济光所部新振武军缴械遣散，随后又将西北军宋子扬旅移驻通县，改编为奉军。直军也将第九、第十五两师接收，改派陆锦为第九师师长，齐宝善代理第十五师师长。不久宋旅在通县哗变，第十五师也在保定哗变，两部均被解散。张作霖疑心通县兵变是直系教唆所致，曾大发雷霆，几乎引起一场纠纷。其实，兵变在当时是极其普遍的事情，山东、湖北都有兵变发生，甚至新调到通县来的号称训练有素的第十一师也因兵变而被解散。
8月7日，边防军第一师师长曲同丰、边防军第三师师长陈文运、第九师师长魏宗瀚、第十五师师长刘询、谦威将军张树元等都受到免职查办的处分。刘询本来属于直系，这次被迫参加进攻高碑店的战争，因而也在被惩处之列。第十三师师长李进才也被免职，但未受到处分，师长一职改由王怀庆兼任。
湖北方面，张敬尧残部由吴新田负责收容，指定在安陆县集中，收容后即以吴新田为第七师师长，受王占元的节制。8月11日，张敬尧的兄弟、自命为孔明复生的张敬汤被王占元逮捕，也和吴光新一样受到军法会审，9月10日被处死刑。张敬尧看见事情不妙，10月2日从汉口逃走了。
直皖战事初发动的时候，段曾电令吴光新、张敬尧两部到河南进攻直军后方，马良会同安武军李承业部进攻河南东部，驻洛阳的西北边防军两旅进攻郑州。但是吴、张两部在王占元的监视下，安武军在张文生的监视下，西北军在奉军许兰洲和宏威军赵倜两部的监视下，都不能发动。只有边防军第二师师长马良派兵由济南开抵禹城、平原，与直军第五混成旅旅长商德全部在德州对垒。7月18日，边防军第二师攻占德州，此时边防军第一师在涿州大败的消息传到，马良就不敢再进兵了。战争结束后，山东人民团体和学生代表都提出解散边防军第二师和惩办马良的要求。由于直系鞭长莫及，马良并未受到处分，山东人民团体派人去见马良，告以大势已去，不如自动辞职，马良只得怏怏地辞职赴青岛，所部由山东督军田中玉接收改编。
7月24日，驻洛阳的西北边防军宋邦翰、张鼎勋两旅长通电请求改归陆军部直辖。27日，吴佩孚复电令其缴械遣散。30日，西北边防军就在洛阳哗变起来，吴佩孚派王承斌带兵前往勒令解散。此外，在张家口的西北边防军也被王廷祯派兵解散，只有驻库伦的褚其祥旅因为远在边地，独获保全。
直皖战争前，被称为皖系或附庸于皖系的各省军阀有山东田中玉、安徽倪嗣冲、浙江卢永祥、福建李厚基、山西阎锡山、陕西陈树藩和刘镇华、甘肃张广建等。阎锡山曾出兵娘子关，刘镇华也曾出兵潼关，企图策应边防军作战，由于战争迅速结束，他们都悄悄收兵退归原防。直皖战争结束后，陈树藩鉴于自己的靠山已倒，想与陕西民军弃怨讲和，把他所俘获的民军司令胡景翼释放出来。
胡景翼回到三原后，于9月1日改称陕西靖国军总指挥，仍与陈树藩为敌。张广建久为甘肃人民所切齿，他与陇南镇守使孔繁锦勒令农民种植鸦片，每亩抽收库平六两六钱，又派兵士保护运输烟土，每百两抽收十元，引起全国舆论的攻击，北京政府打算借口违法种烟予以撤换。12月27日，宁夏护军使马福祥、甘边宁海镇守使马麒、导河镇守使裴建准、甘州镇守使马麟联名通电，指斥张广建仇视回教，侵吞公款，宣布与之脱离关系。同月31日，北京政府调任绥远都统、第一师师长蔡成勋为甘肃督军，调任马福祥为绥远都统。
直皖战争结束后，山东人民展开了废除督军的运动，但因督军制一时尚不能废止，便又请北京政府改派吴佩孚继任山东督军。田中玉因不安于位而自请辞职，11月5日发出通电，“废督请自中玉始”。田中玉不是色彩鲜明的皖系军阀，在直皖战争时又曾一度劝阻马良出兵，所以直系对他尚无恶感，地位得以保全。
上海和浙江是皖系保存下来的最大据点，而卢永祥拥有北洋军第四、第十两师的雄厚兵力，也不容易被人打倒，因此卢永祥、何丰林的地位能够维持不动。福建督军李厚基北与浙江打成一片，南与粤军陈炯明订有停战条约，直系对他只能置而不问。
战后争夺地盘的核心在安徽。安徽督军倪嗣冲在皖系军阀中是个著名死硬派，此时病势沉重，在北戴河养病未归。直皖战争结束后，安徽人民也和山东一样展开了废除督军的运动，但又表示如果一时不能废督，则请派冯玉祥继任安徽督军。另一方面，安徽督军一职成为直奉两系军阀你争我夺的目的物，张作霖竭力保举他的儿女亲家张勋继任定国军讨曹锟的檄文指责曹锟、张作霖勾结张勋，重谋复辟。曹、张曾通电否认其事。张勋也有号电（7月20日）称，“博浪之锥，止于一击”，现在年将七十，“但求作太平之民，永拜共和之赐”。，李纯也保举徐海镇守使张文生升任。张勋是全国人民所唾弃的复辟首犯，安徽人民和各方面都激烈反对他继任安徽督军，于是张作霖又保举另一儿女亲家鲍贵卿调任安徽督军。此时自治潮流风靡全国。吴佩孚为山东人，冯玉祥为安徽人，所以受到两省团体的推戴。为了迎合自治潮流，徐世昌主张派姜桂题到安徽，张作霖也保荐鲍贵卿继任安徽督军，姜、鲍两人都是安徽人。徐世昌本来打算派姜桂题为安徽督军，因为直奉两系对此席竞争甚烈，也就不敢提出了。
李纯保举张文生是别有用心的。张文生是张勋的旧部。以前张勋失败后，北京政府采取怀柔政策，派张文生为徐海镇守使，叫他驻守原防收抚辫子军。而徐海一带本系江苏督军的辖地，李纯久想设法收回。这次保举张文生就是把他推出门的一个做法。张文生为了讨好张作霖，曾表示欢迎自己的老上司张勋回任安徽督军。后来北京政府用他项利益交换张作霖的同意，于9月16日发表命令，派张文生继任安徽督军，并提升李纯兼任长江巡阅使。
三曹锟、张作霖召开天津会议。吴佩孚再度建议召开国民大会，引起张作霖的严重不满。曹锟通电撤回吴佩孚的东电
关于内阁问题，徐世昌与直奉两系军阀的意见也有分歧。徐想用自己的老朋友周树模组阁，曹锟推重直系元老王士珍，张作霖则建议仍请他的儿女亲家靳云鹏复职。
战争结束后，1920年7月23日靳到奉天与张作霖商谈时局善后问题。26日，靳、张偕同到天津，即电邀曹锟前来举行会议，曹锟于28日由保定前往天津。此时，李纯及各省军阀所派代表均已到齐，即于29日举行会议，决定三个问题：一、解散安福国会；二、请靳复职；三、取消上海和会。关于第二项，曹锟对张作霖作了重大的让步。
《武夫当国（1895…1928）》 第一部分第五十一章 北京政府的新统治者（3）
所谓天津会议，实际上就是要把一切国家大权都抓在几个大军阀的手里，由大军阀作出决定，交由北京政府遵照执行。徐世昌原来幻想在段祺瑞失败后做个有职有权的总统，此时才感觉到去了一个“太上政府”，又来了两个“太上政府”，甚至想用自己的亲信做内阁总理也都办不到。他接到天津会议的三个决定后，十分沮丧地向僚属们表示：“第一项我就办不到，因为总统没有解散国会的权力。”
天津会议前，有不少英美记者兴高采烈地跑到长辛店访问吴佩孚，吴向他们发表了召开国民大会解决国事的具体意见。他制定了一套国民大会提纲：国民大会采取“国民自决”的原则，由全国各县县农会、工会、商会、学生联合会各选一人为初选当选人，再由各省省农会、工会、商会、学生联合会在初选当选人中间进行复选，选出五分之一为参加国民大会的代表，此项选举应在三个月内办理完毕。国民大会可以在上海或天津召开，在六个月内制定宪法，修改国会议员选举法，即行闭会。国民大会有权审查历年来北京政府与外国所订的一切条约、密约，分别提出处理意见，他认为各国尊重中国人民的公意，必能接受办理。关于历年来所借外债及其用途，也应提交国民大会审查，并查抄安福祸首财产，提充善后经费。关于总统问题，他认为应由国民大会解决。谈到这里，西报记者提出了一个问题：“张作霖通电中一再强调拥护总统，如果总统问题交由国民大会解决，岂不与张作霖的意见相左？”吴不假思索地说：“徐世昌未取得西南五省的承认，只算得半边总统、临时总统。我本人就是一个拥护总统的，但我所拥护的是全国人民所公认的总统而不是半边总统。”最后，吴谈到为了避免军人干政，自己不打算参加国民大会，他只能做一个国民大会的提案人。他已经向曹经略使提出此项建议，须待天津会议解决，然后通电全国征求同意。
关于内阁问题，吴在另一场合下表示应当先进行全国和平统一，然后组织正式内阁。
自从直皖战争结束以来，西方国家看中了吴佩孚是个可用的工具，都把他捧作中国惟一的“英雄”，在报纸上竭力加以渲染，而吴自己也就飘飘然自负为不可一世的风云人物。吴对这次战争的估价和张作霖完全不同。张认为如果奉军不参加作战，直军不可能取得胜利，因此奉军参战是这次战争谁胜谁败的关键性问题。吴则认为奉军投机取巧，坐观成败，胜利的决定因素在于松林店一仗，而这一仗是他的汗马功劳。他又认为他在军事上取得胜利，在政治上应当有极大的发言权，他的政治主张应当受到全国各方面的特别重视。
他完全没有想到这是他的主观幻想。张作霖从来不把他放在眼下。7月26日，张到天津的当天，就有一批西报记者跑到恒记德军衣庄来访问他，谈到吴佩孚，他轻蔑地说：“我所合作的是曹经略使。吴佩孚小小一个师长，全国就有几十个师长，而我手下也有好几个。”
天津会议没有讨论国民大会的问题。8月1日，吴通电全国发表了召开国民大会的主张。这个电报发表，全国不少团体都感到兴奋，纷纷通电响应，单在上海就成立了国民大会筹备会、国民大会策进会等新兴团体。另一方面，这个电报立刻引起了徐世昌、靳云鹏、张作霖的激烈反对。徐世昌也和张作霖一样，认为吴佩孚职位卑小，言大而夸。靳云鹏悻悻地说：“召开国民大会，简直是要革我们的命！”张作霖把曹锟拉在一旁低声问道：“三哥，你看见过吴子玉的通电没有？我却事前一无所知。如果三哥赞成他的主张，我就通电反对。”曹锟急忙表示自己并不赞成，劝他不要发火，并且表示负责叫吴佩孚撤销这个主张。当曹锟发出通电，声明“吴佩孚所发东电，未得同意，应予撤回”以后，得知张作霖反对召开国民大会的电报已经发交电局，又急忙把张作霖的电报扣留不发。曹锟电召吴佩孚迅速来津当面一谈。8月3日，吴到了天津，曹劝他少发表意见，而且告诫他说：“我们刚打完这一仗，难道又要打第二仗！”
其实，根据吴佩孚所制定的国民大会提纲所产生的“国民代表”，也只能是军阀官僚的代�