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早在1935年冀东事变时，学校总务处就打好550只大木箱，以备迁校之用。淞沪战事爆发不久，罗家伦就派请教育学院教授王书林、法学院长马洗繁、经济系主任吴干等分赴鄂湘川各处选择地址，综合各项报告考察结果以重庆大学地点为合宜。9月，罗家伦呈文教育部建议中央大学迁校疏散：
“自被空袭以来，家伦未当一日离校，以身殉职，理所当然。但考察客观事实及为国家保全文化与维持教育事业之有效的继续进行计，似不能不作迁移打算。其简单理由为：
（一）不必将三千以上教职员学生置于易受及常受轰炸之地。
（二）不必将价值四五百万之图书、仪器置于同样之境地。
（三）为教育效率计，应置文化训练机关于较安全地点方能督促其加紧工作。”
罗家伦对选择迁移地点和必须注重的各项作了安排。在淞沪中日大战犹酣之时，提出搬迁在首都南京的中央大学，有动摇人心之嫌，因此，需要胆识和勇气。为表明心迹，他表示“至于家伦个人，拟于一切迁移手续办完，如期开学后即将校务委托妥人暂代，请求允许赴淞沪前方军中待命，以免学校安全与个人安全混为一谈，转增良心上之不安”，最后，他呼吁“为国家大学教育打算，为一未全摧毁之完整大学打算，甚至为树立一后方技术训练机关打算，甚愿钧部加以采纳施行此种打算”。国民政府教育部档案：《国立中央大学校长罗家伦呈教育部该校被炸情形及建议迁校疏散文》，中国第二历史档案馆藏，全5，卷5287。结果，重庆大学理工学院建筑和学生宿舍借与中央大学，可容学生600余人；医学院及牙医专科学校因重庆大学无相同院系及教学设备，特商借成都华西大学开课；教育学院艺术科音乐组因原有教师外籍居多，不能随同入川，加之各项设备无法搬动，决暂停办一年，所有该组新旧各生准其转学或借读于国立音乐学院以及立案之公私立大学音乐系；专任教授讲师因罗致匪易，除因事实困难不能赴蜀自动请辞者外，一律请其同往兼任教授讲师，因其事实上无法兼顾一律解聘，助教及职员均经大事裁减，计裁去助教59人、职员83人；图书、仪器凡可装运者均尽量装箱启运入川，计共1900余箱，10月初已有1700箱运存汉口。
1937年10月上旬，学校教职工开始迁徙。学校决定，学生和教师及家属采取化整为零的办法，各自设法购买船票，分散而行。最后一批学生于11月中旬到达重庆。12月1日，中央大学在重庆沙坪坝新址开学。
1941年8月，罗家伦调任他职，顾孟余继任，后蒋介石、顾毓琇出任过该校校长。1945年8月，吴有训任校长。1945年12月，该校全部搬回南京。
第二部分 中国文化教育事业的损失第26节 高校内迁及遭受轰炸所受损失（2）
金陵女子文理学院内迁。该校创立于1913年11月，由美国传教会创办，原名扬子江流域妇女联合大学，1914年11月改名金陵女子大学。1928年由金女大首届毕业生、留美博士吴贻芳为校长。1930年改名为金陵女子文理学院，设英文、历史、社会学、数理、化学、生物、体育、医预科、国文等10个科系。抗日战争爆发后，分散在上海、武汉、成都三地办学。1938年1月，集中迁至四川成都华西坝。抗战胜利后，于1946年原址招生开学。《南京师范大学志（1902—1992）》，南京师范大学出版社2002年版，第30页。
金陵大学内迁。1937年全面抗战随即展开，首都南京各校相继内迁。当时美国在中国有治外法权，金陵大学的西方人士对迁校无所谓。10月4日，该校在南京仍照常开学。但因局势恶化，淞沪、苏州、常熟先后沦陷，学校只得闭校停课。乃匆于11月25日，11月29日，12月3日，分批西迁。慌乱之中，教育部无法提供运输工具。1937年11月19日，校长陈裕光致函教育部，“惟政府机关纷纷西移，交通工具一时不敷支配，致本校员生300余人及全部设备均停滞校中。钧部对于本校素极爱护，拟恳设法商拨船舶，俾能及早成行而免危及员生安全。苟钧部未能设法，则恳转呈军事委员会或迳电钧部发给放行护照二纸，俾本校自行觅得船舶时，沿途航驶不致发生困难”。国民政府教育部档案：《为本校迁蓉继续上课拟恳钧部商拨船舶不致困难由》，中国第二历史档案馆藏，全5，卷5287。12月30日，校长陈裕光在汉口又求援于教育部，“在京人员业于上月杪陆续脱险到汉，并已先后转宜虞轮赴蓉，筹备复课。图书仪器亦由京运抵宜昌。刻下该埠交通拥挤，本校图书仪器400余箱约125吨及全部随行员生300余人，均无法再行西进。恳祈钧部念国家培护高等教育之艰难，转咨运输各关系机关特予本校运输便利”。历近三月，经汉口、宜昌、万县、重庆而抵成都华西坝，承四川省政府及华西大学之协助与合作，理学院设于华西大学内。1938年3月1日正式开学。此时在校教职员共计145人，学生计387人。理学院之一部分为学生实习便利起见，移在重庆借用上清寺求精中学校舍上课，并逐渐发展成理学院事实上的分院。国民政府教育部档案：《私立金陵大学要览及概况报告简表》，中国第二历史档案馆档案藏，全5，卷2145。西迁中，师生经历了精神和肉体的严峻考验。第一批师生曾在轮船上4天4夜只吃两顿饭，15天才走到重庆。
国立药学专科学校的西迁。该校原设于南京白下路，校舍系租借而就。1937年9月2日，该校校长孟目的呈文教育部，“窃因国难严重，军事紧急，首都为全国重心，自抗战以来无日不为敌机袭击。因之本校新生考试，旧生续学均受影响，长此以往则我国与国防至关重要之药学教育将无由发展，兹为各学子免除失学计，拟恳钧座准予暂迁武昌定期开学，谋救国之分工作长期之抵抗。”之所以选择武昌，是考虑“武昌为全国中心，交通便利，若为教育输取器材或补充后方勤务等在调动上俱亟易行，倘国难平服，顺流而下指日返京，异时自无长途跋涉之虞也”。并申请迁移费5500元。国民政府教育部档案：《国立药学专科学校关于迁校及校舍建筑等问题呈文》，中国第二历史档案馆藏，全5，卷5287。鉴于“前方救护工作端赖医药，方今抗战伊始，而此项人才已大感缺乏即医药用品来源杜绝罗掘已空，不敷尚巨，故目前造就药学人才较之平时更为重要，制造急需药物尤为当今迫切事业。职校为惟一国立药校，对于造就药学人才职无旁贷”。于是，1937年9月10仍在南京继续办理招生事宜，同时派员赴武汉租赁房屋，着手将校址迁安全地带。9月15日，校中应用家俱及仪器药品，已装箱搭楚英差船运赴武昌知关。
学校迁武汉历时3月，教育部即于12月25日通知国立药学专科学校，“以敌军深入，势将危及武汉，着即日迁渝开学，以免学业中辍，并着令陆军卫生材料厂合作利用川省土产制备急需药品以利长期抗战”，于是，该在武汉举行临时考试后，公文、校具等装箱启运，各项手续结束后全体员生遂于1938年1月12日分批西上。因客运拥挤须在宜昌万县停留，故迟至2月10日除少数学生拟候差轮停滞中途外，均抵达重庆职校，借用四川省立教育学院部分校舍，于2月2日正式开学，并与陆军卫生材料厂合作，落实学生分批前往实习。
1939年秋，四川省立教育学院将校舍收回，药学专科学校开学在即，便急租瓷器口黄葛坪一号民房，作临时授课之用。当时，鉴于“一年合同行将期满，续租每月租金五百元过高，且瓷镇日渐繁荣，工厂林立，几成军事重镇空袭之虞，在所难免，本校既永久留川，自应建筑校舍，因提出第24次校务会议讨论，结果咸以疏散固有必要，但永久校舍与临时校舍，性质不同，距离大学区过远，参考书籍之借用，兼任教员之聘请，行将永感困难，为目前计，时间经济亦均不许可，因议决迁附近江北县地带，现已在该县石马乡觅得相当地点，计四十亩，环山依水，竹木丛生，可资空袭之掩护，且交通便利”，中国第二历史档案馆档案，全5，卷5287。因而于暑假期中兴建校舍，秋季开课。
武汉地区的高校内迁。1938年初，武汉的大学还没有迁移。1938年2月21日，武昌中华大学还准时开课。北平的朝阳学院也在湖北沙市恢复。随着日军侵略的深入，武汉的大学也开始了搬迁。1938年4月31日，在校长王星拱的率领下，武汉大学被迫举校西迁至四川乐山。武汉大学发端于1893年张之洞创办的自强学堂，1912年发展为国立武昌高师，1924年更名为国立武昌中山大学，1928年7月改建为国立武汉大学。战时，该校在极其困难的情况下度过了8年。1946年10月，武汉大学回到武昌珞珈山。
1938年6月，武昌中华大学决定迁宜昌三斗坪，华中大学决定迁桂林，后迁西南。1939年春，武昌中华大学迁重庆南岸觉林寺旁。1941年11月3日，已经迁川的朝阳学院自成都再迁巴县兴隆场。
这一时期迁川的高校还有山东大学、东北大学、牙医专科学校、清华大学航空研究所、东吴大学法学院、中央工业职业学校、戏剧学校、光华大学成都分部、朝阳学院、山东医学专科学校、中央政治学校、复旦大学、蒙藏学校、北平师范大学劳作专修科、江苏省立蚕丝专科学校、武昌文华图书馆学专科学校、两江女子体育专科学校、齐鲁大学、江苏医政学院、南通学院医科、铭贤学校、南开大学经济研究所、武昌艺术专科学校、吴淞商船学校、国立音乐院、中央国术馆体育专科学校。国民政府教育部档案：《全国专科以上学校内迁及其分布统计表》，1941年。中国第二历史档案馆藏。
1941年12月，太平洋战争爆发，接着日军侵占东南亚国家，危及我国华南各省，迫使部分原设租界，或在沦陷区勉强维持的教会大学，以及原迁云南等地的高校再次内迁。如上海交通大学、沪江大学、之江大学从上海租界迁往重庆；滞留北平的燕京大学迁到成都；迁到昆明的上海医学院、同济大学、国立艺专等校内迁四川；立信会计专科学校、上海法学院等也迁往四川。
（3）迁往西北地区的院校
东北大学内迁。该校创建于1923年，校址在沈阳。张学良曾任校长。1931年该校成为有文、法、理、工、教育5个学院的综合性大学。九一八事变后，沈阳沦陷，学校迁入关内，11月在北平复课。1936年2月，工学院和补习班迁西安，成立西安分校，校址是前陕西农林职业专科学校。1937年5月，学校改称国立东北大学，臧启芳任校长。
七七事变爆发后，在北平的部分该校学生，流亡到后方；部分学生奔赴延安。