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郑成功袭取厦门，兵不血刃取郑联，在这场奠定抗清基地的重大战役中，施琅献计献策，亲身参与，充分显示出其过人的谋略和胆识，这也是施琅在郑军中立下的最为卓著的战功。
这一时期，施琅与郑成功可谓“有鱼水之欢”。然而，就在两人密切合作，不断取得军事胜利的时候，这种亲密关系逐渐出现了裂痕。
亲人遭戮 愤然二次降清嫌隙渐生 施氏全家被囚（1）
郑成功与施琅，由于不同的出身和经历，在个性、思想以及人生理想方面都差异较大。施琅虽忠心耿耿，但恃才傲物；郑成功虽谋略超凡，但刚愎自用。因为个性的冲突，嫌隙渐生，施琅被褫夺兵权。即使后来施琅为郑军重夺厦门，依然未能官复原职，不满与怨恨溢于言表，及至怒杀曾德，令郑成功怒不可遏，密令逮捕了施琅兄弟及其家人，施、郑关系彻底决裂。
施琅归顺郑成功之后，被授予左先锋镇之职，颇受重用。他胸怀韬略，智勇兼备，作战多能获胜，在郑军中以“知兵”著称，为郑军抗击清军、壮大队伍立下了卓著功勋，尤其是为郑成功袭取厦门献计，考虑甚为周密，协助郑成功兵不血刃占据了厦门，吞并了郑联的队伍。此举不仅使郑军建立了抗清根据地，而且大大增强了军事力量。然而，随着军事上不断取得胜利，施琅与郑成功之间的裂痕也日渐明显，而且由于两人都颇为自负、性格倔强，导致裂痕愈来愈大，冲突愈演愈烈。
最初的争执是因施琅对郑成功筹措粮饷的方法有不同意见，几次三番进行劝阻，引起了郑成功的不满。尔后又相继发生潮州浮桥事件、陈斌逃亡事件，使郑成功对施琅渐生怨恨和猜疑。
决定战争胜负的因素是多方面的，但粮饷供给无疑占有极重要地位，诚如兵书所言：“兵马未动，粮草先行。”郑成功为抗清所发动的各种大小战役，在许多情况下都同粮食问题有直接关系。草创时期的郑军，由于兵员不多，加上其父郑芝龙多年从事海外贸易所存蓄的大量金银珠宝，尚能依靠收购粮食得以维持，但随着郑军的不断壮大，部属和家眷也越来越多，
粮食成了困扰郑成功的一个巨大的难题。因此早在顺治六年（1649年）起，郑成功便需要不断地派遣将士分赴粤省沿海各地征取粮饷。不仅粮饷，其他军需物资的匮乏也是困扰郑成功的一个较大难题。由于郑成功所控制的地区仅限于沿海岛屿和小片滨海地区，仅仅依靠当地的物力、财力，根本无法支持他日益扩充的军队所需，要维持庞大的舟师和陆战部队的作战，还要养活官兵家属，需要极为巨大的物资供应。
为解决军需难题，郑成功继承了郑芝龙开创的海外贸易的垄断地位，充分利用在海上的优势，把内地的出口物资通过秘密渠道运往海外，取得巨额利润，这成为他解决军费的主要办法。据江日升《台湾外纪》所载，郑成功以器械未备、粮饷不济为忧，冯澄世向他建议说：“藩主（指郑成功）何不修书与日本，竟以甥礼自待，且借彼地彼粮以济吾用，然后下贩吕宋、暹罗、交趾等国，源源不绝，则粮饷足而进取易矣。成功是之，令兄泰造大舰，洪旭佐之以甥礼遣使通好日本。”通好日本，实际上就是与日本进行贸易。《台湾外纪》还记载说，当时郑成功拥有“舳舻千艘，战将数百员，雄兵二十余万，粮饷虽就地设取，尚有吕宋、日本、暹罗等国洋船可以充继。”可见当时郑成功海上商业活动的范围和规模都相当可观。
在进行海上贸易的同时，郑成功解决军需的另一种方法则是在攻占地区征收粮饷。郑成功每占一地，都要征收相当重的赋税，并大量征发因用兵所需的劳役。时任郑军户科都事的杨英在《先王实录》中对此详细记载：永历七年（1653年）七月，郑成功“驻揭阳门辟，征输行粮，各寨乐输。”八月，郑回驻厦门，与清和议，目的就在于“将计就计，权借粮饷，以裕兵食。”他抓紧时间“分遣勋镇就漳泉派征乐助兵饷，遣督饷都督黄恺追晋南地方饷二十万”。九月，“遣前提督黄廷就云霄地方征米五万石”，十月，“遣中权镇黄兴、前冲镇万礼等统领辖镇，进入龙岩地方，征饷二十万。”十一月，“遣前锋镇赫文兴、北镇陈六御、右冲杨朝栋等辖镇往惠安、仙游等地方，征饷三十万。”
此外，郑成功还派部队到粮食比较富裕的地方进行抢掠。他多次出兵广东潮州、惠州等地区，就是为了抢粮。顺治六年（1649年）十一月，郑成功进驻潮州，有人献策说：“驻军措饷，莫如潮阳县。盖潮阳饶富，甲于各邑。今驻节邑中，抚顺剿逆，兵饷裕加。”郑成功所剿者虽多为土豪，而所到之处的强征横敛则也往往祸及百姓。由此固然可解一时的燃眉之急，但却以失去民心为代价。郑成功所攻占的福建、广东沿海地方往往很快就沦陷，当不仅是因兵力对比的悬殊。
早在广东剿匪征粮之时，施琅就对郑成功采取“男女一尽剿杀无遗”的做法表示过反对。这大概与他的成长经历有关。施家因战乱和兵匪抢掠而家道中落，施琅的父亲因战乱而变得赤贫如洗，而自己则因此自幼饱经磨难，过早地品尝到了生活的艰辛，这使施琅对兵匪之祸有着切肤之痛，因而对郑成功纵兵抢掠的行为多次正言相告。施德馨在《襄壮公传》中叙述道：“会郑成功以粮匮，议剽掠粤中，公正言以阻。”《八旗通志•；施琅传》也写道：“今以粮匮，议剽掠广东，琅正言阻之，拂其 意。”这里所说的是施琅反对剽掠广东。又据《福建通志•；施琅传》记载，施琅同样反对郑军“掠粤之惠、潮以佐饷。”
然而，施琅对家乡百姓的体恤之情是从小到大都锦衣玉食的郑成功无法体察的。郑家多年从事海上贸易和掠夺所获得的巨额财富，确保了郑成功优裕的物质生活，对于乱世中民生之艰无从感同身受。作为一军统帅，他并非不懂军心民心向背之重要，也不可能对民间疾苦充耳不闻，但国难当头，他的思想和视线显然超越了这一层面，满心皆是君君臣臣的圣贤之道，是天下大事，是抗清大业，是军队的生存与发展——为匡复明室、还我河山，我郑氏一门尚置身家性命于不顾，区区百姓做出点牺牲又算得了什么？军中大将多来自闽粤，你施琅只知一味阻止夺粮，倒是赢得军心，而陷我于不义。但是粮饷何来，你又一筹莫展，这不是拆台又是什么！
郑成功心怀不满而又无从发作，只能隐忍于心。这位同样刚愎自用的统帅在等待时机。潮州一役终于让他抓住了施琅的把柄，不满、怨恨公开爆发。《先王实录》记载了这一事端：
潮州当时比较富庶，是著名的产粮区。1650年6月，郑成功决定出兵围攻潮州的郝尚久。此时，郝尚久虽打着南明的旗号，却暗中与清军相勾结，并在郑成功攻打新墟寨时出兵援敌，因此郑成功决定夺取潮州，一则补充军饷，二则拔出这根肉中之刺。郑成功谓诸将曰：“尚久不清不明，拂顺助逆，径出兵相加，我欲图之，计将安出？”后劲镇陈斌是潮州人，对潮州的地形十分熟悉。他向郑成功献计说：“潮邑东面环溪，只一浮桥通漳大路，惟西南北平地，可施攻击。必须断其浮桥，以绝援兵，然后移札西南围攻。内乏粮草，外无救兵，不降何待？”郑成功听从了陈斌的建议，统率部队先驻扎在城东的葫芦山。郝尚久率兵出城挑战，郑成功先令一支部队埋伏在山下。当双方交战之时，伏兵突然从左右一起杀出，郝部大败，被杀得尸横遍野。郑成功随即令施琅率兵切断潮邑东面环溪的浮桥，以绝郝尚久通往漳州之路。
亲人遭戮 愤然二次降清嫌隙渐生 施氏全家被囚（2）
浮桥位于潮州城东面河流上，地形险要，桥面狭窄，难容兵马。郝尚久部于桥头以猛烈的炮火封锁，施琅部连攻三日不下。郑成功闻知后颇为不悦，传令说：“谅一桥难拔，尚欲图大？今日本藩亲督，有奋勇拔克者，重赏升擢；退却者，不论总镇官兵，立即枭示！”施琅部左先锋亲随何义、陈法、林椿等十数人冒着猛烈的炮火冲进，敌军防守不住，被杀伤及跳水淹死的不计其数，浮桥随即被烧断。
攻浮桥不克，是施琅成为郑成功部将以后首次遭受的重大挫败。尽管此桥易守难攻，但毕竟被郑成功强令攻下。施琅也许自有辩解，但指挥不力的确难辞其咎。但郑成功的态度是施琅所难以接受的。所传之令中所言“尚欲图大”，显然是指施琅针对郑军开展抗清武装斗争所提出的宏大设想和建议，郑成功宣布“退却者，不论总镇官兵，立即枭示。”明确划定了惩罚的范围包括“总兵”，可见郑成功的这道命令的矛头指向，其语气中对施琅的轻蔑和嘲讽也显露无遗。这一点势必严重伤害骄傲的施琅。令其羞愧之余，心生怨怼。转而迁怒于陈斌，由此引发了一系列严重后果。
陈斌身材魁伟，勇猛过人，是一员骁将，颇受郑成功重用。他于顺治六年（1649年）加入郑军，在短短的时间里立下了诸多战功。如顺治七年的正月，他率领郑军攻打狮头寨，寨中首领听闻陈斌率部来攻，吓得心惊胆战，不敢与之交战，哀求陈斌饶其性命，情愿率部投降；同年四月，在迎击郝尚久的战斗中，陈斌更显其勇猛过人，武艺超群，他提刀跃马，冲入敌阵中奋勇砍杀，锐不可当，杀得郝部四散奔逃，并生擒郝之中军陈禄。另外，从所献攻潮州的计策来看，他还是一位具有谋略的将领，并非匹夫之勇。像陈斌这种勇力过人且又受郑成功重用之人，难免与孤高自傲的施琅产生摩擦和矛盾。《先王实录》记载，陈斌曾放言：“彼恃兵力，吾兵足与敌；若彼手段，虽兄弟，吾只手揉躏之。”口气如此狂妄，足见其日常为人。施琅又岂能忍受他人的轻视，故平素时常是“针尖对麦芒”。在攻潮州一役中，素负谋略过人之名的施琅未陈善策，反倒是计出于陈斌，且又得到郑成功的采纳，更让施琅气恼的是，他挥军攻桥不下，受到郑成功的当众奚落，威信受损，脸面无光。施琅受此咎责，认为究其根源与陈斌所献之攻潮策略密切相关。以施琅的性格，自是迁怒于陈斌。一方面与陈之间冲突升级，另一方面，不时在郑成功面前数落陈斌的种种不是。郑成功本就对其有所不满，故对其言不予以理睬，却也未对陈斌加以安抚。而陈斌听闻施琅常在郑成功面前诉说其所作所为，遂心生疑惧，担心郑成功因袒护施琅而加害于己，遂趁郑成功调兵遣将准备南下勤王的混乱局面率部潜逃。
陈斌临阵脱逃一事发生在潮州之战数月后。顺治七年（1650年）十一月，清兵攻入桂林，永历政权的兵部尚书瞿式耜被捕，随即被杀。永历帝狼狈逃至南宁，谕令郑成功驰援。郑成功闻令而行，闰十一月，率军驻扎潮阳，命令各镇官兵整装上船，准备南下勤王。就在全军上下紧锣密鼓地进行着南下勤王的各项准备之时，后劲镇陈斌却率兵逃亡了。