但这种方法，并不是很有保证中国在十六世纪时，已采用人痘接种法！也是世界上最先使用人工免疫法的先例，曾传至欧亚各国。但最有效的免疫法，则始于一七九六年（清嘉庆元年）英国医学家琴纳的使用牛痘苗。。圣祖幼年时亦经过接种，还被隔离在一座寺庙中，所以他在儿时即和父母分离，结果脸上还是留下麻点，他的祖母太皇太后（即孝庄后）认为圣祖已出过天花，就不致像他父亲那样再得这种可怕的病症，因而让他嗣位。比利时传教士南怀仁，他在《鞑靼旅行记》（见《清代西人闻见录》）中，记他曾见到过圣祖，“脸上有点痘痕”，也可为证。
自然，圣祖的嗣位，并不完全由于这原因，他祖母的爱护圣祖，确是超过其他孙子，所以圣祖对这位祖母，也是始终感恩，特别孝顺，在文词中屡屡称颂。孝庄一生，早年辅佐丈夫皇太极扬威于关外，中年扶保儿子福临定鼎于北京，晚年护导孙子玄烨践位于动荡之间，不但在有清一代是一个了不起的女能人，在历代的后妃中，其才能手腕，也是屈指可数的。
圣祖即位时，年仅八岁。清朝制度，母后不得参预朝政，因此而有四大臣的辅政，也是世祖临终时指定的。这四大臣是：索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜，都是满人，也是当年反对多尔衮的健将，故为世祖所信任。
开始时，四大臣尚和衷相处，到了后来，矛盾逐渐增加。这也是不难想见的，因为四大臣的权位既仅次于皇帝，皇帝又是个幼主，四大臣的旗籍不同，这也意味着派系不同，而人的权欲是无穷的，所以不可能不发生裂痕。
鳌拜是镶黄旗人，他在四人中名次最后，而权欲最强，平日居功自傲，骄横专擅，密结党羽，擅杀廷臣。这使好些大臣深感危惧，要求圣祖亲政，刑科给事中张维赤首先上疏，索尼相继提出：“世祖章皇帝亦于十四岁亲政，今主上年德相符，天下事务，总揽裕如，恳切奏请。”索尼（正黄旗）即世祖孝诚仁皇后的祖父， 《索尼墓碑文》拓片。他对鳌拜和苏克萨哈的争执很痛恶，但这时年纪已老，不久病逝。
索尼逝世后，圣祖看到鳌拜专横日甚，四大臣已不能发挥原有的辅政作用，便于康熙六年七月，以辅政臣屡行陈奏为由，往奏祖母太皇太后（时年五十四），经允许后，即于七月初七日举行亲政大典。
苏克萨哈（正白旗）是额驸（驸马）的长子，和鳌拜原是姻亲，但论事常和鳌拜相忤，久而积成仇怨。这时四大臣中已剩三个，苏克萨哈耽心鳌拜对他的威迫会加重，心中颇为愁闷。圣祖亲政后，便上疏奏陈，想到自己身患重疾，不能始终效力于皇上，请求往守先帝陵寝。圣祖乃旨谕议政大臣：“苏克萨哈奏请守陵，如线余息，得以生全。不识有何逼迫之处？在此何以不得生，守陵何以得生？其会议具奏。”这自然给鳌拜以可乘之隙，便罗织说这是苏克萨哈不愿圣祖归政（其实是“夫子自道”），列举罪状二十四款，应如大逆论处，和苏的长子查克旦一同磔死（古称车裂），另外一些家族都要斩头。圣祖知道鳌、苏有积怨，没有准鳌拜之请，鳌拜竟攘臂向前，强奏累日，最后便将苏克萨哈处以绞刑，他的七个儿子，一个孙子，两个侄子，以及族人前锋统领、侍卫二名都遭斩决，连同苏克萨哈本人一共是十四条生命。这是圣祖亲政后由鳌拜苏克萨哈请守东陵处。构成的一件大狱。
这时四大臣中除鳌拜外，只剩下一个遏必隆，又害怕鳌拜的淫威而不敢劾奏。康熙七年，侍读熊赐履疏言：“朝政积习未除，国计隐忧可虑”，并引用宋儒程颐“天下治乱系宰相”语，显然是指鳌拜，但为圣祖所斥责，后又加鳌拜太师衔。当时有窃取鳌拜之马的，他便捕而斩之，还连御马群牧长一同杀死。又如户部满籍尚书缺员，鳌拜想给玛尔赛，圣祖却给予玛希纳，鳌拜便援引顺治间故事，强请除授。玛尔赛死后，部臣请谥，圣祖不允，鳌拜擅令予谥“忠敏”。
第二部分 后皇翻前皇之案智擒权臣（2）
这只是几个例子。已可看出，鳌拜不把亲政后的圣祖放在眼里，但这时圣祖已非娃娃了，至少有一点他是懂得的：皇帝的权力谁也不能超越，皇帝作出的决定谁也不应当违反。鳌拜却不止在一二件事情上和皇帝作对。
康熙八年五月，圣祖命议政王大臣逮治鳌拜，上谕中说：“凡用人行政，欺朕专权，恣意妄为。文武各官欲尽出伊门下，与穆里玛等结成同党。凡事在家定议，然后施行，且倚仗凶恶，弃毁国典，与伊相合者荐拔之，不合者陷害之。”接着，由康亲王杰书等列陈鳌拜大罪三十款，议请给以革职、立斩、籍没的处分。圣祖还亲自审问，情罪俱实，“但念鳌拜在累朝效力年久，且皇考曾经倚任，朕不忍加诛。姑从宽革职，籍没，仍行拘禁”。后死于禁所。《清史稿》评云：“鳌拜多戮无辜，功不掩罪。圣祖不加诛殛，亦云幸矣。”俗语说：“瓦罐不离井上破”。意思是，瓦罐天天向井中汲水，井由砖石砌成，总有一天会撞得破碎。对于弄权逞威的鳌拜等人来说，倒是很巧妙的写照。
但鳌拜之被治罪，是经过圣祖严密谨慎地布置的，当初熊赐履上疏所以受到斥责，就因时机尚未成熟缘故。昭梿《啸亭杂录·圣祖拿鳌拜》云：“余尝闻参领成文言，国初鳌拜辅政时，凡一时威福，尽出其门。……尝托病不朝，要上亲往问疾。上幸其第，入其寝，御前侍卫和公托见其貌变色，乃急趋至榻前，揭席刃见。上笑曰：‘刀不离身乃满洲故俗，不足异也。’因即返驾。以弈棋故，召索相国额图入谋划。数日后，伺鳌拜入见日，召诸羽林士卒入，因而问曰：‘汝等皆朕股肱耆旧，然则畏朕欤，抑畏拜也？’众曰：‘独畏皇上。’帝因谕鳌拜诸过恶，立命擒之。声色不动而除巨慝，信难能也。”确也表现了这位少年皇帝的智谋魄力。姚元之《竹叶亭杂记》说是圣祖居宫中时，每选满洲小儿善扑者戏于前，鳌拜以圣祖童心好弄，益轻侮不介意。至是入见，遽为所擒，武侠小说《鹿鼎记》中描写的擒鳌拜的情节，或即取材于此。
《布库图》。
印鸾章《清鉴》，将鳌拜等四大臣的辅政，比作顺治初多尔衮、济尔哈朗之辅政，而鳌拜的横暴过于多尔衮，一日之间，杀大臣数人，不臣之状，业已显著。萧一山《清代通史》卷上云：“当时南北肃清，颇有可为；而鳌拜盘踞要津，朋比为奸，故康熙初政，颇无足纪。”正说明权臣与朝政关系的密切。
一切政变的核心是权力的争夺，当时的鳌拜一派，已形成和皇帝相对峙的局面，如果任其跋扈下去，难保不有更重大的危害，所以，圣祖的擒治鳌拜，实际是皇帝发动的对权臣的一场宫廷政变。
第二部分 后皇翻前皇之案快乐皇帝的烦恼（1）
清圣祖八岁登位，六十九岁逝世，在位六十一年，是中国历史上享国时间最长的一位皇帝。《清圣祖实录》曾记他的话：自秦始皇以下，称帝而有年号者二百一十一人，“在位久者，朕为之首”，亦可见其自负之状。
他在五十七岁时，才有白须数茎，有人向他进乌须方，他笑而辞之：“自古帝王鬓须白者史书罕载，吾今幸而斑白矣。”（《圣 《康熙帝晚年像》轴。祖御制文四集》）又说：“朕若鬓须皓然，岂不为万世之美谈乎？”从他的自我欣赏上，说得上是一位快乐皇帝了。
圣祖共有四位皇后，连同妃嫔，共有妻妾五十五人。又据《实录》所载，圣祖的儿子、孙子、曾孙共有一百五十余人。儿子一辈，除早殇的十一人外，成长的二十四人，女儿二十人。
儿子这么多，又非一母所生，这在显宦豪绅家庭，已难避免此起彼伏的纠纷。帝王是家天下的，他们的家就是国的缩影，所以帝王的多子，更容易成为政变性纷争的因素，这位快乐皇帝的后期，为此而带来极大的烦恼。
清人在关外时，《孝诚仁皇后朝服像》轴。 本无预立太子之制。圣祖本人，虽登位于入关以后，亦非由他父亲（世祖）预立。但到他君临中国后，却一反祖制，预立储君。
按照惯例，册立的储君必须是嫡子，即正妻所生之子，嫡子之中则立长子。圣祖诸子中，年龄最大的为直郡王允禔，生于康熙十一年（一六七二），圣祖原很宠爱，曾命他从征塞上。便因他是惠妃纳拉氏所生，非嫡出，即所谓庶出，所以未立为太子，这在允禔自未必心服，所以后来争储位时，允禔成为重要的角色。
第二个儿子为允礽，比允禔小二岁。他的母亲是孝诚皇后赫舍里氏，即辅政大臣索尼的后代。可是在允礽堕地后，孝诚后就死了，年仅二十二。
皇长子允禔既因非嫡出而不得立，那末，储位便落在皇二子允礽身上了。这时清政权虽已巩固，各地仍有战乱，圣祖的册立太子，未始不是全面服膺汉化的表示，藉此以取得汉人的更多的拥护。诏书中即说：“自古帝王继天立极，抚御寰区，必建立元储。懋隆国本，以绵宗社无疆之休。”这不仅仅是粉饰性的门面话。
允礽之册立，在康熙十四年十二月，出生只十八个月，圣祖为二十二岁。庆典皆沿明朝的仪式，但因太子年幼，由乳母抱着受册宝。这以后，便由乳母养育。宫闱中后妃所生的儿子，即使生母还活着，母子也很难时常接近的。
皇太子宝及玺文
圣祖对允礽起先是很钟爱的，说他“日表英奇古代亦以日喻帝王，如“日下”即帝都。“日表”指皇帝的仪表。，天资粹美”，并亲自为他讲授四书五经。还有一点，孝诚后是圣祖第一个皇后，册立时圣祖年仅十二岁，生下允礽即夭逝，对允礽的感情自然特殊些，曾说过“允礽乃皇后所生，朕煦妪爱惜”的话。
太子六岁就学时，又慎选大臣兼名儒的张英、李光地等任师傅，后来又带他出外巡视。太子本人，确也聪明英武，通晓满汉文字，娴习骑射。甫逾二十岁，就能代父亲处置朝政。圣祖亦盛称太子“其骑射言词文学，无不及人之处”。约在太子十九岁时，还写过“楼中饮兴因明月，江上诗情为晚霞”的联句。（见王士禛《居易录》）徐世昌《晚晴簃诗汇》曾收录允礽诗六首。
不想到了康熙二十九年（一六九〇），父子之间却出现了裂痕。
这年七月，圣祖为实现祖母孝庄后的遗愿，乃亲征噶尔丹（蒙古的一个部族首领）。八月，患病于塞上，即召允礽及皇三子允祉至行宫。可是允礽看到父亲病情，竟然毫无忧愁的表情，“绝无忠君爱父之心”，这使圣祖大为不满。有人分析说，太子当时以为很快就可以继承皇位。是否事实，现在无法断言，但这件事引起圣祖的恶感则无疑义。后来废太子时圣祖说“朕包容二十年矣”，就是以“侍疾无忧色”这一年为起点的。
第二部分 后皇翻前皇之案快乐皇帝的烦恼（2）
康熙三十三年，太子已满二十岁，礼部拟定祭奉先殿仪注奉先殿，顺治十三年诏建，在景运门东北，因供奉的是�