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顺治四年（公元1647年）八月，郑成功与郑鸿逵合兵进攻泉州。清朝福州提督赵国祚驻守泉州，他认为郑成功年轻无能，不过率领一群海盗而已，一战即可将其击溃。他率领骑兵500人，步兵1500人，分两队前往桃花山迎战。一队人马从涂门出发，一队人马从东门出发，直冲郑成功营垒而来。
郑家合兵约有10000人，分别部署在桃花山下。郑成功见清兵杀来，便令洪政、陈新两员大将迎战。战斗从早晨一直打到中午，双方相互冲突相拒，未见胜负。郑鸿逵见不能立时取胜，便命林顺从旁夹攻。同时郑成功也命余宽出奇兵截杀清军。清军经不住郑氏大军的勇猛攻击，阵势大乱，郑成功乘机挥军追杀，清军大败而逃。郑军追至城下，也鸣金收兵。
郑军每次攻击泉州城，清军溜石寨参军解应龙都出兵救援，使郑军不能全力攻城。于是，郑成功决定设计除掉这个隐患。
他带着队伍来到泉州城下，命人吹号进军，猛攻泉州城。赵国祚看见城下到处都是郑军的旗帜，好像所有的队伍都在攻城，急忙呼救。解应龙果然率兵来援助。他却不知道，郑成功已派出一支部队，攻击他的溜石寨，而另派一支队伍，埋伏在解应龙所经的大路上。当解应龙走到中途时，得到快马来报，说郑军正在攻溜石寨。他急忙率军回救，路上走入郑军的埋伏圈。解应龙所率1000人被团团围住，他本人被乱军打死。溜石寨也被攻破了。
郑军声势大振。赵国祚才开始注意加强防守，不敢轻视郑军，日夜在城内巡察。
郑成功见解应龙被歼，已无后顾之忧，便亲自督阵，在泉州城四下摆好大炮，四面齐攻。命令洪政、陈新、余宽、郭泰等将，率兵架起云梯一齐登城。赵国祚千方百计防守。郑军没能打下泉州城。
清漳州守将王进，绰号〃王老虎 〃，作战非常勇敢。听说泉州被围，他说服总兵杨佑，说明〃唇亡齿寒〃的道理，杨佑答应了他的要求。为了防止漳州被郑彩军队攻击，王进只带了1500人去援助泉州。
王进率骑兵500名、步兵1000名，分三队前行泉州。第一队由总领旗赵英和左哨千总杨得功会同安营游击廉郎，声言攻击安平。因为安平是郑成功的根据地，郑成功肯定会回兵救援。王进亲率一队，相机而动。第三队由右哨千总李玉和游击祁光秋作为援兵。首先派人号称是王进率大部队，会合潮州援兵数万人，抵达泉州城下，攻击郑成功部队，以解泉州之围。
郑成功与郑鸿逵商量后决定分兵回救安平，余部进攻泉州城和防范王进军队的进攻。
王进率军来到大盈，命杨得功、董之制造进攻安平的假象，自己悄悄带领骑、步兵，乘夜由冷水井出发，经何坑，前出到南安，突到泉州城下。洪政率兵出战，败下阵来。赵国祚在城墙上远远望见，知道救兵已到，便命士兵在城上四面呐喊，以造成相助之威。
郑鸿逵心虚，以为清军大队人马来到，不敢再战，急忙退回金门。郑成功正率部在王陵防守，而郑鸿逵已退，自己势孤难战，便也退回安平。
王进进入泉州城后，恐郑军知道真相后进行反攻，谢绝赵国祚的挽留，率军急忙返回漳州。
果然，郑成功侦知真象后，追悔莫及。急命几路人马截追王进部队，然而此时王进军队已过去两天了。
泉州之役郑成功虽未达到目的，但他在桃花山打得清军落花流水，在福建人民中产生巨大影响。他的声望日益提高。又有许多人投靠到郑成功手下，如原浙江巡抚卢若腾、进士叶翼云、举人陈鼎、武艺精熟的蓝登、通晓谋略的施琅及显贵等人。郑成功对他们非常尊重，待如上宾。郑成功加紧操练部队，并在安平筹集粮饷。
泉州之役也给清军很大的震动，造成了不少的困难，郑军越来越引起了清政权的重视。
顺治五年（公元1648年）闰三月，郑成功率部进攻同安。把守同安的清军将领是游击祁光秋和协防游击廉郎。二人集合步兵、骑兵和九都的乡勇，抵抗郑军，双方大战于店头山。甘辉挺身出战，清军守备王廷的坐骑失蹄被斩。清军溃退入城。夜半二更，祁、廉与知县张郊龄打开西门逃走了，第二天城中百姓开城门迎接郑军入城。郑成功发布命令，安抚百姓，不许骚扰。命叶翼云为同安知县，劝说百姓追征粮饷，以助军需；又命陈鼎为县学教谕，传告在学诸生，起义勤王。
同安被郑军败破后，清军提督赵国祚得到消息，飞报总督转题奏朝廷。皇帝下诣，派遣佟鼐、李率泰、陈锦三人督师恢复各处地方。三人便派兵攻击同安。
郑军使守同安的将领丘缙等得到清军攻击同安的报告后，马上与叶翼云、陈鼎商议防守的策略。三人商定誓死守卫同安城，同时向郑成功求援。
清军在佟鼐的率领下攻到同安。郑军出城迎战被击回城中。同安郑军便回兵城内，准备死守同安，以待郑成功大军来援。
八月十六日，清军攻破同安城，丘缙、林壮猷、金作裕在与清军巷战中力竭而死。叶翼云与陈鼎被俘，从容而死。
佟鼐收复了同安，却痛恨同安的百姓支持郑军坚决抵抗，造成清军大量伤亡，便下令尽屠城中百姓，血流沟渠，令人发指。
郑成功正在铜山整顿船只，训练士卒，忽然接到叶翼云等从同安发出的告急请援文书，便立即率大队舟师回救同安。但天不作美，这几天北风甚烈，航船难于驾驶，郑成功带兵5天才抵达金门。而这时探军来报说，同安已被攻陷，诸将战死，叶、陈不屈被杀，全城惨遭屠杀。郑成功不禁痛哭。他设坛遥祭阵亡将士和被杀的军官、百姓，三军无不为之动情感愤，发誓定报此仇。郑军不能再北上，于是便移师于镇海、铜山一带。
这年十月，永历帝诏封郑成功为威远侯，郑成功高兴地接受了封号。第二年，永历三年（公元1649年）七月，永历帝遣使再封郑成功为广平公。
几年来，郑成功以安平为据点，游战于南国，给清军造成了很大的压力。但是郑成功军队的发展，始终受到一定的限制。
3、创办厦门根据地
通过几年的征战，郑成功已收复了福建的漳州、泉州沿海地区与广东潮州所属的一些地方，但始终没有找到一块可以依靠的根据地。他必须寻找新的适合的地盘，做为反清复明的基地。
顺治七年（公元1650年）八月的一天，郑成功召集部将议事，大家都感到需要一个巩固的军事后方，郑成功的叔父郑芝鹏，此时也在这里，他便劝郑成功攻打厦门，以作为军事基地。
由于郑联也是郑家子弟，郑成功很是犹豫。当下有人说 ：〃金厦两岛是福建沿海的重要地方，据之可以纵横金、厦、澎一带海面，雄吞同安、漳州，不失通详裕国，探险待取之道，老太师过去曾十分重视这个地方。而现在却被郑联、郑彩据有。此时，郑彩不在厦门，而驻守的郑联终日饮酒，不理军务，窃军饷为私用，征军需作家财，部下怨言纷纷，百姓苦不堪言。现在夺取厦门正是时候 。〃经过权衡再三，郑成功决定夺取厦门。但担心武力夺取一旦失利会使两军结仇。施琅说 ：〃如果用兵攻取，不是好办法，应该设计智取 。〃郑成功说 ：〃把你的想法说出来给大家听听 。〃
施琅说 ：〃郑联是个酒色之徒，无谋之辈。藩主可率4艘巨舰，扬帆回师，停靠在鼓浪屿。郑联见你人少，肯定不会怀疑。其余的船只，则扮作商船，陆续跟进，分别停到泊岛、关浯屿、大担、白石头。另外，再派部分船只从鼓浪屿转入崎尾，直接开到厦门港水仙宫前。准备好后，藩主上岸拜访，不要让他看出破绽，相机行事 。〃郑成功听后颇为赞赏，说 ：〃此计甚好，但我想还是以不杀人为好 。〃郑芝莞说 ：〃如果不杀郑联，恐怕他的部下恋主，不如就此杀了他好 。〃郑成功颇为犹豫。但为了抗清大计，也是因为郑联平时只重酒色不谋国事，他采纳了大家的意见。
郑成功依计而行。于中秋之后，郑成功率船来到鼓浪屿拜访郑联。
郑联设宴款待郑成功。二人谈得甚是投机，整整喝了一天，还觉得不尽意。
郑成功又在虎坑岩设宴，宴请郑联。席间，郑成功与郑联互相敬酒，比试谁的酒量大。一直喝到晚上八、九点，郑联才回府。
郑联走到半山塘时，被郑成功伏兵所杀。其他各路人马随信号炮声响后冲进城去，控制了厦门城。郑成功又命人到城内各处安抚百姓，城内秩序井然。
郑联的部队也被郑成功掌握。郑成功又派洪政持书前去招降郑彩。
郑彩对洪政说 ：〃我已年老体衰，我看我们郑氏家族诸子弟中，能继承大志、有所作为的只有大木。
我愿把我的队伍，全部交给他 。〃说完随洪政一起回到厦门。
郑彩把全部兵船都交给了郑成功。郑成功见郑彩确实一心为抗清大业着想，便不再猜疑，待之甚厚。
最后，郑彩死于厦门。
郑成功得了厦门以后，势力更加强大。接连几天，都有人纷纷前来归附，附近不少地方，原来是郑芝龙的部属，也派使前来，表示愿意受郑成功节制。
从此，郑成功有了比较稳定的根据地。九月，郑成功隆重祭祀了已经惨死4年的母亲田川氏。不久，又派人将其家眷接到了厦门。经他的经营，厦门日益繁荣。
他的手下部队已发展到40000多人。又整编了军队，设立五军（左军、右军、前军、后军、中军），雄踞海上，图谋进取。
4、力挽狂澜
就在郑成功训练部队，图谋进取之际，黄文带着永历皇帝的诏书从广西来到厦门。
原来，在清军的进攻下，广东连吃败仗，李成栋悲愤中饮酒过度，于雨天落水而死，杜永和率广东所有人马投降了清军，广西日益危急。诏书的目的是要郑成功率师从广东虎门登陆，会同孙可望、李定国联合进攻清军。
郑成功决定南下抗清，以保护永历政权。同时，他南下广东的另一个目的是镇压潮阳地区因为追征粮饷过急而导致的民乱。他自己率诸镇，配备100多艘船，南下勤王。
郑成功惟恐清军会乘他南下，厦门空虚之际前来偷袭，特意关照留守指挥的郑芝莞说 ：〃金、厦是我们的军事基地，它的存在与否，对我们今后的抗清事业关系极大，切勿掉以轻心，一定全力守备 。〃郑芝莞满口答应一定搞好金厦的防守。郑成功南下途中担心后方守备力量薄弱，又派郑鸿逵回去协助防守。
这时，清军攻下广州的消息传来，南澳守将陈豹劝郑成功停止南下。他提出，广州失陷，从虎门登陆进军已无可能，会师肯定无法实现，则厦门是根本重地，决不可轻易丢失。他建议郑成功应当驻守南澳，居中调度；而自请与各镇官兵南下，倘