逞被杀之事，十分害怕，最终决定改换门庭，去了后秦和南燕。拓跋珪知道真相后十分后悔，这以后才对犯错的北方士人格外宽容。
多年战事使拓跋珪的精神一直处于高度紧张的状态，他担心自己未老先衰，就服用一种叫做“寒食散”的药物。这是当时流行于汉族士人中的药物，主要用于排解心理上的焦虑和不安（可见是有闲阶级的喜好之物，普通老百姓连饭都吃不饱呢，哪里有工夫吃这种药）。这种药本来是东汉名医张仲景首创用来治疗伤寒的，可经过改造却成了一种古代毒品，吃了之后容易上瘾，而且容易发作。发作起来是个什么现象呢？其实就和狂躁症的症状差不多：全身发热、躁动不安、狂奔暴走，等等。拓跋珪服药一多，药性的发作自然就越来越频繁，他常常几日不醒，或者几日不食，甚至一个人无缘无故地自言自语，脾气更是暴躁不安，喜怒无常。渐渐地，他的疑心病达到了无以复加的地步，靠近他的人有时会无故被他当场刺死（这一点很像晚年的曹操，滥杀无辜，心狂意乱，作为一代君主，这些特性都逃不过后人的诟病。顺带说一句，拓跋珪与曹操在经历上也确有相似之处）。大臣们因为不经意的一句错话，就可能被他处死，就连他的亲人功臣也不例外。拓跋遵因为酒后失礼，就被拓跋珪赐死；司空庾岳由于服饰艳丽、举止傲慢，也被拓跋珪处死；拓跋珪的另一名堂弟，曾在征燕战争中立下汗马功劳的卫王拓跋仪见拓跋珪诛杀大臣，心中自疑，就带着家人想逃出国去，却被拓跋珪派人追回赐死。
北魏民心陷入动荡不安之中，国内又不断出现天灾，拓跋珪了解到这些情况，虽有认错之意，却十分消极，没有什么补救的手段，他唯一的顾虑是皇位的继承权问题。他立长子拓跋嗣为太子后，因担心将来出现母后专权的现象，决定参照汉武帝杀钩弋夫人的旧例，将拓跋嗣的亲生母亲刘贵人杀死，这就是北魏后世一直承袭的“子贵母死”的制度。应该说，这一制度客观上对于后来北魏政权的稳固起到了一定的促进作用，但在当时遇到了小小的麻烦。拓跋嗣是个十分孝顺的孩子，在宫中日夜啼哭，拓跋珪知道后十分生气，命令拓跋嗣立即进宫。拓跋嗣的手下都说：“皇上现在脾气不好，又发着火，进宫必有不测，不如先找个地方暂且躲起来，等皇上怒气消了再进宫。”拓跋嗣觉得有理，就悄悄出宫，隐匿在外。
太子失踪，拓跋珪更是受了刺激。他的另一个儿子清河王拓跋绍是个典型的游街串巷的无赖公子，其母贺氏是拓跋珪母后的妹妹，也就是拓跋珪的亲姨母。拓跋珪年轻时在贺兰氏的部落中见她长得十分漂亮，也不顾及她已是有夫之妇，便要把她娶来，贺太后反对，劝他说：“绝对不可以，她长得过于漂亮了，而且已经有了丈夫，不可以做这样的事。”拓跋珪不听，派人暗杀了姨母的丈夫，把她强行娶来，生下这个“逆子”。
拓跋绍整日里打劫行人，以此为乐。拓跋珪听说后很气愤，把他倒吊起来扔到井里，即将断气时才捞出来。为了这个儿子，拓跋珪与贺氏夫人常常吵架，吵得不可开交，终于有一天，实在不耐烦了，索性将她囚禁起来，准备处死。
贺夫人也不甘心坐以待毙，她秘密托人捎信给拓跋绍，让他来救自己。年仅十六岁的拓跋绍，于是带着自己的手下与宫人宦官组成的“杂牌军”，连夜翻墙入宫，一直冲到拓跋珪居住的天安殿。拓跋珪末年的暴躁情绪已经造成了宫中的恐怖气氛，守卫们人人自危，竟不敢阻拦，只有人大声叫道：“贼人来啦！”拓跋珪从梦中惊醒，见势不妙，到处寻找防卫的武器而不可得，这位三十九岁的开国皇帝就这样死在了亲生儿子的手中。
（拓跋珪一生，年轻时是武功，初步奠定了北魏的生存空间；中年后有一定的文治，开始积累一个朝代的文化底蕴；可惜末年还是逃不过性格的宿命，其行为某种程度上也破坏了前期的成果。不过，他所遗留下来的这个新帝国，已经足够子孙后代经营开发一段时间。拓跋氏所面临的次一课题，是如何将拓跋珪的基业发扬光大。）
六 拓跋嗣平内攘外
清河王拓跋绍残忍地杀死了父亲，但他毕竟是个十几岁的孩子，未免有些忙乱。按照鲜卑人的传统习俗，一个部落的首领是通过“兄终弟及”的方式来传承的，但是拓跋珪更中意于汉人的继位制度，这才安排了长子拓跋嗣做自己的太子（据说拓跋珪立拓跋嗣另有一个原因，那就是他十分喜爱拓跋嗣的长子、日后成为魏太武帝的拓跋焘，希望他将来能继承皇位，成就魏国统一天下的大业）。当时朝中元老重臣有多少人会支持自己，人心向背到底如何，拓跋绍的内心是毫无把握的。他与左右随从一商量，决定冒险做一次试探。
第二天，皇宫的大门直到中午还没有打开。拓跋绍假传圣旨，命文武百官在宫殿外的端门前集合，朝北而立。拓跋绍隔着宫门，忐忑地对百官问道：“我有叔父，也有兄长，各位公卿想要拥护谁呢？”
外头的王公大臣们一听这话，不禁愕然，半晌没人敢说一句话。南平公长孙嵩反应稍快，回答道：“我等愿意拥护王爷殿下。”
大家这才如梦初醒，明白皇上已经驾崩了，但又不明详情，一个个站在底下装哑巴。只有拓跋仪的弟弟、阴平公拓跋烈痛哭着离去。消息传出平城，太子又生死未卜，朝野上下人心惶惶、各怀异志，贺兰部的肥如侯贺护在安阳城北举起烽火，本部人马都前往集结，北魏其他各部也各自屯兵，眼看着一场内乱就要爆发。
拓跋绍听说人情不安，心中害怕，便搬出大量的布帛赏赐给王公大臣们，希望得到有力的支持。在民间隐姓埋名多时的拓跋嗣得知宫中有变，悄悄从外面赶了回来，暗中观察宫内宫外的动静。
拓跋嗣不敢轻易暴露身份，他白天隐匿在山中，晚上就住到贴身侍卫王洛儿的家里。王洛儿有个邻居，名叫李道，暗中也帮助王洛儿服侍拓跋嗣，到了早上就把他送回山中。李道是个热心人，保密的意识却很不够。过了那么一段时间，附近的老百姓听说了这件事，知道拓跋嗣没死，都高兴地奔走相告，消息不慎传到了拓跋绍耳中。拓跋绍自作乱以来，最担心的就是自己的兄长回来跟他算总账，当即派人收捕李道，并斩首；然后又在民间征募知情人，寻觅拓跋嗣下落，一旦找到，就要将他杀死。
拓跋绍掌控了朝中的大权，却不能左右人心向背，拥太子派终究占了上风。王洛儿为拓跋嗣跑腿，潜入平城，暗中向大臣们通报情况，并与安远将军安同等人联络，秘密做好了安排。一切就绪，拓跋嗣带着随从向平城进发，刚来到城西，便有快马来报：拓跋绍已被身边的卫士拿下，听候处理。拓跋嗣此人虽说温和仁厚，对付自己的政敌可是毫不含糊，何况是弑杀父皇的首恶。他下一道命令，将拓跋绍、其母贺氏以及十来名随从幕僚一并处死。
北魏天赐六年（公元409年），拓跋嗣即皇帝位，大赦天下，改元永兴，重整朝纲，任用贤能，是为魏明元帝。他是北魏前期的三位君主中承上启下的一位，父亲拓跋珪是创业，儿子拓跋焘是图霸，他本人呢，就是两者之间的守成之君，光芒或许被其他两位盖过，但其所起的作用是不可低估的。
新登基的拓跋嗣继续执行拓跋珪的政策，他在平城等地建起大量房屋，并将塞外的鲜卑人及其他胡人内迁到关东地区。这是一项强制性的官方移民政策，目的是恢复与发展久经破坏的中原地区，遇到的阻力却恰与其深远的意义成正比。当时的官员不会去体谅老百姓对于故土的依恋之情，更不懂得组织“居委会”去做思想工作，在执行政策过程中多半是采取硬性逼迫的手段，造成了一些地方民众的反感。部分流氓无赖乘机煽动情绪，许多年轻人逃亡集结在外，不少郡县都出现了有组织的土匪或强盗。
拓跋嗣面对民患十分头疼，又不想大动干戈地镇压，就与公卿们商量：“朕本来是要为民除害，可惜让那些官员坏了事儿，以至于乱事频起。如今违犯的人多了，不可能把他们都抓起来杀了。我的意思是通过大赦安抚，你们觉得怎么样呢？”
元城人侯屈说：“民众逃亡做强盗，这是大罪，如今不给他们定罪就把他们赦免，乃是‘为上者反求于下’（即本末倒置，不是执行政策的人的行为），恐怕不妥。依臣所见，不如诛杀首恶，赦免余党，此举足可安定天下。”
清河人崔宏（这位又是清河崔氏一族，后来鼎鼎有名的北魏汉臣崔浩正是他的长子）则说：“圣明的君主统领民众，目的便在于安定团结，而不是跟民众去较量胜负。赦免罪行虽不是正招，但却便于执行。侯屈的意思是先诛后赦，还不如一招赦免全部搞定为好！如果有人赦免了之后还不老实，到时再杀也不为晚。”
拓跋嗣赞同崔宏的建议，依计执行，果然许多人就不再为乱，对于继续作乱搞破坏的少数人，拓跋嗣就不再手软，派将军于栗领兵一万前去平定，很快解决了不安定的因素。
北魏一面进行内部迁徙，达到合理的资源分配，另一面打击入侵的柔然骑兵，“净化”外部环境。
柔然的部落首领社仑（柔然的首领本姓郁久闾，所以社仑的全名就是郁久闾社仑，这个词来自鲜卑语“木骨闾”，意为头秃，这可能源自北方鲜卑人不留发的习俗。北魏被南方史书称为“索虏”或“索头虏”，其本意也是指类似的习俗：拓跋部的族人往往把头发剃光，头上只留一个小辫，称为索头，“索虏”就是索头的胡虏。东胡的这种习俗一直沿用到后来的清代）本是归附拓跋珪的塞北部落缊纥提之子。拓跋珪将缊纥提的部众分配到其他各个部落中，强行迁徙，这一政策引起了缊纥提诸子的强烈不满。社仑与他的兄弟率部弃父出走，逃入大漠，几经辗转，投奔了伯父匹候跋的部落。
匹候跋与缊纥提是亲兄弟，但早就分成了两个大部落，彼此并不信任。他将社仑等人安置在部落南面边远之处，并派自己的四个儿子严加监视。社仑不甘为人下，设计杀了匹候跋与他的几个儿子，兼并了匹候跋统领的部落，然后深入漠北。
当时拓跋珪在南面忙着与后燕、后秦交战，无暇北顾。社仑乘机四面出击，声势渐盛，终于在北魏天兴五年（公元402年）统一了整个漠北地区，并自称“丘豆伐可汗”（“丘豆伐可汗”这个词，在鲜卑语里相当于“开国君主”的意思），成为柔然汗国的第一任君主。
柔然建国，对北魏的北部边疆形成了巨大的威胁，从此两国在辽阔的漠北展开了长达一个多世纪的角力。社仑借着拓跋珪被弑、北魏人心不安的机会，攻入塞内，抢掠了大量人口与牲畜。拓跋嗣稳定了局势，自然发动报复性反击。永兴二年（公元410年），他派长孙嵩率领大军北伐，大破柔然骑兵，杀得社仑远遁漠北，死在途中。社仑的儿子度拔尚幼，部族中的长辈决定拥立社仑的弟弟斛律，即柔然的第二任君主“蔼苦盖可汗”（鲜卑语“姿质美好