髯箍谙蛉毡局趁裾呖穑辉诩�13名宪兵被击毙；在斗六，日军守备队长以下80人战死，167人负伤，被迫退出阵地，抗日军占领斗六，为此佐藤常政陆军少佐等两名将校受到了军法审判。
斗六陷落的消息传到台中，日军第二旅团本部于7月1日派出讨伐队，第二天攻占斗六，但由于孤军深入，旋即退出。台湾总督府再派遣特别讨伐队接连进攻员林、北斗、斗六，重开云林支厅，发布安民告示。14日进逼林圯埔，抗日军退守铁国山。18日，日军以优势兵力猛攻大坪顶，抗日军被迫撤入深山之中。与此同时，日本殖民者还通过辜显荣向简义进行招降，结果在1896年11月19日简义归顺，但随从仅二人，所造成直接损失并不大。在此情形下，柯铁起而自称“奉天征倭镇守台湾铁国山总统各路义军”，重整队伍，发布檄文，表明了继续抗日的决心。为此，日军加紧了对大坪顶的进攻，抗日军在柯铁的指挥下，冒着密集的炮火坚守了14天，打死打伤日军109人，随后转移到新的根据地触口山。日军在嵌厝、大坪顶分别驻屯，以防抗日军卷土重来。
在南部的温水溪、十八重溪、蕃仔山地区，黄国镇聚集各路抗日军首领11人，结义抗日，号称“十二虎”，分别在1895年12月、1896年1月及其后举行3次会盟，商讨进攻嘉义支厅方略，以与铁国山抗日军相呼应，驱逐日本殖民者。1896年7月10日；黄国镇、阮镇联合进攻嘉义，日军将兵力收缩在城内固守，此后，又乘日军集中兵力对付铁国山之机，大肆活动，至1897年1月，嘉义东堡49庄均归入其支配之下。黄国镇还自称皇帝，定年号为大靖。8月，日军第三旅团组织讨伐队围剿。到了1898年6月，台湾总督府进行地方官制改革，废除嘉义县，黄国镇抓住时机宣传“日本将弃台而去”，嘉义地区人民日益聚集在抗日军的周围。随着各类地方税（如地租附加税、户税、营业税、杂税等）的开征，更激起台湾人的不满，因而当时抗日军袭击各派出所、弁务署时都得到了许多当地民众的支持和参与。
再往南，在凤山地区，林少猫率领的抗日军十分活跃，他们四处袭击日军兵营和宪兵屯所。此外，在下淡水溪右岸阿公店等地，魏开、陈鱼、张石定等率领的抗日军也在观音山附近建立根据地，声言将“杀死日本官吏，以为民除贼”。他们连续攻击了阿公店、弥陀港、赤嵌、阿莲等地。1898年，从厦门获取资金和武器秘密返回台湾的林少猫，率领抗日军在万丹与日军展开数次激战。12月28日，林少猫与万峦庄长林天福联合万峦庄的广东粤人、凤山厝的福建闽人及万金等地的“熟番”、“平埔番”1000余人组成抗日联军，猛攻潮州宪兵屯所，击退日海军陆战队，并与赶来增援的日军讨伐队展开激战。这是台湾各民族人民广泛联合抗击外国侵略者的真实写照，它充分反映了在日本殖民者的残暴屠杀面前，中华民族同仇敌忾、奋起抵抗的英勇精神。
第二部分日本殖民者的残暴讨伐及招降政策（1）
面对台湾人民风起云涌的抗日武装斗争；日本殖民者出动大批军队、警察和宪兵，组织讨伐队，进行惨无人道的屠杀与焚掠。他们不仅无情镇压抗日军参加者，而且就连普通民众也不放过，从一开始就采取所谓“无差别报复”政策，广大台湾人民遭到空前的大浩劫。
在台湾北部，日军讨伐队大肆搜捕杀戮抗日民众，仅第七旅团杀害者便高达2454名，被宪兵杀者为377名，宜兰平原哀鸿遍野。在中部云林，4000余户房屋被毁，民众大批被杀，据台湾高等法院院长高野孟矩揭露：“费时六日间，烧毁七十余庄之民居，不分良匪，杀害人民三百余——不查实际，多杀良民之父、夺其母、害其兄，又杀其子、杀其妻、害其弟，以激其恨，且又将其家屋及所有财产焚掠一空，使其无寄生之所。”许世楷：《日本统治下的台湾》，东京大学出版会，东京，1972，第121页。 这就是血腥的云林大屠杀。在南部的阿公店，日军的暴行还引起了国际舆论的强烈谴责。在日军对潮州和恒春的讨伐中，“被杀害者达2053名，伤者不知其数”，烧毁房屋5813户，连日本人自己都惊呼：“讨伐被害意外之多！”向山宽夫：《日本统治下台湾民族运动史》，中央经济研究所，东京，1987，第200页。 惨状目不忍睹。又如在上茄疲站�17～60岁的男子集中一处，根据事先准备好的“土匪名簿”，将其中238人拉出枪杀。桩桩血案，令人发指。
然而，殖民者的屠刀吓不倒台湾人民，相反只能更加激起他们对侵略者的仇恨。正如高野孟矩在谈到云林大屠杀时所指出的那样，这种屠杀政策“激怒了附近的人民，成为这次暴动蜂起的基因”，它只能把人民“推入他们（指抗日军）的队伍中去”。他说，台北、宜兰等地讨伐队不分良匪的杀戮政策收不到什么效果，台湾人对日本人普遍采取不合作态度。日本官吏“向人民询问‘匪情’时，（台人）更不告以事实”。许世楷：《日本统治下的台湾》，东京大学出版会，东京，1972，第93页。 又如，在潮州、恒春闽粤汉人与土著族联合抗日斗争中，来自阿公店的大屠杀的传闻也是当时激励人们起来斗争的重要原因之一。为防范和镇压台湾人民的武装反抗，乃木希典总督时期，实施了所谓“三段警备制”，即将台湾划分为3个区域，靠近山区的危险地带由军队负责防范、平地由警察负责，两者之间由军队和警察共同维持秩序，但由于各区域纵横交错、各部门间又往往权责不清，未能达成日人预期的效果，不久即告废止。鹤见佑辅：《后藤新平传》，太平洋协会出版部，东京，昭和18，第100页。
1898年儿玉源太郎任台湾总督、后藤新平任民政长官，台湾进入了所谓的儿玉、后藤时期。这一时期的殖民当局除了进行土地林野调查、兴建港口铁路等基础工程外，政治上则试图改变原先的横暴形象，采行怀柔政策，召开飨老典、扬文会，颁发绅章以笼络地方士绅；社会政策上则执行所谓“尊重旧惯”，对台湾社会固有的风俗习惯予以保留和一定程度的尊重，避免引发民众的不满；同时恢复封建的保甲制度，让台湾人自相监视，以台治台。针对长期以来镇压台湾人民武装斗争不利的状况，一方面整顿警察队伍以强化暴力统治机器，另一方面以新思维、新方法来对付台湾人民抗日武装斗争，其核心即展开对台湾抗日武装集团实施分化瓦解的招降政策。
对台湾抗日武装的招降活动虽早在桂太郎、乃木希典总督时代就已出现，但只不过是小范围的在中南部地区进行，台中县知事木下周一四处张贴招降谕告书，并委任部分台湾人从事招降，1898年12月铁国山周围试探性的施行，到了儿玉源太郎时期，在民政长官后藤新平的主持下，才开始了大规模的招降活动。
日本殖民者的招降活动首先指向北部的陈秋菊所部，先后派出长谷信敬、谷信近等与陈秋菊、林火旺会面，随后又劝诱卢锦春、简大狮等人投降，至1898年10月，北部地区几支主要武装集团相继停止战斗，“归顺”日本殖民者。在中部，台中县知事木下周一四处张贴招谕文书，并委任台湾人从事招降，1898年12月铁国山、张大猷等610人归降。在嘉义，总督府事务嘱托白井新太郎等通过黄国镇的父亲对其诱降，后黄国镇、柯铁等均告“归顺”。1899年初，台南县知事矶贝静藏颁布《归顺土匪处置法》，宣布对归顺者以宽大处理；4～5月间，南部的阮振、林少猫亦相继“归顺”。这样，到1899年上半年，全台各抗日武装集团陆续“归顺”，台湾岛内武装斗争暂告平静。一时之间台湾抗日武装集团的主要力量和著名首领都走向了“归顺”的道路。
大批抗日军走向“归顺”之路是有其原因的。日本殖民者在据台后曾发现；台湾的武装斗争得到了大陆的资金和武器弹药的支持，总督府民政局长水野遵即指出：“土匪骚动时；常有中国船自厦门方向将火药等运来台湾”《第九回贵族院议事速记录》，条约法规局，东京，昭和41；第24页。。为此日本政府加大了对清廷的外交交涉，清政府严令东南沿海地区禁止向台湾岛内抗日武装提供援助；同时总督府还加强了对海岸线的防堵工作；打击海上走私。正是在外援枯竭的情况下，岛内抗日武装才不得不顺势接受招降，以求获得喘息的机会。
第二部分日本殖民者的残暴讨伐及招降政策（2）
另外，抗日军还提出了对自身有利的“归顺”条件。1898年12月；面对日本殖民者的招降；柯铁针锋相对的提出了十点要求；其要者为：①在云林设立治民局；由台湾人主理；一切刑案由该局审断；②归还铁国山；日人不得在该地驻军；③承认柯铁等得保留军队；并可征收九一税以为军费；④云林若有顽民，柯铁可与各庄联合除之。王洛林总监译《台湾抗日运动史》（原《总督府警察沿革志》第二篇领台以后之治安状况上卷），海峡学术出版社，台北，2000，第697～698页。 在阮振方面；1899年初；亦开出了十项条件；主要是：①设立保安局，由台湾人自己处理地方事务；②承认阮振保有部下百人；每人每月支给10元；③撤出日军；有控告违法者由保安局处理，官府不得干涉；④保安区内住民之前非既往不咎，且区内住民遭军队烧掠财产达1400元，当局应予善后处理。王洛林总监译《台湾抗日运动史》，第824～825页。显而易见，在这里，抗日武装集团是站在对等的地位上和日本殖民者谈判的；按照柯铁等人的要求，日本殖民者只能在当地拥有名义上的权力，而抗日武装集团则享有自治权，在抗日武装集团看来，这不是降而是和。曾有日人就认为这些“愚顽的”台湾人是在仿水浒故事让官府来招安的。许世楷：《日本统治下的台湾》，东京大学出版会，东京，1972，第163页。
当时的台湾岛内各地情形千差万别，也确有一些抗日队伍抵御不住恶劣生存环境的考验而真归顺，但此类真归顺者均为小规模的武装集团，其影响力其实并不怎么广泛。在台湾岛内名震一时的各大武装集团则与此不同，他们都是在相继与日本殖民者签署类似的协议书后；以媾和的心态来“归降”的。因此；他们提出的条件十分傲慢，依照其归顺条件，他们将是权倾一方的特权阶层，不仅拥有自己的武装，还有自己的地盘，享有地方自治权和罪犯审判权，形成事实上的武装割据状态，在这种割据状态下，日本殖民者在台湾的统治显然是不完整的。因此；这样的所谓“归顺”与日本殖民者吹嘘的“投降”有着本质的不同，像柯铁、阮振、林少猫等人提出的条件并不是一个投降者的口吻，而至少是站在与日人平等的位置上。在一些日人眼里毋宁说反倒像个胜利者，《台湾日日新报》的一则记载便很能说明问题：
土匪头目简（大狮）与后藤长官相对而立；土匪持枪；我方徒手；情形奇特。谷通译简要地翻译了长官的训示。这时；该头目将手靠在部下的肩上；一边打哈欠一边显出傲慢的态度