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前些日子，他老家的一位远房侄子也找上了门，说是老家太穷，混不下去了，听说有个叔叔在京城里做大官，因此想着谋个差事。
段祺瑞对家乡人还是比较关心的，于是写了二寸半的纸条，为他在保定军校找了个勤杂工干干。
见是总长大人的亲戚，谁不巴结，很快，这位侄儿就干上了军需采办，这可是个肥缺，每天都有上百块大洋的出入。时间一长，这小子手脚就不干净了，报起了花账，很快荷包就满了，在京城里买了一处宅子，还养了个窑姐。
吃水不忘挖井人，这小子有一天买了四色礼物来段府门上，想要好好谢谢叔叔。段祺瑞尚在部里没回来，只有段夫人在家，进门一看，让他吃了一惊，原来米行的人正给段家送米，段夫人竟然讨价还价，就和那平头百姓家中的主妇一样。见段家的人来，段夫人也是没有好气：“你大叔从来在家中是个甩手掌柜，这些事他都不问的，看看家中吃闲饭的人有多少？他的俸饷虽然不少，但也不够花，为了撑这个门面，自从我进了你们段家的门，首饰也没有添一件，有时候还从娘家拿钱来倒贴。”
这位侄子脸上一阵热，也不多言语，转身而走，不多久又返了回来，身后跟着一辆大车，堆满了米面鱼肉，他大声嚷着：“婶娘，从此后，你们家吃的喝的，我都按时按点送来，也省得你麻烦了。”这小子心思灵活，他知道自己做花账总有一天要露馅，现在把段祺瑞也牵连进去，看谁还敢挑刺？
保定军校是为北洋军培养军事干部的，段祺瑞一向很重视，经常前往巡视，有一次悄悄来到军校，却听许多学员都在抱怨伙食太差，他又去伙房一看，果然差劲之至，米是糙的，面是霉的，菜盆里连一点油星子也见不到。他当时就气得叫来军需主任，让他说清楚。
军需主任嗫嚅不敢言，段祺瑞发了火：“克扣军饷是什么罪，你比我清楚，你大概不想活了。”说着话，一旁站着的卫兵走上前来就要把军需主任架出去。
“这不干我的事。”军需主任大叫，他拉开抽屉，取出账本，“我这里每一笔开支都记得明白，是段大人的那位侄儿手脚不干净。”
待那位侄儿捆到了段祺瑞面前，犹是嘴硬：“我是贪污了不少钱，但许多都用在叔叔家中了。”
知道了实情后，段祺瑞更是大怒，“你小子不安好心，分明以我为挡箭牌，我一生的清誉都被你毁了。来人呀，集合队伍，将这小子打他个五百军棍。”
这五百军棍是什么样的惩罚？一般人几十军棍就得皮开肉绽，很少能挨过上百之数的，段祺瑞已经动了杀机。
幸亏执刑的人棍下留情，就这样，这小子也被打成了终身残废。这还不算，段祺瑞还得惩罚自己任用私人，管教不严，堂堂的陆军部长，当着众人面走进了禁闭室。这个禁闭室是一座铁皮棚子，也就两个平方左右，站不直，躺不下，没有窗户，密不透风，在太阳下一晒，就像蒸笼一般，别说段祺瑞是上了年纪的人了，就是精壮青年，也熬不过。许多人是宁愿打军棍，也不受这份洋罪的。
徐树铮想劝段祺瑞，这件事如此处理就得了，京城里有多少大事要办，段大人不必过于自责，对自己太苛刻了。段祺瑞眼一瞪：“你以为我在演苦肉计？”
整整48个小时，段祺瑞才在别人搀扶下走出禁闭室，只见他面色惨白，人都虚脱了。所以，袁世凯向他头上泼污水，说他吃回扣，才最让段祺瑞不能忍受：“既然大总统不相信我，我也不赖在这个位置上。”手一甩，挂印而走，从此称病闭门不出，以示与袁不合作之态度。
段祺瑞在家没呆多久，袁世凯就撑不住了，帝制不得人心，蔡锷将军振臂一呼，一场反袁的风暴卷地而起，他的北洋军不可依恃，根本不听调度，无可奈何之下，只得请段祺瑞重新出山，因为段是小站旧人，北洋元老，在军中的关系盘根错节，很多将领是要买他面子的。
听说袁世凯重新启用段祺瑞，徐树铮奋袂而起，大呼：“取江山的机会到了。”他给段祺瑞出了个主意，不妨拿出当年老袁处理武昌事变时的手段，以蔡锷之护国军压迫洪宪帝制，以倒袁下台为条件，左右其手，乘时而起，取袁而代之。
计是好计，但段祺瑞却连连摆手，他刚从中南海回来。几个月不见，袁世凯憔悴多了，他拉着段祺瑞的手：“悔不当初，没听你的忠告，现在闹成这般光景。唉，外面的事多拜托了。”说罢，不胜凄凉。他了解段祺瑞的脾气，一向是吃软不吃硬，所以装出了可怜相。
段祺瑞果然受不了袁世凯这一套，动了恻隐之心：“袁项城以前对我不薄，我不能乘人之危。”
“量小非君子，无毒不丈夫。不要忘了袁项城乃当代奸雄，宁可我负天下人，不可天下人负我。当初他对你可不心慈手软。”徐树铮咬牙切齿。
纵然如此，他还是狠不下心来：“我毕竟跟随袁项城几十年了，有君臣之义，翁婿之名，袍泽之情，我个人素来讲究旧道德，实在没有这割袍断交、反目为仇的决断。”
所以，在洪宪帝制崩溃的过程中，段祺瑞虽然没有像过去那样为袁世凯充当打手，但也没有墙倒众人推，起兵发难，他只是作壁上观，冷漠地看着袁世凯在万众诅咒中死去。
袁世凯死后，袁家曾陷入巨大的慌乱，外间都传说段祺瑞要报遭受的冷落、疏远、被迫害之仇，就连徐树铮也建议对袁门进行抄家，这是一种政治姿态，以示新政权与洪宪帝制毫无瓜葛。段祺瑞还是摇摇头：“我与袁项城的关系是抹不去的，他是我的长辈、上司，有知遇之恩、提携之恩，不能人走而茶凉。”他提起笔，签署了关于袁世凯丧葬的通令，一切按国葬标准，全国下半旗志哀，并以总理身份主祭，大葬那天，他还下令所有内阁成员执绋，鸣礼炮101响，并派出马步兵两个团护灵。段祺瑞这样做，自然遭来了全国一片骂声，但却让失去袁世凯后的北洋系又找到了新的领袖，现在，他已以中国第一“强人”自居。
北洋元老—段祺瑞护短出名
祺瑞的护短一向是出了名的，为了徐树铮，他不惜得罪人
袁世凯死后，段祺瑞成了北京政府的当家人，负责组织内阁，任国务总理，黎元洪则继任为大总统，不过，他这个大总统当得很不痛快，要看段祺瑞的眼色行事，在讨论内阁班子时，黎元洪只提了一个条件，谁干秘书长都无妨，但徐树铮不能干。段祺瑞歪着头问：“为什么？”
“我有点怕他。”黎元洪实话实说，他忘不了当年徐树铮用枪顶着他离开武昌的那副凶神恶煞样，如果此人做了秘书长，黎元洪就少不了要与他打交道。想到这里，他脑袋都大了。
段祺瑞哈哈大笑：“徐树铮是有点性子急，但为人直爽，军人脾气嘛，大总统不必与之计较。”见黎元洪还要 嗦，他有点不耐烦了，“黎大总统大概也听说过，当初为了小徐子，我段某人连袁项城也照样得罪。如果你实在容不下小徐子，这个总统不当也罢。”
这叫什么话？段祺瑞也未免太霸道，太蛮横了。黎元洪气得直哆嗦，但他得忍着，北京政府是北洋系的天下，而段祺瑞是北洋系的领袖，若是他一翻脸，黎元洪这个总统怕是一天也坐不稳。与徐树铮共事那是活受罪，哪里有个上下之分，倒好像徐树铮是黎大总统的上司，颐指气使的，有一次拿去一份人事任免名单，黎元洪也就是多瞧了一眼，他已经不耐烦了：“这是急办的事，快盖章签字，不要磨蹭。”
黎元洪脾气再好，也受不了这样的轻慢，当时就拍案而起，找段祺瑞诉苦。谁知段祺瑞只是淡淡一笑：“大总统不必为这些小事计较，现在国家不是提倡提高办事效率吗，都像徐秘书长这样做，要免去多少扯皮现象。”
黎元洪苦笑了笑，“似段总理这样一味纵容徐树铮，怕是今后要捅出大娄子的。”
对黎元洪的告诫，段祺瑞却无动于衷。得罪了黎元洪不要紧，反正他手上无兵无勇，就是后来闹翻了，也照样给段祺瑞摆平；但得罪了吴佩孚这样的实力派，就不好收拾了，后来段祺瑞就是被吴玉帅给赶下台的。
说起吴佩孚，本来与段祺瑞也有一段师生之谊，吴佩孚是从武备学堂出来的，段祺瑞是那所学堂的校长，但两人那时地位隔得太远，段祺瑞还没有注意到这位未来的常胜将军。
吴佩孚引起段祺瑞注意，还是因为段祺瑞与郭绪栋有过一席交谈，这个姓郭的是山东一位隐士，与北洋军中上层人士多有来往，据说很识人，就是他向曹锟推荐吴佩孚的。“听说先生对曹三手下的那位吴标统很推许，说他是潜龙在渊，总有一日一飞冲天，可有这事？”
郭绪栋点点头：“确有此事，环顾北洋将领，无出吴佩孚其右者。”
“比我手下的小徐子如何？”段祺瑞总认为徐树铮有经天纬地之才。
“各有千秋，论心计，论手段毒辣，论纵横捭阖，小徐子要高一筹；但论行军布阵，进退攻守，吴佩孚强他多矣，两个人对主子也都是忠心耿耿，但总的来说，吴佩孚乃堂堂正正做人，小徐子爱走极端，更偏激一些，说句不好听的话，有点像死去的袁项城。”
“我看那个吴佩孚今天也没干出什么名堂。”段祺瑞有点为徐树铮鸣不平。
“我替吴佩孚看过相了，他在四十岁以前坎坎坷坷，四十岁一过，就要出人头地。”郭绪栋一副神秘莫测的模样。
这次谈话后不久，段祺瑞就找到曹锟，说是向曹三要一样东西。“段大人看中的，尽管拿。”曹锟巴结段祺瑞还来不及呢。“我不要你金银财宝，我只要你手下的一位小团长。”段祺瑞点明了来意。
没想到刚才说得好好的曹三立刻翻脸，他问段祺瑞：“当年袁世凯向段大人要小徐子，你为什么不给？”
段祺瑞打个哈哈，他知道曹三贪财，因此预先声明，因为最近要举行秋操，他忙不过来，只是暂调吴佩孚，忙过这一阵子就归还，不用担心他抢人才。接着说：“最近，政府里刚从国外进来了一批军火，这北洋六镇个个伸手，我也不知道该分给哪家，曹三你看看谁最缺？”
这分明是话中有话，拿军火换吴佩孚，曹三立刻动了心，他也变了口气：“说定了，那个姓吴的只是借用，到时得还给我的。”听说吴佩孚将要改换门庭，郭绪栋向段祺瑞进言，“吴子玉确是个人才，但他不适合你段大人，他在你这里要受委屈的。”“你说我嫉贤妒能？”这话段祺瑞不爱听，难道他不如曹三。“曹三和段大人相差不可以道里计，说句不好听的话，曹三为人贪鄙，没有主见，处事圆滑，但也正因为此，他什么都由着吴佩孚。段�