一个掏粪工人？”在他的干预下，这个工人从农村回到北京，并得到治疗和道歉。
这时周的很多时间是在与那些掀起了红卫兵运动的学校的学生们一起度过的。
他在舞台上扮演这样的角色，鼓励学生们沿着正确的路线前进并要求他们要遵守纪律。他在北京设立了一个红卫兵联络中心，尽管此时已经明显无人能使所有这些年轻人按一个模式去思考和行动。有一天，他凌晨４点就去外语学院读大字报。他解释说：“毛主席要我进行调查，我是来向你们学习的。”他是否已考虑到他不久将为他的平静、尊严、甚至安全而与这些学生进行智力上的较量？当他在另一个学校吃午饭时，他像往常那样坚持要付钱并要求食堂开一张收据。８月份他至少接见了２０批清华大学的学生并亲自去了４趟清华大学。在左派红卫兵之间的武斗中，有３个学生被打死了，他曾试图从中进行调解以平息此事。
有一次他冒着大雨参加清华大学批判大会，他既没打伞又没穿雨衣，只穿着他平常穿的灰制服，坐在一个临时搭起的平台的一把湿凳子上，任凭雨水打在身上，结果他身上完全湿透了。数千名淋湿了的学生齐声呼喊：“请总理打伞！请总理打伞！”周恩来说：“你们不是送给我一个红卫兵袖套吗？既然你们在风雨中锻炼，那么让我也与你们一起锻炼吧。”
他在那里一直坐了３个小时才轮到他发言。群众显然都被他的行动所感动。最后，他领着大家一起高唱文革赞歌“大海航行靠舵手”。
但身为伟大舵手的毛泽东却担心不能在党的中央委员会得到多数人的支持，并保证以文化大革命为先导的激进政策的实施。当他的批评者妨碍他的计划实现时，他便像以往那样求助于军队。忠于他的国防部长林彪，从别的军区调部队开进北京以保证毛泽东的意愿而压倒刘少奇的追随者的反对。北京不再是“彭真的堡垒”了。毛泽东本人也在１９６６年８月加入大字报运动，写出题为《炮打司令部》的大字报，发出了他特有的令人惊恐的无政府主义信息。这时，中央委员会在这些压力下，认可了这条新的路线。但这是在周恩来施展外交手腕进行谈判，制定了一系列重要而明确的对文化大革命的限制措施之后发生的。
这些限制措施就是在８月８日由一些领导人通过的所谓的“十六条”，它保证经济、政府部门，尤其是科学家将不受这一新运动的影响。这个妥协仅以微弱的多数得以在中央委员会上通过。林彪被指定为毛泽东的接班人，而毛泽东的前秘书陈伯达当上了中央文革小组的头头。在这场斗争中，周恩来没有被清洗，他继续主持政府和行政部门的工作。
许多持观望态度的知识分子，在正常情况下是周恩来的支持者，此刻他们消除了对文化大革命的疑虑。韩素音写道：“显然，如果周恩来支持这场运动，那它就一定是正确的。”另一个评论家更精明地写道：“周恩来跟着毛泽东走，但又落后三步。”他心里一定非常清楚他在过去２０年中费尽心血建立起来的社会主义政府机构仍面临着威胁。毛泽东认为政府机构已经腐化变质、故步自封，应该完全推倒重来。“十六条”能在多大程度上起作用仍是个未知数。周恩来这时采取他惯用的策略，尽可能地保护政府机构。
如果不了解中国这场不同寻常的运动的复杂性，那就无法理解此后３年里周恩来在文化大革命中命运的沉浮。在那些动荡的日子里的任何一个时刻，至少有２—３个极不相同的主要事件正在进行之中，它始于毛泽东对某些作家的攻击，然后是北京市市长受到攻击，最后是刘少奇本人。但我们在这里必须提到社教运动，由于参加社教运动的领导人认识不同，最后该运动在性质上发生了变化。上面所说的毛泽东与刘少奇在文革中的斗争就是在社教运动的基础上发展起来的。同时从根本上看，权力的斗争、组合及意识形态运动使得中国各地不同的单位企业、地区能够暂时发泄他们平时所抑制的挫折感和敌对情绪。文化大革命是一盘由混乱、讨伐、争权夺利所组成的大杂烩。因此，周恩来讲话的调子因时而异也是不足为奇的。
１９６６年８月１８日黎明时刻，周恩来去天安门参加第一次红卫兵大集会。在这类集会中共有数达１１００万①青年激进分子受到领导人的检阅。在这一首次检阅中，周恩来与毛泽东、林彪、江青一起，首先检阅了１００多万人的游行队伍。临近黄昏时，他乘的敞篷汽车，跟在毛泽东的车后面，检阅聚集在广场上的红卫兵。周恩来后来告诉别人：“我不得不使劲地维持秩序，把嗓子都喊哑啦。”５个星期后，他的嗓子也没有完全恢复。
毛主席教导我们，搞革命要靠自己，要相信自己。我们要教育自己，解放自己，依靠自己去进行革命……我们要坚决反对那些高高在上，自以为什么都懂，脱离群众，瞎乱指挥的官僚主义者。
这些话听起来似乎表明周恩来倒是相信“十六条”将使文化大革命的目标局限在党内，而不扩展到政府机构方面，它将是一场和平的革命，国家的经济和技术活动将受到保护。但在毛泽东和他的副手们的鼓励下，红卫兵变得胆大起来了。他们开始以毛泽东的名义控制各个城市，而在这个过程中，中央委员会的一些正确的决定逐渐地被抛在一边。
周恩来对于红卫兵没有实权，但他仍然负责向他们解释党的路线，不断提醒他们注意中央委员会制订的种种规定，例如不能围攻或骚扰各个部机关，因为他们有工作要做。他告诉他们在写大字报时要谨慎一些，因为其中一些大字报把国家机密的详情弄得举世皆知；在出版一些非官方版本的毛主席语录时也应谨慎，因为这些出版物可能会篡改毛泽东思想；对阶级敌人的攻击应该是有限度的。他还试图阻止红卫兵扩大他们的攻击目标。
用枪去杀一个人并不困难，只要瞄准目标就能做到这一点。用拳头打伤一个人也不困难，只要你有蛮力就行……但用暴力手段进行斗争仅仅触及人的肉体，而只有通过说服教育才能触及人的灵魂。
周恩来反复强调，红卫兵应该正确地区分好人和坏人。例如，他们不应该批斗那些已改造好的、与政府合作的地主，而应该去揭露那些隐藏在城市里的地主。“必须搞清楚他们是否在进行现行反革命活动。如果能证明他们大致是老实的，我们也应给他们一个机会。”对右派分子也一样，如果他们“老老实实接受监督改造，那就没必要再惩罚他们”。
批判资产阶级，但不应该没收他们的财产；流氓应该受到惩罚，但一些支持政府的党外政治家不应受到冲击；不能去抄知名人士的家，另外知名人士的纪念碑也不允许触犯。
那种认为当权者都是反动分子的想法是荒谬的，也是毫无价值的。在某种程度上对领导的信任感也是要有的。一个人是否革命并不是简单地由这个人的出身决定的。比如说，如果一个人被国民党封为革命者，那他就非常好辨认，但阶级出身不能作为判断一个人是否革命的惟一标准。周恩来认为“血统论”就是“宿命论”。他自己模糊的出身也成了这类讨论的话题。他认为红卫兵在招收新成员时对出身中产阶级的人不应该过于苛求。如果他们“起来反对他们出身的阶级并且表现良好的话”，那他们就可以加入红卫兵（尽管不能优先），“因为他们不能选择自己的出身。”
麻烦的是，当周恩来更多地谈及生产的重要性和一些对革命热情加以限制的不受欢迎的规定时，林彪之流却在以一种更为蛊惑人心的启示录式的形式鼓吹“炮轰党委”，打倒统治中国的“一小撮坏人”，扫除“牛鬼蛇神”等等，这正是那些赶到北京来的年轻激进分子们所渴望听到的话。周恩来的那种学校女教师式的说教被那些声音所淹没，但他仍然坚持讲解他的那一套。
在９月中旬的另一次百万红卫兵大集会上，他声称文化大革命正在产生一种像第三个五年计划伊始时实现经济上的突破所需要的革命动力。
同志们，同学们！为了促进工农业生产的正常进行，大学和中学的红卫兵和革命学生不要到工厂、企业、县以下的组织机构和人民公社去交流革命经验以及建立革命联络……工厂和农村不能像学校那样停下生产，利用假期来闹革命。……双抢季节已经到了，红卫兵应该组织起来到农村去参加劳动，支援秋收。
第三部 开国总理第7章 文化大革命（2）
比起毛主义者在大街小巷每个角落吹起的号角声来，周恩来的声音显得非常不合时宜，而且也不那么中听。周恩来的这些观点使得一些最激进的学生和他们的庇护者——毛主义者中的一些二、三流角色密谋反对他。
这些人当中有一个组织是叫做“五·一六兵团”的组织。他们反对周恩来的活动在１９６６年的最后４个月里逐渐加剧，攻击他为“反革命两面派”。这些活动最初由科学院发起，但后来领导权转到了外语学院。一些高层人士如中央文革小组的成员王力、戚本禹也先后参加了这些活动。这两人都是狂热分子，显然他们都是毛主义者。毛泽东通过手下的林彪、江青和其他几个人对他们进行领导，但这并不意味着他们反对周恩来的行动是在毛泽东的鼓励下干的。他只不过是允许他们的激进主义得到一个发泄的机会，因为他也不能完全控制他的追随者，而且也不愿为此失去他们对文化大革命总方向的支持。
一个红卫兵后来承认：
上面要我们搜集所有那些大头头们的黑材料。指挥部给我们提供一部分文件，我们则出去找另外一些材料，诸如周恩来的讲话，会议记录，所作的报告之类的东西。我们仔细琢磨其中的每一个字，以发现我们想要的东西。对周恩来的每一次行动我们也不放过。１９６１年，周恩来在一次关于文学问题的讲话中说：“现在有一种不好的风气，就是民主作风不够……好多人不敢想，不敢说，不敢做……”这是不是资产阶级的个人自由主义呢？我们认为这就是资产阶级的自由主义。他还说过：“毛主席写的东西很多是几易其稿的。……伟大的政治家、艺术家对自己的作品的修改工作都是非常严肃的。”能否用战无不胜的毛译东思想找出其中的错误呢？我们从他的讲话中抽出一些话，然后拼凑起来，得出这样的结论：周恩来必须打倒。
攻击周恩来的大字报出现在９月的北京街头，他在与红卫兵的一次长谈中提到了它们。这次谈话从９月２５日晚上１０点延续到第二天凌晨２点半，下面是他的话：
我今天坦率地和你们谈一谈，世界上还有哪个国家有这么自由？什么样的大字报你们都可以写。有些人甚至写了“炮打周恩来”的大字报。当然我已经知道这件事，但我并不在乎。……
有人贴出这么一张大字报……要求完全摧毁伊斯兰。世界上有许多伊斯兰国家，其中包括印度、巴基斯坦，它们的人口接近４亿。怎样才能完全摧毁他们呢？答案