襄壮公传》中说：“公（施琅）驻安平，方枕戈谋复仇，值当事有异议，撤安平兵。”安平驻军被撤后，原驻守安平的郑芝豹被勒令回京，施福也被撤去职务，就此失去了眷顾施琅的能力和条件。
从以武力进攻为主，转变为以和谈招抚为主，清政府对付郑军的策略一变化，使施琅急于报仇雪恨的愿望落空，他无奈地离开可以直接与郑军作战的安平，于顺治十年随清军入粤，征剿西南各地的抗清武装。
开赴广东，再次来到了潮州这个当年受辱之地。不过此次前来，施琅已身着清军制服，随同的是浩浩荡荡的清军铁骑。清军此次南下，征讨的对象是施琅的冤家对头郝尚久。早在顺治六年（1649年），跟随李成栋反清的郝尚久图害施琅，在那次战役中，致使施琅的两位从弟战殁，施琅亦几为所害。顺治七年，施琅奉郑成功之命攻打潮州，再次与“不清不明”的郝尚久交锋。而郝尚久恃地形之利，施琅连攻三日不下，因而遭到郑成功的讥讽与奚落，使施、郑结怨加深。也就在那个时候，郝尚久又投降了清朝，但到了顺治十年的三月，他又再次反清归明。因此，清政府在与郑成功达成暂时的和谈协议后，遂遣师会剿郝尚久。
施琅跟随靖南王耿继茂等对潮州展开了猛烈围攻，潮州城岌岌可危。万般无奈之下，郝尚久急忙遣使向郑成功求救。郑成功闻知消息，即派遣北镇陈六御率兵赴援。可当郑军来援之时，郝尚久却因过去与郑成功之间产生过激烈的争斗而心存狐疑，不敢打开城门迎接援兵。郑军赴援不成，陈六御遂率兵退走。在清军强大的攻击面前，潮州城破，郝尚久走投无路，投井而死。
攻破潮州城后，施琅又随军征讨李定国等抗清武装。顺治十一年的上半年，西南抗清将领李定国出师东征，连破高州、廉州、雷州等地，同时遣使约郑成功南下会师，共图收复新会城。清政府手忙脚乱，急派固山金砺为靖南将军，统官兵赴广东，会同平南王尚可喜、靖南王耿继茂和总督李率泰合力剿讨。十二月，驰援的清军打败围攻新会城的李定国，接着又先后于兴业、横州等地再败李定国的部队。李定国撤退至南宁，清军继续穷追不舍，于是高州、廉州、雷州等地又被清军攻陷。
历经波折 重新披挂上阵历经波折 重新披挂上阵（2）
此时的郑成功趁清军集中力量对付西南的反清武装，而清廷与自己和谈之机，分遣郑军至福建沿海各地筹措粮饷。顺治十一年（1654年）十二月，郑成功率部攻漳州，守将刘国轩献城归降，漳州所属十余座县城尽皆归郑。在这一时期，郑成功的最大收获就是得到了刘国轩这名得力战将。后来，刘国轩战功显赫，颇似当初的施琅，成为郑氏家族的擎天支柱。紧接着，郑成功又抓住时机，转攻泉州所属诸邑，同安、南安、惠安各县望风迎降。独泉州一城，郑军无法攻陷。据《台湾外纪》所载：“诸邑惊惶，咸归附焉。而泉属诸邑亦望风投降，独泉州城守韩尚亮与施琅结为刎颈之交，即教其开壕筑台，拥兵坚守。成功令人说之不下。”原来，施琅在降清后，因闻泉州参将韩尚亮乃逸群才俊，不愧名将之风，遂与之深相结纳。施琅熟知郑成功曾多次兴兵围攻泉州，于是预先教给韩尚亮守战之法，以防备郑军进攻。当郑军于顺治十一年底围攻泉州时，集中了不少兵力，使用了当时所拥有的各种攻城器械和武器，但韩尚亮在兵力薄弱的情况下仍能固守孤城，使郑军知难而退，其中重要的原因之一即是得力于施琅的传授。由此可见，施琅降清以后，马上就积极投身于对付郑成功的活动之中，而且发挥了较大的作用，郑成功开始为他的错误付出了代价。
郑成功的一系列胜利，使清廷大为震惊，特遣内院学士叶成格、理事官阿山，偕同郑芝龙的四子郑渡，奉敕命入闽，招降郑成功，并决定答应郑成功的条件，将漳、泉、潮、惠四府划拨给郑成功安屯兵将。然而，此时的郑成功却再也无心与清廷周旋，故多方刁难，致使招抚不成，清廷迁怒于郑芝龙，将他囚禁起来。
顺治十二年（1655年）正月，郑成功攻下仙游县后，整编部队，开始以大规模海上贸易养兵自给。至此，郑成功的实力达到了空前的强大，军威盛极一时。
经此教训，清廷终于认识到郑成功非疥癣之患，更不可抚，于是命郑亲王世子济度为定远大将军，率三万满汉兵入闽，攻伐郑成功。然而，清政府并没有起用对郑成功甚为了解、又与郑成功有着不共戴天之仇、时刻盼望着统兵前去复仇的施琅，因为当时的清廷对施琅存有猜疑，不信任他的能力，更不信任他对朝廷的忠诚。
在征剿与郑军有密切关系的李定国抗清武装的活动中，施琅怀着复仇的强烈愿望，在长达一年多的征战过程中努力表现自己，卓有功绩。但两广战事结束后，顺治十二年（1655年）的二月，施琅就被解职，闲居于泉州。
其实根据当时的情况，清廷存疑于施琅也是很自然的。
施琅前后两次降清，易被认为是反复无常之人，清政府难免会对其产生猜疑。顺治八年（1651年）的三月，施琅在重新夺回厦门一役中，曾在阵前斩杀马得功之弟，马得功因而怀恨在心，伺机报复。顺治十一年八月，清廷招抚郑成功失败，马得功复任泉州总兵，十二月升任左都督，充任福建随征中路总兵。可以想见，马得功的复出并受到重用，使施琅陷入更加困难的境地。特别是由于施琅族叔施福原来不仅是郑芝龙的部将，而且还是其心腹亲信。郑芝龙于顺治三年降清后被挟持北上，实际上成为笼中之鸟。到了顺治十年（1653年）五月，清政府为了与郑成功进行和谈，始封郑芝龙为同安侯，但仍对他实行严密监视，郑芝龙与在闽眷属及家人的联系来往都须经清政府的许可和检查。施福与郑芝龙关系密切，他随郑芝龙降清后，却于顺治六年投归郑成功，后来又再次降清，清廷已对他不再信任。安平撤军后，施福无事可为，于顺治十一年（1654年）六月进京看望郑芝龙，翌年二月返回福建。这原本是人之常情，但清政府却视施福此行为严重事件。顺治十二年六月初五，兵部尚书李际其题《为盘获郑鸿逵家人李信吴梓事本》中称：“施福乃伪武毅伯，不知何时入京，现在郑芝龙左右。京城何地，岂能容此奸宄之徒藏匿耶！”其时施福已经降清，他做武毅伯是降清之前的事，而且他入京看望郑芝龙时，郑芝龙尚为清廷之同安侯。施福此行本无可厚非，却不料引起清廷的严重关注，并因此成为被通缉的钦犯，足见清廷对郑芝龙及其原部下的猜疑之深、防范之严。尽管施福已返回福建安海，清廷仍严令福建省督抚缉拿，逼迫施福为逃避清廷的追捕遁入厦门。
施琅于顺治十二年二月离粤返闽，回到泉郡不久施福就被通缉。施琅与施福“分则同宗，情同骨肉”，而且两人过去长期共事，施琅在《武毅伯特进光禄大夫加太子太傅忠将军X（左亻右外门内月）父公行略》中说“凡叔提兵征战，余未尝不在行间”，尤其是自顺治八年始，他俩同驻安平，朝夕相处。清廷对施琅、施福之间的密切关系当然清楚，因而施福的潜逃势必累及施琅，何况施琅原本就是郑芝龙的部将。当初施琅为躲避郑成功的追捕，逃离厦门进入安平，曾得到郑芝豹的眷顾。郑芝豹原已降清，但在顺治十二年的二月，只因他是郑芝龙的弟弟、郑成功的叔叔，清廷将其押解回京并囚禁起来。施琅与郑芝豹的关系也为清廷所顾忌。
施琅身怀血海家仇，渴望纵横沙场，但又苦于进身无门，时常郁郁寡欢。《襄壮公传》记载，施琅在泉州的一年多的时间里，施琅潜心读书，广结贤士。有位隐居儒者杨锡璜十分看重施琅的才略，遂结为忘年之交。又据《襄壮施公传》记载，施琅常与士大夫交往，一次相约同游清源山，至一山岩前，众人文兴大发，纷纷题词，施琅即兴凿石联句：“海静分明水月，山高咫尺神仙。”由此可见，施琅虽遭猜疑，却依然矢志不改。施士伟评价此联“有澄清沧海之志”。此联今仍存于泉州清源山之清源洞旁。
功夫不负有心人，机会终于给了一直在苦苦等待的施琅。有人向朝廷大力举荐他，更加出人意料的是，举荐施琅之人竟然也是降清的郑军将领，此人名叫黄梧。事实上，黄梧降清与施、郑矛盾有关，江日升在《台湾外纪》中详细叙述了此事。
历经波折 重新披挂上阵历经波折 重新披挂上阵（3）
顺治十二年（1655年）八月，郑成功派黄廷、万礼统领苏茂、林胜等二十余镇将领、兵丁六、七万，南征广东潮州府属揭阳县城。平南王尚可喜、靖南王耿继茂、两广总督李率泰统兵大举来援。十二月，清军在揭阳附近扎下四大营盘，待机而动。双方相持到顺治十三年（1656年）二月，黄廷召集诸将商议作战机宜，左先锋苏茂积极主张进兵决战，并自告奋勇打前阵。黄廷采纳了苏茂的建议，出城决战，由苏茂任前锋，前冲镇黄梧、护卫左镇杜辉等接应。当苏茂率部出击时，遭到清军伏击，苏茂临危不惧，冲入敌阵，挥刀直劈横砍，身上多处受伤，仍力战不退，等候黄梧等来援，对清军实施夹攻，或可反败为胜。然而，郑军将士越来越少，清军越来越多，仍不见黄梧等援兵，苏茂率残部杀出重围。此时，黄梧等人方才翻越狭窄难行的小道前来接应，而清军却挟得胜之势，蜂拥而至，黄梧等人抵敌不住，被清军打败，郑军此战全面失利。
郑成功得知揭阳战败，下令放弃该地。三月，黄廷领南征将士回到厦门。郑成功立即召集文武官员，议商揭阳丧师之罪。郑成功提出，苏茂轻敌致败，黄梧、杜辉未及时应援，均当处斩。众将跪告求情，才仅斩苏茂，杜辉捆打六十棍，黄梧寄责，戴罪图赎。
郑成功御将之道以严著称，由于过于严苛，往往失之于偏激。苏茂在揭阳战役中虽轻敌寡谋，但勇于进战，负伤突围，本应薄责示警，以观后效，但郑成功却决意将其处斩。其实郑成功早有杀苏之心，只是一直在寻机而已。顺治八年（1651年），郑成功在追捕施琅时，曾下令有藏匿施琅者杀其全家，而苏茂却胆敢藏匿施琅于家中，并助其逃离厦门。郑成功获悉后，并未加以惩处，让其继续担任左先锋镇，并不是当时未起杀机，而是出于稳定军心的需要，因为施琅、施显被囚禁后，郑军中多达十几位将领冒险营救，甚至郑成功的叔叔郑鸿逵、郑芝豹等人亦参与其中。若以放走施琅为由斩杀苏茂，势必使其他参与营救施琅者人人自危，甚至可能迫使他们铤而走险，或投降清朝，或举兵相抗。因此，为避免因小失大，郑成功不得不强压怒火，但始终怀恨于心，必欲杀之而后快。此番揭阳战败，正好给了郑成功杀苏茂的理由。然而，让郑成功始料未及的是，此次小罪大罚，斩杀苏茂，引起了一些郑军将士的不满。郑成功恐生内乱，急忙补救，不仅亲自撰文致祭，还厚殓苏茂，并优待家眷。然而后果还是出现了。
郑成功处死