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关于法制改革的重要性，江藤新平看得很清楚。他说：“（与万国）并立之根本在于富强，富强之根本在于正国民之地位……严婚姻、出生、死亡之法，定继承、赠送、遗产之法，严动产及不动产之借贷、买卖、共有之法，定私有、代有、共有之法，而听讼始得敏正。加之国法精详，刑法公正，断狱始得清明。此之谓正国民之地位也。于是民心安宁，财用流通，国民乃深信政府，乃保全其权利，以至各立久远之目的，图宏大之事业。”＇注2＇
明治政府将法制改革的重要任务交给江藤新平，从1870年起，他开始编纂日本的民法典，企图藉次确立国民的权利和义务建立资产阶级法律体制。他清楚地看到中央集权主义对亚洲后进国家近代化所起的巨大作用，所以首先让人翻译法国的《拿破仑法典》，并以此为蓝本编纂民法典。1871年编成《民法决议》80条，1872年又编成《皇国民法暂行规则》1185条（1873年改成88条的《民法暂行规则》）。但这些法典是试编性质，没有实施。他还让人翻译法兰西刑法典，进一步编纂日本的刑法典。
1872年江藤担任司法卿（部长）实施行政和司法分离的政策，把司法从行政中分离出来，集中于太政官的刑部省。政府批准了江藤起草的《司法职务定制》，确定了司法省、审判官、检察官、法院等的职制和事务章程，并规定了最高法院——司法省法院的长官由司法卿兼任，把司法行政和司法裁判集中在司法卿手中，以保障藩政权无法侵犯中央政府的权力。
1872年政府出版《宪法类编》。此书将1867年10月至1872年12月的公文案件按国法、民法两纲分类汇编而成，以供法官办案参考。
早在1871年，政府还公布了户籍法，详细登记应保护的人民，把人民当作统一国家的国民。户籍法规定，各地因地制宜划分“区”，每区设正副户长（相当于过去的村吏）四五个镇或七八个村为一区，一府一郡可分为数百或数十区；区分大区、小区，小区可达数十个，大区仅一二个；每区设区长、副区长。户长和区长的主要任务是宣传并贯彻中央政府的法令，如贯彻通告、整顿户籍、征收祖税、设立小学、调查征兵等。户籍法建立了新的行政区，打破了村落共同体的范围，使政府能一户一户甚至一个一个地控制人民，加强了中央集权的统治。
三、废除封建等级身分制度
废藩置县后，明治政府立即着手改革等级身分制度。废除大名（诸侯）和公卿（宫廷贵族）的称号，改称“华族”，其地位次于皇族，幕府直属的家臣、各藩的藩士及一般武士改称“士族”，宫廷内的下层也划入“士族”。农民、工人、商人和僧侣、神官都称“平民”。许可平民称姓和骑马，并有选择职业、迁徒的自由；许可武士脱刀，废除“格杀勿论”的特权；允许华族、士族和平民之间自由通婚；许可不做官的华族、士族经营工农商业；库除“秽多”、“非人”的称呼＇注3＇，改称平民，取消贱民制。政府称此为“四民平等”。但这种改革还很不彻底。第一，士族的封建特权仍未完全废除，国家仍支给家禄；而且对“王政复古”和戊辰战争中的有功人员，还给以优厚的“赏典禄”。这些家禄、赏典禄的总额约占国库岁出的三分之一，是废藩置县后国家财政上的一大沉重负担。第二，保留了皇族、华族、士族、平民的身份等级和皇族、华族的特权。第三，废除贱民制度实际近于一纸空文，贱民在职业、居住、生活、婚姻等方面一直受到歧视。
四、废除封建武士俸禄制度
明治维新以后，仍然保持着德川时代遗留下来的封建俸禄制度。它成武士阶级所保留的重要经济特权，不废除这种俸禄制就不能彻底消灭武士阶级。当时这种武士阶级人数众多，据统计，士族的户主为425，872人，家属1，515，414人，合计1，941，286人（截止1872年1月29日）。明治政府发给他们世袭及终身的俸禄
和赏典禄，其数目相当于岁入的三分之一（以1871年为例）。这对明治政府的财政负担确实沉重。但由于明治维新的资产阶级革命性质上的彻底，不能采取无偿剥夺的革命方式，只能通过赎买的方法。明治政府采取了以下四个步骤。
第一，削减俸禄。公元69年6月规定藩主以领内贡租收入的十分之一作为家禄。同年12月实行“禄米制”，制定一切俸禄以库存米支付，使俸禄脱离领地贡租，改变了封建俸禄的性质。1870年12月规定，凡愿务农经商的士族，政府发给相当于俸禄五分一的赏金，鼓励就业。
第二，奉献俸禄。1872年12月令家禄、赏典禄不满百石的人献出俸禄。次年又令百石以上的人献俸禄。凡献俸禄者，政府发给产业资金（世袭禄给六年份，终身禄给四年份），一半给现金，一半给公债。
第三，将俸禄米改为货币。1875年9月规定，按1872年至1874年的三年平均米价，以现金支付俸禄。
第四，发行货币俸禄公债。1876年8月命令所有领取俸禄的人一律献出俸禄，政府一次性发给公债券（称为“金禄公债”）作为代价。从发行公债后第六年起以抽签方式30年内偿还。当时公债的武士有31万余人，公债总额为1．73亿日元，每年支付1．7万余日元。
金禄公债发行之后，少数华族每年可得巨额利息，而大多数士族所得极微，难以维持生活。据1884年的调查，约80％（1亿日元以上）的金禄公债脱离武士之手，而落入商人高利贷者手中，转化为集中在少数人手里的资本。士族的就业成了严重的社会问题。虽然政府实行“士族授产”政策即奖励开垦、贷给授业资金，使他们成为独立生产者，但所得甚微收效不大。俸禄制度改革后，武士中除一小部分人成为中央、地方的官吏、公立学校教职员、军人、警察外，大多数中下级士族都成为小生产者、工资劳动者、佃户和人力车夫，有的甚至妻子沦为艺妓。相反，华族与少数上级士族则把他们所得的高额公债转化为资本，变成资本家，或者用公债购买土地成为寄生地主。
第二节 军事改革
明治维新运动的主要领导人早就认为“强兵”是“富国之本”。废藩置县后，明治政府为了实现“富国强兵”的目的，巩固中央集权国家，渴望建立一支强大的常备军。最初主张建立常备军的是曾经指导长州改革即的兰学军事家大村益次郎。他根据长州藩的经验，主张“不依靠藩兵而靠农兵——国民征兵来建立中央武力。”＇注5＇木户孝允也持有同样意见。但岩仓、大久保等人害怕群众当兵会造成反抗政府的危险，对此表示反对，而主张“应该同藩的势力进行妥协并加以利用。”以西乡为首的士族代表们更反对义务兵役制，认为农民不是正规军的可靠基础，只有武士才是补充军队的唯一来源。其目的是想维持武士军职的世袭地位。这样，大村的主张一时没有实现。公元1869年9月他遭到反对派士族的袭击，在兵部大辅任内死去。公元1870年8月，山县有朋从欧洲研究兵制回国，继承大村遗志进行兵制改革，首先投入建立“亲兵”的工作。同时为总辖军务而建立统一的兵制，于公元1871年4月23日设置东山道、西海道两个镇台。＇注6＇8月20日又设东京、大坂、东北（石卷、暂设仙台）及镇西（小仓，暂设熊本）四个镇台。四镇台拥有士兵7900多名，加上亲兵14200多名。精选旧藩常备兵改编为中央直属的军队，分驻各镇台及其所属的外地兵营。但这些士族兵因循封建身份制，组织训练各异，难于统制，不可能依靠他们建立强大的近代军队。
公元1871年9月政府改组兵部省，设立陆军部和海军部。陆军中又设掌管军令的陆军参谋局（后来的参谋本部）1871年12月，山县向正院提出《军备意见书》，主张实行以欧洲兵制为楷模的征兵制，并为防备帝俄南进，强调扩充陆海军。＇注7＇1872年2月，兵部省分为陆、海军两省，山县有朋任陆军大辅，胜海舟任海军大辅。1872年11月发布《全国征兵之诏书》和《太政官告喻》，强调兵制要建立在“自由”、“平等”的基础上，宣告“佩双刀，称武士、抗颜坐食，甚至杀人而官亦不问其罪”的封建兵制已经结束。＇注8＇这在一定程度上反映了明治政府废旧立新的要求。1873年1月，撤销四镇台，设东京、仙台、名古屋、大胶、广岛、熊本六个镇台，确定了征募区；1878年1月10日发布征兵令，强征全国人民服兵役，建立近贷资产阶级国家的常备军。征兵制把陆军分为常备（服役三年）后备（第一、第二后备各两年）、国民三军，士兵分为步兵、炮兵、骑兵、工兵、辎重兵五个兵种。
公元1873年4月，东京镇台管下的应征青年入伍，接着，征兵逐渐扩大到全国。1873年刚实行征兵制时，官兵平时定为31680人，战时定为46350人，约占全国总人口的近千分之一，远低于同英、法、意等国兵力所占的比例。海军刚建立时拥有军舰17艘，排水量1，3万千余吨。但随着扩军政策的实施，兵员和军备都迅速
至189年前后，陆军已拥有7个师团5万3千人，海军拥有军舰25艘，鱼雷艇10艘，总计5万余吨。
二、军事学校与武官制的建立
在整顿军制方面，木户孝允认为“普鲁士之军事最为出色”，主张学习德国的军事经验。为培养军官，设陆军兵学察，公元1874年改称陆军士官学校。同时设海军兵学寮，公元1876年改称海军兵学校。为陪养高级军事人才，公元1883年设陆军大学校，公元1888年设海军大学校，聘请德国的麦克尔（K。W。J。Mekel）少校为军事顾问。
实行征兵制建立近代军队，对摧毁诸侯割据的主要工具——封建武士团和保障日本的独立发展，是—个有力的步骤。实行征兵制后，军部在政府中逐渐占优势地位。1874年陆军省的官制规定：“陆军卿由将宫中任命”，确定了以后武官制陆军大臣的基础。这时军政及军队的统帅权仍属太政官，但1878年12月设立了直属于天皇的参谋本部，掌管军队的军令和统帅权，政府无权过问，相反参谋本部决定的部分军令事项可交陆军卿执行。这就为参谋本部通过陆军省干涉政府开辟了道路。
三、警察制度的建立
在发布征兵令的同时，明治政府还建立了近代警察制度。1868年以藩兵为基础，建立了东京市政警察，称“府兵”。1871年全国“府兵”改为“逻卒”这是日本近代警察的开始。萨摩藩出身的川路利良为逻卒总长。
1872年，在司法省设置了警保寮，统一指挥全国警察事务。为研究警察制度，川路利良被派赴欧洲考察，1873年9月回国。川路认为加强帝政，必先加强警察；警察是预防国家发生疾病的一种手段。他强调“一国乃一家，政府乃父母，人民乃子女，警察乃其保姆”，因此他建议建立新的警察制度，加强警察统治；希望日本成为“警察国家”。1874年1月司法省警保寮划归内务省，由内务卿统一指挥；同时建立了东京警视厅和分布全国各府县的警察网。1873年颁布了统一的监狱制度，1887年12月颁布《保安条例》，加强对人民的统治。
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