同时，激进的伊斯兰主义对美国的威胁不断上升，像埃及的伊斯兰圣战运动，它与基地组织合为一体。1998年2月，奥马萨·本·拉登对美国发表了伊斯兰判决，号召发起圣战，宣称每个美国人都是一个合法的目标。1998年8月，基地组织的汽车炸弹摧毁了美国驻坦桑尼亚和肯尼亚的大使馆。
20世纪90年代后期，在比尔·克林顿总统任期内，美国对基地组织相对有了详尽的了解，包括该组织的总体目标、世界各地的分布情况和各种财政援助。基地组织在阿富汗的临时军营是最明显和最易受到攻击的资产。在驻坦桑尼亚和肯尼亚大使馆被袭击之后，美国实施报复，袭击了苏丹的制药厂，据说它支持了大规模杀伤性武器活动并且可能部分为本·拉登所拥有，此外，还向阿富汗营地发射了巡航导弹。导弹集中了营地，但显然，本·拉登获得了足够的情报，已经逃跑了。制药厂被炸毁了，但是，后来的证据却难以发现该工厂与大规模杀伤性武器或者本·拉登之间有任何的联系。直到2001年，针对本·拉登的战役转入秘密计划和行动的隐秘世界中。
在美国国内，冷战结束后，外交政策的一致性被中断了，至今尚未恢复。在解决巴尔干、索马里和海地等地区性不稳定问题上，克林顿政府更倾向于多边解决方案。而这给人们造成的印象是，当局犹豫不决、拖泥带水，甚至有人说是软弱无力。早在1991年海湾战争结束时，乔治·H·W·布什政府中的一些人认识到，苏维埃帝国的解体已为美国更自由地使用其超级军事力量开辟了道路。到1996年，这一集团中的一些人又提出，应动用美国军事力量平息中东局势，通过军事行动或威胁，铲除与美国及其盟国以色列为敌的政权。1998年，在这十几个人中，作为新美国世纪方案的一部分，唐纳德·拉姆斯菲尔德和保罗·沃尔夫威茨致信克林顿总统，请求他“总之，以铲除萨达姆·侯赛因政权为目标” 。他们还说，“在近期内，当外交手段显然已失败的情况下，这意味着应采取积极的军事行动”。但是，他们的想法并不是基于任何伊拉克与恐怖分子的联系，而是害怕萨达姆可能获得大规模杀伤性武器以及运载手段，“对驻扎在该地区的美国军队，我们的盟友，如以色列和温和的阿拉伯国家，以及世界大部分的石油供应安全”造成威胁。推翻萨达姆成为共和党内强硬派活动的主题。
因此，克林顿政府没有以恐怖分子的威胁为重点，而美国对伊拉克的政策却成为炙手可热的问题，它成为检验联合国和美国领导能力的试金石。1997年末，萨达姆拒绝在可接受条件内，重新接纳联合国武器核查人员，以证实他的武器销毁计划，讨价还价和相互妥协持续了几个月。到1998年秋天，萨达姆的态度依旧强硬，对美国政府而言，这是一个的不折不扣的考验。最终，1998年 2月，美国发动了对伊拉克的84小时军事行动，意在摧毁伊拉克的控制与指挥系统、防空系统和可疑的大规模杀伤性武器生产设施。虽然，军事行动对萨达姆大规模杀伤性武器计划的影响仍不得而知，但是，袭击成功地击中了预定目标。
真正的战争：恐怖主义反对恐怖威胁的努力得到强化
在整个克林顿执政期间，反对恐怖威胁的努力得到强化并且日益活跃。自然，在本质上，最初这些方法都是防卫性的和有限的，首先，强调保护美国驻外部队和设施，然后，只有与针对美国的恐怖袭击有牵连时，才对某些特定的恐怖分子组织实施打击。至少就已经公开披露的情况而言，直到驻坦桑尼亚和肯尼亚大使馆遭到袭击之后，美国才在进攻性反恐计划方面做出重大行动。
同样，也没有确切的情报证明，萨达姆有可能与基地组织勾结，用大规模杀伤性武器袭击美国。原因显而易见：萨达姆控制的伊拉克在本质上是个世俗国家。他具有控制性的个性，几乎不可能将毁灭性武器交给一伙超出其控制范围，并且把他和他的国家看作敌人的伊斯兰极端主义分子。也没有确凿证据可以把萨达姆和基地组织联系在一起的。恐怖主义者更有可能通过黑市，或者招募叛逃的科学家，或者从其它国家获得大规模杀伤性武器，这些国家包括，长期与恐怖主义交往并拥有大规模杀伤性武器的伊朗，或者据说会出售所拥有的任何军事技术的北朝鲜。
北朝鲜是一个特例。一个愤怒而孤立的政权，过去，它曾屈就于恐怖主义，通过出售国际上禁止的军事技术以换取硬通货。20世纪80年代，它开始使用原子能，并且在90年代初，朝着核燃料浓缩方向努力。1993年末，北朝鲜已经从其设在宁边的5兆瓦核反应堆中分离出约800个已用过的铀燃料棒，首次实现全部填装。此前，部分填装的燃料棒就已提炼出来，而北朝鲜拒绝允许国际原子能机构的核查人员检查核废料，以确认是否曾经提炼了钚。
如果第一批填装的燃料棒经过重新处理，那么理论上，北朝鲜可能已经拥有制造一枚或两枚原子弹的材料。克林顿政府拒绝接受一个核武器化的北朝鲜。于是，美国开始组建防卫部队，以准备实施可能的先发制人的打击。幸亏美国与北朝鲜双边协商达成了一致，美国向北朝鲜提供两个轻水核反应堆，北朝鲜相应放弃其核计划，于是，朝鲜半岛的战争得以避免。这项协议，通常称为框架协定，将北朝鲜的核扩散冻结了几年。
从20世纪90年代末的角度看，有迹象表明，要对付恐怖主义，各种半公开的、具有人员风险的特种部队和中央情报局必须直接参与作战行动，很大程度上，美国从未有效地实施过这类作战；要有效地打击恐怖主义，似乎需要那些只能从内部渠道获得的详细的、“目标明确的”、有预见性的情报；反恐战役还必须借助一系列充满争议、公众不愿接受的手段。看起来，我们不大可能为恐怖主义安上一个国家的“面孔”：阿富汗与我们小心翼翼地周旋，宣称支持我们，但并未付诸行动；而据报道，在1996年，伊朗曾暂时停止恐怖分子以美国为打击目标。在索马里，没有可以信赖的政府。也门只是慢慢对美国的建议热心起来。此外，在未来反恐战役中，美国的盟友也存在一些问题：沙特人不合作，埃及人疲于应付。在中东地区，美国过分依赖以色列的情报和支持，这使它面临着风险，即削弱与友好国家之间的关系，从而与美国其它的对外政策目标发生冲突。这正反映出反恐斗争的长期性和艰巨性。
然而，通过美国和外国情报机关，有关恐怖组织情报收集工作正在紧锣密鼓地进行着。我们看到，恐怖分子的威胁警告接二连三地响起。进攻性的反恐行动更富于挑战。美国驻非洲大使馆被炸后，中央情报局策划了一次行动，行动中使用了巴基斯坦间谍，试图抓住奥马萨·本·拉登，动手的时机显然已经成熟，但此时，巴基斯坦民选政府被帕尔维茨·穆沙拉夫将军推翻，导致行动流产。美国的行动需要地面支持，除了具有极大的风险外，还可能会暴露行动的“意图”。而没有“可采取行动的”情报，巡航导弹的反复打击根本没有目标。
随后，2000年10月，停泊在亚丁的美军科尔号军舰遭遇恐怖分子袭击。美国没有立即采取报复。据知情人士透露，美国做出决定，不再用巡航导弹袭击阿富汗的营地了，那样做是徒劳的，美国要准备详细、周密的计划，追踪奥马萨·本·拉登及其网络。然而事实上，当这些计划制定完毕时，克林顿政府也下台了。
回顾过去，显然，有很多事情都应该去做。虽然计划正在制定之中，但是，计划的实施将转交给下一届政府。然而，直到2001年9月11日，布什政府还没有批准一项反恐行动。
9。11事件之后的一段时间，国会组织了一项调查；随后，一个总统委员会获得授权，对整个失败过程进行了调查。但是，不管是警告被忽略了、备忘录没有被审阅，还是中层官员之间或者特定部门内部出现了失误，最终的责任由谁来承担是毫无疑问的。这是一个国家安全问题，在克林顿总统领导下，不管政府做得如何的少或者如何的多，但是，乔治·W·布什政府已入主白宫8个月了，他应该接过这个问题。责任重于泰山，总统本人正是最高统帅。
几乎从9。11袭击后的那一刻起，国际恐怖主义问题的解决似乎就与过去的想法，特别是共和党人对终结萨达姆·侯赛因政权的兴趣纠缠在一起。据加拿大广播公司新闻记者大卫·马丁报道，五角大楼被袭仅5小时后，即使当时并没有证据把此次袭击与伊拉克联系在一起，国防部长唐纳德·拉姆斯菲尔德就告诉其助手，“开始考虑打击伊拉克”。现在还是没有这样的证据，与之相比，许多国家，包括沙特阿拉伯，越来越多地被怀疑与劫机者有着密切的联系。虽然，布什政府的许多人在演讲和声明中，把萨达姆与9。11事件联系在一起，但是，从总统到下面，没有任何人曾证明，萨达姆与美国历史上最大的安全疏忽之一有着任何的联系。而就打击基地组织的战斗而言，以伊拉克为中心，充其量只是分散了美国对该组织的注意力，这似乎恰恰变得更加危险。
据加拿大广播公司报道，一名五角大楼副官的记录显示，从那天起，拉姆斯菲尔德曾要求“越快越好”地做出判断，“同时“倒萨”，而不仅仅打拉登，是不是会更好。”该记录随后引述拉姆斯菲尔德急切的、不顾风险的主张，政府的回应“要宏大，这次统统解决掉，相关或不相关的所有事情”。因此，反恐战争伊始，布什政府的领导人就在努力使问题扩大化，以此作为解决其它问题的手段。事件转移了人们的注意力，编造出证据以证明战役的公正性，力求使问题扩大化而不是集中于问题的本质，这一作法有勇无谋。
但是，在搜寻远处的恐怖分子时，政府并非单枪匹马。与此同时，显然，从各种非政府渠道也传来电话，他们认为，这次袭击如此复杂、组织严密，不可能没有一个国家在背地里支持，并推测就是伊拉克在幕后操纵。当军方分析员在CNN做当天评述的时候，我也接到这样一个电话，这是一名与中东有密切关系的加拿大人。但是，像美国政府一样，没有证据证明所谓的伊拉克参与了袭击。
拉姆斯菲尔德发出了令人担心的指令，这并不仅仅是盛怒之下做出的冲动之举。9。11之后最初的几天，在政府内部会议中，打击伊拉克的问题显然已经过了讨论，包括在周末的戴维新营会议上，总体战略的一些部分首次打造成型，可是，到目前为止，公众舆论一点也没有注意到，政府早期对结束与萨达姆斗争的兴趣进一步增强。
当然，内部证据立即证实，基地组织而不是伊拉克才是嫌疑人。基地组织一直在阿富汗活动，与伊拉克相比，这是更为困难的目标：阿富汗是内陆国家，多山而又偏僻。没有现成的“OPLAN”计划可依靠，以便精心做出应对。苏联尝试过，曾派出10万军队，但是，没有能控制阿富汗。耗费五六个月的时间，从零开�