西奥多·罗斯福总统的支持下，最终还是从财务部 抽调一些人员作为骨干力量，并吸收一些新的经过训练后的学员，组成了一支特工队，隶属司法部。
这支由西奥多·罗斯福支持成立的特工队后来发展为闻名于世的美国联邦调查局（Federal Bureau of Investigation）。它是美国最早建立的现代大型情报警务机构，是司法部下属的主要特工调查部门，也是联邦政府最大的反间谍机构，是美国情报体系的重要组成部分。
这支特工队于1909年3月16日改称调查局。此后，他的名字历经了几次变动。1925年以后改称联邦调查局。1932年7月1日，时任局长胡佛将其易名为美国调查局。1935年又换回原名，即联邦调查局。这个称谓一直沿袭至今。
活动范围逐步扩大
在最初两年内，调查局的活动范围不大，只限于首都以及印第安人居留地和其他一些属于联邦政府管辖的地区。1910年，国会通过了对付越州拐诱妇女活动的曼恩法案。调查局借此扩展了它的活动范围，在许多州和大城市派驻特工人员。1917年以前，调查局的权限还只限于处理一般的刑事和民事案件。
西奥多·罗斯福建立联邦调查局的最初目的是为了在打击西部登陆的海盗以及对东部大企业的盗匪集团的斗争中，能够得到情报上的帮助。现在，联邦调查局的办事机构已经遍布全国各地，并在其他很多国家也设置了办事处。它的特工人员都经过精心挑选，并要通过严格的训练：一种是课堂训练（学习侦破技术和法规法令）；一种是野外训练（学会自卫格斗技术和使用武器）。它的纪律谨严，特工人员受规定的约束，诸如：“ 不能漏付该付的税款〃 “不能兼职” “不能有其他收入”等等。
最初调查局的工作并不能让人满意，在第一次世界大战中，对德裔工人中的怠工分子的斗争就很不成功。直到1924年胡佛担任局长之后，才真正制定出了严格的标准和进行了正规的训练。联邦调查局第一个大获全胜的“战役”是成功的打击了反对禁酒令的不法之徒。也正是在这一时期，他的特工人员赢得了“政府的人”的绰号。当时的电影明星凯里因送给他们一句广为流传的话：“别开枪，政府的人，别开枪。”这反映了联邦调查局地位的提高。1934年，联邦调查局捕获了绑架并杀害林白幼儿的胡特曼，从此闻名于世界。
第二次世界大战爆发后，小罗斯福总统要求联邦调查局肩负起反间谍、反破坏和反颠覆的任务。胡佛没有忘记第一次世界大战的失败教训。在他的领导下，联邦调查局很快就基本上肃清了纳粹的间谍网和由潜水艇偷运来的破坏分子。但是，随着形势的发展，胡佛对苏联的“威胁”愈来愈不安了。他告诉手下，一场反对共产主义的战争不可避免。联邦调查局加紧了对苏的反间战，在取得丰硕战果的同时，也制造了大量的冤假错案。在麦卡锡主义猖狂的年代，联邦调查局更是为虎作伥，胡佛却经常辩解说，他的职责不是分析和制定政策，也不只是做出判断，而是取得情报。但是，他所要取得的那一类情报具有非常明显的倾向性，他的目的不只是要做出判断，而是要起到影响。在那个时期，如果出现一本写苏联革命的书，那就意味着有一位学者马上要受到怀疑了。1956年怀特海德写了一本关于联邦调查局的书，胡佛在给此书作的前言里充分表现出了他的反共立场：
“近年来，一些不明真相的人和一些有阴谋的人，展开了一场旨在对联邦调查局进行诽谤中伤的攻击行动。在世界范围内为自由人民进行斗争这一事实，仍然是我们最有效的反击武器。同时，联邦调查局本身的工作记录也证明了这一点。它是对共产党的追随者和辩护者所散布的诽谤中伤的最好回答。”
一贯的违法行为
20世纪70年代的水门事件使民众的眼前不再雾气重重，也证明了联邦调查局的行为远比它自己标榜的要糟得多！胡佛一直坚持说他的联邦调查局与水门事件无关——他知道这是麻烦事，并很高兴的看到中央情报局被牵扯进去。可是在水门事件后的调查中，联邦调查局的问题还是不可避免地被曝光。
从调查中发现，联邦调查局的违法行为是一贯的，并且持续了很多年。1942～ 1968年，对14个“目标组织”进行了238次非法夜间搜查；1952年10月～1968年6月，3个“国内的颠覆目标”的住所被无数次的“非法进入”；1960～1966年，社会主义工人党在纽约的办公地点至少被“闯入”92次以上，联邦调查局的特工还对他们的文件、通讯录等拍摄了上万张的照片……
这些进行非法搜查的人全都是经过特别训练的联邦调查局特工，他们还得到了特别的补贴。因为他们进行的是非法活动，法律不能提供保障，如果在行动中被地方警察抓住的话，也只好像对待普通人那样把他们送进监狱。后来，由于害怕这些违法行动可能会被发现，从而波及联邦调查局及胡佛本人的声誉，胡佛在1966年下令停止了所有的“暗中行动”。但有一条例外，如果国家安全局在监听外交电台时需要外国大使馆密码的话，那他们还是会这么干的。
夜间非法搜查并不是联邦调查局所干过的惟一的“肮脏勾当”，它还干过暗杀。美国教会联合会的一份报告指出，黑人民权领袖马丁·路德·金就受到其5年的折磨；报告还指出特工人员建议过要“杀掉他”，并且也这么恐吓过他。教会联合会把这种对路德·金的行动，看作是“在用秘密手段对付守法公民的黑暗时期的一个不幸插曲”。
联合会的报告是在1976年，胡佛死了4年之后才提出来的。胡佛在世时，慑于他的淫威，几乎无人敢公开指责联邦调查局及胡佛的胡作非为，因而胡佛也从来没有感受到国民的这种强烈不满。胡佛死后，格雷当过很长一段时期的局长，后来便是精于此道的凯莱继任了。凯莱是胡佛的忠实信徒，在接受尼克松总统的委任后，使联邦调查局颇有起色。但卡特上台后，把他撤了。要找一个合适的接替人并不是件容易的事，找了6个月，才找到联邦法官詹逊，但他健康状况不好，不能担任。凯莱虽然已宣称退休，也只好继续留任，一直到1978年1月联邦法官韦伯斯特接任局长。韦伯斯特被描绘成一个坚定、精明和正直的人，他保证将在宪法允许的范围内工作，但事实未必如此。
联邦调查局既负责犯罪案件侦破，也负责安全工作。当然应该指出：当胡佛的共产主义恐惧症导致安全工作超出范围和成为违法行动之前，联邦调查局对犯罪案件的侦破还是比较有成效的。
机构档案人脑所能想像出来的最伟大的组织（3）
调整力量部署
到1983年，联邦调查局似乎已经从困境中走出来了。和中央情报局一样，经过七年的严格限制之后，开始摆脱水门事件所带来的束缚，又得到了一些新的权力：侦破可能出现的恐怖活动。
1991年，国际形势急剧变化，苏联解体之后政府不需要再全力以赴地对付共产主义威胁了，联邦调查局也随之调整了它的力量部署。它的斗争重点从反间谍行动转向日益严峻的恐怖主义。为了加强反恐怖活动的力量，它把原来专门对付苏联及东欧在美国进行情报活动的300多名特工人员，分到各州去专门对付恐怖分子。时至今日，可以说，反恐怖主义已经成为联邦调查局的头等重任，当然这并不排除它在反间谍和国内刑事侦破以及搜集外国情报等方面的使命。
恐怖活动从未间断过，联邦调查局似乎一直都很忙。1993年2月，纽约世贸中心被炸，6人死亡，1000多人受伤，损失达5。5亿美元；1995年4月19日，俄克拉荷马市联邦大厦被炸，165人死亡，400多人受伤；1996年7月27日，恐怖分子再次发动袭击—一颗炸弹炸响在举世瞩目的亚特兰大奥运会上，成千上万名运动员提心吊胆地完成了赛事；1998年8月7日，美国驻肯尼亚、坦桑尼亚大使馆发生爆炸，257人死亡，5000多人受伤；2001年9月11日上午9时许，美国的标志性建筑之一——纽约世贸中心双子大厦在20分钟内接连遭到两架飞机的撞击，相继轰然坍塌！随后，白宫附近起火，又有飞机撞击五角大楼，国会山发生爆炸，一座47层高的大楼倒塌……全国陷入恐慌之中！
路易斯·弗里自1993年9月担任联邦调查局局长以来，实施了一些新措施，立志图新，不断调整和改革现行体制，以适应新形势下打击犯罪、遏制国际间谍活动、扫毒和清剿恐怖分子的需要。弗里就职后宣布：联邦调查局“惟一法则是法治，惟一职责是保护所有美国人不受犯罪及暴力之害”，因此它的工作重点是：集中精力打击有组织犯罪，特别是亚裔帮派的犯罪活动；追踪和严惩国际恐怖分子和组织、国际毒枭和国内毒贩；调查和打击国际间谍活动，尤其是盟国针对美国的经济情报活动；大力打击白领犯罪，特别是利用计算机进行诈骗的犯罪活动。他发誓要调整联邦调查局，将其改造成精干的、能适应21世纪需要的综合执法机构。弗里实施的一些措施曾使联邦调查局各方面工作颇有起色，他因此也受到了普遍赞誉。
丑闻迭起 失误百出
近几年来，联邦调查局丑闻迭出，这显示其内部系统仍存在大量问题。外界给予了猛烈的抨击。
2001年7月17日，联邦调查局一些不愿透露姓名的官员向媒体披露，联邦调查局在过去的11～12年间已丢失了近200台笔记本电脑和约450件武器。经联邦调查局认定，失踪的笔记本电脑中肯定有一台储存了机密信息，另外还有三台可能也储存了机密。窃贼偷去了失踪电脑中的13台，另外一些笔记本电脑则很可能是在从一个部门传递到另一个部门的过程中丢失的。联邦调查局丢失的近450件武器中约有184件武器属于失窃。失踪武器中大约有13件落入犯罪分子之手，犯罪分子在抢劫时使用了这些武器。尽管丢失的绝大部分是随身佩带的小型武器，但其中也不乏像冲锋枪这样的大家伙。
除失窃外，联邦调查局与其他执法部门的联合训练活动中显然还丢失了一部分枪支。联邦调查局的内部人员也和武器丢失有关联。有关方面已确认，丢失的武器中有66件都和一位退休特工有关，另外还有4件失踪武器与一些被辞退或是死亡的特工有关。
在FBI的“失误”中，引人注目的还有俄城爆炸案那次。当时联邦调查局向俄城爆炸案主犯麦克维的辩护律师提供材料时，居然遗漏了千页重要文件，结果造成麦克维的死刑被迫从2001年5月16日延迟到6月11日执行。
此外，联邦调查局资深探员汉森竟是潜伏了15年的俄罗斯双重间谍，舆论哗然，FBI大丢脸面！对华裔科学家李文和案件的处理不当同样也使FBI“蒙羞”！
把一双手套里留下的指纹取出来
联邦调查局的总部�