史的难处，也恰在这虚虚实实。）
孙恩没捉住刘裕，但终于腾出手来攻破了沪渎，又乘胜由水路进军，一直杀到刘裕的老家丹徒，一路上收编了成千上万的楼船和士兵，声势浩大，震惊了建康朝野。刘牢之这时驻兵在山阴（今浙江绍兴），来不及增援，便命刘裕从海盐倍道前行，阻击孙恩。刘裕与孙恩的大军在丹徒一带相遇，当时的情形是：刘裕的军队不满千人，日夜兼程，远道而来，已是疲惫不堪，而丹徒本地的守军又毫无斗志；孙恩则有数万部众，双方差距极大，人们无不为刘裕捏一把汗。没想到刘裕还就做定了孙恩的克星，连续几个月没碰上对手的孙恩与刘裕的军队一照面，立即吃了败仗。他的部众登上蒜山，满以为占据了有利地势，夺取丹徒易如反掌，却马上遭到刘裕的袭击，一触即溃，不是坠下山崖摔死就是掉入水中淹死。孙恩狼狈地逃回船上。
经过这场败仗，孙恩不敢再轻易登陆，对刘裕更是惧怕万分。他倚仗人多船大，重整部众，向建康进发。守卫建康的司马元显哪里是对手，屡战屡败，幸好孙恩的楼船因逆风行驶，无法提速。不久孙恩听说刘牢之已赶回建康，心中发虚，改沿海岸线向北，占领了防备松懈的海滨城镇郁洲（今江苏连云港一带）。东晋朝廷见刘裕战功显赫，便提升他做下邳太守，去攻打郁洲。刘裕果然再度击破孙恩主力，一直将孙恩赶回大海。
孙恩的势力自此一蹶不振，可是，颓势的东晋政权却没半点好转的现象，反而深陷重重危机之中。谁也没有想到，接下来的一场江南大内斗，竟然使这位靠打仗起家的刘裕在南北朝初期的政治舞台上成为一等一的主角。
二 桓玄的野心
孙恩进逼建康时，远在荆州的桓玄上疏请求顺江而下，讨伐反贼。建康城里的实权派司马元显忌惮桓玄，宁可大力提拔刘裕等一批寒门将士，也不愿桓玄来国都，招惹麻烦。他以安帝的名义下诏，让荆州的军队就地待命，建康这边有北府兵扛着，足以应付。
荆州那边也是野心颇大，这桓玄乃是桓温之子，自然也就继承了不少相似的基因。他老爹当年就想称帝，只不过时运不济，支持率也没高到满朝劝进的水准，才饮恨而终。桓玄的才干比其老爹差之远矣，却能赶上一个“好年成”：东晋朝廷内外交困，司马道子父子与刘牢之这两派貌合神离，正好有隙可乘。于是他就给司马道子写信，把这位皇叔狠狠地讥讽一番。信的内容收录在《晋书·司马道子列传》中，通篇骂人不带脏字，写得还颇有些意思：
〖“贼造近郊，以风不得进，以雨不致火，食尽故去耳，非力屈也（孙恩没能攻下建康，不过是缺少天时地利，不是打不过你们）。昔国宝（王国宝）卒后，王恭不乘此威入统朝政，足见其心非侮于明公也，而谓之非忠（关于王国宝、王恭等人的内乱，可参见前作《纵横十六国》）。今之贵要腹心，有时流清望者谁乎？岂可云无佳胜？直是不能信之耳（当今的高官显贵，哪有什么名流清望？难道说没有好的么？只是彼此不能信任而已）。用理之人，然后可以信义相期；求利之徒，岂有所惜而更委信邪（对于讲道理的君子，才可以用信义来对待；对于追求利益的小人，还讲什么信义？——这句话至理，古往今来若论“信义”二字皆是如此）？尔来一朝一夕，遂成今日之祸矣。阿衡（古代官名，指辅佐之臣）之重，言何容易，求福则立至，干忤或致祸。在朝君子，岂不有怀，但惧害及身耳。玄忝任在远，是以披写事实（满朝文武不是不懂这个理儿，只不过是怕害了自身，我桓玄忝任在外，就撕破脸皮说真话啦）。”〗
一封短信句句切中要害，表面上在讲大道理，底下尽是刀子。司马道子父子读着心惊肉跳，惴惴不安。司马元显身边有个谋士叫做张法顺，深受司马元显宠爱，读了这封信，就劝他先下手为强，乘着桓玄在荆州立足还不算太稳，以刘牢之的北府兵为前锋，出兵讨伐，必能搞定桓玄。司马元显迟疑不定，恰好桓玄的部下、武昌太守庾楷送来一份大礼，主动请缨做内应，配合朝廷方面的军队夹击桓玄。司马元显大喜，便在晋安帝元兴元年（公元402年）正月称诏将桓玄的罪状罗列一遍，大举水陆两路讨伐。
桓玄远在荆州，认定朝廷方面刚刚遭受了孙恩之乱的破坏，问题多多，不可能有机会马上来找他麻烦，并未采取任何预警措施。幸亏桓氏朝中有人，桓玄的堂兄太傅长史桓石生发来密信，通报消息（司马元显本打算除尽桓氏，他宠幸的骠骑长史王诞正好是中护军桓修的舅舅，几句好话之后，司马元显便找不着北，没再处置姓桓的子弟。株连本不是什么光鲜之事，但司马元显的这次仁慈终于为自己掘下了坟墓）。
桓玄惊恐之下打算固守江陵，缓图良机。旁观者清，长史卞范之说：“桓公声威远近闻名，天下震动；司马元显乳臭未干，刘牢之不得人心（前面说过，刘牢之的北府兵打仗很厉害，但军纪太差，在朝野都没啥好名声：在朝是怕他功高压主，在野是恨他贪得无厌），如若我们的军队能够逼近京城，恩威并施，管叫他们土崩瓦解。岂有引敌入境，自寻死路之理？”
桓玄这家伙，见解和志向比司马道子父子要强得多，但终究还是一路货色，对相似的谏言反应也是相似。他听闻此话，信心顿增，让哥哥桓伟留守江陵，自己则上表传檄，以彼之道还治彼身，列举司马元显的各项罪行，然后率兵顺江东下，直奔建康而来，沿途如入无人之境，为数不多的几次抵抗被轻松打退，豫州刺史、谯王司马尚之也被擒。
刘牢之在此时起了“关键作用”：他挂着司马元显的“前锋都督”的名头，大战来临之际却采取观望的姿态，驻兵在溧洲（今江苏南京西南长江中）。他的儿子刘敬宣、外甥何无忌，以及刘裕都认为荆州兵强过司马元显的江东兵，应率北府兵主动进击，以除后患。刘牢之则认定平定桓玄不难，但狡兔死，良狗烹，若消灭桓玄，将来必被司马元显所制，不如先利用桓玄的势力除掉司马道子父子，再做打算。桓玄也看透了刘牢之的心思，不失时机地派了刘牢之的族舅何穆来劝降。刘牢之便顺势上了“贼船”，让刘敬宣去桓玄营中投降。
司马元显没了真正可用之兵，哪还有什么抵抗的意志，他听说桓玄已经到了京城南面的新亭，就弃了战船退回建康。桓玄的军队尾随而至，在后面挥刀大喊：“放下武器！”司马元显的兵众立即崩溃，司马元显逃回府中，身边只剩下“狗头军师”张法顺一人而已。见到老爹司马道子，二人只能相对而泣，一筹莫展。这对有野心却无能力的父子束手就擒，桓玄下令斩杀司马元显一党，继而又吩咐手下人把司马道子秘密毒死在流放的路上。
桓玄初步掌控了建康的大局，紧接着就采取了三项措施巩固其权力：
首先是任命刘牢之为会稽内史，这个职务表面看是一郡权力上的No。1，实际上却剥夺了刘牢之对北府兵的控制权。刘牢之一介武夫出身，视兵权为命根子，心里有意据江北对抗桓玄。他私底下找到刘裕，商量对策。刘裕何等聪明，当即指出桓玄“新得志，威震天下。三军人情，都已去矣”，现在要和他对着干，怕是没戏。他向刘牢之请求返回老家京口。将领何无忌向刘裕请教当前的局势，刘裕答道：“我看刘牢之难逃一死，你不如和我一起回京口，以观其变。桓玄若是甘为人臣，我们就老老实实地跟着他干。如若不然，你我还可以起兵图之。”
刘牢之召集手下开会，还想谋划讨伐桓玄。参军刘袭气呼呼地说：“天下最不该做的事就是反叛。将军当年反叛王恭，最近反叛司马元显，现在又要反叛桓玄；一人三反，还凭什么立足天下？！”说罢拂袖而去，其余将领也纷纷离去。刘牢之这才慌了神，让儿子刘敬宣去京口迎接家眷，约定的时间没见着人，以为事已败露，带着本部人马仓促北逃，逃到新洲，走投无路，自缢而死。几乎是北府兵代名词的刘牢之就以这样狼狈的方式结束了他的一生。
（从桓玄出兵这件事前后刘牢之和刘裕的不同表现，我们就可以看出二者的差距：刘牢之军事方面很强，但在其他方面近乎白痴，尤其在利害关系的判断上显得相当幼稚，他又在政治立场上做“三姓家奴”，毫无信义可言，得不到大多数人的支持，这样的人可以拿来做成大事的工具，而不可能自己成就大事；刘裕则不同，虽说王夫之等人在史评中指责他其实也是“一人三反”（先反刘牢之，再反桓玄，最后“反”晋称帝），但他的所谓反并不是简简单单“墙头草”式的反，而是颇有行事原则，他在每次做出决断之前都充分分析了局势，并对将来的行动做好了周密的计划。所以说，刘裕不仅打仗有自己的一套，而且审时度势，该用强的时候用强，该示弱的时候示弱，玩弄权术的手段并不差过同时期那些门阀大族出身的政治人物，这样的人只要再有一点运气，获得成功指日可期。）
桓玄轻而易举地除掉了刘牢之，接下来他对北府兵旧将也毫不留情。吴兴太守高素、将军竺谦之、竺朗之、刘袭、刘季武等一大堆优秀将领被杀，以刘敬宣和宗室司马休之为首的残部想要造反，不是对手，只好逃往南燕和后秦这两个北方邻国。
下一项措施是改革内政，罢黜奸佞之臣，提拔有才之士，东晋各地在这一时期出现了不少出色的官员，他还下令限制佛教寺院无节制地发展僧尼。这些本来都是革除弊政、稳定时局的好事，可惜，桓玄的举措不过是想借机提高威望、扩大影响，不久他便暴露了奢豪放纵的公子哥儿本性，朝上政令无常，朝下结党营私，东晋的危机重现。当时投奔后秦的北府兵旧将袁虔之评价桓玄才略不如其父，所扮演的角色不过是“为它人驱除耳”；南燕的中书侍郎韩范也认为桓玄早晚被江东“豪杰诛灭”。
野心勃勃的桓玄，到头来还是为他人做了嫁衣裳。
三 六个月的皇帝梦
桓玄加紧篡权行动，最重要的一点还是得继续树立威信。他所依仗的主要势力是据守荆州的哥哥桓伟，其他桓氏集团的成员虽然被他安插在朝廷内外，军事力量却有限。这位桓公子想起了当年他老爹树威的手段——北伐中原，有心如法炮制，可年轻的时候玩得太多，没好好学习，从权术到军事都不过一知半解而已，哪里赶得上桓温的魄力与气度？没办法，只好玩点虚招。
他上表请求率军扫荡后秦占领的中原地区，又指使朝廷下诏制止，然后说：“我是奉了诏书才不出兵的哦。”双簧的把戏还颇有些人相信，桓玄也就乐此不疲。元兴二年（公元403年）九月，他借着白痴皇帝司马德宗的名义，任命自己做相国、总百揆，并封为楚王，拥有十郡之地，最后就是他老爹一辈子都没能得到的殊荣——加九锡（九锡起自汉代，是皇帝给予功臣的最高礼仪。所谓“九锡”，按照《韩诗外传》的说法，是“一锡车马，再锡衣服，三锡虎贲（勇士的别称，指守门的军队），四锡乐器，