《克隆之城》展现了一个人类由无性繁殖产生，在出生之前就已经被规定将来相貌、职业的克隆帝国。驯顺的克隆人成就了一个强盛富裕的帝国，被给予厚望的帝国继承者却与反抗帝国统治的自由战士结下了不解之缘。在自己深爱的具有叛逆性格的克隆人终于为追寻自由而献出生命之后，主人公，即克隆帝国的继承者开始了摧毁克隆帝国的行动，他的理想，是最终建立起一个和平美好的克隆之国。这篇文章奠定了潘海天以后作品的主要风格和基调——少年飞扬的纯洁浪漫主义、与他人复杂难解的爱怨纠缠以及面对人生时自己内心的苦痛挣扎、对于人性和历史的终极思考。
这样的文章还有1999年的《黑暗中归来》，潘海天在文中设计了一艘有着强烈后工业美感的巨大飞船，主人公是一群背负着传承整个人类文明使命的少年，他们孤单地飞行于无边的教人绝望的时间与幽闭的教人绝望的空间之中，这篇文章有着深黑的底色，在对于少年纯净浪漫的理想主义的描写之下开始隐约蕴涵对人性黑暗的深刻思索。
《猴王》，同样叙述着封闭小镇上不屈挣扎的少年灵魂，但环境更为严酷，人性的表现更为残忍黑暗，作者用着一种漫不经心甚至冷漠的语气进行述说，更将故事的张力弦拉伸到了极致。
2003年的《饿塔》，更是将独立封闭空间之中人性黑暗与光明的冲突放在舞台中心，让其******地上演。一艘飞船坠毁于茫茫戈壁之中，侥幸逃出一命的幸存者们开始了他们的自救之旅。被寄寓了所有希望的避难所修道院已经被废弃，凶猛的食人怪兽狰时时虎视眈眈，而他们所面对的最原始最可怕的苦难，是饥饿。在众人为了生存已不择手段的时候，一个神父却在修道院的塔中发现了惊天的秘密，出人意料的是，等待他的却是一个极具讽刺意味的结局。作者将故事中的各色人等放在一个绝境之中，让人性的冲突自然而然地发生、升级。文中各个诡秘妖异的意象无不带有浓厚的象征意味——幻泡鱼，那种源出中国古代神话的凶兽狰，尤其是那座能够将物质和思想自由转化的塔，既是承载着希望的精神支点，也是欲望凝结的所在，从它的巨大沉默中，隐隐透出超越是非之上的冷冷嘲弄。这种贯穿全文的不动声色的讽刺在故事结尾神父死去时达到****，在这里，潘海天式的清新优美、少年理想已经彻底让位给了冷冽的理性思考了。
发表于1998年的《偃师传说》使得潘海天声名雀起。这篇文章取材于中国古代“偃师造人”的传说，题材并不新奇，但潘海天以瑰丽华美，幽雅舒展的文字使整个故事具有了大周时代氤氲的贵族气质。妒与恨、爱与背叛，绝代容颜的王妃与神奇偶人之间牵绊难了的情结即使在漫长时间的笼罩下仍然充满张力。文章虽源于并不新奇的历史传说，但他独有的从容华美的文字将人物之间复杂难解的情感纠葛演绎得引人入胜，和《永生的岛屿》一样，展示了潘海天对于时间彼端充满可能性的历史的浓厚兴趣和天赋的语言才能。
2001年的《大角，快跑》是最能代表潘海天风格和成就的作品，也是其作品中争议最大的一篇。争议的焦点集中在小说的“童话体式”上。少年大角为了救治染上瘟疫危在旦夕的母亲，听从医师的指点出发寻药。一路上他历经了木叶城、蒸汽城、浮游城、飞行城、道之城、恐怖森林和大草原，遭遇了各式各样的人和事，在寻得灵药的同时经历着自身的成长——这正是一个童话及民间故事体裁中的经典情节结构，其中蕴涵着一个关于“成长”的母题。潘海天从《克隆之城》开始，贯穿《黑暗中归来》、《永生的岛屿》、《永远的三国》等作品的淡而清晰的理性思索在这篇文章中达到了一个****，使得这篇文章在某种意义上成为了一篇寓言。它有着寓言应该具有的简单，线索明朗、情节连贯、一气呵成；亦有着寓言所有的复义、隐喻和象征，容纳着作者对于生命和整个人类文明的认识和思考。塔，在这篇文章中是一个中心意象，潘海天坦承这篇文章的写作与刘维佳在1998年的银河奖获奖作品《高塔下的小镇》颇有渊源，因此，潘海天的塔与刘维佳在他的小说中设计的高塔的意象有着相似的喻意——法律、传统、道德的精神具象，一种文明或哲学体系的核心所在。这篇文章的构造也极尽精巧之能事，潘海天一向为人称道的文字功力在这篇文章中发挥得淋漓尽致，其优美达到了羚羊挂角，无迹可寻的高度。
潘海天的作品有着纯净的诗的品质，这种品质来源于他文章中飞扬的想象力、纯美的语言和悠远的意境。那种布拉德伯里式的淡淡悲伤和诗意般的忧郁在他的文章中更带有了少年童真的本质。正如他自己所说：“我爱科幻小说首先在于它的海阔天空，不受拘束。也许是现实世界中我们受到的束缚太多了，以至于希望在小说中找到一块属于自己的世界，纵然这世界的结局是寂寞、死亡和毁灭。” 这位出身清华富有灵气的建筑师正是以一种在虚构的空间中自由生活和走动的喜好与才华，不断构造起文字为砖的幻想世界，优美而诗意地栖息。
外篇 神为何允许人世间的苦难存
对神的信仰是个严肃而复杂的话题。我们讲忏悔，讲救赎，讲终极关怀，无不触碰到人性中最本质最真实的东西。而这些对于中国人，尤其是现代史以来的中国，来说，却是别有一番难以名状的杂味在心头。别人永远可以信守的底线和汲取力量的源泉，而在我们却是如此巨大的断裂和失落。一个好的制度是现实的、重要的，可它难道不需要好的人群来成就、保持和发展吗？信仰在人心层面给予人类社会的那种似乎无形但却深刻的支撑在现今的中国不正被越来越多的人关注和思考吗？我们希望这样的探讨能够继续下去。
有神和无神，在历史上已有了几千年的争论。对于无神论者来说，要想直接证明“神不可能存在”，几乎是徒劳的。因为这宇宙之浩瀚、天体之穹大、微观世界之复杂、奇妙，远远超出人的认知范围。谁也不能保证在人类认识不到、探测不了的时空、尺度范围之内没有超越人类的高级生命的存在。那么退而求其次，便是从逻辑上的反诘：如果真的存在慈悲、仁爱而又无所不能的神，他为什么对这世上的苦难视而不见？为什么人类还有战争、瘟疫、饥饿、贫穷，以及种种的不公？难道这不正说明神是不存在的么？
的确，那种依照人的“理性、逻辑”進行思考和行为的“神”，确实不存在。有些事情并不像表面看上去的那样。
有这样一个故事。两个旅行中的天使到一个富有的家庭借宿。这家人对他们并不友好，并且拒绝让他们在舒适的客人卧室过夜，而是在冰冷的地下室给他们找了一个角落。当他们铺床时，较老的天使发现墙上有一个洞，就顺手把它修补好了。年轻的天使问为什么，老天使答到：“有些事并不象它看上去那样。”
第二晚，两人又到了一个非常贫穷的农家借宿。主人夫妇俩对他们非常热情，把仅有的一点点食物拿出来款待客人，然后又让出自己的床铺给两个天使。第二天一早，两个天使发现农夫和他的妻子在哭泣，他们唯一的生活来源——一头奶牛死了。年轻的天使非常愤怒，他质问老天使为什么会这样，第一个家庭什么都有，老天使还帮助他们修补墙洞，第二个家庭尽管如此贫穷还是热情款待客人，而老天使却没有阻止奶牛的死亡。
“有些事并不象它看上去那样。”老天使答道，“当我们在地下室过夜时，我从墙洞看到墙里面堆满了金块。因为主人被贪欲所迷惑，不愿意分享他的财富，所以我把墙洞填上了。昨天晚上，死亡之神来召唤农夫的妻子，我让奶牛代替了她。所以有些事并不象它看上去那样。”
我们常说，高人行事，出人意表。为什么呢？因为高人站的高，看得远嘛。他能洞悉你看不见的规律和因素，这就是智慧。所以他的行事也是一般人所不能料及的。
在浩瀚的宇宙中，还有许许多多人类没有接触和认识到的规律。如果神存在，如果神存在的世界（或空间）恰恰存在人类没有接触和认识到的规律，那么人类的经验、逻辑就可能不适用于他了。就如故事中的老年天使的行为，在你看来这样做是好事，可是在更高的智慧看来反而是坏事。你认为一件事这么做合理，他认为却不是如此。庄子的故事“塞翁失马，焉知非福”，讲的恰恰也是这个道理，那个塞翁其实也是个大智慧的人，所以他的思维不同于一般人。
人们往往在自己遇到不幸的时候埋怨老天爷的不公，好像这个世界上没有苦难，没有不公才显得造物主的慈悲、仁爱。比如每个人小时候大概都曾希望父母对自己有求必应，什么困难都来帮忙解决才好，这才是“爱”自己。可是等长大后自己也为人父母时，才体会到孩子所希望的那种“爱”，恰恰不是真正的“爱”。那么人们所希望的神的“慈悲、仁爱”，是不是神眼中真正的“慈悲、仁爱”呢？
在有的人看来，这世上好人活不长，坏人老不死，可见善恶报应是胡说，神佛是虚妄的。其实，如果真的有神存在，那么一个人生命的真正过程，也许就不只是我们在世上的那么短短几十年；也许死亡就并不是生命真正的终结，也不是对一个生命最痛苦的惩罚。比如我们从计算机的软盘上移动一个文件到了硬盘，对于软盘来说一个文件消失了（死），对于硬盘来说那个文件还存在着（生）。按照现代量子力学的理论，我们这个宇宙存在着许许多多的平行世界（另外空间），而我们所能感受到的时空只是其中的一个。这样说来，那么也许生与死只不过是生命从一个平行世界转移到了另一个平行世界——这听起来好像有点象福克斯的《星际迷航》（Star Trek），算是举个例子吧。
对于人世间的苦难，即使一般的常人，也都还有不同的认识。中国有句老话说，“大难不死，必有后福。”如果把目光放得更长远一点，如果生命并不局限于我们看得见的这几十年，那么人在世上承受苦难，未见得都是坏事；人在世上潇洒享福，也未见得都是好事。当然这是站在更高智慧的基点举例子。生活在我们这个世界的常人，看到他人痛苦的时候如果不但不同情反而叫好，那就是病态。
其实，面对苦难与不幸，尤其是他人的痛苦，一个人选择怎么做，也许这才是对一个生命的久远关系重大的，也许这才是慈悲、仁爱的神所关注的。如果神存在，那么从信仰神的正信来看，在一个生命形成之时，其最本源的特性已经存在其中了。这个特性在人世的表现，在佛家就叫做“佛性”、儒家叫“仁”、西方叫做“神性”，人们常说的“良知”，其实也就是这种来自生命本源特性的表现。也正是凭着这个特性，人才能在茫茫尘世中找到真理、“悟道”、“得法”或“信神”。从这个意义上讲，一个人在人世间无恶不作，背离其生命本源特