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第三军种的建立还产生了另一个后果。这就是，它使皇家海军在很长一段时间里，失掉了它的岸基航空中队。在第一次世界大战中，皇家海军的航空队大部分是以陆地为基地的。它们通常被派遣去执行反潜巡逻和护航等任务，效果很好。那时，海军航空队的这个部门被确定为海岸防卫队。但是，这个部门在皇家空军中也许被认为是最不重要的一个部分。第二次世界大战开始时成立的海防司令部，只拥有很少的海上飞机，即使用来巡逻也不可能，更谈不上用来进行攻击了。它的反潜炸弹效果很差。为了在领海内保护商船免于遭受空袭，皇家海军不得不求助于皇家空军的战斗机司令部。但是，对截击机在海上的控制问题（即国土防空系统以外的问题），还有待于去掌握。为了布放水雷、打击敌船队、攻击敌军舰，皇家空军轰炸机司令部不得不提供它的大部分飞机。可是皇家空军对鱼雷很不重视，只是把希望寄托在自由投放的炸弹上，1939年，岸防司令部只有16架鱼雷轰炸机，而轰炸机司令部的飞行员，既没有在舰船的辨认上受过适当的训练——这对任何海军飞行员来说都是一种起码的要求，也没有在海上受过远距离飞行的训练——如果他们想发现敌舰并对目标进行攻击，掌握这种技术是必不可少的。
空军将领们对海军航空兵兴趣不大，这并不出人意外。但使人感到惊讶的是，海军将领们基本上没有认识到航空母舰的潜在力量。尽管如此，航空母舰还是在继续建造，在本世纪30年代的初期，皇家海军航空母舰的数量，实际上超过了美国和日本，这一点是值得注意的。
第二次世界大战前夕，皇家空军把舰队航空队——不是海防司令部的岸基航空队——交还给皇家海军。当时，皇家海军只有“皇家方舟”号航空母舰是新的，还有6艘航母正在建造之中。它们在这次大战中表现得都很出色。当时该航空队只有200多架飞机，但到战争结束时，飞机的数量增加了6倍，然而半数以上却是美国的。就质量而言，当时的英国海上飞机远远不如美国和日本的飞机。
英国海军航空兵缺乏一个令人信服的方针和良好的规划。它的任务仍然象20年前所赋予于它的任务一样：侦察，防御飞机和潜艇的攻击，打击敌人大型军舰——但只能使敌舰队减速，以便使自己的战列舰队投入战斗。在随后的战斗中，舰队航空队寻找的是敌舰上的大炮，因为皇家海军这时仍然把航空母舰只看作是战列舰队的一种辅助工具，大多数海军将领认为，飞机只不过是起望远镜的作用，而不是起大炮的作用。这说明日德兰战争的阴影还在长期地笼罩着他们。
如前所述，因为缺乏明确的方针和未能看出这种新式舰种——航空母舰的潜在力量，又加上受到战争初期地理环境的限制，导致了英国错误地把大型航空母舰部署在它周围岛屿西边的通道上。这里正好是德国U型潜艇的巡逻区。“皇家方舟”号险些被鱼雷击中，而“勇敢”号则被打沉了，人员损失惨重。1940年的挪威战役表明，没有足够的防空力量，是不能把一支舰队部署到敌人岸基轰炸机航程之内的海区的，因为高性能的截击战斗机要比军舰上的防空火炮有用得多。但是当时航空母舰很少，它们不能为舰队或者是已在挪威登陆的陆军部队提供空中掩护。在疏忽了多年之后，就象人们本来早就预料到的那样，要与皇家空军协调海上的战斗是很困难的，花了很长的时间才逐步克服了这个困难。
英国在地中海的海军力量总是遭到来自以海岸为基地的飞机的打击。开始是意大利，后来是更为厉害的德国。事实上，只有英国和美国在北非沿岸部署其空中力量以后，盟国军舰才能在附近的海域中自由活动。在夺取克里特岛的战斗中，在为保卫马耳他岛堡垒而采取的大规模海上行动以便支援护航舰队的努力中，皇家海军损失惨重。照理说，皇家海军的舰艇在这些海域中活动是不应该遇到危险的，它的航空母舰应该部署得更好一些。但是，皇家海军当时却不能为自己选择其作战区域。所以，它终于付出了沉重的代价。
然而，当时的局势也不全部都是黑暗的。1940年当德国侵略挪威时，它的巡洋舰“柯尼斯堡”号被从奥克尼群岛基地起飞的飞机击沉了，这是英国舰队航空中队炸沉的第一艘大型军舰。第二年，英国海军航空兵在协助舰队的一次作战中，对德国“俾斯麦”号战列舰实施了鱼雷攻击，幸运地击中了它，致使它的舵发生了故障，只能象断了一条腿似地慢速航行。最后，“俾斯麦”号被英国的战列舰队击沉了。
大多数舰载鱼雷轰炸机有3名机组人员，它们的航速很慢。英国的“旗鱼”式飞机（人们亲昵地称它为“网兜”）每小时最高速度只有139英里；美国的“蹂躏者”式飞机每每小时是206英里；日本的“九七”式飞机是235英里。到了1940年，飞机的工艺水平允许其空投1400磅重的鱼雷（舰上的标准鱼雷重量还要重两倍多），其中战斗部炸药重100磅。鱼雷进入水中的时候并不是立即爆炸，而是直线航行。但是，海上的目标为了规避鱼雷的攻击，往往都是机动的。要袭击在港口里的军舰，飞机一定要飞得很低，往往比平常飞得慢，以便确保飞行员能对原来鱼雷的定深迅速地调整。
英国海军飞机在成功地对德国的“柯尼靳堡”号巡洋舰和“俾斯麦”号战列舰进行攻击后，还取得了另外一次更有意义的胜利。这就是从航空母舰“卓越”号上起飞的20架鱼雷轰炸机在夜间对意大利塔兰托基地的袭击。他们击沉了抛锚中的3艘战列舰，从而实现了海军将领们于25年前由于装备落后而不能实现的梦想。英国人在塔兰托的胜利引起了日本人的注意。日本人在珍珠港重复了这种战术。但它的规模要大得多，毁灭性也大得多。
在海上从高空对军舰进行炸弹轰炸不如使用鱼雷攻击的效果好。为了逃避从高空投下来的炸弹袭击，目标总是要机动的。低空轰炸效果会好一些，特别是当飞行员对着目标进行垂直俯冲时，效果更佳。然而对着敌舰的炮口飞得那么低，需要很大的勇气。但那时的防空火炮对付这种俯冲轰炸机也是困难的。当然，顽强的火炮抵抗，对俯冲轰炸的飞机来说后果也是可怕的。在太平洋战争中，日本和美国的舰载俯冲轰炸机效果特别好，尤其是对付敌人的航空母舰。要轰炸有装甲的军舰甲板时，飞机的投弹点就得高一些，这样才能满足穿甲弹的高度要求。只要高空轰炸机、鱼雷轰炸机和俯冲轰炸机在强大的战斗机群掩护下，密切配合，协同作战，就可以摧毁敌人大部分的防卫力量。
英国舰队航空队作战勇敢，技术高强，但由于缺少高性能的飞机和高效率的指挥机构，使它未能充分地发挥其应有的作用。当时，军事统帅部对海上飞机缺乏足够的认识，但是，不论是英国的盟国还是它的敌人，情况都比英国好。美国和日本当时都没有第三军种，它们的海军从一开始就对自己的航空兵——不论是舰载的还是岸基的——进行完全的控制。在这两国海军中，一位飞行员是不会对其职业丧失信心的，他希望有朝一日能够指挥一艘航空母舰。在一个有竞争性的军种里面，航空事业的热心者是不会枯竭的。据说在英国海军以及美国和日本海军中，存在着一个强大的、有影响的“大炮俱乐部”。在珍珠港战争前，美国有17艘战列舰，日本有9艘，另外还有一艘战列巡洋舰。在它们自己的战争演习中，美国海军（“蓝军”）要象在日德兰海战那样与日本海军（“橙军”）进行一场遭遇战。美国海军航空兵执行的是侦察敌战列舰队的任务，因为当时人们还没有认识到舰载飞机能够消灭敌人的战列舰。3年前，美国海军中将金曾在一年一度的海上演习中，使用“萨拉托加”号航空母舰对珍珠港进行过成功的攻击。然而，具有讽刺意味的是，美国海军飞行员所进行的上述战争游戏，却由日本飞行员有力地实现了。这就是1941年12月日本对珍珠港进行的大规模的、戏剧性的、真正的攻击。
350架日本的舰载飞机要打击的主要目标是美国太平洋舰队的作战力量——8艘战列舰。当时有7艘在一起抛锚，另外一艘（“宾夕法尼亚”号）停在干船坞里。1941年12月7日是个星期天，这天早晨看来非常宁静。美国当时还没有参战，舰上的许多军官和士官都在岸上休假。在舰队中，只有四分之一的防空火炮有人值班，可是弹药却锁在弹药箱里。那天，早晨7时55分，正当升旗小组准备在舰上升起星条旗的时候，突然，日本人的首批“九七”式鱼雷轰炸机出现在珍珠港的上空，从40英尺高度发射浅水鱼雷进行攻击——如同英国舰队早在一年以前在塔兰托所干的一样。紧接着是“九九”式轰炸机对着美国军舰进行俯冲，投下重型炸弹，其中有一枚穿进了“亚利桑那”号的弹药舱，使它立刻变成了火海，全舰1100人丧生。在半小时之内，还有3艘战列舰被击沉，另外3艘遭重创，只有“宾夕法尼亚”号没有遭到多大的破坏。日本人的飞机摧毁了美国战列舰队的核心部分，同时还打击了美国的空中力量，击毁了整齐停放在珍珠港附近机场上的几十架军用飞机。仅仅两个小时，日本人就完成了他们所要完成的任务。他们的大部分飞机都安全地飞回舰上。由于遭到日本海军航空兵的打击，美国的战列舰队瘫痪了。可是，幸运的是，美国的航空母舰那天凑巧不在珍珠港。这一点后来证明，对日本人是一件致命的事情。
大战开始时，美日两国的海军在航空母舰上几乎是势均力敌的——日本有6艘，美国有7艘。日本的舰载飞机有好几百架（含战斗机、鱼雷轰炸机和俯冲轰炸机等）。此外还有水上飞机和飞艇共500多架。具有重要意义的是，日本还拥有一支以海岸为基地的航空队。它的飞机都是双引擎的轰炸机，能够携带重型鱼雷，飞得远，速度快。日本岸基飞机的飞行员都属于海军领导，所以他们在如何发现敌舰，然后又如何使用鱼雷和炸弹进行攻击等方面都得到了良好的训练。袭击英国“威尔士亲王”号战列舰及其伴随舰“反击”号战列巡洋舰的日本岸基航空队，正是为了这种作战而建立起来的，也是根据此目的而装备和部署的。就在珍珠港遭受袭击后的第三天，日本的这些航空中队就在南海找到了它们的猎场，在90分钟之内就把两艘大舰击沉了。在85架参加轰炸的飞机中（其中有51架是鱼雷轰炸机），只有3架被英国的防空火炮击落，当时还没有防空战斗机。这个教训很快地被吸取了。5个月以后，日本人在珊瑚海进行了另一次大规模战斗。结果证明是失败了。当时，英国克雷斯海军少将命令他的3艘大舰，还有两艘澳大利亚巡洋舰和一