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齐燮元本不属于曹锟的直接系统，由于他报效过巨额军费和贿选经费，他所处的地位又很重要，也受曹锟的重视。前面说过，在江浙问题上齐和吴佩孚有过一段不愉快的过程。随后他保荐陈调元为江西督军，曹锟又要请教吴，吴认为蔡成勋不宜撤换因而作罢。这件事情使齐大为不平，骂吴以直鲁豫巡阅使而干涉苏皖赣巡阅使的职权，真是太不讲理了。此外还有一件海军争端也牵涉到吴、齐两人的关系。驻粤海军舰队司令温树德投降北方后，12月21日率领海圻、海琛、肇和、永翔、同安等舰驶赴青岛、烟台，他的部属强占烟台海军营地，引起海军总司令杜锡珪的不满。温投降北方前，吴许以不受海军总司令的节制，此时便保荐他为渤海舰队司令，直接隶属北京政府。这一事件又与杜的职权有关。以前川湘之役和直奉之役，杜率领海军奋勇助战，他埋怨吴不应当采取过河拆桥的手段，更反对其破坏海军系统的行为，因此忿而辞职。海军总司令部设在南京，齐的态度完全站在杜的一边，杜、温之争演进而为吴、齐之争，使曹锟难于处理。1924年3月22日，曹锟派温为渤海舰队司令，吴终于占了上风，这个问题在吴、齐两人的关系上也增加了一道黯淡的阴影。
吴调陕军胡景翼师进攻广东，胡不愿对南方作战，迟迟不肯开拔，引起吴的不满。1924年4月，胡到洛阳拜寿时，有人告以“大帅将以通奉的罪名把你扣留起来”，吓得胡仓皇逃往天津，并且通电解释误会。这件事后来虽无下文，但吴又多了一个暗中怀恨的敌人。
吴对自己的直属部下，更加像主人对待奴才一样，往往不为他们稍留余地。萧耀南做了湖北督军，所用秘书长和参谋长都被吴撤换掉，新派来的参谋长张联棻实际上是派来作监军的，当然不把督军放在眼下。一天，萧愁眉苦脸地对张说：“馥馨大哥，我名义上是督军，事实上你是我的大哥，一切事情你去作主好了，不必问我。”现在萧又上升为巡阅使了，可是吴以直鲁豫巡阅使而节制两湖巡阅使，一道道的命令连珠般发下来，把湖北当作个人私产，当作搜刮军饷和供给军火的基地。有时供应稍迟，吴就大发雷霆，要把肯听话的张福来调到湖北来，吓得萧亲自到洛阳谢罪，才得保全位置。
当时的督军等于一省的小皇帝。可是自从吴“虎踞”洛阳以来，“河南王”就变成了住在矮屋下的小媳妇儿了。赵倜、冯玉祥都因不甘心做小媳妇而被吴撵走。张福来做了多年的小媳妇，理应受得了，可是这位“婆婆”实在管得太严太紧，管得他透不过气来。1923年4月22日（农历三月初七日）为吴的五十诞辰，事前吴在报上登载谢寿启事，张福来觉得自己多年的老上司，近在咫尺之地，万无不去拜寿之理。当他到洛阳时，吴睁着一双怪眼问他前来做什么。他谨肃地回答说：“特来恭祝大帅千秋。”吴就声色俱厉地骂道：“你没有看见过我的启事？你有工夫来拜寿，为什么不抽出工夫来教管你的兄弟？你的兄弟比赵三麻子有什么两样赵三麻子是前任河南督军赵倜的兄弟赵杰。张福来继任后，仍喜任用私人，河南政界一时有“四凶”、“八怪”之称。吴佩孚曾直接下令通缉禁烟委员张仙台（前任省长张凤台的兄弟）、督军署军需课长李锡庆（张福来的妾父）和铜元局长张子青（张福来的兄弟）三人，使张威信扫地；由于大家为之乞情，才改为革职了事。？”当时有很多人在座，骂得这位堂堂督理汗流浃背，无地自容。他退下来找到吴的参谋长李济臣痛哭流涕地说：“大帅不给我留一点面子，我不能再干下去了。”
吴又派参谋长李济臣兼任河南省长和河南军务帮办等职，并将省长公署迁到洛阳，因此开封督理公署成为一座空无所有的冷庙，坐在冷庙里的“河南王”成为一个无人供奉香火的菩萨。这样的日子张福来实在过不下去了，1924年2月17日以贺年为名，跑到北京哭诉于曹锟之前，说他实在干不下去，愿意辞职下台。曹锟着实安慰一番，答应打电报叫吴佩孚仍将省长公署迁回开封。从这件事情看起来，一个跟随多年的百依百顺的奴才，尚且受到这样冷酷的待遇，大将军的威风可想而知。
吴佩孚屡次宣言“不干政”，他在洛阳只管练兵，作好统一全国的准备。可是他干起政来比任何一个军阀都厉害，一切用人行政不经过他点头就休想办得通。他不是什么直鲁豫巡阅使，而是高出一切的“太上政府”。他完全继承了他的前辈袁世凯、段祺瑞的军事专政地位和武力统一政策，但是所采取的专政形式有所不同：袁所采取的是总统制，段所采取的是内阁制，他所采取的却是以地方而遥控中央的巡阅使制。曹锟做总统前，曾经和他发生过关于权利地位的矛盾，现在却又回复了“你即是我，我即是你”的密切关系。这是当时的客观形势所决定的。因为当时直系“和奉”、“和皖”的计划都失败了，看上去“反直同盟”的联合进攻最后是不可避免的，而吴在历年内战中享有“常胜将军”的盛名，直系的最大兵力也仍然掌握在他的手中。曹锟是个贪图个人享受的懒汉，需要有这样一个包打包唱的人替他撑持场面。因此，尽管津、保政客和直系诸将经常前来告状诉苦，也不能动摇他对吴的信任。这就是吴之所以形成“太上政府”的原因。
吴的咄咄逼人的态度，有时也加在曹锟的身上。他曾公开表示：“北京的空气太龌龊了，应当把总统府迁移到保定来，内阁、国会却可以留在北京不动。”1924年年初，他保荐高恩洪为胶澳商埠督办，高是曹锟深恶痛绝的一个人，心中大不痛快，他叫着吴的名字悻悻地说道：“吴佩孚，吴子玉，你保举别人都可以，保举这个人却办不到。”吴马上打来电报说：“我之信任高恩洪，犹元首之信任我也。”于是曹锟无话可说，于3月18日乖乖地发表了任命高恩洪为胶澳商埠督办的命令胶澳督办原由山东省长熊炳琦兼任。熊是曹锟的红人，吴佩孚劾其卖官鬻爵，同时保荐高恩洪继任。高到任后，首先向胶济路局提款10万元为渤海舰队的经费。日本借口胶济路局收入，在华盛顿条约中规定为中国还债赎路之用，指使日本会计师拒绝付款，同时派海军上将铃木率领舰队来华示威，仅青岛一处就泊有日本军舰26艘之多。。
《武夫当国（1895…1928）》 第四部分第六十六章 “太上政府”吴佩孚（3）
1924年年初，吴提出所谓统一军权于中央的建议——各省巡阅使、督军一律不得兼任师长，所兼师长一职须由中央派人接任，各师均改归陆军部直辖。这对各省军阀说来，是从半空云里打下来的一个霹雳：这些军政大员所恃以保持其权力地位的，就是手中掌握的兵权，如果交出师长，就将成为赤手空拳的光杆。吴提出这个建议，正是要解除他们的兵权，以便加强中央的军事集权，而这个中央却又控制在吴的手里，实际上也就是要把各省兵权都交在他个人的手里。这个计划害得各省军阀像哑子吃黄连一样，心中暗暗叫苦，嘴里却说不出反对的理由来。当然，他们对于自己的利害得失是不会不动脑筋的，随后山东督理郑士琦、河南督理张福来都回答北京政府说，他们愿意不做督理而保留师长的地位。他们就是要用这个手法来反“将”北京政府一“军”的。但吴对这个计划志在必行，并且深得曹锟的赞同，因此北京政府先后下令解除萧耀南所兼第二十五师师长，以陈嘉祐继任；解除王承斌所兼第二十三师师长，以王维城继任（以上2月28日）；解除陆锦所兼第九师师长，以董政国调升（3月10日）；解除张福来所兼第二十四师师长，以杨清臣调升（3月20日）；解除马联甲所兼安徽第一混成旅旅长，以张克瑶继任（4月2日）；解除郑士琦所兼第五师师长，以孙宗先继任（5月8日）。以上新任师长，除个别系由别处调升者外，大多是由本师的旅长提升起来的，因此各省军阀无法鼓动部下反对北京政府的命令。但是执行这个计划也不是没有遇到阻力的。吴佩孚自己是山东人，而又身为直鲁豫巡阅使，因此决定先从山东入手。由于郑士琦愿意舍督理而留师长，他就以巡阅使的身份召集第五师团长以上军官，轮流到洛阳“听训”，郑敢怒而不敢言。这批受训军官回到山东后，郑也召集他们训话一次，在训话中强调“安徽人必须团结起来，才不致受人宰割”（郑属于皖系，第五师官兵大多为安徽人），言下放声大哭。吴也害怕激成事变，原来决定调升靠拢自己的山东人潘鸿钧为第五师师长，临时改派第五师旅长孙宗先继任，而吴自己在山东设立巡阅使行署的计划，也就无形打消了。其次，第九师师长陆锦兼任陆军总长、公府军事处处长等职（只有陆锦一人不是督理），是曹锟身边的红人，吴费了很大气力才说服曹锟把陆锦的师长兼职解除。再次，这个计划的主要目的，是将各师改归北京政府直辖，可以调来调去，这样才能改变各省军阀拥兵自卫的局势。可是在执行计划的时候，各省军阀坚决要求各师仍须留驻本省并受本人的节制，这两个条件与部属的利益完全一致（部属可以成为督理的候补者），北京政府和吴佩孚只得让步，予以同意。其实，这个计划并不新奇，就是以前袁世凯采用过的拉下层、挤上层的老办法。后来蒋介石也正是采用这个办法来分化对手，以加强其统治力的。这个办法助长了各省军阀朝秦暮楚、“以下犯上”的风气，对于军事独裁者来说，实际上是“搬起石头打自己的脚”。
在更换师长的过程中，齐燮元所兼第六师师长、冯玉祥所兼第十一师师长，由于他们的态度非常坚决，北京政府只能置而不问。吴佩孚也不得不假惺惺地电请解除自己所兼的第三师师长。曹锟立刻打来回电，认为吴在洛阳练兵，情况有所不同，未便同案办理。其实，除第三师外，吴在洛阳还拥有学兵团、幼年兵团、讲武堂、军官讲习所、铁甲车队、炸弹队、飞行队等等，还有巩县兵工厂、汉阳兵工厂为其扩张武力的有力工具。他和袁世凯组织模范团、段祺瑞组织边防军一模一样，正在加紧训练子弟兵作为个人军事独裁的政治资本。这些做法，使各省直系军阀无不侧目而视，他的地位更孤立了。
北京政府一面夺去各省军阀所兼的师长职务，另一方面却又加派他们兼任省长，如马联甲兼任安徽省长、蔡成勋兼任江西省长、萧耀南兼任湖北省长等等。这比黎元洪时期所提倡的“军民分治”又大大倒退了一步。