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对朝中大臣独孤皇后不但严治后宫，而且为了国家的利益，她还竭力地干涉大臣们的生活，要求大臣们对原配夫人一定要忠诚。高踞是隋国的开国元老，很早就追随隋文帝，在朝中任相国，德高望重，而且高家先前与独孤家已经有很深厚的交情。高踞与自己的夫人感情很好，后来其夫人因病去世，身为相国的高踞非常伤心，他曾经忧伤地对独孤皇后说：“瑟弦骤断，惟斋居诵经而已。”表示自己的心迹。独孤皇后听了之后非常感动，常常在隋文帝的面前赞叹高踞的品行，还常常派人赏赐给他东西。没想到，过了没多长时间，高踞的相国府中锣鼓喧天，独孤皇后派人打听。去打探的人回来报告说，相国高踞的一个爱妾生了一个孩子，隋文帝和朝中的大臣们都去祝贺了。独孤皇后听了之后顿时火冒三丈，认为高踞这个人表里不一，表面上显得很想念亡妻，谁知道暗地里却宠爱自己的小妾，竟致小妾生子。这件事情过后，独孤皇后就一改先前对高踞的看法，常常在隋文帝面前诉说高踞的不是，要求隋文帝将他革职。开始的时候，隋文帝还不情愿，但是时间久了，隋文帝在独孤皇后的影响下，对高踞也开始有了不好的看法。终于，过了一段时间，隋文帝就找了一个机会，以“表里不一，不堪信任”之名罢免了当政二十年、功绩显赫的相国高踞。
独孤皇后对后宫的严格治理，使隋文帝能够专心于政事，对隋文帝时期国家的强盛有很大的帮助。她追求一夫一妻的婚姻，要求夫妻互相忠诚于对方，致使隋朝后宫佳丽三千形同虚设，文帝“惟皇后当室，旁无私宠”。她不单是不许自己的丈夫纳妾，也不准朝中大臣们娶小老婆，是一位标准的一夫一妻婚姻制度的崇尚者，这在古代的历史中是不多见的。但是也正因为如此，独孤皇后在后人的眼中成了一个十足的“妒妇”。清朝的赵翼就曾经在自己的著作中写道：“独狐皇后善妒，殃及臣子。”
第九部分“独孤误我！”（1）
隋文帝杨坚与独孤皇后患难与共，他也坚信，普天之下，最值得自己信赖的人只有自己的结发妻子独孤皇后一个人而已，所以，长期以来，隋文帝对独孤皇后都是言听计从，百依百顺的。独孤皇后也竭力成为隋文帝的“贤内助”，料理隋文帝的生活，并不时地对政事进行规谏，显示出了自己的贤德，但是在东宫立储一事上，独孤皇后却“聪明一世，糊涂一时”，错误地选择了杨广，最终断送了隋朝的大好基业。
公元５８１年，杨坚取北周而代之，建立隋朝，改元开皇。在此之后就按照惯例，立长子杨勇为皇太子，其余四子也都封了王：杨广为晋王、杨俊为秦王、杨季为越王、杨谅为汉王，诸王子都是独孤氏所生，这在历代上是比较罕见的。但是隋文帝最终改立杨广为太子，酿成了大错，在这个过程中，独孤皇后也多受蒙蔽，对易储之事起到了很大的推动作用。
刚开始的时候，独孤皇后对杨勇备加宠爱，但是由于杨勇生活奢侈，性喜浮华，所以渐渐不得独孤皇后的欢心。开始，独孤皇后对太子杨勇的期望很大，为了使他即位之后能够成为天下的表率，她亲自为杨勇选定了元氏之女作为太子妃，并按照仪制另立云氏之女为昭训。元妃是元魏宗室元孝矩的女儿，出身名门，而且生性温婉贤淑，端庄而有礼仪。独孤皇后非常喜欢，坚信她将来一定可以母仪天下，因而对她很是器重。隋文帝也很看重她的门第，所以也很支持。昭训云氏史书上却没有明确的籍贯记载，只是说“云定兴者，附会于（宇文）述”（注：《隋书》卷六一《宇文述附云定兴传》），可见门第低微。她活泼乖巧，相貌俏丽，但是相比之下，显得仪态不足，独孤皇后嫌她失于轻佻，因此并不喜欢。本来在立她为昭训的时候，独孤皇后就不太愿意，后来勉强同意了，但是她还是暗示太子尽量少接近她。
太子杨勇生性率直，其情感与独孤皇后的期望不同。元妃虽为太子妃，但是杨勇对她更多的是敬重，却不是亲密，反而对云昭训十分宠爱，平时多半也是与云氏缠绵一处。此外，杨勇的内宠颇多，除了云昭训之外，他还很喜欢另外三个女子：高良娣、王良嫒和成姬。这四个姬妾轮流服侍杨勇，元妃反而独守空房，心中很不是滋味。
独孤皇后对隋文帝看管很严，不愿文帝宠幸其他的嫔妃，因此也很讨厌群臣及诸子宠幸姬妾。大臣中凡是有姬妾生子的，独孤皇后多数都会请求隋文帝将他们斥责贬官。如今杨勇的做法当然就更让独孤皇后感到愤慨。独孤皇后为此多次向杨勇示意，要求他亲近元妃，但是收效甚微。于是，独孤皇后对他也就越来越厌恶，每当杨勇入宫面见她的时候，她从没有好脸色。杨坚对太子杨勇本来十分信任，常委以重任，努力培养他的才能，并常拿国家大事和杨勇一起商量，杨勇提出的意见，隋文帝也很乐于采纳。但是独孤皇后对杨勇的看法很快就影响到了隋文帝，隋文帝也就渐渐失去了自己的主张，开始讨厌起杨勇了。
有一年冬至的时候，百官都到太子宫中称贺，杨勇命令张乐受贺，结果无意中超出了礼制的规定。这件事情传到了独孤皇后那里，她就对隋文帝说：“太子勇率性任意，动多乖张，今日冬至，百官循例进宫，他却张乐受贺。圣上尚需劝诫他一番才好。”隋文帝听说了这件事情之后，心中也很是不快，于是就下诏群臣，令此后不得擅自朝贺东宫。隋文帝对于太子杨勇也渐渐有了猜忌之心，宠爱大不如前了。
由于太子处境困窘，元妃心存大志，常为杨勇担心焦虑，后来终于忧虑成疾，不久就抱憾离开了人世。而云昭训又是一个不甚操心政事的女子，整日与杨勇醉心于儿女之情，元妃死后不久，云昭训就生下了一子，很得杨勇喜爱。元妃的死本来是很正常的事情，但是独孤皇后却横加猜忌，以为是太子有意谋害了嫡妃，如今太子又违反了她所定下的规矩——“后庭有之，皆不育之，示无私宠”。因此，偏妃生子也就成了太子杨勇的罪孽，使独孤皇后对他大为不满，独孤皇后也就渐渐有了废去太子杨勇的意思。她专门派亲信的宦官伺察太子的短处，只要有过失就来报告，并将这些报告给隋文帝，准备等待合适的时机，废去杨勇的太子之位，另立新太子。
被封为晋王的杨广是个很狡诈的人，他生性诡谲，善于矫饰逢迎，早就觊觎太子的位置，他见杨勇不得独孤皇后的欢心，于是就一味迎合独孤后。杨广的正妻是萧妃，但除了萧妃之外，还有众多的姬妾，他知道独孤皇后不喜别人宠幸姬妾，为了取悦独孤后，他不惜将其他姬妾所生的骨肉都命人掐死，只有正妃萧氏所生的孩子才禀告父母。这样一来，就正中了独孤皇后的心意，以为杨广与元配的萧妃厮守终身，所以对他很是喜欢。有一次隋文帝和独孤后一起到杨广的晋王府去，杨广知道隋文帝和独孤后都素性节俭，最恨奢华的行为，于是就预先命人将王府中的那些美姬都藏了起来，却只留下几个又老又丑的宫女充当侍役，身上所穿的也全都是粗布的衣服。杨广与萧妃两个人也都穿得很朴素。屋子里的一切华丽陈设都撤去，换上了简陋的装饰，架上的诸般乐器也都积满了灰尘，望上去就好像已经长久都没有动过了的样子。隋文帝和独孤后到晋王府看到这些之后，心里很满意。独孤后见晋王府内没有美姬，只有丑妇，对杨广也极有好感。从此之后，独孤皇后对晋王杨广更是另眼看待。独孤后遣亲信左右到晋王府第探视的时候，杨广也总是小心伺候，不论来使的身份是贵是贱，都亲自与萧妃到大门外迎接，设宴款待，并送以厚礼。时间久了，说杨广好话的人就越来越多了。独孤皇后改立杨广为太子的心思就越来越强烈，并常常拿这件事情与杨坚商量。
第九部分“独孤误我！”（2）
杨坚虽然有改立杨广的意思，但是太子杨勇也没有犯大的过错，而废长立幼又不得人心，所以觉得很不好施行，于是一直犹豫不决。晋王杨广这时候正调镇扬州，不到半年就表请入觐。回朝之后，杨广对朝臣们谦和礼让，恭敬有加，宫廷内外，对杨广都是交口称赞。过了几天，辞行还镇的时候，杨广就面见独孤皇后，献谄言说杨勇忌恨自己，假装很害怕的样子。独孤皇后不知就里，想起先前杨勇的诸般不是，就愤然道：“我为他娶元氏女，竟不以夫妇礼待之，元氏女向来身体健全，竟会一旦暴亡，他却毫不悲伤，反与妖姬云氏淫乐。我也疑惑元氏被他所害，只是暂时容忍。现在他却越发狂妄，竟想加害你！我活着他已是如此，往后真不堪设想了。”从此独孤后废杨勇的想法更坚决了。
大臣杨素本来是杨勇的亲信，但是后来看到独孤皇后和隋文帝对杨勇不再宠爱，于是就也常向隋文帝谄言太子失德。内外交谗，隋文帝便动了废立太子的主意。不久，宫廷内外就都知道了废立的消息。消息传到了东宫，杨勇心中慌乱，就秘密地叫巫觋来府中做厌禳术。结果这个消息，又被独孤皇后的人探听了去，报告给了隋文帝和独孤皇后，当晚隋文帝就命杨素到东宫探看虚实。杨勇心无城府，以为杨素真心好意到府中慰问，便口无遮拦，言语之中露出怨愤之气。杨素回到宫中就将这些一一报于隋文帝，隋文帝听了大怒，第二天就在成德殿上召集百官宣诏废杨勇。
开皇二十年（６００年）十月，年届花甲的隋文帝在独孤皇后主张下，“戎服陈兵”御临武德殿，以太子“情溺宠爱，失于至理，仁孝无闻，昵近小人”的罪名而将嫡长子太子杨勇废为庶人，十一月立次子晋王杨广为皇太子。东宫易储之事开始于开皇年的中期，经过将近十年的时间，在开皇末年终于结束。在这个过程中，隋文帝显然是直接的执行者，史书中说完全是独孤皇后操纵，这是不真实的；但是独孤皇后在其中所起的作用是很大的。魏征说她“心非均一，擅宠移嫡，倾覆宗社，惜哉！”
仁寿二年八月，独孤皇后因病去世，年未五十。从此之后，隋文帝也就失去了一个贤内助，也没了严厉的约束，于是开始宠幸宣华、容华二位夫人。由于年纪老迈，且纵欲无度，时间不长，到仁寿四年秋七月，杨坚便病卧仁寿宫了。这时候，他才想起了独孤皇后，叹息道：“使皇后在，吾不及此。”病情渐趋加重。不久，杨广开始显出顽劣的本相，并且趁机调戏宣华夫人，隋文帝听说后哀叹道：“畜生何足托大事，独孤误我！”然而此时已于事无补。杨广派亲信宇文述领东宫侍卫逮捕了柳述、元岩，强行逐出宣华夫人与侍疾宫女。右庶子张衡怀藏利刃，深入文帝驾前，结果了文帝。不久，杨广即位，也就是历史上最荒淫无道的隋炀帝。即位后短短的十几年时间，隋炀帝就葬送掉了其父隋文帝苦心经营数十年的隋帝国�