光绪帝的亲姨妈兼养母，却偏要光绪帝称自己为“亲爸爸”，有一种解释说是她不愿意让亲生儿子同治帝以外的任何人称自己为母亲，不过更有可能的是她心中希望自己能是个名正言顺执掌权力的男子吧。
和对待同治帝一样，为了不想太快让出权力，慈禧太后直拖到光绪十三年正月，光绪帝十六岁时才为小皇帝举行了亲政典礼。典礼虽然举行了，慈禧太后仍然与礼亲王一唱一和，弄了个《训政细则》，以法令的形式打算在皇帝亲政后继续“训政”，也就是在幕后操控皇帝。
除了操控光绪帝的政事，慈禧太后还要操控光绪帝的婚姻。
光绪十四年（公元1888），慈禧太后终于拖无可拖，要为年已十七岁的光绪帝挑选后妃了。这年十月初五，经过激烈的竞争，五名秀女进入最后的淘汰赛：由太后与皇帝当面确定谁是皇后。
进入决赛的五名秀女中，最引人关注的就是慈禧太后之弟桂祥的女儿沁凤（或曰静芬）。当然她令人关注的只是她的家庭背景，她本人的外貌风姿实在有些平平。另四位秀女则正好是两对姐妹，分别是江西巡抚德馨的两个女儿和侍郎长叙的两个女儿。这两对姐妹中，德馨的两个女儿貌美如花，站的位置也仅次于太后侄女；长叙的两个女儿站在最后面，相貌虽然不如德馨之女，却也比沁凤略强。
按照清宫规矩，皇帝将给自己最为中意的秀女一柄玉如意，确定她的皇后身份，再将两对荷包交给另两位秀女确定她们的妃子身份。
选后刚开始，慈禧太后表现得非常大方，表示要让光绪帝亲自做主。然而当光绪帝拿着玉如意走向第二排，作势要将玉如意递给德馨长女的时候，慈禧太后却终于不顾场合地叫了起来：“皇帝！”这一声叫听在光绪帝耳中，抬头看去，慈禧太后不但喊了他，还在用眼神向他示意。他当然立即就明白了这位“亲爸爸”的用意，不得不极不情愿地勉强转过身子，将手中的那柄玉如意递在表姐沁凤的手里，使慈禧太后的侄女儿成为皇后，完成了慈禧太后“亲上加亲拉拔娘家”的打算。
按一般清帝初选后妃的惯例，一般要选一后三妃嫔成双数。从五名秀女在体和殿中站列的位置来看，慈禧太后的本意就是想让自己的侄女正位中宫，由她完成自己这个姑妈一生都未能达成的心愿，做大清朝的叶赫那拉氏元配皇后。因此这位侄女儿站在了最前面。其次，慈禧太后也注意到了德馨之女的美貌，有心要让她们都做妃嫔，也考虑到侄女的外表确实一般，因此让德馨的一双女儿站在第二列；最后，是长叙的一双美貌稍逊一筹的女儿位列第三行做为备选。然而如今少年光绪毫不遮掩地表达出了自己对德馨之女一见钟情之意，却使慈禧太后改变了原本的打算，她再不愿让德馨的女儿入宫了，怕她们将会威胁到自己侄女的地位。因此她立即匆匆下令终止选秀，自作主张地将一双代表嫔妃地位的荷包塞给了原本是充数的长叙之女，也不再考虑从德馨女儿中再选一位就让她们落选了。因此，光绪帝的第一次婚姻，只有一后二妃成单数，而且三个女子中没有一个是他最初心仪的对象。然而无论是慈禧太后还是光绪皇帝，恐怕此时的他们都没有想到，终光绪帝一生，他名下的妻妾也只有此三位，比寻常土财主还少，使得这位皇帝成为中国王朝史上后妃最少的皇帝之一。
无论光绪帝本人是否情愿，他的后妃都已经选出来了。大婚的筹备工作也进入倒计时。虽然此时的清王朝已大非往昔，这场大婚礼仍然极尽奢华，共计耗金4126两、银482万4183两、钱二千七百五十八串。而据光绪帝师翁同龢说，其实共耗银一千一百余万两，除婚礼应有花销外，还有500多万两被慈禧太后的亲信们中饱了私囊。
大婚迎娶皇后的日子定在光绪十五年正月二十六至二十八日（公元1889年2月25至27日）。按规矩，皇后入宫之时要有嫔妃跪接。因此长叙的一双女儿提前在正月二十五日夜晚便进了宫，姐姐被封为瑾嫔入住永和宫，妹妹被封为珍嫔入住景仁宫。二十六日，太后侄女这位新皇后终于在隆重的仪式中进了宫，成为光绪帝的皇后了。
对于婚事的不由自主和婚礼的奢华，光绪帝本人非常愤懑。这对表姐弟虽然结了夫妻，彼此的关系却从一开始就陷于困境。
光绪皇后的父亲桂祥比慈禧太后要小十几岁，才知人事两个姐姐就已经分别成了贵妃和王爷嫡妻，他因此一直在富贵放纵中长大，成了一个典型的纨绔子弟，不但毫无才学可言，更是一个大烟鬼，将家业花销浪荡无度，其妻也是个目中无人蛮横无理的女人。
据说这位桂公爷的夫人还有一个女儿，嫁给了道光帝幼儿孚郡王之子载澍，这个女儿的人品完全照搬父母，与丈夫偶尔口角便回娘家告状，而且竟鼓捣着老娘把状告到了慈禧太后面前。桂公爷夫人则更加老辣，非要让大姑子太后把女婿以大逆不道罪处死不可。在恭亲王和醇亲王的苦苦哀求下，载澍好不容易才逃了一条性命，改判褫职夺府，杖责一百，永远发往宗人府圈禁。即便如此桂公夫人仍然不肯罢休，宗人府杖责之时她还派专人去监督行刑，直逼着将女婿打得血肉模糊几乎送命。载澍在宗人府一直圈禁到庚子年八国联军之乱时才被释放。桂公夫人母女一个宁可让女儿守寡，一个宁可谋害亲夫，也不愿夫妻间丝毫谅解，其心性令人称奇。（载澍的遭遇还有另一重原因：他属于帝党，触犯了慈禧太后的利益）
有了一个这样的家庭，光绪皇后的人材品貌及为妇之道究竟如何，那可真是天知道了。总之，她与光绪帝之间既没有一个好的开始，更在后来的相处中对光绪帝满口讥讽步步紧逼。于是才几天工夫，这位太后侄女就成功地让自己的丈夫与自己成为新的一对怨偶。
与皇后在夫妻之道上破罐子破摔不同，虽然同是慈禧太后硬塞给光绪帝的女人，珍嫔他他拉氏却逐渐扭转了光绪帝的成见并最终成为光绪帝终生一往情深的对象。
珍嫔刚入宫时年仅十三岁，还是个稚气未脱的孩子，聪明伶俐善于应对，与木讷粗劣的光绪皇后相比，珍嫔更讨慈禧太后的喜欢，经常陪伴在慈禧太后的身边，慈禧太后知道她喜欢书画，还特地派亲信的才女缪嘉惠做珍嫔的书画老师。
光绪帝也很快就注意到了珍嫔，无论是言谈举止还是才学禀赋，珍嫔都远远超过了皇后与瑾嫔，由于年幼，她还率性天真，在皇帝面前也没有故做姿态之举。光绪帝惊喜地发现身边原来还有这样的可人儿。珍嫔很快就赢得了光绪帝的专宠，光绪帝甚至时常让她留宿自己的宫中。而对于皇后，光绪帝却非常冷淡。
对于光绪帝如此的偏心，皇后非常怨恨不满，时常向慈禧太后抱怨。慈禧太后其实并不喜欢这个侄女，但是想到她毕竟是自己的娘家人，皇帝对她太过冷淡势必会影响自己娘家的声势，也就时常劝光绪帝亲近皇后。然而慈禧太后虽然可以将光绪帝劝进皇后宫，却不能让光绪帝对之动情，皇后仍然是长守枯寂。
更重要的是：这时的慈禧太后在光绪帝的后妃中，更为偏爱珍嫔，在光绪帝妻妾争风中，她往往袒护得到了皇帝专宠的珍嫔。有一年夏天慈禧太后要往颐和园避暑，临走时甚至还特意点名带走了皇后与瑾嫔，任由光绪帝与珍嫔在紫禁城里自由自在。
光绪帝大婚亲政后相当长一段时间里，宫闱生活都在这样看起来一团和气的状态下维持着。这大概是因为此时的光绪帝与珍嫔都非常听话的缘故。
早在光绪帝大婚后的二月初三，慈禧太后在太和殿举行了归政仪式，正式撤帘。这一次她做得似乎很有诚意，不但举行了仪式，而且还驳回了御史屠仁守请她继续批阅奏折的折子，表态说要真正交权给皇帝。当然，这是因为她已经对光绪帝的孝顺深表满意。此时的光绪帝虽然已经亲政，军国大事仍然主动向“亲爸爸”请示批准，慈禧太后根本不必公开理政犯众怒。当然也就乐得见好就收图个“不恋权位”的名声。——既然光绪帝如此孝顺，珍嫔又年幼讨喜，虽有些小小过犯也还没有触及太后的底线，慈禧太后也就顺水推舟由他们恣意了。光绪二十年的时候，慈禧太后还在自己过六十大寿时循例将珍嫔晋封为妃。
然而这一切很快就结束了。
光绪帝年少气盛，渴望能中兴王朝的统治，在多数情况下，慈禧太后和光绪帝的想法还是一致的，然而在实际操作中却差之千里。在慈禧太后看来，什么国家大事都没有她自己的尊荣重要。光绪九年至十一年的中法战争中，她就曾经在中国军队大胜的情况下仍然坚持求和。
中法战争爆发时，光绪帝还是个孩子，对于这些军国大事不知所以，但是到光绪二十年（公元1894年）之际，慈禧太后与光绪帝两派在政见方面的不和，却因为中日甲午战争的爆发明显化。帝党主战，后党主和。在整个战争过程中，由于早已问题多多的清王朝各级官员为了保持自己的实力以及在整个对外作战过程中孜孜不忘派系斗争，更因为慈禧太后仍然掂记着自己要过六十大寿，不但不肯将自己庆寿的经费改做军用，还要从军费中克扣大笔钱粮用于庆寿。中国军队终于大败亏输。光绪二十一年三月二十三日（公元1895年4月17），全权大臣李鸿章在日本签下了《马关条约》，不但承认朝鲜成为日本殖民地，还将台湾、澎湖列岛、辽东半岛都割给日本，更向日本赔款两亿两。
甲午之战的大败，无论对光绪帝还是对慈禧太后，都是刺激。由于用玺盖印的是光绪帝本人，他的情绪就更为激烈。而国家的惨败给慈禧太后刺激，却远远没有她自认为尊荣受损来得重要——无处发泄的光绪帝在战争中途，曾经处分过李鸿章，给予其拔三眼花翎、褫黄马褂、革职留任等处分，又曾经提出要将慈禧太后的寿诞用款改做军用，慈禧太后却根本将自己的个人利益置于王朝国家利益之上，反而据此认为养子无视自己的权威，对自己不够孝顺，因此对光绪帝极度不满。决定给光绪帝一点颜色看看。
决定教训光绪帝的慈禧太后在珍妃的身上找到了突破。此时的珍妃，已经失去了慈禧太后的欢心。
起因当然还在于后妃争风。
据野史记载，光绪十八年夏天的时候，皇后与珍嫔不和，光绪帝因此与皇后也发生争执。皇后当然不懂得什么叫做母仪与隐忍，立即和皇帝吵闹起来。