1936年8月24日，罗斯福绕过司法部长卡明斯，单独接见了联邦调查局局长埃德加·胡佛。这次会见，是罗斯福总统与FBI秘密交易的正式开始。
罗斯福正式向FBI局长胡佛下达了搜集共产党和法西斯分子在美国活动情报的任务。胡佛欣然同意并表示将严格遵守总统对绝对保密的要求。但他提出，由于这一任务不属于例行执法范畴，必须由国务院事先提出要求，联邦调查局才能合法开展工作。第二天，罗斯福就找来了国务卿科德尔·赫尔，当着胡佛的面，说：“美国目前正受到来自苏联间谍和法西斯间谍的威胁。”赫尔当即表态：“应当迅速采取措施，查出这些间谍！”后来，罗斯福又亲手写了一份备忘录，放在白宫的保密柜里，记录了他指示国务卿搜集“敌对团体”活动情报这件事。但由于保密起见，国务院并没有向联邦调查局发放正式的书面文件。
搜集这种敌对势力的情报，要求保密工作必须做得万无一失。应胡佛的要求，经罗斯福政府批准，联邦调查局将得到一大笔追加经费，而且无需经过国会的专项审批即可用于国内情报活动，因为这种国内秘密警察行动“要极其保密，以免引起不明情况者或动机不良者的无端反对或批评”。
值此非常时期，联邦调查局的职能必然扩大到非常的程度。
胡佛的崛起得益于美国参加第一次世界大战所引发的“间谍臆想症”，这位对“政治不感兴趣”的联邦调查局局长，对“自由派”极度不信任，而罗斯福启用的尽是“自由派”。胡佛仇视罗斯福，认为他有“变态的帝王思想”，认为“新政”是罗斯福御下的共产党人搞起来的。尽管表面对总统毕恭毕敬，但在私下场合却从不放过任何一个攻击总统的机会。总统和联邦调查局局长彼此提防却能相安无事、相互借重的原因在于，作为伟大政治家的罗斯福，首先是一个高明的政客。为了确保自己的权力稳固，对付来自左翼、极右势力、国际法西斯势力的形形色色的挑战，他需要借助于胡佛局长的特务政治手段。罗斯福虽然极其恼火于胡佛的阳奉阴违，但他却更需要这位“帕尔默袭击”中的闯将和智囊的帮助，所以他对胡佛只能听之任之，任其胡作非为。正是因为总统的纵容，胡佛领导下的联邦调查局才能肆无忌惮地进行各种活动。为了完成罗斯福政府对政治调查工作提出的多重任务，联邦调查局进一步把手伸向了工业界、工会组织、社会团体、教育界，大量收买告密者，积累的“危险分子”的秘密档案也越来越高。
到1938年春，联邦调查局取得了一个重要的阶段性成果：18名“纳粹间谍”被送上了法庭。
与宣扬纳粹运动的危害相比，联邦调查局更重视对付共产党以及一些正直的社会活动家。为了搜集有关情报材料，联邦调查局甚至不惜利用黑社会势力。1939年初，胡佛会见了哈里·贝内特，此人靠打击工会势力起家，是“汽车大王”亨利·福特的手下。胡佛通过贝内特与一些黑社会组织建立了联系。联邦调查局特工可以随时调阅贝内特搜集到的一些共产党人的档案，而这些材料却是从一名法西斯分子那里购来的。
同第一次世界大战期间担任总统的威尔逊一样，罗斯福也是民主党人。当时作为海军助理部长的罗斯福忠实地执行了威尔逊政府推行的积极参与国际事务的政策。当威尔逊从巴黎和会上铩羽而归时，罗斯福与他同乘“华盛顿”号军舰返国。对于威尔逊因兜售国际联盟方案而黯然结束政治生涯的前车之鉴，罗斯福是有切肤之痛的，同时他也从中吸取了理想主义在美国难以奏效的教训。
30年代中期，三个新的世界大战策源地在德、日、意三个法西斯国家形成，纳粹党四处叫嚣要“争夺阳光下的空间”，德国成了一架战争机器。但是民意测验表明，95％以上的美国人反对卷入另一场欧洲战争。想大干一场的罗斯福不敢轻举妄动，他小心翼翼地放出了一个试探气球。
1937年10月，罗斯福在孤立主义的大本营芝加哥发表演说时，用带有鲜明罗斯福色彩的比喻辞令说道：“世界上无法无天的瘟疫正在蔓延，这已成为一个不争的事实。每当一场荼毒人类健康的瘟疫刚刚开始时，人们一般都会认为，应当对病人进行隔离，以保护其他人的健康，防止疾病继续扩散。”罗斯福突然发现隐喻还是太露骨了，随即话锋一转：“我们决心置身于战争之外。不过，我们并不能保证自己不受战争的灾难性影响和免于战争危险。我们正采取使我们卷入的危险减至最低限度的一些措施，但在一个信任和安全已遭破坏的世界里，我们不能得到完全的保障。”
试探气球一经放出就被炸得了无踪影。对这种试探性的挑衅，国会中居绝对主导地位的孤立派不惜以弹劾相威胁。
罗斯福清醒了。
总统似乎处心积虑地想把美国拖入战争，但面对坚如磐石的孤立主义堡垒，他只得退而自保：“不管海外诸大陆发生什么事情，美国仍将而且必须不被卷入，从而保持行动自由，这是很久以前的开国元勋们所祈愿我们的。”
与此同时，他秘密指示联邦调查局搜集那些反对他通过《租借法案》援助英国人的代表人物的把柄。罗斯福注意到，最高法院法官弗兰克·墨菲有一个可疑习惯：无论他走到哪里，都要随身携带一个小提琴匣子，到底在搞什么鬼？胡佛命令特工寻找机会对这个匣子进行秘密搜查。一次，墨菲法官在华盛顿卡尔顿酒店参加午餐会，在上洗手间时把匣子放在了门厅。担负监视任务的特工如获至宝，抓紧时间完成了开匣检查：里面放的是一只网球拍。
联邦调查局对左翼势力和右翼分子的调查，对罗斯福把美国逐步纳入战争轨道的既定战略，起到了重要的思想发动作用。通过这次战争提供的契机，联邦调查局的职能和作用发生了一次飞跃，胡佛局长在政界的地位也将更加重要和牢固，与其志同道不合的罗斯福总统，将成为这位联邦调查局局长的政治保护人。
总统授权电话窃听
1940年5月，罗斯福总统授权联邦调查局，对“那些被怀疑为从事颠覆美国活动者，包括涉嫌进行间谍活动者”使用的公用和私人电话进行窃听。窃听电话和电子窃听，在20世纪以后的美国政治辩论中是一个相当敏感的话题。1928年，最高法院第一次审理涉及电话窃听的案件，判决政府官员窃听电话并不违反宪法，因为“警察并没有闯入被告的办公室进行搜查”；1934年，国会曾禁止电话窃听。如今，罗斯福出于“国家安全利益”考虑解禁，为联邦调查局特工进行电子窃听和侦察提供了法律依据。严肃法纪、惩办公职人员的腐化、渎职和滥用权力，为了对付有组织犯罪，为了对付外国间谍活动，经法院授权由警察机构使用电子侦察手段，确实是有必要的。但是，如何防止警察机构滥用这一特权，侵犯宪法赋予公民（包括公职人员和政府高级官员）的隐私权等自由的权利，美国人一直没有找到合适的办法。
一向是满口仁义道德的胡佛，表面上是反对窃听电话的。他曾在国会作证时保证，一旦发现FBI特工有涉嫌窃听电话的行为，将立即开除此人。1928年出台的联邦调查局守则也规定，窃听电话是“不当的、非法的、不道德的行为”。但事实证明，联邦调查局进行电话窃听的行为一直以来就没有中断过。他们窃听邮政部长詹姆斯·瓦利的电话，因为瓦利在内阁里提议解除胡佛的职务。曾有几名特工在法庭作证时透露，为了调查一件跨州盗窃案，联邦调查局昼夜不停地进行过电话窃听。
在罗斯福宣布解禁后，司法部长罗伯特·杰克逊持保留态度，听任胡佛胡作非为。于是，35岁的“国际码头工人和仓库工人工会”负责人哈里·布里基斯沦为第一个牺牲品，并被冠以“共产党人”的标签，成为联邦调查局迫害的对象。
1941年7月，《纽约时报》的一名记者听说布里基斯被进行电话窃听一事，觉得这是一个很好的新闻题材，便去了布里基斯所在的埃迪逊饭店，用指甲锉撬开了房间里的电话，发现里面确实安装有窃听器，能够把电话内容和房间里的谈话内容传出去。记者马上叫来了警察，这时，在隔壁房间“值勤”的两名特工已经逃走了，但警察发现了一页写有“特工比尔·杨”字样的复写纸。
诸如此类的事件一而再、再而三地被披诸报端。新上任的司法部长弗朗西斯·彼得在接受参议院司法委员会质询时坐不住了，便邀上胡佛一起去白宫听取罗斯福总统的意见。罗斯福静静地听取了整个事件的汇报，突然笑了起来，对胡佛说道：“埃德加，这是你们第一次被人抓住把柄吧！”
没有罗斯福总统的默许甚至纵容，胡佛敢于如此无法无天吗？
罗斯福为什么会对胡佛如此宠爱有加？
利用联邦调查局对政敌进行秘密侦察固然是一个重要原因，但更重要的理由可能还在于，罗斯福有某种不可对人言的苦衷——胡佛掌握了他的某种秘密，而他也知道胡佛掌握着这种秘密。惟其如此，才能揭示出总统和联邦调查局局长互相利用、互相顾忌、“相生相克”关系的全部。
第一夫人密闻
尽管胡佛骨子里非常保守，立场更接近于共和党人，但有着浓厚自由派倾向的民主党总统罗斯福，表面上却与胡佛建立了深厚的私人友谊。1940年6月，罗斯福亲自写信给胡佛，对联邦调查局“出类拔萃的服务”表示感谢，而胡佛则在回信中称，总统的信是“我有幸收到过的最鼓舞人心的信件，是美国价值观的生动体现”。
尽管与总统政见相左，但一向以“对政治不感兴趣”自居的胡佛，从来不表露对罗斯福的不敬和不满。不过，对“第一夫人”埃莉诺，胡佛就没有那么客气了。他在私下场合从来不掩饰自己对埃莉诺这个“老猫头鹰”的鄙夷不屑和极度厌恶之情。胡佛非常反感埃莉诺的女权主义思想，反感她对黑人不幸遭遇的同情，反感她与共产党和“过激分子”的接触。胡佛甚至把罗斯福所采取的许多“新政”措施也归咎于埃莉诺。
第一夫人埃莉诺在丈夫的支持下，一反第一夫人默默无闻、不干预政治的传统形象，充分扮演了一个推动社会进步、影响总统决策、坦率而公开的政治活动家的角色。埃莉诺是罗斯福总统在政治舞台上的好帮手，但总统需要的是一个百依百顺的女人，而埃莉诺并不温柔，而且这位“丑陋公主”的相貌也不足以成为总统倦怠了政治游戏时停泊的港湾。
因此，罗斯福早在1917年任助理海军部长时就与妻子的一位社交秘书露西·默赛尔开始了婚外恋。海军当局虽然以特别命令方式于1917年10月解除了露西的工作，但并不能阻止二人的暗中交往，直至罗斯福总统因脑溢血在温泉去世时，陪在他身边的也不是第一夫�