中国农村建设社损失古物407件，银币等1728种。
令人痛心扼腕的是，中央研究院殷墟发掘所的古物、拓片损失更无法统计，所掘山东日照两城镇陶器，大部分留存南京，日军劫得后竟然用箱装陶器、标本垫铺路基。
凡是能得手的文物，日军都要劫走。甚至连朝天宫屋脊上的建筑装饰物“吻鸱”也被拆运日本。吻鸱，也称鸱尾，是安装在屋脊两端，用来“禁压火灾”的。此种装饰起源于六朝东晋时，后传入日本。唐代鉴真和尚传到日本的那对鸱尾，至今奈良唐招提寺的正殿金堂屋脊两端的一件还是原物，在日本被视为国宝。而比日本“国宝”还古老得多的朝天宫鸱尾被拆走，除了文化掠夺，还能有何种解释！南京大屠杀史料编辑委员会：《侵华日军南京大屠杀史稿》，江苏古籍出版社1990年版，第194页。
1939年5月19日至6月18日，日本占领军对存放于南京的故宫文物进行“清理”，参加人员有日军司令部人员、招聘专业人员和办事员等一百二十多人，日军士兵405人，对2272箱文物进行“清点、整理”，内中包括玉碟、红档、实录541箱、普通档案1271箱、图书类475箱、地图类15箱，其他25箱。其中重要者有清实录、圣训、玉雕300件，御笔、书画34件，玉、象牙、珊瑚、砚墨。陶瓷器、铜器317件，御案、御玺11件，以及颐和园部分文物99件，计761件，其他如档案、器具、兵器、图书、绸缎、首饰等不计其数。戴雄：《抗战时期中国文物损失概况》，载《民国档案》2003年第2期。
其实，被日军当局“整理”过的遗留南京的故宫文物中价值连城者远非这区区七百余件，仅字画方面如“兰亭人柱帖”、“唐太宗御笔”、“宋徽宗御笔牡丹”、宋徽宗御笔荔枝山雀图真迹”、“马远江山万里图”、“苏东坡墨迹”、“宋·刘松年群仙图”、“米芾尺续”、“御临争座帖（颜真卿）”等等。上述这些都是日本当局“整理”时留下的部分文物目录。
日军占领后，将江苏省立国学图书馆所存的清季江南各公署档案6484宗与未及整理的六十余大篓，或作废纸处理，或干脆付之一炬。
日军占领南京期间，毁坏古建筑数百处，对南京紫金山天文台陈列的明清天文仪器大肆破坏，其中明制三件、清制二件。明制三件为浑天仪、简仪和圭表，均系明正统四年（公元1439年）所造。浑仪是用来测量星体在天空中位置和运动规律的仪器；简仪则是浑仪改进型，不仅操作简便，测量精度更加准确；圭表乃圭与表的合称，用于测量日影长度的变化，确定一年四时八节的准确日期，从而制定出合乎天时并能指导农业生产的历法。明制浑仪、简仪和圭表至清时仍保存完好。1900年八国联军入侵北京，德军抢走明制浑仪和四件清制天文仪器。第一次世界大战后，中国作为“战胜国”收回德军抢走的天文仪器。1931年九一八事变后，日军不断进逼华北，为保证国家珍贵文物的安全，中央研究院奉命将北平古观象台明清天文仪器运抵南京，陈列于紫金山天文台。1937年12月，日军占领南京后，上述天文仪器落入日军之手，“仪器受损严重，许多零部件损失殆尽，浑仪、简仪龙角、龙爪多处破损”。季士家、韩品峥主编：《金陵胜迹大全》，南京出版社1993年版，第224页。
据国民政府教育部编《南京市抗战期间公私文物损失数量及估价目录》统计，南京地区战时文物损失，查明有据者至少有古字画两万八千余件、古玩七千三百余件，尚不包括中央研究院殷墟发掘所的古物、陶片等和该院历史语言研究所的954箱文物。上述文物虽不能断定多少为日本侵略者所劫夺，但确实是因为战争而造成了损失。《南京市抗战期间公私文物损失数量及估价目录》，中国第二历史档案馆档案，全5，卷11710。
第一部分 中国公私文物损失第14节 重要文物的失踪或毁损
“北京人”头盖骨化石失踪，造成世界科学史上的重大损失。北京猿人即“直立北京人亚种”，1921—1923年发掘于北京市西南郊周口店镇西的龙骨山，1927年开始系统发掘，1929年12月2日，著名历史考古学家裴文中教授首先发现了第一个保存完整的北京猿人头骨，这一重大发现震动了整个国际学术界。北京猿人化石是古人类研究史上的重大发现，是全人类的共同财富，成为举世公认的瑰宝。1937年七七事变爆发后，北京人遗址被迫停止发掘，“北京人”化石不得不转存于北平协和医院实验室。1941年12月，太平洋战争爆发，北平协和医院将“北京人”化石送交美国海军代为运出，后来传说该文物在秦皇岛附近遭日军截夺。从此，“北京人”化石便下落不明。抗战胜利后，虽经国民政府及民间组织多方查找，最终也一无所获。关于“北京人”失踪之迷，本书将专章讨论。
庐山标本化石损失。战后，据庐山森林植物园负责人荣仁昌函报，“以庐山植物园植物标本图书79大箱、及中央研究院奇珍图书及岩石标本一批约200箱，均为日军运走，拟恳查明当日驻牯日军长官”。中国第二历史档案馆档案，全5，卷11696。
中央研究院殷墟古物、拓片、书籍损失未列详单，中央研究院历史语言所损失1052箱标本，内有考古组的人兽骨、陶片等珍贵标本954箱。
1945年11月11日，北平静生生物调查所接受保管员夏纬琨呈报该所损失，“查静生生物研究所建立于中华民国17年，以调查研究中国动物植物，发扬中国学术为宗旨，为一纯粹学术机关。历年搜集动物标本三十余万件，植物标本约22万号，多系罕见品种，购置图书十余万卷，欧美杂志三百余种，尤多绝版文献。家具仪器设备完善，楼房建筑宏壮，开辟以来，成绩卓著，研究工作，世界驰名。不幸于民国30年12月8日被日军第1855部队所属之篠田部队强行占据，索取建筑图案及一切物品清册，并将原有职员一律解散以蛮横之日军进住所内秘密行动，不知作何阴谋。4年之间该所设备破坏不堪。日本投降消息传来之后，该罪首篠田统将其阴谋证据及文件焚烧数日，畏罪潜逃，仅留兵役数人打扫房屋。职于上月17日奉令接受检查，结果损失奇重。”《教育部平津特派员办公处关于各机关学校赔偿损失往来文书》，中国第二历史档案馆档案：全5，卷1632。
清废帝溥仪被赶出故宫时带走的大量珍贵文物，其下落是我国文物史上的又一不解之谜。1924年12月24日，溥仪被冯玉祥将军驱逐出宫，溥仪随从带走大量所谓“私人财产”，其中包括经过精心挑选的众多国家级文物。溥仪出宫后，躲进日本公使馆。1925年2月，溥仪秘密潜往天津，在天津日租界内设立“行宫”，仅密藏在日租界张园内的故宫文物和珠宝即达七十多箱。战后，溥仪自己提供的材料承认，从宫中盗出的文物，“记得的有王羲之、王献之父子的墨迹《曹娥碑》、《二谢帖》，有僧怀素、欧阳询、宋高宗、米芾、赵孟睢⒍洳热说恼婕＃兴韭砉獾摹蹲手瓮返脑澹刑仆跷娜宋铮温碓丁⑾墨暭奥眵氲热嘶摹冻そ蚶锿肌贰ⅰ墩旁穸饲迕魃虾油肌罚褂醒至⒈尽⑺位兆诘淖髌罚还虐媸榧矫妫骞髡讶实畹娜克伟妗⒚靼媸榈恼浔荆急晃业猎死戳恕Ｔ顺龅淖苁笤家磺Ф嗉志碜只俣嘀止抑岷筒嵋常僦稚舷碌乃伟媸椤！馀饕频教旖颍罄绰袅思甘Ｎ甭闪⒑螅毡竟囟文奔园仓庇职颜馀淦啡吭说蕉保毡就督岛螅筒恢侣淞恕薄！ �
1931年11月10日，溥仪在日本人的策划下秘密逃往东北。1932年，日本关东军司令部中将参谋吉冈安直将存放在天津静园的部分书法名画、宋元善本、珠宝玉翠约70箱运至长春伪宫内，书画木箱存放伪宫东院图书楼楼下东间，小金库18个存缉熙楼客厅，内有6匣装汉玉一百余件，余则为古玩金饰。
1945年8月，日本战败投降，当时伪满都城新京（今长春）一片混乱，转移各种物资准备最后逃亡。在溥仪仓促出逃的三天两夜里，溥仪指使随从将原故宫文物和后来搜括来的大批珍贵珠宝装载七十多辆汽车，其中有价值连城的顶珠冠、镶金猫眼石坠、清代龙袍等，溥仪的嫔妃们也收拾数十箱宝物首饰。8月11日，几辆日本军车满载文物珠宝而去，伪满皇宫小白楼剩下一些文物被毁损，字画被警卫伪宫的伪军哄抢。有个叫金香蕙的士兵，一人就掠夺书画三十余卷。有些墨宝在争抢中被撕残。如范仲庵亲笔《二札帖》，被残而为二，元人杨桓、赵孟畹热液鲜榈摹渡惺椤の抟萜罚谡乐幸环治！ �
1945年8月13日，溥仪在一群日军护卫下，逃进通化大栗子沟，在大栗子沟停留期间，变卖、散失不少珍品。上世纪五六十年代，从民间发现唐人韩干的《神骏图》、宋人赵伯驹《莲舟新月图》、明刘锋的《罗汉图》等卷。不忍言说的是，散在民间的珍贵字画有的因被埋藏地下而腐坏，有的付之薪火。杨仁愷：《国宝沉浮录（增订本）》，辽海出版社1999年版，第95页。
溥仪最后挑出一些体积较小的文物继续随日军逃跑，后被苏联红军俘虏。溥仪随身携带的468件故宫文物最后回归祖国。1946年2月13日，平津区副代表王世襄呈报“满洲伪宫佚出赏溥杰之书画1000余件，请派员密查收归国”。1946年7月，追回了溥仪在天津的部分文物。中国第二历史档案馆档案，全5，卷11685。遗散的国宝，有很多通过各种渠道流到国外，仅美国纽约大都会博物馆就藏有17件。其中，有北宋郭熙的《树色平远图》、米芾的《吴江舟中诗》、南宋江参的《林峦积翠图》。还有不少文物则不知所踪。
第一部分 中国公私文物损失第15节 私家文物惨遭蹂躏
中国是文明发达最早的国家之一，文物收藏历史悠久，历朝历代都有大量收藏场所：皇家或私人文物收藏所，以及贵族苑囿。到宋代，搜求古物与古物鉴赏之风大盛。皇室建有稽古阁、博古阁、尚古阁，同时还出现了欧阳修、赵明诚等著名收藏家，以及《考古图》、《宜和博物图》、《集古录》、《金石录》等文物著述，极大地推动了私人文物的收藏。清代文物收藏鉴赏之风更盛，并涌现出一大批著名收藏鉴定家，中小收藏家更数不胜数。到民国时期，虽经战乱和社会动荡，但文物收藏仍为官宦、文人之时尚。即使一般居民家大多也拥有一两件诸如古币、瓷碗、花瓶、家具等文物。
甲午战争以来，日本对中国的侵略也祸及私家文物。如在1932年日军制造的一二八事变中，原中华民国农矿部部长易培基，就损失“书籍207箱，内有宋元本7种，精抄本40余种，明刻本450余种，殿本50余种，碑帖1300余种，内有明拓20余种，故宫铜器拓片200余种；瓷器7箱，内有明瓷及乾嘉瓷40余件；铜器30余件，内有楚宫钟及汉鼎彝弩洗17件，六朝唐造像10尊，元权4件；石器13件，内有汉石经13方，魏唐墓志3方，魏唐造像4方；雕漆器24件，内有明嘉�