许多宗教领袖在科学的立场上接受进化论，而不放弃宗教信仰的原则。不论怎样，正如1981年国家科学院会议的决议案所说：〃宗教与科学是分立而互不相关的人类思想领域。将它们联系到一起便会导致对科学理论或宗教信仰的曲解。
该科学院所关心的，只不过是要证明它反对科学创造论是理所当然的，并没有解释什么是〃宗教〃，或在什么情况下宗教界可以受到保护不遭受来自科学的干涉。斯蒂芬·古尔德对这问题说得更多，他反驳厄尔文·克里斯托尔所说的，目前传授的新达尔文主义〃对宗教信仰有理念上的偏见〃。古尔德说，大多数科学家对宗教都无敌意，因为他们的课题〃并不涉及神学所关心的范围〃。
科学不能回答我们该如何生活这个问题，正如宗教不能判定地球的年龄一样。诚实明智的科学家（我相信我们大多数都是）早就知道科学能解决问题的限度，以及科学方法的力量该有的范围。达尔文自己也曾感叹科学不能干涉邪恶或类似的道德问题，所以说：〃狗也可以揣测牛顿的思想。让每个人尽力盼望与相信吧。〃
古尔德与达尔文以上的答辩中含有很严重的问题。如果科学不能告诉我们该怎样去生活，那就是说这知识可以从宗教中获得，还是说我们不知何为善恶，好像狗不知牛顿的思想呢？每个人都可尽力去希望与相信，但有些人说希望与相信只是主观感觉的表达，除非建立在科学知识稳固的根基上，希望与信仰仅为情绪上的胡闹而已。
一位达尔文主义者，康奈尔大学知名的历史教授威廉·普罗文正是这样说的。他坚持说，科学与宗教的冲突是不可避免的，有宗教信仰的人如果接受生物进化论，〃就需要在进教堂大门之前将头脑存放起来〃。尤其是：
现代科学直接表明，这世界是严格地根据机械性的原则组织而成。在自然界中根本就没有有目的的原则。没有用理智可以发现的神明或设计力量……
第二，现代科学断然认为没有与生俱来的道德伦理定律，没有引导人类社会的绝对原则。
第三，人是极度奇妙复杂的机器。人之成为有道德的人是由于两种基本的作用，即遗传与环境的影响。仅此而已。
第四，我们必须认定：当我们死的时候，我们就死了，一了百了是我们最后的终结……
最后，传统思想中的自由意志在不同可能的反应中，作出不受强迫、不能预料的自由选择根本没有这回事……就目前所了解的进化过程来说，根本不可能产生一个真的能自由选择的生物。
古尔德向克里斯托尔郑重宣告，在支持进化论的生物学家中，〃对宗教的态度有极大的幅度的差异，从每日虔诚祈祷者至坚决的无神论者都有〃。但据我个人的观察，后者远多于前者。普罗文也同意我的看法，他说，大多数的进化主义生物学家是无神论者，〃许多人因为认识了进化的机制作用及其他科学而走上这条路〃。少数认为生物学与宗教不冲突的人，〃或是思想迟钝，思想分裂，或是不自觉的无神论者〃。科学组织隐瞒这冲突是因为恐怕丧失科学研究经费，或因他们认为宗教有助于道德教育。普罗文指着科学院1984年的宣言，说：〃这些解释还可算是权宜之计，但在理智上是不诚实的。〃
当我们将混乱的名词澄清之后，协调这些言论并非难事。该科学院说〃进化〃与〃宗教〃并非无法相容，字面上是正确的。当这些名词没有确实的定义之前，任何一个词没有足够的内容当然不可能造成冲突。甚至进化与〃有神〃的宗教也可相容，因为神或许也可用使一类生物逐渐地进化到另一类的生物作为〃创造〃的方法。这样的进化并非科学家所想象的进化，但是他们不向大众坦白说明，因为对自己并无益处。
古尔德的话也同样引起错觉。许多科学自然主义者接受〃事实与表面价值之区别〃，不要求科学描述真实的知识一定直接导致必须之行动。另一方面，他们不认为一切伦理的言论都同样合理。一个理智的人会从确实知道的基础上开始推想，不会从未知或不确实的基础上出发。正如辛普森所解释的：
当然，有些以宗教为名，且有宗教情操的信仰仍然存在，但是因为显然与进化论冲突，所以虽然有感情的吸引力，在理智上站不住脚。无论如何，我认为进化与真宗教彼此相容是显而易见的，不必再加讨论。
以科学的信条将宗教划分为真宗教与伪宗教当然不算〃反宗教〃。但却与科学院的宣言认为宗教与科学是互不相关、分立的两个人类思想领域的看法直接相冲突。
科学自然主义者不认为这是一个矛盾，因为他们从不将科学与宗教的领域放在同等严肃与重要的地位。就他们而言，科学是客观的知识；宗教只是主观的信仰。若有选择的话，理智的人接受客观的知识，而轻视主观的信仰，所以认为二者无需冲突。理性不能了解的宗教信仰（例如：一位造物主突然设法将自己的旨意向世人启示）只是幻想而已。自然主义的宗教，以科学作为事实的形象，这是控制非理性力量作有理性用途的一种方法。它可用作招募支持科学计划的工作，例如发展环境保护与医药研究等项目。
美国科学家联盟（简称联盟）招致达尔文主义者的愤怒，指责他们将科学与错误的宗教混在一起。联盟的成员是科学教师和福音派的基督徒，忠于基督又忠于科学对自然世界之研究。一些原教旨派的创造论科学家在多年前脱离联盟，不满他们不但接受地球极古之地质证据，而且接受生物进化的理论。
联盟的领导已大体接受〃和谐共存说〃（patibilism，即认为科学与宗教各有不同的领域，所以互可相容）和〃神导进化论〃（theistic
evolution）。神导进化论难下定义，但包括主张神统治自然世界，而在科学上则避免与达尔文派势力争论。但因达尔文主义者越来越鲜明地表明他们的立场及其主义在宗教及哲学上的涵义，使联盟的有神论受到前所未有的压力。
无论如何，和谐共存说有其限度。国家科学院1984年的小册中强烈的自然主义偏见，给大众一个印象，认为进化论的各项问题都已解决，对此联盟的领导不得不采取行动。在基金会的支持下，出版了48页有图解的小册子《在争论气氛下讲授科学：美国科学家联盟之见解》寄给数以千计的中学教师。这本小册子的主要目的是鼓舞教师以开明态度教学，尤其对一些尚未解决的问题保持中立，例如生命是否真的偶然出现，寒武纪大爆炸时第一批动物是怎样进化出来，人的理智与直立姿态如何进化而来等等。
【注一：以下几段是《讲授科学》一书的内容概要：
现在科学家对进化论的各方面都在探究。这些科学家有信神的也有不信神的，程度上各有不同。但不管这些探究的结果如何，大多数的科学家同意〃科学创造论〃基于地球仅数千年之久的年龄，实不足成为另一可选择的理论基础。
很明显，讲授或不讲授进化论，都难免有许多争论。这些争论有科学、宗教、教育、政治以及法律上的后果。争论双方的教条主义者，如果以各自的立场为唯一站得住的立场，便使双方都无光彩了。
许多有思想的人，虽然相信地球有数十亿年之久，也承认生物经过久远的地质时代已有很大的变化，但仍然可以笃信圣经，视上帝为造物主。有些（不是全部）因宗教而信仰创造的人，也能拟想〃广进化〃（Macro…evolution）可能是神原初创造物种的方法。
换言之，在进化与创造之间有广阔的中间地带，双方不必视如仇敌。】
撰写这本小册子的人，都天真地期望它能得到多数科学家的欢迎，改正进化论者的过分自信的态度，当他们极力说服大众不要再有任何怀疑的时候。一些官方的科学组织与创造论者处于战争状态，其政策是要求创造论者无条件投降。那些自命为科学家但又试图说服学校教师，说什么关于自然主义世界尚有些〃未解决的问题〃的人，将被认为是这场战争中的内奸。
报复迅速来到。加州一位专与创造论纠缠的〃科学咨询者〃威廉·贝涅塔，组织一群科学界知名人士加罪于联盟的小册子，指责它〃企图以伪科学的系统代替真科学，去证明圣经的叙述〃。《科学教师》（The
Science
Teacher）杂志发表了一些贝涅塔所编写的文章，标题是《科学界谴责重新精心包装的创造论》。九位知名的科学家，包括古尔德、菲秋马、埃尔德里奇及萨里奇等，对这小册子严加斥责。文中大意说联盟成员是狡诈的创造论分子，以科学客观态度为借口来掩饰圣经字字可信的信仰（Biblical
literalist）。
这些控告使小册子的作者颇感困扰，并且控告的偏颇失实使熟悉联盟的人很容易认为控告者乃蓄意歪曲。其实，也不能说狂热的科学自然主义者有意欺骗，因为他们没有认清信仰神的人中各派系微妙的差异。就狂热的自然主义者而言，承认信神的人或为无害的感情主义者，只是口头提到神，而基本上仍持有自然主义的世界观；或为创造论者。这两方面的人都是愚夫，但后者具有威胁性。
在狂热者的眼光里，美国科学家联盟的作者具有相信创造论的充分证据，除了暗示生物新种的出现可能有上帝介入之外，他们还有什么目的不停地说尚有〃未解决的问题〃呢？这样说便是创造论，况且联盟承认，自己是相信圣经权威的基督徒团体。他们反对科学的进化论，必定是因为它与圣经的叙述相冲突。此外别无理由。
只是达尔文主义者认为将错误的宗教与科学联系一起是可憎的。为了证明这一点，我们引用近代合成进化论重要发起人中的两位，即多布赞斯基和朱里安·赫胥黎。赫胥黎的宗教，即〃进化人文主义〃（evolutionary
humanism）向人类提供〃神圣责任〃及〃光荣机会〃，促进进化过程在地球上达到最大的成就。这不只是他们的意思，不单要努力保证产子最多的品种继续产子最多，并且要促进〃人体内在的潜能〃得以〃完全发挥〃。美国教育改革家约翰·杜威受同样的理论激励，在1933年为〃宗教人文主义〃发起了一场运动，它的宣言反映了当时科学自然主义者的假设，即有神宗教被淘汰之后，会引进人类社会的合作及科学进步的新时代。不久，希特勒真的实现了某些人类内在潜能的发挥。杜威的继承人在1973年承认，因为以往40年的经验，证明当时的宣言〃太乐观了〃。
修正的宣言不得不向现实让步，例如说，〃科学有时不能带来良善，反而带来邪恶〃，及〃传统宗教确非人类进步的唯一障碍〃，但基本的言论仍未改变，即只有科学才能拯救人类：
明智地运用科技，我们可以控制环境，战胜贫穷，大量消灭疾病，延长寿命，显著地改良人的行为，改变人类进化路线及文化发展，开启大量新能源，给人类提供到达富足与有意义人生的无穷机会。
较任何人更彻底地从进化中引出广泛的乐观主义的言论者，莫过于德日进。他是�
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