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此与崇祯帝当李闯破城之时，手刃长平公主和昭仁公主，同为匹夫之勇，只令人徒增叹息而已。
建文四年六月乙丑，也就是最后请和决绝以后的第四天，燕王师抵京师城下。南京城在当时是第一大城，东尽钟山之麓，西阻石头之固，北控湖山，南临长干，而秦淮贯穿其中。京城周围九十六里，共十三门，南面为正阳、通济、聚宝三门；西南为石城、三山两门（三山门就是水西门）；北面为太平、神策、金川、钟阜四门；东面一门，称为朝阳；西面三门：清凉、定淮、仪凤。相传南京城在明初由沈万三捐献建造，此非虚语，《明史·后妃传》说：“吴兴富民沈秀，助筑都城三之一，又请犒军；帝怒曰：‘匹夫犒天子军，乱民也。宜诛！’后谏曰：‘妾闻法者诛不法也，非以诛不祥。民富敌国，民自不祥，不祥之民，天将灾之，陛下何诛焉？’乃释秀，戍云南。”此一帝一后就是明太祖、马皇后，沈秀则是沈万三。
《明朝的皇帝》 第一部分金川门开城投降
十四、金川门开城投降
南京城兴工于洪武二年，历时四载方始告成，除了沈万三负责三分之一的工程以外，并遣发重囚服役。南京城的坚固是出名的，以花岗石为基，巨砖为墙，并煮糯米为浆，加入石灰，涂敷墙外，所以随便找一处敲击，所呈现的颜色都为纯白。这样坚固的城池，只要粮食不缺，守个三年五载都不成问题。
但是，只要有了奸细，金汤之固亦如片纸之薄。奸细有二：一是谷王橞，二是兵败还京、建文帝不忍加诛的李景隆。这两个人守南京北面靠西首的那个金川门，望见燕师沿长江迤逦西来，开城投降，京师沦陷。
建文帝之谜，即从此一刻开始。先要从燕王说起，照《明史·成祖纪》载：“是日王分命诸将守城及皇城，还驻龙江，下令安抚军民。”按：龙江有二：一为龙江关，在仪凤门外，那是在南京西门；一为龙江驿，在离金川门十五里的江边。照燕王进兵的路线看，此龙江自是龙江驿。
问题在这里，燕王既入金川门，何以不进皇城而退处龙江？这是给时间让建文帝有以自处。在燕王的想法，结果不外乎逊位让国或者自裁。照明朝的官史记载，建文帝是走了第二条路，如仁宗御制“长陵功德碑”：
皇考虑惊乘舆，驻金川门，遣人奉章，言所不得已来朝之故。奸臣苍黄，知罪不宥，闭皇城门不内，而胁建文君自焚。皇考闻之大惊，发众驰救，至已不及。皇考仰天恸哭曰：“臣之来也，固将清君侧之恶，用宁邦家，何不寤耶？”遂备天子礼殓葬。
按：燕王即位，是为成祖，崩后葬长陵。仁宗以子述父，应该是最正确的；可是到了仁宗之子宣宗修《成祖实录》，说法又不一样了：
时诸王及文武群臣父老人等皆来朝，建文帝欲出迎，左右悉散，唯内侍数人而已，乃叹曰：“我何面目相见耶？”遂阖宫自焚。上望见宫中烟起，遣中使往救，至已不及，中使出其尸于火中，还白上，上哭曰：“果然若是痴耶？吾来为扶翼尔为善，尔竟不谅，而遽至此乎？”
《明朝的皇帝》 第一部分建文帝引火自焚？
十五、建文帝引火自焚（？）
拿这两段文章来作一比较，似乎“长陵功德碑”述成祖当时的态度，假仁假义，不甚可信；而《成祖实录》较为“亲切真实”。其实不然，我认为仁宗述父比宣宗述祖较为接近真实。除却假冒为善的态度不论，在“长陵功德碑”中，至少让后世知道了四件事：
第一，成祖入驻金川门后，曾有文件致建文帝。
第二，“大圈圈中的小圈圈”的皇城已闭，不纳成祖，如果他一定要入宫，就非用武力不可，而成祖不愿这样做，因为怕激起忠臣义民更深的反感。
第三，宫内火起，成祖曾派兵驰救。
第四，在仁宗即位之初，天下尚对成祖的篡夺不满，所以仁宗御制长陵碑文，不能不以谦卑的语气，婉转解释。
到了宣宗朝，大家对成祖的恶感比较淡了，而碑文中的语气，显得有些低声下气、做贼心虚，并且有些事实亦显然不符，如所谓“奸臣苍黄”这句话就已证明不实，原来“靖难”师起所指的“奸臣”只不过齐泰、黄子澄等人，连方孝孺都不在内；而齐、黄二人，城陷之日不独不在御前，且不在京城，然则“闭皇城门不内”虽为事实，而“奸臣苍黄”、“胁建文帝自焚”这两句话，却无着落。因此宣宗要在“实录”中“改正”。
历朝凡先帝有失德，子孙要瞒天下人耳目，辄以在“实录”中动手脚为主要手段，但作伪者心劳力绌，真相是无论如何湮没不干净的。且不说有许多私人笔记可作旁证，即以前后修改痕迹来看，亦足资为事实的判断，加以“长陵功德碑”和《成祖实录》对勘，诚所谓“越描越黑”。试作简单分析如下：
第一，宣宗要表示建文帝亦有投降之心，所以有“欲出迎”之语。
第二，宣宗要表示群臣离心，多以为天命有归，纷纷投诚，所以说“左右悉散，唯内侍数人而已”。
第三，因为无人为他引见成祖，所以自焚；“我何面目相见”之叹，是要表示建文帝自觉所谓“忠臣”，急难之时，各奔前程，弃而不顾，可见自己知人不明，还有什么面目见人？
第四，“长陵碑”中有个大漏洞，即对建文帝的“尸首”没有交代，因而宣宗补上一笔。此“中使”是成祖的太监，自然不会欺主，则所出建文帝之“尸”，可见绝不会假。
《明朝的皇帝》 第一部分明成祖大索“奸臣”
十六、明成祖大索“奸臣”
为了眉目醒豁起见，成祖内犯陷京师的经过，我再撮要提示一遍：六月初燕师以都督陈瑄投降，得以渡江，取道镇江、龙潭，直薄京师；大约在六月十三，谷王及李景隆开京城西北的金川门迎燕，燕王入城，分遣诸将守城，致书建文帝；其时皇城已闭，燕王不愿以武力破宫，还驻龙江驿。约在午后不久，皇宫火起，成祖派兵驰救，火息搜索，由成祖的太监，找出一具尸首，说是建文帝已自焚。其实不是。那么建文帝到哪里去了呢？这个谜，留待以后再研究，先谈成祖入承大位之初的残忍暴虐。
成祖的本意，希望建文帝逊位让国，及至皇宫火起，才知如意算盘落空，于是一面拷问宫嫔太监，追问建文帝的下落；一面大事搜索，捉拿所谓“奸臣”。
这两件事，前者无结果，不得已肯定建文帝自焚，而在破城后的第八天将那具尸首下葬；建文马皇后亦无下落，相传被指为帝尸者，实为后尸。
搜杀“奸臣”则成祖可谓如愿以偿。他的第一个目标是齐泰、黄子澄，此两公以后不太为建文帝所信任，在进退失据的困境下，每每以此两人的名位作牺牲：与燕谋和时，他们被解职；对燕强硬时，则又召还。成祖陷京时，齐、黄都在外面募兵勤王，黄子澄在嘉兴为人所密告被捕，成祖亲自审问，不屈“磔死”，族人无论少长皆斩，姻亲一律充军。但留下一个儿子，改名田经，移居湖北，子孙中后来有人中了进士。
齐泰在燕师渡江时奉旨回京，走到半路上听说京师沦陷，走外郡想号召义士反攻。其时成祖已悬赏捉拿齐泰，他的那匹白马大概像关公的赤兔马那样，十分出名，成了一个很显著的目标，齐泰异想天开，用墨把白马涂黑，走不多远，马一出汗，墨汁淋漓，依旧褪成白色，有人诧异：“哟！那不是齐尚书的马？”因而被识破行藏，捉到京里。书生不经世务如此！而建文帝用他参国政，岂不是自找倒霉？不过话说回来，齐泰虽似书呆子，也讲原则，而且亦不算刚愎，比黄子澄要略胜一筹。
齐泰亦是不屈而死。成祖对他比对黄子澄要客气些，给他留下一个六岁的儿子。至于遭遇最惨的则是方孝孺。
《明朝的皇帝》 第一部分方孝孺临危不屈
十七、方孝孺临危不屈
方孝孺是明太祖开国文臣第一位的宋濂的得意弟子，两蒙召见，太祖看出他是乱世忠臣的气质，认为一时用不着他，派为陕西汉中的学官。蜀王慕名聘为他的世子——嫡长子的老师，以礼相待，题其书斋名为“正学”，后世尊称他为“正学先生”的出典在此。
建文帝即位，方孝孺奉召入京为翰林院侍讲，这个官衔，顾名思义是侍奉皇帝讲读，实际上就等于建文帝的老师之一，第二年升为侍讲学士，权责也加重了，成为建文帝的最高顾问，凡有大政事裁决，往往先征询他的意见。不久，又成了建文帝的副手或代表：临朝奏事，当面决定了可否，建文帝往往就命方孝孺代为批答章折。一有空，君臣二人便商量如何臻于三代之治，甚至想复行经王莽试验失败了的井田制。建文帝对他的尊敬和信任，已驾乎齐、黄以上。
燕兵内犯，朝廷讨伐，一切诏旨檄令，都出于方孝孺之手，自然也参赞军事。他出的那些计策，道衍一望即知，不会上当。譬如说，仁宗为燕世子时留守北平，方孝孺知道他的弟弟高煦狡诈，曾想夺嫡，于是定了条反间计，在成祖兵次徐、淮时，特遣一名锦衣卫千户携带诏书赐燕世子，想为高煦制造口实，引起燕府的内乱，哪知燕世子不拆诏书，连同那名千户一起送至军前，轻易破了方孝孺的计策。但是那些义正辞严的讨伐诏檄，却引起了道衍惺惺相惜之心，所以成祖最后一次出兵时，道衍特以方孝孺为托。
道衍是这样对燕王说的：“到了京城，方孝孺一定不肯投降，请不要杀他。杀了方孝孺，天下读书种子绝了！”
成祖当时答应了他的要求，等方孝孺被捕下狱，成祖记起道衍的话，同时想借重他的名望及文笔，于是派人把他召入宫内，草拟即位诏书。
方孝孺一进宫就放声大哭，响彻殿庭，成祖亲自从御榻上走下来劝他说：“方先生不必如此悲苦，我不过想效法周公辅成王的故事而已。”成王是指建文帝。
“那么成王呢？”方孝孺问。
“他自己自焚而死了。”
“何不立成王之子？”
“国赖长君。”成祖有些窘了。
《明朝的皇帝》 第一部分成祖灭方氏十族
十八、成祖灭方氏十族
所谓“成王之子”，是指建文帝的两子，长子名文奎，年方七岁，陷城后不知所终，大概是焚宫之时，烧得尸骨无存也。次子则尚只两岁，名文圭，禁锢禁中五十五年，号为“建庶人”，从小没有接触过高墙以外的人世，所以释放以后，形同白痴，连猪犬都不认得，此真人间惨不可言之事，“不幸生在帝王家”，正此之谓。
“主少则国疑”，所以“国赖长君”这句话，还勉强可以辩解，但“长君”应另有人——建文帝行二，他下面还有三个弟弟：吴王允熥、衡王允、徐王允，因而方孝孺反驳：“何不立成王之弟？”