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古尔德也写过与上文一脉相承的话：〃当埃尔德里奇与我提出进化过程中应有间断平衡的学说后，我们将种族发育谱系中稳定的情形提到'值得报道'的地位因为过去虽然所有的古生物学家都知道，稳定平衡出现的频率非常高，但这现象一直被认为是不能应用在进化论中的'非证据'（Non…evidence）。〃古尔德与埃尔德里奇必须避而不谈的正是埃尔德里奇所说过的：〃过去也有些古生物学家因为看见化石记录的改变模式与现代进化论的说法不同而受排挤，甚至被放逐，贬为极端分子。他们受到的待遇还被认为并非不合理。〃总之，他们必须避免被视为拥护大突变主义。
在前面一章里，我提到古生物学家奥托·欣德沃尔夫。他所持的跳跃性的观点使他提出最极端的建议：第一只飞鸟必定是从一只爬虫的卵中孵化出来的。辛普森看了欣德沃尔夫的书之后不以为然，写了一篇反对的书评。不过辛普森也必须承认，欣德沃尔夫的谬论还是从深入化石证据的知识总结出来的。欣德沃尔夫主要的短处是他没有好好地用遗传学家可以接受的方法解释化石的证据。或许他太依赖一位遗传学家戈尔德施米特的认可，不愿与他产生冲突，所以欣德沃尔夫一鼓作气，直接将化石显示给他的信息发表了，而化石说：〃大突变〃。
一些古生物学家受到新达尔文主义的影响，不能自由地随着化石的指引作出忠实的结论。埃尔德里奇就他们所处的困难，坦白地说：〃你或者附和正统的理论，故意忽略化石与理论的冲突；或者集中注意实验的证据，并且说明大步进化似乎更为合理。如果真要这样做，你必须面对一套半信半疑的生物学理论了。〃看来，古生物学这行业似乎有时要低头俯就一些〃真实的实验证据〃了。但另一方面，科学家也不可以虚造一些证据支持达尔文的进化论。埃尔德里奇在两难之间想建立一番成功的事业，作出以下动人的描述：
要获取一个古生物学博士学位，比一般学科的博士更为复杂。因为完成一项博士研究项目，就好像做学徒一样。博士论文是一本详尽的报告，要表达候选人的组织能力、奋力完成一次前所未有的科学研究。听来尚合理，但是要取得成果、积极的成果，其压力何等大！
在这些阻挠困惑下，古生物学家必须找一种学说支持他们，容许他们将实际研究的结果作为〃成功〃的报告，但是他们深感新达尔文主义合成论的限制。他们需要一个学说既容许大突变，使古生物学家可以发表文章，同时又好像是渐进的，以讨好达尔文主义者。间断平衡的外交手腕正好达到两面具圆的效果，并且将进化过程描写成不可见的现象。这样人可以想象先祖群体分布的边缘被分隔后产生改变，而且变化的速度、大小可以随意选择，因为谁也不会见到。
古尔德和埃尔德里奇始终以间断平衡是达尔文主义的理
论，而不是反达尔文的大突变过程。但从另一方面看来，虽然他们并未明显标榜大突变式的进化，但很多人却清楚感受该理论背后暗示的跃进。1977年，古尔德和埃尔德里奇发表的一篇文章前段引了赫胥黎的两段话，他们埋怨达尔文主义不容许一点点的〃跨步〃。同时，古尔德独自认可了较为软化的〃大突变主义〃，并且预测戈尔德施米特将来必能得到公正的评价。
细察之下，大突变主义最大的问题，在于它本身只不过是进化论和特创论之间毫无意义的中间路线。正如查理·道金斯说的，你可以把圣经说人是用泥土造成的看作是大突变。从化石的证据来看，大突变就是说新种不知如何从无变有。以科学理论来评价，〃大突变式的进化〃就是当年达尔文首先指称的：垃圾！古尔德和埃尔德里奇都很明白着一点，所以（特别是古尔德）虽然暗示有大突变，但他们仍然保留着后路，随时可以撤回达尔文正统的渐进论中。
由此便产生一个最基本的问题。既然达尔文主义有这么多问题，进化论又缺乏更理想的思想构架来取代，为什么我们不重估整个构架？科学家有什么理由绝对确信所有的生物真是从唯一的简单生物开始呢？
第五章 进化乃事实第五章 进化乃事实
达尔文主义者认为进化论不只是一种学说，而是事实。因为只有进化论可以解释，为何所有不同生物之间，有一种贯联的关系，而这关系在达尔文主义者的心目中，已经与造成这现象的原因混淆。他们认为这现象的成因是从后代变异而来（descent
with modification），故此，他们以为生物之间的关系，就是进化的关系（由进化引起）。
生物分类学跟宗教、政治一样，那是充满争辩的题目。当然这门学问也有一些公认的规则。生物学家将动物分类归入界、门、纲、目、科等不同的范围。比较表面化的分类，可能将鲸鱼、企鹅、和鲨鱼都纳入水生动物类，而鸟类、蝙蝠和蜜蜂则属飞翔动物类。但是，鸟、蝙蝠、和蜜蜂身体的基本构造毕竟不同，生殖系统各异。甚至，翅膀除了同样会飞之外，也互不相同。因此，所有的分类学家都同意，蝙蝠和鲸鱼应该与马和猴子同归哺乳动物（虽然在结构、适应的机制方面也有相当差别）。而蜜蜂身体的基本结构与所有的脊椎动物都完全不同，理当归入另一大类的动物（昆虫）之中。
达尔文前后的生物学家都意识到，分类学不是随便将动物塞进一些人为的小组之中就算，而是希望发现生物之间真正的相互关系。达尔文之前，一些分类学家表明这种想法，说：鲸鱼表面上象鱼类，蝙蝠象鸟类。但本质上它们都是哺乳动物，也就是说，它们最重要的基本特性（essence）属于哺乳动物的“模式”（type）。同理，无论会飞的、会游泳和在地上跑的鸟，本质上部属于鸟类。这个原理无论在分类学的大小组群中部一样适用：圣伯纳狗（St。
Bernards）及北京狗在表面上看来差别很大，但本质上都是狗。小麻雀跟大象基本上都是脊椎动物。
本质主义（Essentialism）并没有尝试解释自然界关系的来源，只用柏拉图哲学（Platonic
Philosophy）的语言描述一些形式上的差异。本质论者其实已经有化石的知识，所以他们知道过去不同的时代，有不同的生物。但是进化这种概念对他们来说，根本毫无意义，因为必须有很多很多的中间型化石才能令人置信。也就是说，从一种“典型模式”标本到另一典型之间要有很多正在转变中的生物－－简直是不可能的事。所以本质主义者认为，不同类型的动物之间有相似的地方，不是因为有相同的祖先，而是因为它们有同一个蓝图叫作“原始型”（Archetype）。不过这些原始型只能在形而上的领域才能存在－－例如上帝的脑中。
达尔文为生物界本质的特征提供了一种纯自然性的解释。虽然有人对其学说中主要的部份还有相当的怀疑，达尔文主义在逻辑上惊人的吸引力征服了科学界。他推说：如今自然界各类不同的生物，都是由古代（早就灭种了）同一个祖先而来。比较接近的动物，如爬虫，鸟类，哺乳动物，共同祖先的年代较近；而所有脊椎动物共有祖先年代则较远。一切动物的共同祖先就更古远了。达尔文继续推论，在祖先与后代之间，必须有一大串处在转变期中的中间型，不过它们当然也不复存在了。达尔文自己说：
我们甚至可以如此（用灭种）来解释为何生物类与类之间的分野如此大－－例如，鸟类与其它脊椎动物之间差别之大－－只要相信古代生物全部消失了，连最初的鸟类与其它脊椎动物相连的祖先都完全消失了，就可以解释一切问题。
这个学说用“后代变异而来”的观点去了解自然界的关连，使哲学上持唯物主义者能够接受，并且解释为何不同的生物都属于一个自然的系统，而非人工的分类。在达尔文主义者的想象中，所有生物同属一大家族。同一祖先再加上自然选择论，就可以解释为何有些相同特征与分类学（Homologies同源现象）有关而另外似乎相同但与分类学无关（analogies同功器官）。前者是相同祖先遗留下来的残余器官；后者却是因自然选择使不同生物进化中得到表面上相似的结构。这些结构在适应环境上有利，可用于游泳或飞翔等功能。达尔文的历史名言：
所有……在分类上的困难都可解释……只要相信整个大自然的系统是建在遗传变异的基础上。那么，自然学家在两种或多种生物之间，发现真正表明相互关系的特征，是从同一祖先遗传下来，所以正确的分类也就是家族血统的沿革了。自然学家无意中发现的星体之间隐藏的关系是从遗传来的，并不是什么不可知的创造计划，也非宣告什么普通的议案，也不是随便照生物的异同排列组合而已。
达尔文在结束他那一章论文之前说，即使缺乏任何其它的论点支持－－（分类学上的论据如此坚决），单凭这一点他也会相信他的学说。达尔文对这学说信心之大，难怪当他面临化石提出的极大难题时，也不会灰心。他的逻辑推论使他相信，遗传变异绝对是“分类学上困难”的唯一解释，无论其在证据上有多少漏洞也不必理会了。同样的逻辑鼓舞着现今的达尔文主义者，当批判者告诉他们学说中有哪些问题值得疑问时，他们也同样可以不屑一顾。他们说：“无论你对细节有任何批评，生物学若无进化论的光照，一切都毫无意义了。”
毫无疑问，达尔文的学说有一定的说服力，但我们怎样可以知道这学说是真确的呢？如果我们简单定义“进化论是分类学的基本成因”；那么，进化是事实，正如分类为事实一样。这样的说法又成了一种重复的赘述，没有任何解释事物的价值。从这个角度看来，这学说主要的支柱只是修辞学上意会的一个词：“关系”而已。达尔文主义者假设蝙蝠与鲸鱼之间的关系，有如人类大家族之中堂表兄弟的关系。或许真有其事，但这项提案本身并无明证。
生物从变异而来，其实应该比重复的赘述、或文字的巧辩更实在，可以作为一个假设，接受科学的考验。如果共同祖先和连串的中间型在历史上一度存在，只要研究化石就可以，至少在某些品种中，找到明证。如果一个祖先可以藉着自然方法变成鲨鱼、青蛙、蛇，企鹅和猴子，实验科学应该可以找出改变的机制何在。
如果实验科学不能建立机制，而化石中又找不到共同祖先